genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2464835--2466399	333	4.7	332	86	2	2000	36	12	14	36	1.83
2470851--2470917	28	2.4	29	73	14	70	38	1	1	58	1.17
2471368--2471407	11	3.8	11	80	12	57	15	7	0	77	0.98
2471367--2471412	20	2.3	20	85	7	67	13	6	0	80	0.89
2475349--2475380	17	1.9	16	93	6	55	62	0	0	37	0.95
2481033--2481057	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2482825--2482865	2	20.5	2	100	0	82	51	48	0	0	1.00
2484641--2484667	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2490453--2490511	18	3.6	17	72	23	63	55	1	0	42	1.09
2490460--2490509	15	3.3	15	80	5	64	54	2	0	44	1.11
2491208--2491254	18	2.5	18	80	13	51	17	4	4	74	1.14
2491707--2491766	24	2.5	24	83	8	77	75	3	6	15	1.15
2493073--2493151	34	2.3	34	82	0	104	36	15	15	32	1.88
2505486--2505512	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2505840--2505884	22	2.0	22	91	0	72	28	40	6	24	1.80
2506488--2506575	19	4.8	19	76	13	71	44	1	0	54	1.07
2506510--2506574	16	3.8	16	75	20	60	47	0	0	52	1.00
2516589--2516641	22	2.4	22	84	9	63	20	5	1	71	1.16
2518637--2518686	25	2.0	26	84	4	66	12	4	12	72	1.26
2518721--2519013	58	5.0	58	86	5	392	46	7	12	34	1.69
2518743--2519013	117	2.3	116	88	5	404	44	7	12	35	1.70
2519861--2520435	161	3.6	161	81	6	639	32	11	15	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2521623--2521655	13	2.6	13	90	4	50	72	0	0	27	0.85
2521724--2521815	33	2.8	34	77	8	100	36	17	10	34	1.85
2524620--2524669	23	2.2	23	82	7	57	40	0	2	58	1.10
2529566--2529603	17	2.2	17	86	9	51	47	5	2	44	1.39
2531128--2531160	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
2532562--2532636	30	2.4	29	77	14	71	61	4	2	32	1.28
2533608--2533641	3	11.3	3	87	0	50	61	0	5	32	1.20
2533773--2534029	44	5.8	44	79	5	250	40	14	13	31	1.84
2533760--2534061	132	2.3	131	83	3	374	39	14	14	30	1.87
2533833--2534067	44	5.4	44	84	2	249	41	15	14	29	1.86
2534033--2534160	47	2.7	47	85	1	166	41	20	11	26	1.86
2534095--2534240	78	1.9	78	94	0	256	40	19	12	27	1.88
2534170--2534289	49	2.5	49	82	2	136	39	18	13	29	1.88
2534047--2534289	127	1.9	126	84	2	326	41	18	11	27	1.86
2534618--2534770	75	2.1	74	91	3	245	19	16	9	54	1.68
2545484--2545528	18	2.5	17	86	10	63	11	4	6	77	1.09
2548192--2548230	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
2553096--2553147	12	4.5	11	76	7	50	44	1	0	53	1.11
2553110--2553171	30	2.1	30	82	11	74	51	1	0	46	1.10
2553115--2553177	29	2.3	27	77	20	67	50	1	0	47	1.10
2553167--2553206	20	2.1	18	86	9	53	35	0	0	65	0.93
2553192--2553252	24	2.5	25	81	7	72	34	1	0	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2553985--2554051	29	2.3	29	81	0	80	34	11	2	50	1.54
2554153--2554198	21	2.2	21	81	14	51	32	4	0	63	1.14
2554171--2554231	32	1.9	32	83	6	79	40	3	0	55	1.16
2558005--2558035	14	2.1	15	94	5	55	58	0	0	41	0.98
2560872--2560896	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2561686--2561733	15	3.2	15	87	0	69	10	4	25	60	1.47
2561897--2562013	6	19.2	6	69	13	69	60	7	2	29	1.38
2561895--2561943	19	2.6	19	78	12	64	63	12	0	24	1.29
2565316--2565592	123	2.3	122	80	10	315	35	8	7	47	1.64
2565728--2565813	11	7.8	11	70	13	61	74	2	3	19	1.07
2566685--2566722	8	4.9	8	80	6	51	84	0	15	0	0.63
2566686--2566721	15	2.4	15	85	0	54	83	0	16	0	0.65
2566747--2566784	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
2572712--2572764	21	2.7	19	78	13	63	11	20	0	67	1.21
2583132--2585003	357	5.2	356	86	2	2443	36	16	11	34	1.85
2583132--2585003	713	2.6	710	86	2	2613	36	16	11	34	1.85
2585772--2585818	18	2.6	18	96	0	85	29	0	38	31	1.58
2594852--2594901	23	2.2	23	85	0	64	26	12	14	48	1.78
2595027--2595080	3	18.0	3	96	0	99	66	1	0	31	1.02
2602924--2603302	191	2.0	191	98	0	731	27	17	15	39	1.90
2604765--2604813	22	2.3	22	92	3	82	34	6	20	38	1.77
2605304--2605367	6	10.8	6	73	15	53	60	6	1	31	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616731--2616766	18	2.0	18	100	0	72	33	22	5	38	1.77
2627446--2627476	15	2.0	16	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2637060--2637091	13	2.5	13	94	0	55	3	31	21	43	1.68
2640459--2640506	10	4.8	10	84	7	62	43	20	2	33	1.64
2643729--2643780	6	8.7	6	77	14	54	17	1	1	78	0.93
2648804--2648884	34	2.4	34	89	0	126	40	16	12	30	1.85
2653622--2653688	33	2.0	33	97	0	125	34	5	13	46	1.68
2657043--2657079	19	1.9	19	100	0	74	27	37	24	10	1.88
2661804--2663404	333	4.8	333	87	2	2131	34	15	13	36	1.86
2667398--2667467	36	1.9	36	88	0	104	34	18	17	30	1.94
2670013--2670043	16	1.9	16	100	0	62	48	25	0	25	1.52
2672492--2672549	28	2.1	27	81	9	64	44	8	0	46	1.34
2693565--2693710	52	2.8	51	79	5	159	30	19	6	43	1.76
2693741--2693776	11	3.3	11	84	0	54	44	25	0	30	1.54
2694024--2694088	24	2.7	25	83	11	82	16	33	9	40	1.81
2694024--2694104	25	3.3	24	83	10	76	17	32	9	40	1.82
2694674--2694817	52	2.8	52	86	2	191	28	22	7	41	1.81
2694850--2694885	11	3.3	11	84	0	54	44	30	0	25	1.54
2699274--2699303	15	2.1	14	93	6	51	0	43	3	53	1.17
2714441--2714495	27	2.0	28	82	10	69	52	0	1	45	1.11
2714464--2714495	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
2714537--2714578	15	2.6	17	82	17	54	28	0	2	69	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2714441--2714727	151	1.9	151	83	9	370	41	3	5	49	1.43
2717430--2717457	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2717614--2717643	9	3.2	9	95	4	51	63	0	0	36	0.95
2717616--2717645	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
2717613--2717658	19	2.4	20	75	17	53	58	0	0	41	0.98
2717691--2717784	11	8.7	11	70	21	58	48	2	0	48	1.13
2717650--2717760	53	2.1	53	81	9	129	49	4	0	45	1.28
2717690--2717790	32	3.2	31	75	12	98	48	1	0	49	1.12
2717696--2717760	26	2.5	26	78	16	73	50	3	0	46	1.17
2717691--2717779	17	5.9	15	68	22	53	48	2	0	49	1.13
2717677--2717763	26	3.3	27	71	26	69	51	2	0	45	1.13
2717748--2717784	6	6.5	6	81	12	51	48	0	0	51	1.00
2717749--2717780	16	1.9	16	93	6	55	43	0	0	56	0.99
2717691--2717784	22	4.4	22	73	11	79	48	2	0	48	1.13
2717725--2717795	22	3.3	23	75	16	71	50	1	0	47	1.09
2721836--2721868	16	2.1	16	100	0	66	30	33	0	36	1.58
2734585--2734614	13	2.2	14	94	5	53	40	0	0	60	0.97
2737806--2737879	24	3.1	24	83	11	82	59	0	2	37	1.12
2738935--2738991	18	3.1	18	72	20	55	33	0	0	66	0.92
2745298--2745338	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
2745839--2745901	20	3.2	19	73	10	56	36	4	0	58	1.19
2747648--2747678	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2748760--2748790	3	10.7	3	93	6	55	67	0	0	32	0.91
2749236--2749277	19	2.2	19	95	0	75	45	7	2	45	1.44
2756884--2756929	21	2.2	21	96	3	85	50	0	0	50	1.00
2756881--2756932	21	2.7	19	86	13	79	48	0	0	51	1.00
2761176--2761216	15	2.6	16	81	14	50	73	0	17	9	1.09
2770731--2770794	31	2.0	32	87	3	94	26	14	26	32	1.94
2770797--2770859	25	2.5	25	82	5	74	39	12	28	19	1.88
2770818--2770868	25	2.0	25	88	0	75	35	9	35	19	1.85
2776196--2776251	19	2.9	19	73	5	60	69	1	0	28	0.98
2776551--2776609	26	2.2	25	82	14	66	35	5	0	59	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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