genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032249.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37252039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2446144--2446198	15	3.6	15	76	13	58	65	1	0	32	1.03
2446466--2446644	10	18.8	9	67	16	76	58	5	0	35	1.26
2447000--2447206	10	21.4	9	66	23	52	32	2	5	59	1.33
2447089--2447147	21	2.9	19	78	14	57	40	1	5	52	1.33
2447156--2447208	19	2.9	18	76	13	54	33	1	3	60	1.26
2447156--2447206	20	2.7	19	84	6	59	31	1	3	62	1.24
2448183--2448219	18	2.1	18	100	0	74	43	5	16	35	1.71
2461459--2461495	18	2.1	18	89	0	56	21	13	8	56	1.63
2461929--2462266	49	6.9	49	69	8	195	39	18	24	18	1.92
2461928--2462366	98	4.5	98	80	3	474	39	18	23	18	1.92
2463176--2463215	16	2.5	16	83	0	53	7	52	15	25	1.68
2463659--2463696	19	1.9	19	89	5	58	57	2	18	21	1.52
2469106--2469131	12	2.2	12	100	0	52	46	7	7	38	1.61
2474449--2474481	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2479081--2479171	31	2.9	31	83	0	119	57	5	1	36	1.29
2479081--2479215	62	2.2	63	80	6	141	53	4	0	41	1.26
2482366--2482410	6	7.7	6	95	2	74	11	15	0	73	1.10
2492805--2492879	38	2.0	38	100	0	150	45	13	9	32	1.75
2495875--2495924	23	2.1	25	85	7	68	28	20	16	36	1.93
2498310--2498339	3	10.0	3	100	0	60	66	33	0	0	0.92
2506593--2506662	17	3.9	17	90	7	95	35	8	12	42	1.74
2508681--2508747	31	2.2	31	86	2	91	52	16	10	20	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509830--2509896	30	2.2	31	83	2	82	20	16	17	44	1.86
2509986--2510052	31	2.2	31	91	2	109	25	11	23	38	1.89
2512413--2512601	97	2.0	96	85	3	254	38	14	16	30	1.89
2512909--2513030	29	4.2	29	72	8	95	34	3	23	38	1.71
2512909--2513030	59	2.1	58	83	7	149	34	3	23	38	1.71
2513379--2513927	274	2.0	274	99	0	1089	27	21	17	32	1.96
2514517--2514562	22	2.1	22	88	8	67	41	2	2	54	1.25
2515227--2515283	17	3.4	17	80	0	78	54	1	5	38	1.33
2515229--2515284	11	5.0	11	72	12	51	57	1	5	35	1.32
2515227--2515297	34	2.1	34	86	5	99	52	2	5	39	1.40
2521843--2521892	16	3.3	15	74	17	50	32	4	2	62	1.25
2526409--2526450	22	1.9	22	85	9	59	52	4	11	30	1.59
2533834--2533890	17	3.4	16	75	20	53	71	3	0	24	1.01
2533823--2533887	11	5.7	11	72	13	51	69	3	1	26	1.12
2556450--2556478	13	2.2	13	100	0	58	31	13	13	41	1.84
2560057--2560092	17	2.1	17	94	0	63	44	0	13	41	1.44
2560524--2560585	23	2.6	24	85	7	74	56	3	0	40	1.15
2560715--2560745	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
2562917--2562941	12	2.1	12	100	0	50	60	24	0	16	1.36
2563112--2563553	196	2.3	196	80	5	495	25	24	20	29	1.99
2564037--2564068	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
2566050--2566082	16	2.1	16	88	11	50	63	24	6	6	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2566606--2566657	20	2.6	20	84	0	68	32	11	28	26	1.91
2584000--2584059	25	2.4	25	83	11	77	50	3	1	45	1.28
2583994--2584058	22	3.0	20	74	23	60	50	6	1	41	1.36
2584082--2584125	19	2.4	18	85	11	54	47	2	0	50	1.13
2584380--2585159	389	2.0	390	99	0	1544	35	16	14	33	1.89
2587114--2587215	29	3.5	29	85	2	125	21	30	27	20	1.98
2587114--2587228	29	4.0	29	85	2	124	22	30	26	20	1.98
2588326--2588408	43	1.9	44	82	7	107	22	31	22	22	1.99
2591521--2591863	29	11.6	28	69	18	132	36	1	27	34	1.65
2591585--2591865	29	9.5	30	69	21	150	36	0	28	34	1.63
2591489--2591872	59	6.5	59	87	4	481	34	1	28	34	1.66
2593916--2593978	16	3.8	17	75	6	67	55	4	0	39	1.21
2593900--2593971	27	2.7	27	77	0	72	52	4	1	41	1.29
2594820--2594937	29	4.1	29	83	4	139	22	29	27	21	1.99
2599422--2599462	16	2.6	16	92	0	64	24	14	26	34	1.94
2599422--2599465	20	2.2	20	100	0	88	25	13	25	36	1.92
2599424--2599458	4	8.8	4	93	0	52	25	17	25	31	1.97
2600175--2600232	18	3.2	18	73	20	50	60	8	1	29	1.36
2600182--2600235	28	1.9	28	82	14	67	57	9	1	31	1.41
2608029--2608075	23	2.0	23	84	12	60	51	4	0	44	1.21
2613741--2613820	12	7.3	11	72	13	58	73	18	1	6	1.11
2613718--2613823	24	4.8	21	74	13	79	71	17	0	9	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2613728--2613823	44	2.2	45	85	9	126	71	17	1	9	1.17
2613761--2613907	21	6.7	24	74	15	81	68	19	4	8	1.34
2613794--2613875	21	3.7	21	84	11	92	67	18	6	8	1.38
2613817--2613949	54	2.5	53	82	6	135	66	18	6	9	1.42
2613791--2613964	75	2.3	76	84	5	224	64	20	6	8	1.43
2615595--2615629	17	2.1	17	89	10	54	68	0	0	31	0.90
2616056--2616100	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
2617583--2617641	19	3.0	19	71	21	50	54	5	5	35	1.45
2618388--2618421	16	2.1	16	88	5	50	14	11	11	61	1.56
2621723--2621752	7	4.3	7	95	0	51	60	10	0	30	1.30
2622346--2622375	3	10.0	3	92	0	51	33	3	33	30	1.74
2631104--2633004	948	2.0	948	100	0	3802	36	15	15	31	1.90
2634386--2634419	13	2.5	14	85	9	52	23	0	0	76	0.79
2657268--2657324	25	2.2	26	82	14	66	63	3	1	31	1.22
2658239--2658364	59	2.2	58	81	4	137	44	10	16	28	1.81
2660693--2660717	13	1.9	13	100	0	50	64	0	36	0	0.94
2660693--2660727	18	2.0	17	94	5	61	62	0	37	0	0.95
2667031--2667072	21	2.0	21	81	9	50	69	2	2	26	1.13
2667053--2667094	8	4.9	9	80	19	54	64	0	0	35	0.94
2667036--2667094	17	3.7	16	78	13	59	66	0	1	32	1.02
2667778--2667802	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2668259--2668332	26	2.8	26	74	11	71	22	10	14	51	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2668711--2668791	33	2.7	32	74	20	93	58	12	12	17	1.64
2669740--2669789	2	24.5	2	91	4	82	50	2	2	46	1.24
2675065--2675186	60	2.0	60	91	0	199	33	14	12	39	1.84
2677316--2677346	16	1.9	16	93	0	53	38	22	0	38	1.54
2678073--2678124	27	1.9	27	84	0	68	50	5	9	34	1.59
2685935--2685975	3	14.0	3	85	14	59	68	0	2	29	1.03
2687874--2687923	21	2.4	21	83	3	57	70	2	0	28	0.99
2692644--2692688	21	2.0	22	84	16	58	33	11	4	51	1.58
2696096--2696167	30	2.4	30	83	6	83	47	16	13	22	1.82
2697466--2697537	30	2.4	31	85	2	92	20	15	18	45	1.85
2703112--2703151	20	2.0	20	90	0	62	30	17	12	40	1.86
2705011--2705076	31	2.1	31	94	0	114	9	12	18	60	1.57
2706218--2706242	11	2.3	11	100	0	50	32	20	0	48	1.50
2707013--2707051	16	2.4	17	86	4	53	17	2	5	74	1.12
2707559--2707600	22	1.9	22	85	9	59	7	23	11	57	1.59
2712264--2712311	26	1.9	25	83	8	62	60	6	2	31	1.33
2727333--2727477	71	2.1	71	83	7	192	44	0	4	51	1.26
2730241--2730317	31	2.5	30	85	12	102	32	7	1	58	1.35
2731687--2731788	53	1.9	53	84	7	136	32	34	13	19	1.91
2735451--2735539	43	2.0	44	84	2	117	51	8	5	33	1.57
2735904--2735965	29	2.1	29	91	5	99	43	12	3	40	1.59
2735957--2735995	12	3.2	12	82	10	53	66	2	0	30	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2736880--2736928	20	2.4	21	80	16	59	40	2	6	51	1.38
2737405--2737443	20	2.0	20	94	0	69	48	12	10	28	1.74
2740948--2740994	26	1.9	26	83	12	64	65	8	10	14	1.45
2743545--2744069	174	3.0	174	93	0	865	27	20	16	34	1.95
2748983--2749032	4	12.2	4	91	4	73	68	0	32	0	0.90
2751905--2751987	28	3.0	28	73	3	78	26	4	22	45	1.72
2754668--2754742	23	3.3	23	78	10	82	9	24	21	45	1.81
2760996--2761070	23	3.3	23	78	10	82	10	24	20	45	1.82
2771285--2771344	15	3.9	15	71	18	52	43	0	1	55	1.10
2771301--2771368	30	2.3	28	78	11	73	41	0	8	50	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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