genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  50  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14595052--14595363	30	10.5	29	82	7	351	36	1	25	36	1.64
14596754--14596826	17	4.7	16	73	21	75	52	2	0	45	1.15
14596754--14596827	6	13.0	6	73	21	61	51	2	0	45	1.15
14596752--14596820	29	2.5	28	81	6	95	53	2	0	43	1.15
14597414--14598128	39	18.3	38	70	15	284	25	18	31	25	1.97
14597438--14598134	78	8.9	78	79	5	638	25	18	30	24	1.98
14597449--14598129	156	4.4	156	84	2	830	25	18	31	24	1.98
14609939--14610013	29	2.6	29	91	0	123	38	4	21	36	1.72
14610018--14610197	30	6.1	29	80	3	180	38	2	23	36	1.67
14610025--14610197	59	2.9	59	81	2	222	38	2	23	35	1.68
14610018--14610205	89	2.1	88	82	2	216	38	2	23	35	1.67
14610022--14610219	30	6.7	29	75	9	134	38	2	25	33	1.70
14611851--14611914	6	11.0	6	75	18	55	50	6	0	43	1.27
14611877--14611912	17	2.1	17	94	0	63	61	2	0	36	1.11
14618283--14618564	37	7.6	37	84	0	348	31	31	22	14	1.94
14618273--14618564	74	3.9	74	84	1	388	32	30	22	14	1.94
14618286--14618564	111	2.5	111	86	1	407	32	31	22	14	1.93
14621009--14621042	9	3.8	9	92	0	50	47	14	11	26	1.79
14621006--14621042	18	2.1	18	94	0	65	48	13	10	27	1.75
14621090--14621149	30	2.0	30	87	6	86	23	36	0	40	1.55
14621246--14621285	20	2.0	20	90	4	64	25	35	0	40	1.56
14624816--14624846	6	5.2	6	100	0	62	35	32	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14628905--14628938	18	1.9	17	88	5	50	32	0	0	67	0.91
14629959--14630010	21	2.5	21	96	0	95	9	23	11	55	1.64
14636349--14636477	61	2.1	62	91	1	206	51	3	0	44	1.22
14636413--14636474	24	2.7	23	78	7	72	53	3	0	43	1.17
14636349--14636501	61	2.5	61	87	3	191	50	2	0	45	1.20
14637312--14637350	16	2.4	17	83	16	55	61	2	0	35	1.10
14637312--14637355	16	2.7	16	80	16	54	63	2	0	34	1.07
14640268--14640338	31	2.3	31	80	9	83	38	9	14	38	1.79
14649198--14649227	8	3.6	8	95	4	51	56	0	0	43	0.99
14652387--14652416	15	2.0	15	100	0	60	46	26	6	20	1.75
14652499--14652532	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
14652999--14653049	23	2.2	23	82	0	57	17	29	15	37	1.91
14653624--14653663	21	1.9	21	89	0	62	42	20	7	30	1.79
14654113--14654145	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
14655505--14655588	35	2.4	34	80	7	96	16	2	16	64	1.40
14656186--14656248	33	1.9	33	90	0	99	23	4	20	50	1.67
14658780--14658860	21	3.9	21	85	0	99	38	30	19	11	1.87
14658780--14658860	42	1.9	42	89	0	126	38	30	19	11	1.87
14659135--14659192	27	2.1	27	87	0	80	22	20	8	48	1.77
14660479--14660534	28	2.0	28	100	0	112	53	3	14	28	1.57
14662030--14662087	25	2.3	25	82	8	64	36	1	1	60	1.17
14669381--14669559	52	3.4	52	92	0	286	35	24	13	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14669454--14669535	26	3.2	26	62	19	62	37	23	9	29	1.87
14671176--14671289	40	2.8	40	90	2	167	39	14	21	24	1.91
14671304--14671405	41	2.5	41	98	0	195	27	23	29	19	1.98
14671304--14671431	41	3.1	41	88	2	132	28	25	25	20	1.99
14671420--14671515	42	2.3	42	85	0	120	25	21	20	32	1.98
14672088--14672421	168	2.0	168	89	1	517	29	15	22	31	1.95
14672454--14672575	27	4.4	29	76	10	87	59	2	5	31	1.34
14672530--14672576	12	3.9	12	80	8	51	63	0	4	31	1.13
14672529--14672574	15	3.3	14	82	14	51	65	0	4	30	1.12
14672598--14672731	29	4.4	29	73	18	103	55	2	0	41	1.17
14672598--14672703	23	4.9	23	77	18	95	53	1	0	43	1.18
14672602--14672663	17	3.9	17	73	26	73	58	0	0	41	0.98
14672602--14672665	6	11.0	6	72	12	53	57	0	0	42	0.98
14672811--14672882	21	3.4	21	86	0	108	9	44	9	36	1.70
14673076--14673731	336	1.9	338	94	1	1147	26	19	14	39	1.90
14675481--14675571	4	23.0	4	70	18	66	49	0	1	49	1.08
14675496--14675550	18	3.1	19	92	5	71	52	0	0	47	1.00
14675512--14675574	10	6.3	10	82	14	76	49	0	0	50	1.00
14675512--14675568	18	2.9	18	74	18	51	49	0	0	50	1.00
14675588--14675626	18	2.2	18	85	0	51	43	7	0	48	1.31
14675598--14675641	8	5.2	8	88	5	61	40	0	0	59	0.98
14681189--14681235	21	2.2	21	92	7	78	29	19	51	0	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14681189--14681245	21	2.7	21	86	10	64	31	17	49	1	1.57
14681671--14681943	42	6.5	42	83	1	285	25	17	26	30	1.98
14687081--14687122	21	2.0	21	95	0	75	26	4	4	64	1.33
14692568--14692708	75	1.9	75	88	2	212	29	11	2	56	1.48
14692568--14692724	75	2.1	75	85	2	208	29	12	2	55	1.50
14694588--14694786	30	6.7	30	76	9	142	36	3	25	35	1.71
14694588--14694713	60	2.1	59	91	4	200	34	3	26	35	1.73
14696398--14696555	85	1.9	85	83	2	210	27	23	12	36	1.91
14696394--14697131	208	3.6	207	83	4	853	24	21	16	37	1.93
14696394--14697131	209	3.6	206	83	3	858	24	21	16	37	1.93
14696945--14697292	158	2.2	159	84	2	448	24	22	17	36	1.94
14696742--14697492	367	2.0	366	85	2	1004	23	21	17	38	1.93
14697434--14697535	37	2.8	37	90	0	159	25	24	16	33	1.96
14697554--14697636	39	2.2	39	88	2	123	27	13	30	28	1.94
14697695--14698137	41	10.8	41	87	1	629	32	17	16	33	1.93
14698451--14698574	49	2.5	49	84	1	140	20	33	12	33	1.90
14703727--14703937	30	7.1	30	77	8	164	39	3	18	38	1.67
14705362--14705395	17	1.9	18	88	5	52	61	8	2	26	1.40
14707467--14707706	99	2.4	98	86	4	329	23	18	19	38	1.93
14709893--14710337	194	2.3	194	90	0	712	27	28	17	26	1.98
14713619--14713658	21	1.9	21	94	0	71	37	17	7	37	1.78
14721885--14721919	16	2.2	16	89	0	52	77	2	2	17	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14722329--14722392	30	2.2	30	86	8	87	32	10	4	51	1.58
14730054--14730333	132	2.1	132	94	0	506	20	26	26	26	1.99
14730187--14730491	158	1.9	158	91	2	497	20	26	25	26	1.99
14735287--14735390	38	2.7	38	81	8	106	30	18	21	29	1.97
14740113--14740192	28	2.9	28	78	10	83	40	11	28	20	1.86
14743242--14743356	54	2.1	54	86	0	158	36	16	23	23	1.94
14743278--14743409	54	2.5	54	79	12	130	35	13	24	26	1.93
14743504--14743646	30	4.8	30	84	3	198	18	13	25	41	1.87
14743837--14743974	30	4.6	30	77	0	116	20	14	26	39	1.91
14747049--14747081	17	1.9	17	93	0	57	15	18	15	51	1.77
14751951--14751984	17	2.0	17	94	0	59	14	17	14	52	1.74
14760551--14760636	39	2.2	39	87	10	131	36	4	24	34	1.76
14761500--14761524	13	1.9	13	100	0	50	32	32	8	28	1.86
14762310--14762367	26	2.1	28	84	6	75	41	3	1	53	1.28
14768219--14768282	29	2.2	28	80	5	65	29	14	15	40	1.86
14769426--14769515	44	2.0	44	85	4	119	46	3	11	38	1.56
14772105--14772168	23	2.8	23	76	9	76	23	14	14	48	1.79
14775164--14775255	23	4.0	23	88	1	139	47	15	3	33	1.61
14779558--14779627	23	3.0	23	70	25	67	51	15	11	21	1.75
14779556--14779665	46	2.4	45	84	6	132	49	16	8	26	1.73
14780166--14780204	18	2.2	18	85	0	51	28	0	10	61	1.28
14785198--14785242	17	2.6	17	78	0	54	17	17	13	51	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14794592--14794730	31	4.5	31	73	13	126	24	17	10	47	1.79
14794592--14794784	90	2.1	90	86	1	262	23	17	11	46	1.81
14794990--14795104	59	1.9	59	92	0	194	49	8	14	26	1.73
14794953--14795104	59	2.6	59	85	7	193	51	9	15	24	1.72
14795072--14795117	24	1.9	24	95	0	83	58	6	8	26	1.52
14797076--14797144	29	2.4	29	80	11	79	63	5	0	30	1.17
14797107--14797284	98	1.8	98	86	2	259	50	2	1	45	1.26
14797291--14797315	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
14797131--14797317	98	2.0	97	83	8	233	50	1	2	45	1.25
14798477--14798520	17	2.5	17	85	3	52	20	25	2	52	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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