genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1854470--1854805	110	3.0	113	81	8	398	35	2	27	34	1.72
1854606--1854865	29	8.9	29	70	20	179	35	1	27	35	1.66
1854432--1854824	169	2.3	172	85	6	503	35	2	26	34	1.71
1854606--1854894	59	5.0	58	80	9	232	35	2	26	35	1.69
1854674--1854894	29	7.6	29	72	20	149	33	2	27	37	1.69
1856848--1856931	17	4.8	17	76	4	87	52	5	2	39	1.39
1862320--1862393	37	2.1	37	85	10	100	39	1	4	55	1.27
1862336--1862413	37	2.0	40	87	7	117	34	1	7	56	1.36
1863308--1863390	23	3.7	23	91	3	125	48	3	3	44	1.37
1864456--1864503	19	2.6	19	87	6	64	62	0	0	37	0.95
1864551--1864583	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1865624--1866604	509	1.9	510	95	0	1757	24	15	25	33	1.95
1873399--1873443	6	7.5	6	84	0	54	24	28	0	46	1.53
1873399--1873447	18	2.7	18	93	0	80	24	26	0	48	1.51
1875301--1875360	20	3.1	19	75	15	59	48	0	1	50	1.11
1876213--1876237	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
1876187--1876259	29	2.5	30	91	6	123	46	1	0	52	1.09
1876221--1876262	22	2.0	22	95	4	77	52	0	0	47	1.00
1876816--1876859	20	2.3	19	80	7	52	54	4	0	40	1.21
1890073--1890121	26	1.9	26	87	4	73	24	8	16	51	1.71
1890735--1890768	16	2.1	16	88	0	50	44	5	0	50	1.26
1894548--1894685	51	2.7	51	90	2	206	16	33	18	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1894664--1894783	54	2.2	54	87	0	168	22	30	25	21	1.99
1898581--1898619	20	2.0	20	85	10	53	30	0	0	69	0.89
1901354--1901743	158	2.5	158	96	1	728	25	22	22	30	1.99
1908426--1908487	4	15.2	4	80	9	63	64	0	33	1	1.03
1908426--1908487	15	3.5	17	76	19	56	64	0	33	1	1.03
1908426--1908484	25	2.4	24	88	2	91	64	0	33	1	1.04
1911755--1911791	12	3.3	12	82	17	53	0	51	0	48	1.00
1913775--1914132	94	3.8	93	86	7	490	47	13	1	37	1.53
1914104--1914146	21	2.1	21	86	4	61	58	13	2	25	1.48
1914488--1914546	4	15.0	4	76	13	52	1	25	1	71	1.05
1914488--1914524	19	1.9	19	89	10	58	2	27	0	70	1.01
1914488--1914542	25	2.3	23	81	12	58	1	25	1	70	1.06
1914732--1914788	27	2.1	27	86	0	78	10	31	24	33	1.89
1916026--1916070	21	2.3	19	88	7	63	51	0	2	46	1.13
1923236--1923302	31	2.2	31	79	10	77	52	4	11	31	1.58
1924973--1925013	21	2.0	21	85	0	55	17	12	4	65	1.42
1928643--1928713	33	2.2	33	100	0	142	23	26	18	30	1.97
1929689--1929751	22	3.0	22	83	4	76	30	0	0	69	0.88
1929691--1929753	21	3.0	20	80	11	72	33	0	0	66	0.92
1931175--1931220	23	2.0	23	100	0	92	34	4	13	47	1.62
1937293--1937337	21	2.2	20	84	4	54	46	2	2	48	1.26
1953313--1953363	23	2.2	24	80	16	63	37	7	1	52	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1955098--1955157	16	3.7	15	75	20	50	35	0	0	65	0.93
1955097--1955160	25	2.5	26	80	10	69	35	0	0	64	0.94
1958852--1958898	18	2.6	18	93	3	76	34	0	4	61	1.15
1958865--1958905	18	2.3	18	86	0	55	34	0	4	60	1.18
1959886--1959935	24	2.0	25	81	11	59	48	6	22	24	1.73
1960358--1960426	20	3.2	20	83	15	93	68	20	2	8	1.30
1970631--1970671	22	1.9	22	85	5	57	39	0	2	58	1.11
1976878--1976906	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
1979123--1979160	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1979167--1979200	3	11.7	3	93	6	61	64	0	35	0	0.94
1984500--1984567	6	11.5	6	81	9	59	26	23	0	50	1.50
1984519--1984567	18	2.7	18	90	0	80	22	26	0	51	1.49
1984519--1984567	12	4.1	12	89	0	71	22	26	0	51	1.49
1986813--1986962	75	2.0	75	94	0	264	26	18	14	40	1.90
1989089--1989135	25	1.9	24	83	12	60	59	4	0	36	1.17
1996810--1996837	13	2.2	13	100	0	56	14	21	10	53	1.70
1998618--1998685	26	2.5	27	80	7	66	45	0	1	52	1.09
1999413--1999450	11	3.5	11	85	0	58	21	2	7	68	1.28
1999414--1999461	22	2.2	22	85	7	62	25	2	8	64	1.32
2000230--2000292	27	2.3	27	86	2	90	9	14	1	74	1.13
2006308--2006341	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
2008230--2008303	29	2.5	29	86	4	94	50	13	12	24	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2008252--2008322	29	2.4	29	88	4	97	50	14	12	22	1.76
2014480--2014556	31	2.5	31	86	2	100	54	15	12	16	1.71
2032948--2032990	18	2.4	18	88	7	61	9	18	2	69	1.26
2035016--2035054	14	2.7	14	80	4	51	35	5	5	53	1.45
2037816--2037884	31	2.2	31	86	0	93	34	13	11	40	1.80
2038940--2038967	11	2.5	11	100	0	56	57	10	17	14	1.65
2043283--2043333	16	3.4	15	76	15	52	29	0	1	68	1.00
2043860--2043894	12	2.9	12	86	0	52	65	22	2	8	1.34
2054759--2054785	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2058895--2058928	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
2062674--2062723	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2064687--2064757	28	2.7	26	79	16	74	38	0	0	61	0.96
2064655--2064734	31	2.5	32	77	6	81	40	0	1	58	1.06
2064738--2064788	27	2.0	26	84	7	68	43	0	3	52	1.19
2065113--2065247	51	2.6	51	86	8	177	27	22	14	35	1.93
2068569--2068703	25	5.7	25	77	11	131	14	14	22	47	1.81
2068612--2068694	43	1.9	43	90	0	130	14	13	21	50	1.77
2071294--2071476	90	2.0	92	95	2	334	31	19	5	43	1.74
2072551--2072578	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
2072550--2072588	15	2.6	16	84	12	55	12	7	0	79	0.93
2080700--2080746	19	2.3	21	86	13	64	59	6	0	34	1.23
2089343--2089598	92	2.9	87	81	8	309	34	21	11	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2089726--2089832	20	5.5	20	71	9	71	65	2	0	31	1.07
2089764--2089817	10	5.5	10	82	4	56	66	1	0	31	1.02
2090001--2090208	10	21.7	9	64	20	59	26	3	3	65	1.25
2090272--2090474	90	2.3	88	86	5	282	36	9	18	35	1.83
2090305--2090497	90	2.2	90	86	3	266	33	9	16	39	1.82
2100567--2100616	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
2105410--2105728	156	2.0	156	82	1	379	31	11	23	32	1.91
2119748--2119772	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
2123289--2123353	25	2.6	25	81	16	82	60	1	0	38	1.07
2123290--2123357	22	3.0	23	82	10	77	58	1	0	39	1.07
2129519--2129625	49	2.3	46	86	4	142	45	13	11	29	1.77
2130514--2130580	31	2.2	30	84	10	82	28	17	8	44	1.79
2130528--2130602	32	2.4	31	78	10	80	29	16	10	44	1.81
2130464--2130649	91	2.1	90	82	5	223	25	14	11	48	1.77
2131967--2132014	25	2.0	25	84	8	64	27	22	29	20	1.99
2135926--2136002	37	2.1	36	92	2	127	18	23	27	31	1.97
2136908--2136973	23	2.8	24	79	2	80	27	15	18	39	1.90
2145560--2145616	30	1.9	29	82	10	71	31	3	7	57	1.42
2152350--2152385	17	2.1	17	94	0	63	41	2	16	38	1.63
2155919--2155973	28	2.0	28	85	3	76	32	0	7	60	1.24
2156773--2156878	10	11.4	9	70	15	65	66	2	0	31	1.06
2156773--2156870	37	2.6	37	76	12	94	66	3	0	30	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2156773--2156891	19	6.4	18	70	12	66	64	3	0	31	1.15
2156787--2156867	27	2.8	28	79	7	83	62	3	0	33	1.12
2157549--2157591	19	2.2	19	88	12	61	69	4	2	23	1.18
2160736--2160922	59	3.2	57	75	7	160	48	10	14	26	1.75
2161882--2161949	30	2.2	30	80	15	75	45	4	1	48	1.31
2161894--2161956	30	2.0	32	82	11	78	44	4	0	50	1.23
2164632--2164686	28	2.0	28	85	0	74	47	14	16	21	1.82
2164837--2164896	31	1.9	32	89	3	95	30	1	0	68	0.99
2164994--2165046	26	2.0	28	85	7	74	47	1	11	39	1.50
2189345--2189695	189	1.9	189	89	4	548	37	10	11	40	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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