genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  58  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17333114--17333166	20	2.7	20	87	0	70	32	26	7	33	1.84
17335751--17335777	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
17342124--17342149	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
17344113--17344149	3	12.7	3	88	5	58	37	0	32	29	1.58
17350765--17350841	27	2.9	27	88	7	104	23	18	24	33	1.96
17350765--17350862	27	3.6	27	83	5	81	23	20	24	31	1.98
17350879--17351008	26	5.0	26	77	0	134	28	20	20	31	1.97
17350879--17351029	26	5.7	27	76	9	107	27	19	20	31	1.97
17354992--17355050	30	2.0	30	82	0	73	27	28	28	15	1.96
17355761--17355815	24	2.3	24	80	0	65	16	41	12	29	1.85
17359486--17359526	21	2.0	21	85	9	57	73	4	2	19	1.13
17361529--17361563	18	1.9	18	94	0	61	17	14	22	45	1.84
17372298--17372597	38	7.9	38	87	1	395	30	18	20	31	1.96
17373412--17373523	17	6.6	17	85	0	152	25	24	32	18	1.97
17373412--17373523	51	2.2	51	91	0	188	25	24	32	18	1.97
17374136--17374179	23	1.9	23	95	0	79	15	6	9	68	1.38
17378649--17378696	18	2.6	19	77	9	55	39	22	20	16	1.92
17385231--17385273	17	2.5	17	84	0	50	16	9	16	58	1.63
17385242--17385300	17	3.4	18	80	15	63	15	10	18	55	1.67
17385781--17385966	62	3.0	62	95	0	336	26	20	25	27	1.99
17388950--17388985	17	2.2	16	90	5	54	58	2	2	36	1.27
17389434--17389480	25	1.9	25	86	4	69	61	0	6	31	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17392755--17392814	26	2.2	28	80	13	65	36	0	0	63	0.95
17392756--17392814	27	2.1	27	82	14	68	37	0	0	62	0.95
17393328--17393365	20	1.9	20	88	0	58	60	0	2	36	1.11
17393523--17393693	59	2.9	57	78	9	175	25	11	11	52	1.69
17393926--17394056	31	4.3	31	76	10	117	47	12	15	24	1.80
17393862--17394056	89	2.1	93	82	5	229	49	13	13	24	1.77
17397663--17398147	142	3.4	144	79	7	479	39	17	8	34	1.80
17397985--17398331	192	1.8	191	83	6	470	38	16	9	35	1.81
17401959--17402405	146	3.1	144	82	5	503	39	16	7	37	1.76
17402470--17403535	483	2.2	488	80	4	1195	38	16	12	32	1.86
17403850--17405231	709	2.0	706	86	3	1936	39	15	10	34	1.82
17405172--17405627	143	3.2	145	82	5	500	39	15	7	37	1.76
17405656--17406880	484	2.5	484	82	4	1485	39	16	11	32	1.84
17407030--17408439	707	2.0	705	86	2	1959	39	14	11	34	1.82
17408332--17408817	146	3.4	143	81	6	563	38	16	7	37	1.77
17410244--17411624	710	2.0	705	85	3	1909	39	15	11	33	1.82
17411544--17412003	143	3.2	142	80	8	461	39	16	8	35	1.79
17411544--17411993	146	3.1	141	80	6	460	39	17	8	34	1.79
17412008--17413261	483	2.6	484	82	5	1449	38	16	11	33	1.85
17414418--17414445	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
17414747--17415198	143	3.2	140	78	9	448	39	16	7	36	1.78
17416321--17416808	146	3.4	144	81	6	533	38	16	7	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17422059--17422434	206	1.8	206	84	2	513	39	17	9	33	1.81
17425815--17426353	143	3.9	139	78	8	431	39	14	8	37	1.76
17425951--17426384	143	3.0	140	83	5	480	38	14	9	37	1.79
17427143--17428053	143	6.5	143	74	10	676	39	14	10	35	1.81
17427326--17428148	416	2.0	416	83	3	1046	40	14	11	33	1.82
17428297--17428656	142	2.6	141	83	2	393	39	14	9	36	1.78
17428960--17429068	54	2.0	55	85	5	150	46	9	11	33	1.71
17429044--17429330	142	2.0	140	83	2	360	37	17	8	36	1.80
17429706--17429973	133	2.0	133	82	5	328	39	14	8	36	1.78
17431272--17431428	40	3.9	40	88	0	224	38	17	19	24	1.93
17437945--17437970	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
17443152--17443182	10	3.1	10	95	0	53	0	22	0	77	0.77
17443144--17443182	16	2.4	16	84	16	53	0	23	0	76	0.78
17451992--17452081	47	1.9	47	82	8	112	55	8	5	30	1.53
17452232--17452270	5	7.8	5	88	0	60	66	0	0	33	0.92
17452232--17452271	15	2.6	15	96	4	71	67	0	0	32	0.91
17453460--17454017	142	3.9	142	86	1	733	38	15	10	36	1.81
17460183--17460235	21	2.5	21	81	6	63	37	9	22	30	1.86
17463051--17463087	19	1.9	19	88	0	56	64	0	2	32	1.07
17463047--17463089	16	2.8	16	86	6	54	65	0	2	32	1.06
17465070--17465178	30	3.7	30	76	4	98	25	8	22	44	1.80
17465486--17465516	16	1.9	16	100	0	62	61	0	6	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17465498--17466020	141	3.7	141	79	4	493	40	14	8	36	1.78
17469004--17469062	29	2.0	29	83	0	73	23	11	28	35	1.91
17469154--17469250	49	2.0	49	91	0	158	28	15	7	48	1.71
17470489--17470748	126	2.0	126	83	5	322	23	18	23	35	1.96
17470822--17470894	31	2.3	32	79	9	78	26	8	0	65	1.20
17470959--17471056	29	3.3	30	77	17	96	28	10	0	61	1.29
17482013--17482347	143	2.3	143	85	3	451	38	16	8	36	1.80
17482627--17483134	143	3.6	141	81	4	572	40	15	8	34	1.79
17483327--17483802	142	3.4	140	82	5	491	40	15	7	35	1.77
17485972--17486016	15	2.9	16	77	12	58	53	6	13	26	1.64
17486215--17486276	30	2.1	30	90	0	97	35	27	1	35	1.67
17486228--17486361	60	2.2	59	78	12	139	31	25	5	38	1.78
17486428--17486487	30	2.0	30	83	9	77	21	16	8	53	1.69
17490101--17490749	143	4.6	144	82	6	741	40	15	8	35	1.78
17490101--17490750	284	2.3	283	84	3	804	40	15	8	35	1.78
17492530--17492578	22	2.2	22	92	0	80	34	20	8	36	1.82
17492539--17492586	22	2.2	22	88	0	69	41	25	4	29	1.74
17492719--17493166	143	3.2	140	80	6	492	36	16	9	37	1.81
17492749--17493156	141	2.9	138	81	6	426	37	16	9	37	1.81
17493724--17494085	142	2.5	141	84	3	447	39	14	9	35	1.80
17509061--17509473	142	2.9	142	85	5	537	38	15	9	35	1.80
17509814--17510214	143	2.9	140	79	7	424	40	13	7	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17509960--17510214	137	1.9	135	84	4	323	42	11	6	38	1.68
17510414--17510899	143	3.4	141	83	5	570	38	15	9	36	1.80
17515756--17516229	143	3.3	142	83	5	542	38	14	8	37	1.77
17516376--17516698	142	2.3	141	82	5	364	39	14	9	35	1.80
17519359--17519387	8	3.6	8	100	0	58	65	10	13	10	1.47
17526354--17526544	52	3.7	52	90	1	294	32	23	15	28	1.95
17526354--17526544	103	1.8	104	88	1	294	32	23	15	28	1.95
17527411--17527454	20	2.1	21	83	4	54	36	13	2	47	1.56
17530258--17530359	17	6.0	17	78	0	96	38	0	6	53	1.34
17530264--17530349	23	3.5	22	70	21	64	34	1	8	55	1.37
17531082--17531141	20	2.9	21	82	9	61	51	5	1	41	1.33
17532168--17532241	30	2.5	30	84	4	87	35	16	2	45	1.61
17532208--17532625	59	7.1	58	76	7	337	33	25	3	37	1.73
17532206--17532625	29	14.3	29	68	18	162	33	25	3	37	1.73
17532284--17532621	176	1.9	177	85	5	470	35	25	2	36	1.70
17532284--17532626	59	5.8	58	79	8	338	35	26	2	35	1.71
17532284--17532642	117	3.1	116	79	10	397	35	25	3	35	1.73
17539450--17540196	50	15.2	49	80	3	727	40	21	24	13	1.90
17539450--17540196	99	7.6	99	83	1	822	40	21	24	13	1.90
17540318--17540923	102	5.9	102	91	0	946	35	16	18	30	1.92
17540981--17541138	78	2.0	78	88	0	235	22	27	22	27	1.99
17541504--17541563	17	3.5	17	76	0	66	31	1	10	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17541504--17541573	34	2.1	34	86	0	95	35	1	8	54	1.40
17542296--17542355	20	2.9	21	82	9	61	51	5	1	41	1.33
17543398--17543556	30	5.4	29	76	13	112	30	27	3	38	1.72
17543429--17543723	29	10.1	28	72	17	146	32	26	4	36	1.75
17543427--17543829	59	6.9	58	79	7	327	32	26	5	35	1.80
17543561--17543844	29	9.8	29	70	16	144	33	27	6	33	1.82
17543506--17543829	117	2.8	118	83	4	363	33	26	6	33	1.81
17548149--17548323	52	3.4	52	92	0	296	31	22	16	29	1.96
17549208--17549251	20	2.1	21	83	4	54	34	13	4	47	1.63
17549707--17549764	21	2.8	21	79	10	73	22	37	20	18	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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