genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  85  of  120  ( 14335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24675215--24675437	40	5.6	40	80	2	232	38	21	15	25	1.92
24675215--24675437	120	1.9	120	81	1	277	38	21	15	25	1.92
24675215--24675459	80	3.1	80	80	3	278	37	20	15	25	1.93
24678124--24678165	15	2.8	15	88	0	66	35	0	11	52	1.38
24678590--24678672	2	41.5	2	95	0	148	48	0	0	51	1.00
24692436--24692627	104	1.8	103	82	7	244	29	43	2	25	1.66
24693438--24693529	30	3.1	30	82	3	114	59	22	2	15	1.46
24693409--24693536	30	4.4	28	74	13	98	55	23	3	17	1.56
24708528--24708569	17	2.5	17	84	0	57	4	19	2	73	1.12
24710299--24710329	15	2.1	15	93	0	53	35	29	3	32	1.73
24710316--24710355	20	2.0	20	85	0	53	32	25	5	37	1.77
24710740--24710771	12	2.7	12	90	0	55	34	0	3	62	1.11
24713578--24713602	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
24715275--24715335	3	20.3	3	96	0	59	67	11	0	21	1.22
24717427--24717451	13	1.9	13	100	0	50	16	16	24	44	1.86
24719931--24720099	59	2.9	58	84	4	205	34	2	28	33	1.73
24720784--24720824	14	2.9	14	85	3	55	4	17	2	75	1.08
24721508--24721540	17	1.9	18	88	11	52	54	21	18	6	1.64
24723094--24723138	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
24723113--24723160	24	2.0	24	84	8	62	29	0	6	64	1.18
24723935--24723993	21	2.8	21	80	12	59	13	10	3	72	1.22
24725546--24725585	21	1.9	21	89	0	62	42	15	17	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24729584--24729638	12	4.7	12	75	18	53	18	3	0	78	0.90
24729595--24729637	17	2.5	17	82	14	52	18	4	0	76	0.95
24730321--24730512	107	1.8	105	80	6	235	38	13	22	26	1.90
24731083--24731127	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
24731920--24731978	21	2.8	21	82	12	59	13	10	3	72	1.22
24734641--24734670	15	2.0	15	93	0	51	40	3	0	56	1.16
24739750--24739796	23	2.0	23	83	0	58	29	14	17	38	1.89
24742519--24742555	9	4.3	9	83	13	51	32	0	0	67	0.91
24743137--24743187	24	2.1	24	96	0	93	29	21	9	39	1.85
24745465--24745555	35	2.7	33	79	8	94	54	1	4	39	1.27
24748012--24748868	427	2.0	424	91	2	1403	31	21	18	27	1.97
24748633--24749169	203	2.6	204	85	8	700	33	22	18	25	1.96
24754391--24754439	14	3.5	14	88	5	64	36	4	16	42	1.67
24754404--24754470	28	2.4	28	85	5	82	40	2	16	40	1.64
24754404--24754459	14	4.0	14	88	4	78	37	1	19	41	1.62
24754405--24754467	14	4.5	14	85	0	72	41	3	15	39	1.64
24757041--24757065	9	2.8	9	100	0	50	56	0	8	36	1.29
24761496--24761565	26	2.7	26	80	4	79	32	1	11	54	1.45
24764784--24764810	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
24770149--24770202	20	2.8	19	78	10	56	55	0	1	42	1.10
24770154--24770205	9	5.3	10	77	13	63	50	0	1	48	1.12
24770569--24770617	21	2.4	20	80	6	62	30	2	2	65	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24771414--24771497	30	3.0	27	75	19	73	30	8	1	59	1.34
24773884--24773946	26	2.5	25	89	5	99	49	3	22	25	1.65
24776733--24776772	20	2.0	21	85	5	55	25	0	22	52	1.47
24776862--24776905	14	3.1	14	83	0	52	31	0	18	50	1.47
24780096--24780461	49	7.5	48	76	4	336	17	24	18	39	1.92
24780111--24780464	98	3.6	98	89	0	510	17	25	18	38	1.92
24785364--24785652	144	2.0	144	100	0	578	25	27	15	31	1.95
24793789--24793828	21	1.9	21	85	10	55	15	22	37	25	1.93
24794134--24794180	18	2.6	18	86	6	51	14	27	36	21	1.93
24795995--24796058	21	3.0	21	72	14	60	37	1	0	60	1.06
24796697--24796730	14	2.4	14	86	13	52	23	0	0	76	0.79
24797097--24797128	16	2.0	16	100	0	64	31	6	18	43	1.75
24807117--24807166	17	2.9	18	91	8	86	58	0	0	42	0.98
24811229--24811298	31	2.3	31	79	0	77	25	5	14	54	1.62
24811682--24811747	31	2.2	31	83	8	82	30	15	13	40	1.85
24813036--24813060	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24814966--24814991	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
24819121--24819262	33	4.4	32	78	7	135	1	29	11	57	1.44
24819151--24819263	15	7.1	15	65	18	59	0	28	15	55	1.46
24819121--24819263	48	3.0	47	76	8	144	1	29	12	56	1.45
24819168--24819266	15	6.0	17	68	17	66	1	31	13	54	1.45
24819145--24819267	33	3.8	33	82	7	137	0	29	14	55	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24820487--24820522	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
24822527--24822559	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
24822684--24822728	15	2.9	15	84	12	56	53	2	0	44	1.13
24822922--24822969	12	4.2	12	80	17	50	54	0	0	45	0.99
24822907--24822964	15	3.7	15	81	6	62	51	3	0	44	1.18
24827956--24828173	29	7.4	29	82	3	249	33	2	28	36	1.70
24828151--24828225	30	2.5	30	82	2	98	41	1	24	33	1.63
24830285--24830708	99	4.3	98	77	7	365	15	30	17	36	1.91
24830360--24830863	149	3.4	148	80	6	488	15	30	16	37	1.90
24830626--24830809	99	1.9	99	90	0	296	15	33	19	32	1.92
24830293--24830763	198	2.4	198	81	4	531	14	31	17	36	1.90
24830288--24830813	50	10.6	50	74	9	306	14	31	17	36	1.90
24830634--24830863	99	2.3	99	82	4	259	16	31	16	35	1.91
24831698--24831791	46	2.0	46	100	0	188	17	17	17	48	1.81
24835018--24835071	23	2.3	23	87	0	72	11	27	20	40	1.86
24835060--24835161	45	2.3	45	87	3	143	12	23	27	36	1.91
24835060--24835161	22	4.5	22	87	3	141	12	23	27	36	1.91
24835986--24836027	10	4.0	10	82	11	57	42	2	0	54	1.13
24835986--24836047	6	11.2	6	70	16	53	41	3	1	53	1.27
24836001--24836047	17	2.8	17	84	12	62	42	4	2	51	1.33
24835987--24836032	22	2.1	22	100	0	92	43	4	0	52	1.21
24837894--24838035	29	5.0	27	77	16	110	38	26	1	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24837924--24838052	29	4.5	28	74	21	115	34	28	0	36	1.63
24837924--24838086	29	5.7	28	71	21	92	34	28	1	35	1.66
24837894--24838086	59	3.3	58	83	10	209	36	27	1	34	1.67
24842418--24842456	18	2.1	19	86	13	55	15	15	7	61	1.55
24842653--24842711	29	2.0	29	100	0	118	38	10	13	37	1.79
24844533--24844824	29	10.0	28	73	9	181	36	2	24	36	1.69
24844538--24844822	58	4.9	57	75	7	223	36	2	24	36	1.69
24844533--24844824	88	3.3	88	80	4	288	36	2	24	36	1.69
24851316--24851370	27	2.0	27	100	0	110	56	14	7	21	1.63
24852512--24852700	93	2.0	93	97	2	362	24	14	2	58	1.47
24852677--24852715	19	2.0	21	85	10	55	17	17	0	64	1.30
24852842--24852888	24	2.0	24	86	0	67	40	0	2	57	1.11
24858089--24858171	6	14.0	6	74	20	68	43	3	1	51	1.26
24858090--24858162	25	2.9	25	88	8	96	41	4	1	53	1.28
24860015--24860173	30	5.3	30	89	3	230	40	19	1	38	1.60
24860155--24860192	19	2.0	19	94	0	67	39	23	0	36	1.55
24860174--24860442	30	9.2	29	79	11	255	37	22	2	37	1.68
24860095--24860251	78	2.0	79	82	6	194	38	22	1	36	1.66
24860065--24860269	108	1.9	109	90	3	333	37	23	1	37	1.66
24860183--24860442	59	4.4	58	81	10	264	37	22	2	37	1.68
24860177--24860431	58	4.3	58	82	8	277	37	21	2	38	1.68
24860179--24860444	29	9.1	28	77	11	118	36	23	2	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24860359--24860465	30	3.6	29	73	12	83	36	27	0	35	1.63
24872163--24872757	68	8.6	68	93	2	895	33	15	19	31	1.93
24873059--24873109	16	3.2	16	84	13	70	39	1	1	56	1.22
24873048--24873126	27	3.0	25	87	5	86	39	3	2	54	1.32
24873909--24873935	10	2.7	10	100	0	54	92	7	0	0	0.38
24874965--24875267	30	10.2	30	82	7	343	39	20	2	36	1.68
24874965--24875296	59	5.6	58	79	11	320	38	21	3	36	1.69
24877406--24877431	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
24878159--24878207	26	2.0	24	88	8	71	30	0	2	67	1.02
24878810--24878845	19	1.9	19	88	5	56	66	2	2	27	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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