genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26002423--26002461	11	3.5	11	79	6	51	53	17	12	15	1.72
26002401--26002488	12	7.5	12	69	5	63	50	15	13	20	1.78
26002376--26002504	47	2.8	46	80	2	150	47	16	14	21	1.82
26007119--26007209	32	2.9	32	80	9	107	58	15	2	24	1.49
26007358--26007399	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
26007511--26007548	6	6.3	6	100	0	76	31	34	0	34	1.58
26016479--26016518	3	13.3	3	94	0	71	35	35	0	30	1.58
26019301--26019330	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
26020166--26020203	19	2.1	19	90	5	60	55	2	5	36	1.37
26020210--26020276	34	2.0	34	82	5	82	49	7	2	40	1.46
26022206--26022288	31	2.8	30	85	3	105	22	15	18	43	1.87
26034289--26034328	14	2.9	14	82	17	57	67	5	2	25	1.23
26034988--26035718	364	2.0	364	100	0	1462	40	10	15	33	1.81
26036246--26036291	14	2.9	16	78	21	60	41	0	4	54	1.20
26041914--26041948	18	1.9	18	94	0	61	37	11	17	34	1.85
26042698--26042747	21	2.3	20	86	10	64	66	0	6	28	1.15
26059929--26059982	21	2.7	21	77	13	60	48	1	1	48	1.23
26060179--26060213	18	2.0	18	88	5	54	34	2	5	57	1.37
26061289--26061318	15	1.9	16	93	6	53	26	30	0	43	1.55
26061246--26061380	73	1.9	73	83	6	177	31	28	0	39	1.62
26061323--26061447	54	2.3	53	82	8	146	24	37	2	36	1.68
26063662--26063695	16	2.1	16	88	5	50	52	2	11	32	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26068394--26068428	16	2.2	16	90	10	54	22	28	14	34	1.93
26075432--26075478	23	2.0	24	91	4	78	4	6	21	68	1.30
26075432--26075489	22	2.6	23	86	8	75	3	6	24	65	1.33
26075543--26075598	12	4.8	12	73	6	53	12	7	12	67	1.40
26075543--26075631	46	1.9	46	86	4	126	13	6	12	67	1.41
26079074--26079233	30	5.4	29	71	16	98	36	1	29	32	1.66
26079074--26079261	58	3.2	59	84	10	246	37	1	28	32	1.67
26079104--26079202	28	3.4	28	71	14	85	36	0	31	32	1.58
26079221--26079343	30	4.1	29	75	8	104	39	3	21	35	1.69
26079228--26079342	60	1.9	59	84	5	151	38	3	20	37	1.70
26080966--26081003	14	2.7	14	84	8	51	31	5	13	50	1.63
26081001--26081125	17	7.3	17	84	4	162	55	4	0	40	1.24
26081017--26081097	6	14.0	6	75	12	71	55	3	1	39	1.25
26081018--26081114	11	8.4	12	72	15	71	55	5	1	38	1.29
26081018--26081125	23	4.7	24	73	12	93	56	4	0	37	1.26
26081729--26084073	92	25.7	92	92	2	3676	29	18	19	32	1.96
26082225--26083840	40	35.4	41	64	24	210	29	18	19	32	1.96
26083089--26084078	40	21.4	51	63	28	322	29	18	19	32	1.96
26081729--26084081	183	12.9	183	91	2	3668	29	18	19	32	1.96
26084174--26084397	101	2.2	101	82	3	263	12	22	20	43	1.86
26090996--26091249	58	4.3	59	88	3	363	34	1	31	32	1.68
26091034--26091249	29	7.5	28	71	20	117	34	1	30	33	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26091151--26091310	30	5.4	29	73	14	105	36	2	25	36	1.69
26091002--26091242	117	2.1	118	92	3	407	35	1	30	32	1.68
26091209--26091331	30	4.1	30	81	8	135	39	4	21	34	1.73
26091216--26091330	60	1.9	59	84	5	151	37	4	21	36	1.74
26092945--26092982	14	2.7	14	84	8	51	31	5	13	50	1.63
26092980--26093087	17	6.3	17	82	5	128	54	3	1	39	1.29
26093010--26093089	23	3.5	23	78	10	76	56	5	1	37	1.29
26092996--26093059	6	11.0	6	74	12	53	54	4	1	39	1.31
26094103--26094145	19	2.3	19	84	8	52	44	2	2	51	1.27
26094911--26094970	27	2.1	29	81	6	70	66	0	8	25	1.19
26098679--26098723	23	2.0	23	86	0	63	24	4	4	66	1.29
26100346--26100445	10	10.9	9	69	16	71	30	7	1	62	1.28
26100358--26100475	19	6.4	17	74	17	60	24	7	2	65	1.32
26100421--26100477	29	1.9	29	85	3	78	21	5	3	70	1.22
26102752--26102783	6	5.3	6	100	0	64	0	15	0	84	0.63
26105538--26105720	42	4.3	42	86	3	233	30	30	16	23	1.96
26108390--26108472	38	2.3	38	87	6	118	36	0	6	57	1.23
26108390--26108448	17	3.3	18	73	7	66	30	0	6	62	1.21
26108542--26108656	41	2.8	41	84	3	126	22	25	20	31	1.98
26113356--26113937	289	2.0	289	97	0	1092	30	15	24	29	1.96
26114152--26114184	1	33.0	1	93	0	57	3	0	96	0	0.20
26118307--26118379	28	2.6	28	84	0	92	34	24	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26118423--26118571	28	5.3	29	79	10	166	32	25	17	24	1.97
26118423--26118571	57	2.7	56	78	10	162	32	25	17	24	1.97
26118395--26118571	84	2.1	85	89	1	266	34	24	16	24	1.95
26123138--26123209	16	4.5	16	85	3	101	38	5	29	26	1.79
26123139--26123209	32	2.2	32	92	0	115	39	5	28	26	1.79
26123388--26123502	10	11.6	10	68	18	71	51	1	0	46	1.11
26123378--26123495	57	2.1	58	90	4	186	50	1	0	48	1.11
26125193--26125226	8	4.4	8	85	7	52	32	0	0	67	0.91
26129936--26129980	2	22.5	2	95	0	72	46	0	53	0	1.00
26131006--26131042	18	2.1	18	89	0	56	48	2	5	43	1.40
26132321--26132463	42	3.4	42	82	2	164	39	15	17	27	1.90
26134715--26134749	13	2.7	13	95	0	61	48	2	0	48	1.16
26143184--26143216	10	3.3	10	84	16	50	39	0	0	60	0.97
26149101--26149134	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
26160332--26160370	17	2.3	17	86	8	53	61	0	38	0	0.96
26174728--26174763	13	2.8	13	91	8	56	25	5	11	58	1.54
26176817--26176858	2	21.0	2	90	0	66	45	0	4	50	1.23
26181701--26181744	19	2.3	19	84	0	52	45	15	11	27	1.81
26182137--26182261	38	3.4	38	69	24	115	22	25	0	51	1.54
26182163--26182274	33	3.2	33	72	20	120	29	25	0	43	1.61
26182130--26182274	71	2.0	71	95	0	263	26	24	2	46	1.63
26182161--26182274	38	3.1	38	68	16	123	28	26	0	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26183695--26183926	40	5.8	40	72	10	136	26	18	22	32	1.97
26183716--26183971	80	3.2	80	86	1	345	26	17	24	31	1.97
26183756--26183967	39	5.3	38	68	18	112	25	18	24	31	1.98
26184007--26184111	50	2.1	50	83	0	129	20	22	19	37	1.95
26184024--26184128	50	2.1	50	87	0	156	19	21	20	39	1.93
26184035--26184150	50	2.3	50	81	0	133	19	21	19	38	1.93
26196124--26196238	33	3.1	38	67	21	91	24	25	1	48	1.60
26196124--26196248	38	3.4	37	68	20	91	22	25	1	50	1.58
26196149--26196261	33	3.3	33	71	20	113	29	25	1	43	1.65
26196118--26196261	71	2.0	71	91	0	234	25	25	2	46	1.66
26196150--26196261	38	3.1	37	63	21	92	28	25	1	43	1.65
26197075--26197119	17	2.6	17	82	6	56	17	6	2	73	1.15
26199553--26199587	18	1.9	18	100	0	70	68	0	5	25	1.11
26200666--26200702	18	2.1	18	89	0	56	29	24	24	21	1.99
26200790--26200832	16	2.8	16	78	3	52	20	2	32	44	1.65
26207707--26207760	19	2.8	20	77	13	58	64	0	3	31	1.11
26208091--26208144	8	6.8	8	78	18	51	24	0	1	74	0.92
26208091--26208136	18	2.7	18	83	9	62	23	0	2	73	0.94
26208136--26208194	21	2.8	21	76	2	64	44	0	6	49	1.29
26208791--26208824	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
26213956--26214003	19	2.7	17	81	9	51	52	0	14	33	1.42
26213972--26214011	19	2.1	19	85	0	53	52	0	15	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26214223--26214248	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
26214643--26214668	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
26216412--26216478	30	2.4	28	79	16	75	41	1	2	53	1.25
26217258--26217318	31	2.0	31	87	6	88	42	6	0	50	1.28
26222778--26222824	24	2.0	24	87	4	69	57	2	0	40	1.11
26223892--26223989	45	2.2	45	88	5	153	29	15	13	41	1.85
26230022--26230062	22	1.9	21	90	5	64	70	0	26	2	0.99
26230369--26230444	27	2.8	27	72	7	82	44	3	9	42	1.55
26232650--26232675	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
26232738--26232778	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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