genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290186--2290244	25	2.4	23	76	17	57	22	5	1	71	1.15
2298434--2298468	16	2.2	16	89	0	52	54	8	8	28	1.60
2298912--2298973	29	2.1	30	85	8	83	43	12	3	40	1.59
2299007--2299096	30	3.0	30	75	18	87	47	4	13	34	1.63
2302764--2302803	18	2.2	18	86	4	53	40	5	2	52	1.37
2302837--2302919	30	2.8	29	83	8	105	55	3	3	37	1.35
2302875--2302936	30	2.1	29	82	8	72	51	8	1	38	1.41
2303038--2303082	19	2.3	19	84	7	54	40	2	11	46	1.52
2303080--2303197	31	3.8	30	76	6	119	36	2	8	52	1.45
2303343--2303380	16	2.4	16	86	8	51	13	5	0	81	0.85
2303346--2303398	10	5.1	10	80	15	63	9	11	0	79	0.94
2304424--2304457	14	2.4	14	95	0	59	44	2	0	52	1.16
2304424--2304470	7	6.6	7	76	13	51	42	2	0	55	1.12
2304424--2304477	14	3.8	14	85	4	54	42	1	0	55	1.10
2306073--2306114	21	2.0	21	86	9	59	33	2	21	42	1.66
2307849--2307895	20	2.3	20	88	3	67	34	4	2	59	1.29
2309228--2309278	3	17.0	3	95	0	93	33	1	0	64	1.05
2311448--2311494	6	8.2	6	86	9	71	65	0	0	34	0.93
2311448--2311502	28	2.0	28	86	10	78	65	1	0	32	1.03
2315231--2315272	21	2.0	21	86	9	59	33	2	21	42	1.66
2317005--2317051	21	2.4	19	85	7	58	31	4	2	61	1.27
2318388--2318438	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2320277--2320316	11	3.5	11	82	3	53	65	0	0	35	0.93
2320277--2320323	6	8.2	6	81	9	62	63	0	2	34	1.06
2324254--2324354	36	2.8	35	79	8	105	30	13	3	51	1.60
2325397--2325431	16	2.2	16	89	0	52	51	11	11	25	1.71
2326027--2326106	30	2.6	31	71	13	76	48	5	10	36	1.58
2327101--2327141	13	3.2	13	86	6	57	51	0	0	48	1.00
2327191--2327220	13	2.3	13	94	0	51	53	0	0	46	1.00
2327105--2327268	85	1.9	85	91	3	269	51	2	7	39	1.43
2327944--2328472	265	2.0	265	90	1	828	27	11	18	42	1.84
2333781--2333860	28	2.9	28	78	7	83	42	1	0	56	1.07
2334217--2334333	32	3.8	30	76	9	119	37	2	7	52	1.44
2341912--2341949	18	2.1	18	90	0	58	34	2	26	36	1.71
2347827--2347904	28	2.9	26	76	14	68	43	1	0	55	1.08
2348260--2348376	32	3.8	30	76	9	119	37	2	7	52	1.44
2356031--2356068	18	2.1	18	90	0	58	39	2	21	36	1.67
2364078--2364289	61	3.6	56	79	12	230	35	14	6	43	1.70
2364307--2364349	11	3.8	11	90	3	59	81	0	4	13	0.84
2365302--2365471	8	22.1	8	76	16	87	63	1	2	31	1.19
2365295--2365463	14	11.6	14	69	20	82	63	1	2	31	1.16
2365302--2365494	4	47.5	4	69	19	75	64	2	3	30	1.20
2365299--2365391	32	2.9	32	82	12	102	62	1	3	33	1.18
2365295--2365470	39	4.5	40	78	12	154	63	1	2	31	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365354--2365466	43	2.6	44	77	17	114	64	0	2	31	1.13
2365468--2365515	22	2.1	23	88	7	71	70	4	4	20	1.21
2365733--2365948	79	2.8	79	86	6	289	36	19	16	28	1.93
2365879--2366054	42	4.2	41	82	9	221	40	19	13	26	1.89
2365879--2366061	84	2.1	85	87	4	260	40	20	13	25	1.89
2367059--2367121	29	2.2	29	86	11	85	7	12	0	79	0.93
2367080--2367129	17	3.1	17	78	21	63	6	12	0	82	0.85
2367066--2367137	23	3.0	23	79	15	67	8	12	0	79	0.94
2367073--2367136	29	2.2	29	83	13	78	7	10	0	81	0.88
2367071--2367137	14	4.2	17	78	17	74	7	10	0	82	0.85
2377493--2377657	61	2.8	61	85	5	214	33	13	8	43	1.75
2377676--2377702	14	1.9	14	100	0	54	74	3	0	22	0.98
2377675--2377753	16	4.9	16	76	17	74	77	1	2	18	0.96
2377681--2377760	5	15.2	5	76	14	65	76	1	3	18	1.01
2377676--2377761	11	7.5	11	79	13	77	76	1	3	18	0.99
2377690--2377761	17	4.3	17	82	8	78	77	0	4	18	0.92
2377787--2377834	3	16.0	3	91	8	80	68	0	0	31	0.90
2378684--2378926	22	11.2	20	71	16	105	64	2	4	28	1.26
2378676--2378757	42	2.0	40	83	4	101	64	2	7	25	1.32
2378747--2378910	8	21.1	8	71	19	80	63	2	3	31	1.22
2378759--2378820	19	3.3	19	84	4	90	62	3	3	30	1.26
2378703--2378910	15	14.1	14	67	20	97	63	2	3	29	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2378747--2378938	4	47.5	4	68	16	62	65	2	3	29	1.21
2378703--2378938	20	10.8	21	65	22	62	65	2	3	28	1.23
2378805--2378909	43	2.5	40	79	13	115	64	1	2	30	1.18
2378695--2378927	110	2.1	108	81	12	269	64	3	3	28	1.25
2378916--2378941	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2378702--2378934	104	2.2	108	81	11	268	65	3	3	28	1.24
2378936--2378962	7	3.9	7	100	0	54	74	11	0	14	1.08
2380011--2380049	20	2.0	20	94	0	69	28	2	20	48	1.62
2381604--2381656	10	5.2	10	77	9	54	13	11	0	75	1.05
2381717--2381755	20	1.9	21	94	5	71	46	0	10	43	1.37
2381706--2381753	20	2.5	19	80	6	60	45	0	8	45	1.33
2385338--2385405	28	2.4	28	75	7	66	39	0	2	57	1.14
2385812--2385859	20	2.5	20	87	12	73	12	8	0	79	0.94
2385813--2385853	12	3.8	11	78	15	50	14	7	0	78	0.96
2387390--2387437	3	16.0	3	95	0	87	33	2	0	64	1.05
2388081--2388111	16	1.9	16	93	0	53	45	0	0	54	0.99
2388517--2388546	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2388408--2388673	138	1.9	139	98	0	516	45	20	7	26	1.76
2391736--2391794	30	2.0	30	83	6	75	40	8	1	49	1.43
2394765--2394856	37	2.5	37	83	1	114	31	13	2	53	1.51
2395407--2395470	29	2.1	31	82	8	78	43	0	4	51	1.22
2396470--2396545	30	2.5	30	81	10	84	44	2	13	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2399559--2399625	28	2.4	28	76	2	71	44	4	2	47	1.38
2400093--2400158	16	4.1	16	75	9	62	33	1	3	62	1.20
2400172--2400268	31	3.2	32	71	15	80	52	6	3	38	1.42
2400695--2400735	16	2.5	17	76	11	50	63	4	0	31	1.15
2404282--2404377	36	2.7	36	78	12	108	31	13	5	50	1.64
2404753--2404812	29	2.1	27	87	6	84	46	0	0	53	1.00
2405238--2405272	16	2.2	16	94	0	61	54	11	8	25	1.64
2407236--2407266	6	5.0	6	92	7	53	83	0	0	16	0.64
2407858--2407917	25	2.4	25	80	2	59	53	0	6	40	1.27
2410121--2410506	189	2.0	189	99	0	763	42	13	20	22	1.88
2415083--2415162	28	2.9	28	78	7	83	42	1	0	56	1.07
2415135--2415179	18	2.6	16	80	16	54	37	2	0	60	1.09
2415225--2415309	31	2.8	30	78	15	102	52	3	3	40	1.36
2415521--2415644	32	4.0	31	77	9	119	37	3	8	51	1.48
2415790--2415842	11	5.1	10	77	13	54	11	11	0	77	1.00
2415788--2415836	19	2.5	19	81	18	57	10	10	0	79	0.93
2420260--2420359	30	3.2	32	78	14	104	56	5	5	34	1.43
2420531--2420575	19	2.2	20	84	7	56	40	2	11	46	1.52
2420573--2420691	32	3.8	31	73	13	100	35	4	8	52	1.51
2428853--2428899	6	8.2	6	86	9	71	65	0	0	34	0.93
2428853--2428907	28	2.0	28	86	10	78	65	1	0	32	1.03
2437424--2437476	25	2.1	25	86	6	72	52	1	5	39	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2439215--2439297	30	2.8	29	78	8	87	53	3	4	38	1.40
2439508--2439625	32	3.8	31	75	7	123	37	2	7	52	1.44
2449889--2449929	12	3.4	12	86	0	55	48	41	2	7	1.44
2454023--2454054	16	2.0	16	100	0	64	31	12	12	43	1.80
2454065--2454159	36	2.7	35	78	18	99	31	10	5	52	1.58
2454707--2454762	29	1.9	29	85	7	78	48	0	1	50	1.11
2455185--2455219	16	2.2	16	94	0	61	54	11	8	25	1.64
2457112--2457150	16	2.4	16	82	0	51	46	0	2	51	1.14
2457357--2457410	25	2.2	25	86	0	72	53	1	5	38	1.35
2458575--2458641	28	2.4	27	87	7	98	44	5	2	46	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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