genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7541681--7541739	23	2.6	25	82	15	74	38	0	10	50	1.36
7551305--7551476	90	1.9	88	83	5	220	25	13	11	49	1.76
7551629--7551820	60	3.2	59	83	8	239	45	10	17	25	1.81
7551715--7551820	31	3.6	30	72	19	105	44	10	20	24	1.83
7551659--7551820	58	2.7	60	87	3	231	45	11	18	24	1.82
7561430--7561487	21	2.8	21	86	0	89	34	18	10	36	1.85
7563914--7563989	33	2.2	34	88	4	109	63	6	0	30	1.20
7565820--7565891	34	2.2	33	92	2	117	54	0	18	27	1.44
7571317--7571448	67	2.0	67	87	0	192	17	25	17	40	1.91
7572927--7573047	64	1.9	64	98	0	233	26	21	17	34	1.95
7578645--7578712	29	2.3	29	82	10	75	44	16	14	25	1.85
7578932--7578981	25	2.0	25	100	0	100	48	8	0	44	1.32
7581378--7581409	15	2.0	17	88	11	50	50	12	0	37	1.41
7583657--7583697	21	2.0	21	85	0	55	19	14	34	31	1.92
7585186--7585219	9	3.4	10	84	15	52	58	0	0	41	0.98
7585584--7585619	13	2.8	13	91	0	54	30	0	11	58	1.33
7595189--7595249	26	2.3	26	82	0	68	36	14	19	29	1.92
7600341--7600384	19	2.2	19	84	12	52	43	15	0	40	1.47
7608097--7608157	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
7621557--7621592	6	6.0	6	86	0	54	33	5	33	27	1.80
7621557--7621592	12	3.0	12	95	0	63	33	5	33	27	1.80
7621557--7621591	18	1.9	18	94	0	61	34	5	34	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7627937--7627991	7	7.9	7	81	0	65	21	21	25	30	1.98
7627937--7627990	21	2.6	21	87	0	81	22	20	25	31	1.98
7630443--7630490	3	16.0	3	86	0	69	31	4	2	62	1.26
7630908--7631242	51	6.8	49	67	20	146	45	3	7	43	1.51
7630901--7631407	148	3.4	147	85	4	630	44	3	9	42	1.54
7632157--7632276	58	2.1	58	87	6	172	32	0	20	47	1.50
7632497--7632542	23	2.0	23	82	0	56	34	19	15	30	1.93
7633109--7633151	16	2.6	16	85	7	50	18	9	2	69	1.26
7638825--7638926	37	2.8	37	78	1	116	29	17	17	35	1.93
7638868--7639227	98	3.5	103	79	8	342	30	21	17	29	1.96
7639727--7639778	26	2.0	26	88	0	77	48	0	7	44	1.31
7643535--7643566	10	3.2	10	95	0	55	12	6	0	81	0.87
7649632--7649674	17	2.7	15	85	10	50	2	23	0	74	0.93
7662979--7663038	28	2.1	28	82	11	70	25	30	15	30	1.95
7663121--7663168	18	2.9	16	74	14	53	27	25	25	22	2.00
7665253--7665290	17	2.4	17	91	8	62	60	0	5	34	1.19
7671993--7672073	28	2.9	28	83	3	101	18	27	23	30	1.98
7682691--7682740	21	2.4	21	100	0	100	36	16	10	38	1.82
7683013--7683037	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
7686164--7686218	18	2.6	23	72	24	66	5	21	25	47	1.72
7686151--7686218	18	3.1	23	74	20	65	5	20	22	51	1.68
7701408--7701488	28	2.9	28	84	0	108	20	18	20	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7701416--7701503	28	3.1	28	79	9	99	22	20	19	37	1.94
7701529--7701595	28	2.4	28	92	5	109	32	14	22	29	1.94
7706248--7708204	978	2.0	978	99	0	3851	31	13	16	39	1.87
7710564--7710684	64	1.9	64	89	0	188	39	5	16	38	1.73
7714111--7714177	35	1.9	35	90	0	107	46	11	14	26	1.80
7716381--7716429	17	2.8	18	84	3	64	16	4	4	75	1.11
7718421--7718448	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
7718603--7718648	24	1.9	24	86	8	67	34	13	19	32	1.90
7719412--7719456	17	2.8	16	83	6	54	33	4	0	62	1.15
7719408--7719456	16	3.1	16	80	13	57	30	4	0	65	1.11
7722222--7722277	24	2.5	23	82	8	71	48	5	28	17	1.69
7727948--7728074	23	5.4	23	84	5	148	44	22	22	11	1.83
7727907--7728050	69	2.1	68	84	12	186	44	20	22	13	1.85
7727923--7728074	48	3.2	46	75	10	146	43	21	23	11	1.85
7730588--7730652	28	2.2	29	86	5	87	29	4	26	40	1.76
7730597--7730974	29	12.8	29	72	10	203	34	3	25	36	1.75
7730626--7730913	59	4.9	59	78	3	267	34	3	25	37	1.72
7730829--7730966	59	2.3	60	81	9	151	38	5	23	32	1.77
7732080--7732140	10	5.9	10	73	7	50	34	1	4	59	1.29
7732763--7732836	17	4.3	17	73	10	69	54	8	5	32	1.53
7733173--7734247	201	5.3	201	86	2	1355	23	23	18	34	1.96
7733173--7734247	407	2.6	400	85	3	1436	23	23	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7734271--7734415	78	1.9	78	81	5	177	25	15	31	26	1.96
7734699--7735015	49	6.5	49	83	5	363	12	27	21	39	1.89
7734699--7734973	146	1.9	147	84	5	369	13	28	21	37	1.90
7734712--7734997	98	2.9	96	88	2	401	12	26	22	38	1.90
7736223--7736292	21	3.3	20	72	21	54	2	21	1	74	1.03
7737003--7737041	15	2.4	17	83	8	55	2	23	0	74	0.94
7739106--7739395	144	2.0	144	97	0	553	36	16	15	31	1.90
7741678--7741841	58	2.8	57	79	9	170	37	6	23	31	1.81
7741678--7741836	28	5.5	28	64	20	69	37	6	23	32	1.82
7741823--7741877	28	2.0	29	89	7	87	38	5	23	32	1.78
7741814--7742097	29	9.8	29	74	11	172	36	2	25	35	1.71
7741852--7742112	29	8.9	30	76	6	207	36	2	24	36	1.69
7741823--7742108	59	4.9	58	74	10	206	36	2	24	36	1.70
7741852--7742112	88	3.0	87	82	7	264	36	2	24	36	1.69
7743925--7744013	17	5.2	17	75	2	79	53	5	4	35	1.45
7743936--7744003	35	1.9	35	85	5	93	55	7	4	32	1.47
7748834--7748913	23	3.1	24	73	23	65	42	1	1	55	1.16
7748827--7748925	33	3.2	32	74	24	111	41	1	1	56	1.13
7748841--7748941	10	10.0	9	71	19	58	43	0	0	55	1.06
7748841--7748941	21	4.9	19	74	11	76	43	0	0	55	1.06
7749329--7749397	28	2.5	27	81	11	86	47	20	4	27	1.68
7755815--7756367	273	2.0	273	96	0	1025	37	7	20	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7757780--7757835	28	2.0	28	82	0	67	60	3	0	35	1.14
7758392--7758423	16	2.0	16	100	0	64	87	0	12	0	0.54
7759267--7759315	23	2.1	24	84	3	64	53	2	2	42	1.24
7762910--7762973	20	3.2	20	73	10	60	6	7	17	68	1.35
7762957--7763051	36	2.6	36	83	3	111	6	3	21	69	1.25
7762970--7763051	12	6.8	12	88	0	110	6	2	19	71	1.18
7763211--7763267	20	2.8	20	84	12	73	21	1	7	70	1.20
7772258--7772369	55	2.0	55	98	0	215	41	3	27	26	1.72
7773303--7773328	9	2.9	9	100	0	52	53	0	0	46	1.00
7775223--7775276	28	1.9	28	88	0	81	35	18	29	16	1.93
7775611--7775962	176	2.0	176	97	0	668	39	22	9	27	1.85
7786528--7786584	21	2.7	21	88	2	78	29	12	3	54	1.54
7789453--7789509	24	2.4	24	87	0	78	35	5	12	47	1.64
7803332--7803415	24	3.5	24	91	0	132	26	14	9	50	1.73
7811678--7811724	24	1.9	25	86	4	69	48	4	2	44	1.34
7821313--7821337	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7822218--7822284	30	2.2	31	83	2	82	31	8	13	46	1.74
7823131--7823179	24	2.0	24	84	7	64	44	0	0	55	0.99
7823179--7823203	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
7823234--7823284	16	3.2	16	73	13	52	50	0	1	47	1.12
7823133--7823305	84	2.1	83	80	8	192	43	1	5	49	1.35
7823962--7824028	26	2.6	25	80	4	62	55	1	4	38	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7824510--7824571	24	2.7	23	82	2	61	35	4	0	59	1.19
7828088--7828188	34	3.1	33	72	8	98	6	4	18	69	1.30
7828159--7828264	35	3.1	35	81	6	103	6	4	21	66	1.33
7828089--7828232	23	6.4	24	67	13	92	6	4	18	70	1.27
7829774--7830166	207	1.9	207	91	2	646	30	21	12	36	1.90
7834538--7834597	23	2.7	23	82	12	79	45	0	0	55	0.99
7834540--7834694	82	1.9	83	84	9	210	41	0	5	52	1.28
7834537--7834711	83	2.1	81	78	15	180	42	1	5	50	1.34
7834963--7835029	26	2.6	25	80	4	62	55	1	4	38	1.29
7835511--7835572	24	2.7	23	82	2	61	35	4	0	59	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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