genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2093140--2093181	8	5.1	8	94	2	57	57	0	2	40	1.12
2093145--2093182	2	19.0	2	88	0	58	55	0	0	44	0.99
2095145--2095181	19	2.0	19	89	5	58	56	2	2	37	1.28
2095178--2095213	18	1.9	19	88	5	56	44	2	5	47	1.41
2096287--2096328	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2096327--2096374	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
2096981--2097023	19	2.2	20	84	12	54	53	4	0	41	1.21
2098210--2098239	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2098237--2098270	4	8.5	4	100	0	68	26	0	0	73	0.83
2098319--2098348	13	2.3	13	94	0	51	6	23	13	56	1.60
2098742--2098989	122	2.0	123	91	4	403	39	5	12	41	1.67
2099946--2099982	19	2.0	19	89	5	58	56	2	2	37	1.28
2099979--2100014	18	1.9	19	88	5	56	47	0	5	47	1.25
2101089--2101113	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2101209--2101239	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2103012--2103037	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2103752--2103786	19	1.9	19	88	11	56	54	0	0	45	0.99
2104263--2104298	16	2.2	17	95	5	65	58	5	5	30	1.44
2105323--2105360	19	2.0	20	84	5	51	52	2	2	42	1.29
2105515--2105558	17	2.6	17	77	0	52	47	0	2	50	1.13
2105536--2105585	24	2.2	24	82	10	61	42	4	0	54	1.19
2106640--2106670	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106680--2106710	3	10.7	3	93	6	55	35	0	0	64	0.94
2108460--2108486	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2109779--2109814	16	2.2	17	95	5	65	58	5	5	30	1.44
2110840--2110877	19	2.0	20	84	5	51	52	2	2	42	1.29
2111031--2111074	17	2.6	17	77	0	52	47	0	2	50	1.13
2111052--2111101	24	2.2	24	82	10	61	42	4	0	54	1.19
2112154--2112190	3	12.3	3	94	0	65	64	0	2	32	1.07
2114054--2114081	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2115297--2115331	16	2.1	17	94	5	63	60	5	5	28	1.43
2116339--2116376	19	2.0	20	84	5	51	52	2	2	42	1.29
2116529--2116572	17	2.6	17	77	0	52	47	0	2	50	1.13
2116550--2116599	24	2.2	24	82	10	61	42	4	0	54	1.19
2117223--2117257	17	2.1	17	89	5	54	57	5	8	28	1.52
2117649--2117685	3	12.3	3	94	0	65	64	0	2	32	1.07
2118314--2118356	19	2.2	20	84	12	54	53	4	0	41	1.21
2119449--2119473	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2121857--2121894	19	2.0	20	84	5	51	52	2	2	42	1.29
2122049--2122092	17	2.6	17	77	0	52	47	0	2	50	1.13
2122070--2122119	24	2.2	24	82	10	61	42	4	0	54	1.19
2122413--2122444	13	2.5	13	95	5	57	53	6	6	34	1.51
2123185--2123215	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2123221--2123265	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128175--2128208	5	6.6	5	93	6	59	20	0	0	79	0.73
2128175--2128214	10	3.8	11	93	3	57	20	0	2	77	0.88
2128788--2128825	20	2.0	19	85	10	51	65	15	2	15	1.38
2129979--2130303	157	2.0	162	93	2	561	48	11	8	31	1.69
2130740--2130858	59	2.0	58	82	9	143	56	20	4	19	1.58
2132512--2132625	44	2.6	43	88	2	174	22	14	16	46	1.83
2133313--2133364	11	4.5	11	80	17	52	25	1	0	73	0.94
2138090--2138128	12	3.4	11	92	7	60	87	2	10	0	0.65
2138090--2138128	13	3.1	13	88	3	53	87	2	10	0	0.65
2138973--2139200	49	4.6	49	76	8	185	33	12	13	40	1.83
2139038--2139301	49	5.2	51	76	11	188	31	12	15	40	1.84
2139629--2139695	28	2.4	28	80	5	73	25	16	20	37	1.93
2140661--2140707	24	2.0	22	84	8	58	31	2	2	63	1.18
2142621--2142682	27	2.3	27	83	2	72	56	3	0	40	1.15
2143215--2143252	12	3.1	12	88	3	58	63	0	2	34	1.09
2155994--2156029	17	2.2	17	90	5	56	38	0	5	55	1.23
2159268--2159292	12	2.1	12	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2160648--2160694	23	2.0	24	91	4	78	53	21	12	12	1.72
2169205--2169260	25	2.3	23	82	11	67	50	0	3	46	1.19
2171426--2171476	23	2.3	23	86	3	68	33	13	3	49	1.61
2172050--2172098	19	2.8	17	82	14	64	34	0	0	65	0.93
2173610--2173649	17	2.4	17	78	0	53	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173627--2173669	22	2.0	22	90	0	68	48	2	0	48	1.14
2175732--2175780	20	2.4	20	80	12	55	38	2	0	59	1.09
2176268--2176311	20	2.2	20	84	8	54	43	9	0	47	1.35
2181719--2181764	24	1.9	24	86	0	65	47	2	6	43	1.41
2182329--2182363	18	1.9	18	94	0	61	60	2	0	37	1.12
2182368--2182417	18	2.9	16	77	8	55	52	4	2	42	1.31
2182408--2182448	22	1.9	21	90	5	64	68	2	2	26	1.15
2182451--2182498	20	2.5	20	80	10	55	41	6	0	52	1.27
2182451--2182527	18	4.1	20	73	11	63	49	5	0	45	1.24
2182432--2182558	18	6.8	18	69	13	62	54	4	0	40	1.27
2182490--2182590	18	5.3	19	71	12	82	57	3	0	37	1.24
2182433--2182596	56	2.9	57	76	9	140	54	4	0	40	1.24
2182490--2182587	9	10.4	10	71	14	66	58	4	1	36	1.24
2182471--2182587	18	6.3	18	71	14	60	54	5	0	39	1.28
2182498--2182627	9	14.1	9	66	13	50	58	3	2	36	1.26
2182794--2182914	29	4.1	27	69	20	91	61	3	2	32	1.25
2184574--2184788	113	1.9	112	91	0	349	26	16	13	43	1.85
2185789--2185820	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2191517--2191560	23	2.0	23	90	4	72	47	6	4	40	1.50
2194609--2194649	8	5.0	8	93	3	55	56	0	2	41	1.13
2194614--2194649	2	18.0	2	88	0	54	55	0	0	44	0.99
2194978--2195029	21	2.5	20	79	14	61	67	0	1	30	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195758--2195784	13	2.1	13	100	0	54	0	7	14	77	0.97
2195758--2195786	14	2.1	14	93	6	51	0	6	17	75	1.01
2198459--2198627	84	2.0	84	96	0	311	36	17	24	21	1.95
2198830--2198964	68	2.0	67	82	7	166	34	5	14	45	1.67
2203410--2203476	32	2.1	33	88	8	102	22	13	29	34	1.92
2206990--2207063	33	2.2	33	100	0	148	28	33	6	31	1.83
2208336--2208411	25	2.9	25	74	14	64	34	2	0	63	1.09
2223193--2223225	17	1.9	17	100	0	66	54	24	6	15	1.63
2225046--2225092	24	2.0	24	87	8	69	27	12	12	46	1.78
2228386--2228429	22	2.0	22	86	0	61	36	6	9	47	1.62
2229004--2229038	15	2.3	15	90	0	52	25	2	22	48	1.64
2234407--2234462	21	2.7	20	74	17	60	25	35	5	33	1.79
2236515--2236563	25	2.0	25	91	0	80	30	18	10	40	1.84
2243811--2243862	15	3.3	15	81	8	59	78	0	13	7	0.94
2244385--2244414	15	2.0	15	100	0	60	46	6	6	40	1.56
2244715--2244745	14	2.2	14	94	0	53	38	0	3	58	1.15
2250651--2250714	12	5.5	12	70	20	55	39	0	1	59	1.07
2250651--2250724	23	3.2	22	76	16	78	39	1	1	58	1.15
2251941--2251972	14	2.1	16	88	11	50	53	15	18	12	1.73
2254175--2254214	19	2.2	18	86	13	55	75	0	0	25	0.81
2255088--2255128	18	2.3	18	87	8	57	41	4	43	9	1.59
2267713--2267740	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2269756--2269784	11	2.5	12	88	11	51	48	6	6	37	1.57
2271541--2271580	19	2.1	19	90	0	62	42	17	2	37	1.63
2272166--2272219	26	2.0	27	89	3	83	42	11	16	29	1.83
2273579--2273615	15	2.4	16	78	17	51	48	0	5	45	1.25
2273589--2273629	21	2.0	21	85	0	55	48	2	2	46	1.28
2276092--2276125	9	3.6	9	85	14	50	64	0	0	35	0.94
2276477--2276512	18	1.9	19	88	5	56	36	5	13	44	1.68
2276593--2276634	10	4.2	10	79	11	50	38	0	2	59	1.10
2284351--2284689	170	2.0	171	90	3	538	35	21	10	32	1.88
2287492--2287543	27	1.9	27	84	7	70	53	3	0	42	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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