genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17810536--17810677	50	2.8	50	83	2	178	22	26	16	35	1.95
17817414--17817447	17	2.0	17	100	0	68	29	17	23	29	1.97
17820489--17820535	15	2.9	16	81	15	53	63	10	0	25	1.26
17820575--17820731	30	5.3	30	82	3	174	30	4	26	38	1.76
17820575--17820731	59	2.6	60	82	3	174	30	4	26	38	1.76
17821907--17821938	4	8.2	4	93	6	57	25	0	0	75	0.81
17822468--17822533	26	2.5	26	87	5	87	28	1	1	68	1.08
17822489--17822526	15	2.5	15	80	16	51	26	0	2	71	1.00
17827034--17827106	8	9.6	7	85	7	65	78	0	16	5	0.94
17827033--17827100	15	4.3	15	83	10	75	79	0	14	5	0.91
17827083--17827133	12	4.3	12	78	9	52	74	0	25	0	0.82
17827068--17827118	7	7.6	7	80	8	52	76	0	21	1	0.88
17827478--17827575	49	2.0	49	97	0	187	29	24	9	36	1.86
17827527--17827728	77	2.6	77	92	0	341	26	24	9	39	1.86
17828181--17828384	49	4.1	49	77	0	174	36	16	27	19	1.93
17828398--17828444	24	2.0	24	86	0	67	44	6	27	21	1.76
17828507--17830152	93	17.6	93	79	4	1494	33	18	23	25	1.96
17829108--17829253	43	3.2	43	64	19	116	30	19	26	23	1.98
17830260--17830512	42	6.0	41	74	7	200	32	25	15	26	1.95
17830264--17830512	87	2.9	86	81	4	306	32	24	15	26	1.95
17830887--17830932	20	2.3	19	78	10	56	78	13	0	8	0.97
17832460--17832502	22	2.0	22	81	9	52	23	6	0	69	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17835249--17835274	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
17836766--17836797	12	2.7	12	100	0	64	6	25	6	62	1.42
17837970--17838002	16	2.1	16	94	0	57	27	0	0	72	0.85
17852049--17852140	31	3.1	30	78	6	87	44	9	10	34	1.73
17852082--17852150	31	2.3	31	87	2	95	44	10	10	34	1.72
17852082--17852163	31	2.7	31	84	1	85	43	10	10	34	1.75
17858270--17858302	16	2.1	16	88	11	50	75	0	6	18	1.00
17862462--17862518	30	1.9	30	85	7	80	1	28	3	66	1.18
17887130--17887300	91	1.9	90	82	3	218	38	12	14	34	1.85
17889032--17889074	22	2.0	22	85	0	59	27	2	2	67	1.15
17898172--17898276	10	9.6	10	72	18	68	40	20	2	36	1.68
17898166--17898284	30	4.1	29	75	22	115	41	20	3	35	1.69
17898172--17898226	20	2.8	20	88	5	76	40	21	3	34	1.71
17898180--17898363	58	2.8	65	76	15	193	40	17	4	37	1.71
17898191--17898334	58	2.5	58	93	1	236	39	18	4	36	1.72
17898201--17898275	23	3.1	26	73	21	81	40	21	2	36	1.67
17898309--17898350	10	4.1	10	84	3	57	40	16	2	40	1.62
17898346--17898432	23	3.8	23	85	0	102	50	12	4	32	1.61
17898411--17898497	10	9.3	10	75	10	78	45	19	2	32	1.63
17898626--17898762	66	2.1	66	83	0	166	43	27	10	19	1.83
17899019--17899195	36	4.9	37	88	2	236	35	23	10	30	1.89
17899017--17899195	72	2.5	72	88	1	261	35	23	10	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17906817--17906994	94	1.9	95	81	5	220	41	11	10	36	1.76
17910798--17911721	472	2.0	472	95	0	1677	35	13	13	37	1.84
17913086--17914250	279	4.2	278	83	4	1377	32	15	15	35	1.90
17915206--17915498	59	5.0	57	79	7	214	38	4	23	33	1.74
17915282--17915405	29	4.2	31	68	14	93	42	2	20	33	1.66
17915292--17915498	88	2.3	86	75	15	201	40	2	22	34	1.69
17915295--17915490	29	6.7	29	70	13	100	41	3	20	34	1.68
17917497--17917544	17	2.8	16	84	12	60	52	6	0	41	1.27
17917512--17917580	6	11.8	6	70	6	52	52	1	2	43	1.25
17917513--17917545	17	1.9	17	100	0	66	60	3	0	36	1.12
17917881--17918534	102	6.4	102	93	0	1089	31	17	15	35	1.91
17918662--17919877	48	24.9	48	75	8	943	12	24	23	39	1.89
17918662--17919886	98	12.5	98	83	3	1195	12	24	23	39	1.89
17919542--17919876	100	3.4	100	90	1	503	14	25	22	37	1.92
17919603--17919861	50	5.2	50	67	12	147	13	27	22	36	1.92
17921098--17921131	15	2.3	15	94	0	59	0	14	0	85	0.60
17926854--17927178	59	5.6	58	75	10	243	37	3	25	33	1.74
17926919--17927137	29	7.5	28	71	9	125	37	1	25	35	1.67
17926919--17927178	58	4.4	58	79	8	242	37	2	25	34	1.69
17928140--17929298	282	4.1	281	80	5	1245	33	16	14	35	1.89
17928140--17929298	559	2.1	559	81	4	1352	33	16	14	35	1.89
17928904--17930862	511	3.8	510	71	10	1623	32	15	15	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17930408--17931707	281	4.6	279	80	5	1388	32	15	15	36	1.89
17929594--17931153	784	2.0	776	83	4	1931	32	15	15	37	1.89
17930446--17931713	563	2.3	559	86	4	1779	31	16	15	36	1.90
17930426--17931706	279	4.6	278	79	6	1334	31	16	15	36	1.89
17931717--17933017	279	4.7	280	79	4	1338	31	16	15	36	1.90
17932963--17933070	53	2.0	53	100	0	216	22	14	16	46	1.84
17932686--17933349	335	2.0	330	84	4	879	31	16	14	37	1.89
17933437--17934446	268	3.6	274	79	8	931	32	15	14	36	1.88
17934455--17935801	281	4.8	275	79	5	1380	32	15	15	36	1.89
17934535--17935801	562	2.3	559	85	4	1741	32	15	15	36	1.90
17935805--17936376	279	2.1	278	84	4	767	33	14	15	36	1.88
17936416--17936558	71	2.0	71	100	0	286	26	25	9	38	1.87
17936535--17937494	279	3.4	277	80	6	947	31	15	15	37	1.89
17937562--17938565	282	3.6	281	81	3	1040	31	15	14	37	1.89
17938574--17939354	281	2.8	276	83	4	974	29	15	16	38	1.90
17937785--17943457	787	7.0	780	77	9	4392	31	15	15	36	1.89
17939361--17940987	279	5.8	279	79	5	1653	31	16	15	36	1.90
17939421--17940988	563	2.8	559	83	4	1805	31	16	15	36	1.90
17941069--17945946	559	8.7	561	86	3	6257	32	15	15	36	1.89
17940995--17945946	281	17.7	277	80	5	4897	32	15	15	36	1.89
17940995--17945935	845	5.9	838	82	5	5401	32	15	15	36	1.89
17946412--17947756	276	4.9	272	78	9	1294	33	15	14	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17946795--17947985	531	2.2	525	80	6	1274	33	15	15	35	1.89
17952767--17966089	278	47.6	276	75	9	9293	34	15	15	35	1.88
17952767--17966089	837	15.9	831	76	9	9895	34	15	15	35	1.88
17956218--17956705	250	1.9	254	86	3	689	34	13	14	36	1.86
17967321--17967541	30	7.5	29	73	8	126	30	4	25	38	1.77
17967402--17967549	60	2.5	60	79	5	156	33	4	22	39	1.75
17967396--17967550	30	5.2	30	77	3	134	32	4	22	40	1.74
17967865--17967898	13	2.7	13	90	4	52	17	8	50	23	1.74
17968601--17969197	39	15.4	39	67	13	273	25	21	30	22	1.99
17968590--17969239	78	8.4	78	82	4	706	25	21	30	22	1.99
17968590--17969239	155	4.2	156	84	2	779	25	21	30	22	1.99
17968608--17969239	233	2.7	231	84	5	788	25	21	30	22	1.99
17981563--17981639	29	2.6	30	76	12	86	42	5	19	32	1.73
17981691--17981910	30	7.4	31	80	13	189	32	4	24	39	1.74
17981650--17981910	89	2.9	88	81	9	257	32	4	25	37	1.76
17981722--17981920	29	6.8	30	81	10	171	33	5	23	38	1.76
17982353--17983139	254	3.0	253	78	9	663	35	15	13	35	1.87
17983728--17983842	57	2.0	57	98	0	221	26	15	15	42	1.87
17982897--17984675	891	2.0	889	85	3	2420	33	15	15	36	1.88
17983785--17985499	281	6.1	282	78	6	1634	33	14	14	36	1.88
17983799--17985501	574	3.0	563	79	5	1762	33	15	14	36	1.88
17983785--17985514	835	2.0	832	85	5	2330	33	15	14	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17987566--17987603	5	7.6	5	87	0	58	15	5	0	78	0.91
17987561--17987603	15	2.9	15	86	3	61	16	6	0	76	0.99
17995929--17996088	79	2.0	79	100	0	320	30	18	18	33	1.95
18003213--18003254	23	1.9	23	90	9	70	35	0	7	57	1.26
18003226--18003303	27	2.9	27	78	0	75	42	1	6	50	1.36
18004446--18004476	16	1.9	16	93	0	53	19	19	19	41	1.90
18005252--18005801	59	9.4	59	87	2	725	32	29	3	34	1.73
18005252--18005803	117	4.7	117	86	3	736	32	29	3	34	1.74
18005252--18005801	176	3.1	175	87	4	761	32	29	3	34	1.73
18005250--18005765	29	17.6	28	65	19	137	33	28	2	35	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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