genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   

This is table  7  of  117  ( 13965 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682339--682425	22	4.0	21	68	19	52	73	1	8	17	1.13
682434--682463	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
683324--683376	21	2.7	19	78	18	63	60	1	7	30	1.35
683459--683496	3	12.7	3	94	0	67	65	0	2	31	1.06
683537--683610	25	2.9	25	75	16	80	77	1	2	18	0.97
683536--683610	6	12.2	6	78	16	82	77	1	2	18	0.96
683528--683610	31	2.7	30	83	7	103	75	1	3	19	1.01
683536--683610	13	6.1	12	78	17	82	77	1	2	18	0.96
684009--684055	19	2.5	19	82	6	60	46	0	0	53	1.00
684030--684054	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
684841--684879	12	3.2	12	82	7	51	43	0	0	56	0.99
684918--684958	18	2.2	19	86	4	57	65	2	0	31	1.05
687437--687507	22	3.2	22	82	13	92	35	1	0	63	1.03
687583--687619	19	1.9	19	88	0	56	51	0	10	37	1.37
687594--687678	40	2.2	38	76	4	89	50	7	10	31	1.64
692200--692233	15	2.2	16	89	5	52	85	0	11	2	0.71
692405--692627	76	3.0	75	81	9	242	35	9	4	49	1.56
692542--692754	59	3.6	58	82	8	241	35	11	6	46	1.66
692768--692798	16	2.0	15	93	6	53	83	0	0	16	0.64
692828--692853	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
697966--698004	17	2.3	17	86	0	51	46	0	0	53	1.00
700127--700155	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701823--701865	12	3.5	12	83	3	50	44	0	0	55	0.99
705473--705607	69	2.0	67	86	2	189	28	28	11	31	1.91
706654--706692	19	2.1	19	100	0	78	25	15	35	23	1.94
711763--712228	144	3.2	144	91	1	720	34	14	22	28	1.93
713536--714107	170	3.3	169	67	16	449	36	17	11	34	1.86
713229--714289	357	3.0	357	88	1	1579	36	16	11	35	1.85
714504--714557	9	5.5	10	85	14	53	29	0	7	62	1.22
714509--714641	16	7.6	16	67	27	58	27	1	3	66	1.17
714510--714641	12	10.4	12	69	22	51	28	1	3	66	1.17
714561--714638	4	19.5	4	75	12	63	25	1	2	70	1.07
714561--714638	14	5.8	13	75	14	52	25	1	2	70	1.07
715102--715166	31	2.1	32	82	2	78	29	18	20	32	1.96
715194--715239	20	2.3	20	88	0	65	36	32	19	10	1.87
715469--715493	5	5.0	5	100	0	50	20	40	40	0	1.52
715577--715608	12	2.7	12	95	0	55	12	3	3	81	0.93
715576--715753	11	15.2	11	67	12	79	14	4	3	76	1.08
715656--715753	6	17.0	6	69	15	55	15	6	1	77	1.01
715660--715744	28	3.1	27	78	18	79	14	7	1	77	1.03
715679--715760	34	2.5	31	82	9	92	14	6	1	78	1.01
715770--716124	60	5.9	60	84	7	438	45	7	13	33	1.71
715768--716124	121	3.0	119	89	4	522	45	7	13	33	1.71
719988--720066	28	2.6	32	86	7	103	84	0	11	3	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720014--720070	1	57.0	1	80	0	60	89	0	8	1	0.55
719988--720074	31	2.7	32	81	10	97	83	0	12	3	0.76
721299--721403	42	2.6	40	86	11	151	24	17	20	37	1.94
721387--721422	18	2.1	18	94	5	65	33	19	5	41	1.75
721345--721463	58	2.0	60	95	3	215	25	19	17	37	1.93
721456--721507	27	1.9	27	84	0	68	15	23	23	38	1.92
721415--721549	68	2.0	69	92	1	227	19	21	21	37	1.94
721483--721761	41	6.8	41	89	1	423	22	18	22	36	1.95
721495--721761	124	2.2	122	91	2	426	22	18	22	36	1.95
721481--721761	83	3.4	83	93	2	449	22	18	22	36	1.95
721768--721920	1	153.0	1	71	0	63	82	9	0	7	0.88
721768--721920	16	9.4	16	80	10	152	82	9	0	7	0.88
722108--722161	9	5.5	10	85	14	53	29	0	7	62	1.22
722113--722238	16	7.6	16	69	27	68	28	0	3	66	1.15
722165--722235	4	17.5	4	76	13	65	26	0	2	70	1.01
722113--722237	28	4.4	28	71	17	89	28	0	4	66	1.15
722820--722863	20	2.2	20	84	8	54	40	29	15	13	1.86
723188--723219	13	2.6	12	95	5	55	9	6	0	84	0.78
723273--723346	21	3.8	20	74	15	64	14	5	1	78	1.00
723282--723343	17	3.8	17	79	10	67	12	6	1	79	1.00
723364--723661	61	4.9	59	86	7	404	45	7	12	34	1.69
723364--723661	120	2.5	121	92	4	487	45	7	12	34	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723364--723661	60	4.9	61	83	11	400	45	7	12	34	1.69
728034--728102	36	1.9	35	94	2	120	34	17	15	31	1.92
729521--729562	19	2.2	20	86	4	59	52	2	0	45	1.13
729722--729754	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
729717--729760	17	2.5	17	77	3	52	52	0	0	47	1.00
732072--732107	18	2.0	18	88	0	54	55	0	0	44	0.99
733195--733244	13	3.8	13	78	10	57	56	2	6	36	1.36
734894--734930	19	1.9	19	88	0	56	51	0	10	37	1.37
736353--736410	30	2.0	28	83	6	71	53	5	1	39	1.33
738489--738527	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
744598--744623	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
745009--745033	11	2.3	11	100	0	50	24	12	16	48	1.79
745488--745517	6	4.8	6	92	8	51	83	0	0	16	0.65
745451--745521	14	5.0	14	77	6	54	70	0	2	26	1.01
747315--747353	13	3.1	12	82	10	51	61	0	0	38	0.96
749296--749332	19	1.9	19	88	0	56	5	5	8	81	0.99
749317--749383	32	2.1	32	86	5	91	14	0	11	73	1.11
749322--749395	23	3.0	23	73	15	60	17	1	10	70	1.23
749974--750035	5	11.8	5	75	21	56	17	3	0	79	0.87
749974--750036	32	1.9	32	90	6	99	17	4	0	77	0.93
749974--750035	19	3.5	19	77	18	62	17	3	0	79	0.87
749994--750040	13	3.5	13	83	13	51	19	4	0	76	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750059--750329	56	4.7	57	89	5	386	43	5	12	37	1.68
756492--756537	17	2.8	16	80	9	56	36	0	0	63	0.95
757451--757496	22	2.1	22	95	0	83	6	17	23	52	1.68
764445--766053	357	4.5	356	85	2	2004	35	15	12	36	1.85
770051--770119	36	1.9	35	85	2	93	36	20	14	28	1.92
771808--771840	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
771803--771846	17	2.5	17	77	3	52	52	0	0	47	1.00
775296--775353	20	2.7	22	84	13	75	37	0	0	62	0.96
778347--778393	23	2.0	24	91	4	78	44	2	4	48	1.34
778347--778396	24	2.1	23	85	14	66	44	2	4	50	1.32
778932--778960	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
780860--780968	55	2.0	55	87	1	157	37	6	8	47	1.59
785061--785086	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
785849--785959	24	4.4	24	76	13	116	63	0	3	31	1.17
785953--785982	6	4.8	6	92	8	51	83	0	0	16	0.65
785851--785982	52	2.6	52	80	12	148	67	0	3	28	1.11
785851--785986	53	2.6	51	79	10	148	67	0	2	28	1.10
785916--785986	14	5.0	14	77	6	54	70	0	2	26	1.01
787784--787822	13	3.1	12	82	10	51	61	0	0	38	0.96
789777--789844	33	2.1	33	86	8	95	14	0	10	75	1.06
789774--789835	23	2.7	22	78	7	70	14	0	8	77	0.98
789775--789836	22	2.8	22	73	20	58	14	0	8	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790380--790431	7	7.3	7	77	16	54	25	0	3	71	1.03
790379--790431	18	2.9	18	83	13	65	24	0	3	71	1.02
790456--790517	5	11.8	5	75	21	56	17	3	0	79	0.87
790456--790518	32	1.9	32	90	6	99	17	4	0	77	0.93
790456--790517	19	3.5	19	77	18	62	17	3	0	79	0.87
790476--790522	13	3.5	13	83	13	51	19	4	0	76	0.95
790546--790649	30	3.5	30	65	21	74	42	5	14	37	1.70
790541--790811	60	4.7	58	92	2	404	43	5	12	38	1.67
790663--790751	27	3.2	27	63	20	65	42	4	13	39	1.64
798275--798321	8	5.8	8	78	14	51	80	0	10	8	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117