genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798263--798328	25	3.1	20	76	21	71	80	0	12	7	0.91
798260--798319	25	2.4	25	89	10	88	81	0	11	6	0.86
798260--798313	12	4.4	12	90	9	83	83	0	11	5	0.80
798279--798335	12	4.8	12	78	10	55	77	0	12	10	1.00
799328--799406	40	2.0	40	87	5	115	26	16	18	37	1.92
799357--799658	42	7.0	42	79	12	249	24	13	18	43	1.87
799438--799704	45	6.0	46	82	5	275	23	13	18	43	1.86
799409--799688	88	3.2	88	82	8	329	24	13	18	43	1.87
799360--799703	130	2.6	130	83	6	376	25	14	18	42	1.87
799409--799706	45	6.8	44	78	10	236	24	13	18	42	1.87
799900--799932	13	2.6	13	85	4	50	18	0	6	75	1.00
799924--800108	4	47.2	4	69	14	59	28	4	3	63	1.29
799953--800107	33	4.5	33	72	15	120	30	4	2	62	1.28
799892--800007	10	10.7	10	71	20	58	24	1	3	70	1.12
799949--800107	70	2.3	70	81	6	180	30	4	3	62	1.30
799911--800091	14	12.4	14	70	19	63	28	3	3	64	1.29
800072--800139	22	3.3	21	76	15	79	27	5	0	66	1.15
800728--800770	21	2.0	21	90	0	68	32	30	4	32	1.78
800918--800950	16	2.0	17	94	5	59	30	0	0	69	0.88
801052--801317	58	4.7	58	88	3	407	41	6	13	38	1.71
801056--801317	113	2.3	114	93	1	454	41	6	14	38	1.71
807414--807957	144	3.8	144	94	1	932	32	15	23	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812401--812441	17	2.4	17	87	0	55	21	4	0	73	1.02
817044--817076	17	1.9	17	88	11	50	24	6	6	63	1.40
817861--818076	59	3.6	58	76	9	220	30	14	8	46	1.74
817861--818082	120	1.8	119	85	6	313	29	14	8	46	1.75
817861--818082	121	1.8	120	85	7	299	29	14	8	46	1.75
818661--818702	20	2.1	20	95	0	75	0	26	0	73	0.83
819176--819211	17	2.2	17	95	5	65	80	0	8	11	0.90
819427--819688	44	6.2	44	78	13	217	46	18	12	22	1.82
819500--819652	78	2.0	78	88	2	227	45	17	11	25	1.81
819454--819688	122	1.9	123	87	2	348	47	17	11	23	1.81
819956--819986	16	1.9	16	93	0	53	38	12	22	25	1.90
820685--820716	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
827357--827602	60	4.2	59	82	7	277	31	12	6	49	1.65
827357--827587	120	1.9	119	85	5	322	31	12	6	48	1.67
827609--827770	54	2.9	54	73	11	166	31	12	6	49	1.66
828202--828323	3	40.3	3	82	9	142	29	2	2	65	1.18
829108--829141	12	2.9	12	86	4	52	17	0	0	82	0.67
829149--829460	58	5.4	56	78	7	286	46	6	9	38	1.61
829170--829512	177	1.9	178	85	5	471	46	5	10	37	1.63
835557--835633	17	4.9	15	80	10	75	77	0	18	3	0.91
835558--835633	16	4.8	16	82	7	84	78	0	17	3	0.89
835606--835635	15	1.9	16	93	6	53	66	0	23	10	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836703--836763	22	2.8	22	92	5	97	39	4	19	36	1.74
837354--837666	41	7.6	41	76	6	213	24	13	18	43	1.87
837522--837940	44	9.7	43	78	10	311	25	13	17	43	1.85
837462--837753	126	2.3	126	82	4	345	25	13	16	44	1.84
837539--837956	88	4.8	87	79	9	347	25	12	18	42	1.86
837367--837903	83	6.3	86	75	13	364	24	13	19	42	1.87
839935--839983	15	3.1	15	77	11	62	48	2	0	48	1.12
839975--840046	23	3.3	20	74	16	63	34	1	1	62	1.13
841488--841579	40	2.2	40	88	3	139	25	21	7	45	1.78
844230--844335	50	2.1	50	85	3	151	43	22	6	27	1.78
844387--844417	16	1.9	16	100	0	62	74	6	0	19	1.03
844649--844691	8	5.4	8	85	0	50	0	0	13	86	0.58
844641--844691	16	3.2	16	91	0	75	0	1	11	86	0.66
844646--844690	19	2.4	19	88	3	65	0	0	13	86	0.57
853586--853624	17	2.4	16	83	8	51	69	0	0	30	0.89
853586--853624	8	4.8	8	81	6	51	69	0	0	30	0.89
859268--859365	50	2.0	50	87	0	142	43	15	5	35	1.69
860915--860968	27	2.1	25	82	6	63	12	14	7	64	1.47
863150--863202	26	2.0	28	88	7	83	26	1	1	69	1.09
863434--863485	21	2.6	21	84	6	63	23	1	5	69	1.20
863451--863500	21	2.3	23	77	19	63	28	0	6	66	1.15
864820--864863	23	1.9	23	100	0	88	25	18	18	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865251--865329	18	4.3	18	75	10	70	73	10	0	16	1.09
865308--865359	23	2.3	23	83	12	72	78	9	0	11	0.95
865282--865354	9	8.4	9	69	19	57	76	10	0	12	1.02
865289--865356	11	6.4	11	73	21	56	77	10	0	11	0.98
866383--866425	22	1.9	23	85	4	61	41	0	9	48	1.35
869606--869703	9	10.8	9	79	15	69	79	5	3	12	1.01
869606--869654	25	1.9	25	91	4	80	79	10	2	8	1.01
869615--869694	18	4.4	18	77	14	83	80	5	1	13	0.95
869605--869725	10	12.8	10	81	13	82	80	4	4	11	1.00
869653--869730	11	7.4	11	80	13	69	80	0	5	14	0.87
869617--869713	8	12.9	7	77	15	56	79	4	3	13	1.00
869653--869727	21	3.5	22	89	10	102	81	0	5	13	0.86
869625--869724	9	10.6	9	82	12	69	80	3	4	13	0.98
870755--871302	38	15.0	35	69	10	150	20	25	13	40	1.89
870749--872372	73	22.4	73	83	4	1778	20	24	13	41	1.88
870791--872268	35	40.7	38	68	10	662	20	24	13	41	1.88
872804--872842	8	4.8	8	96	3	69	79	10	0	10	0.94
872761--872833	31	2.4	31	80	13	80	76	12	0	10	1.02
872761--872856	12	8.3	11	69	25	56	77	10	2	10	1.09
873731--873773	22	1.9	23	85	4	61	41	0	9	48	1.35
875823--875874	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
876907--876988	20	4.1	21	75	12	75	17	3	1	78	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876923--876971	22	2.2	22	85	10	73	18	2	0	79	0.83
876907--877019	33	3.4	33	78	10	106	18	4	1	75	1.06
876924--876981	6	10.2	6	77	17	61	17	1	1	79	0.90
876907--876972	27	2.5	26	83	11	80	15	4	0	80	0.87
877107--877171	22	2.8	23	84	11	71	26	4	6	63	1.38
877121--877190	22	3.1	22	85	8	79	20	4	8	67	1.35
878025--878063	4	9.8	4	88	0	60	23	0	2	74	0.94
878095--878153	11	5.5	11	82	9	61	15	5	1	77	1.01
878095--878194	5	19.4	5	73	19	73	15	7	2	76	1.09
878220--878374	60	2.6	60	93	3	262	48	7	11	32	1.67
878284--878374	27	3.2	27	65	14	74	46	7	13	32	1.71
884567--884653	7	10.8	8	78	14	74	78	0	11	10	0.98
884578--884665	31	2.9	32	80	11	114	77	0	12	10	1.00
884587--884665	38	2.1	36	86	11	106	77	0	11	11	1.00
884567--884657	24	3.8	23	80	13	96	79	0	10	9	0.95
884566--884665	11	8.2	12	73	16	73	78	0	12	10	0.98
885646--885858	41	5.2	41	86	5	261	24	16	22	36	1.94
885649--885858	81	2.5	81	86	4	269	24	17	21	36	1.94
885866--885909	8	5.4	8	86	10	63	86	11	0	2	0.66
885866--885909	17	2.7	15	83	13	52	86	11	0	2	0.66
886104--886231	6	20.2	6	72	21	54	31	0	3	64	1.17
886813--886851	20	2.0	20	84	0	51	41	20	17	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887183--887242	12	4.9	12	76	13	52	11	3	3	81	0.93
887196--887244	25	1.9	26	87	4	73	10	4	4	81	0.95
887267--887318	17	3.2	17	73	10	56	11	5	1	80	0.96
887274--887336	27	2.3	26	79	12	65	14	6	1	77	1.03
887348--887691	58	5.8	57	82	9	413	43	7	13	35	1.72
887348--887691	117	2.9	115	87	5	447	43	7	13	35	1.72
892788--893131	147	2.4	143	85	5	474	35	14	22	26	1.93
898918--898953	16	2.2	17	90	5	56	55	5	8	30	1.52
899959--900001	19	2.2	20	87	4	61	51	2	2	44	1.27
902280--902376	49	2.0	49	93	0	167	47	3	8	41	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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