genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   

This is table  81  of  117  ( 13965 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14625722--14625800	31	2.6	31	85	2	97	32	13	18	34	1.91
14626563--14626640	31	2.5	31	83	6	97	33	20	16	29	1.95
14627878--14627906	12	2.5	12	94	5	51	65	0	0	34	0.93
14632654--14632695	21	2.0	21	95	0	75	50	14	16	19	1.79
14634796--14634851	28	2.0	28	89	0	85	30	14	33	21	1.93
14635043--14635097	26	2.1	27	83	10	69	63	3	5	27	1.33
14637751--14637820	12	5.8	12	72	0	50	15	5	34	44	1.71
14637792--14637851	31	1.9	31	89	0	93	15	5	30	50	1.65
14637816--14637863	24	2.0	24	87	0	69	16	10	25	47	1.78
14637818--14637875	24	2.4	24	82	0	62	17	10	22	50	1.76
14637889--14637935	24	2.0	24	82	0	58	23	6	25	44	1.77
14643098--14643177	42	1.9	42	97	0	151	36	13	10	40	1.79
14650367--14650675	161	1.9	159	82	2	377	33	10	13	42	1.79
14663314--14663395	40	2.0	40	90	0	128	31	31	8	28	1.87
14666740--14666781	20	2.0	20	82	13	50	30	16	0	52	1.44
14679467--14679506	17	2.3	18	87	12	57	75	5	0	20	0.99
14679752--14679808	18	3.1	19	80	14	57	54	3	7	35	1.45
14681375--14681408	13	2.6	13	85	0	50	38	20	0	41	1.53
14682138--14682215	14	5.6	14	71	15	54	47	1	3	47	1.28
14686908--14686949	17	2.5	17	80	3	50	78	2	0	19	0.86
14686976--14687001	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14687845--14687878	16	2.1	17	88	5	52	76	2	2	17	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14687845--14687878	17	2.1	16	88	5	50	76	2	2	17	1.04
14689057--14689110	3	17.7	3	96	3	99	31	0	1	66	1.02
14690954--14690989	18	2.0	18	94	0	63	41	8	11	38	1.71
14704988--14705037	24	2.0	24	84	3	64	20	10	0	70	1.16
14705435--14705476	10	4.5	10	80	14	54	28	0	2	69	1.01
14705445--14705501	16	3.4	16	79	13	62	28	3	1	66	1.18
14705445--14705510	25	2.6	27	79	15	70	27	6	1	65	1.25
14705428--14705556	9	14.4	8	69	22	62	25	3	2	68	1.19
14705426--14705556	8	14.4	9	69	20	51	25	3	2	67	1.19
14705509--14705572	28	2.2	29	78	15	71	26	3	3	67	1.21
14706276--14706317	20	2.1	20	86	0	57	40	9	7	42	1.65
14712890--14712949	18	3.5	16	80	17	59	48	1	0	50	1.11
14712890--14712949	8	7.0	8	77	18	59	48	1	0	50	1.11
14712890--14712949	26	2.3	27	85	5	79	48	1	0	50	1.11
14713001--14713054	24	2.3	24	87	12	78	53	0	0	46	1.00
14713001--14713051	23	2.2	22	86	10	66	54	0	0	45	0.99
14714028--14714111	42	2.0	44	83	6	111	39	10	7	42	1.67
14715015--14715081	6	12.8	5	76	20	50	13	2	7	76	1.12
14715015--14715076	27	2.3	27	78	15	74	12	3	8	75	1.14
14715015--14715076	21	2.9	21	75	22	58	12	3	8	75	1.14
14715645--14715733	28	3.0	28	77	9	97	66	1	1	31	1.06
14715608--14715733	61	2.1	60	80	8	139	65	3	2	28	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14715700--14715751	20	2.7	20	84	3	61	55	3	1	38	1.29
14717411--14717448	19	2.0	19	89	0	58	21	23	13	42	1.88
14724253--14724287	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
14724178--14724382	109	1.9	109	92	0	347	39	11	9	39	1.75
14729327--14729388	19	3.2	19	65	13	54	41	40	0	17	1.50
14729314--14729426	39	2.9	38	90	5	172	38	38	0	23	1.61
14738937--14738990	15	3.6	14	78	12	54	55	5	0	38	1.23
14739090--14739126	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
14739133--14739170	20	1.9	19	89	5	58	44	0	0	55	0.99
14756440--14756586	79	1.9	79	92	0	249	27	16	19	36	1.93
14765280--14765305	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14772189--14772721	267	2.0	267	93	0	922	38	16	12	32	1.86
14792379--14792429	16	3.5	14	78	17	59	66	0	13	19	1.24
14803688--14803793	53	2.0	53	94	0	185	34	8	8	48	1.64
14803957--14803981	9	2.8	9	100	0	50	44	12	24	20	1.85
14804714--14804752	19	2.0	19	85	5	51	33	5	2	58	1.33
14805653--14805759	41	2.5	45	76	14	118	49	2	0	46	1.22
14806273--14806317	20	2.3	19	88	3	63	51	8	17	22	1.73
14809312--14809515	96	2.1	97	95	2	367	40	13	16	29	1.87
14821483--14821524	23	1.9	21	85	9	57	26	4	11	57	1.54
14822300--14822340	21	2.0	21	90	0	64	43	7	7	41	1.60
14822229--14822406	89	2.0	89	92	0	293	35	17	9	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14828212--14828275	26	2.5	26	85	5	87	50	1	1	46	1.20
14828246--14828326	16	5.1	16	72	11	69	48	1	1	49	1.17
14828244--14828327	13	5.6	14	73	25	66	48	1	1	48	1.16
14828292--14828329	19	2.0	19	85	10	51	50	2	0	47	1.15
14828459--14828492	17	1.9	18	88	5	52	52	2	0	44	1.16
14828612--14828735	39	3.4	37	76	16	114	52	1	1	44	1.20
14828691--14828760	29	2.3	31	80	14	92	48	0	1	50	1.09
14828647--14828751	39	2.6	39	83	8	131	48	0	0	49	1.14
14828727--14828788	24	2.6	24	75	14	65	51	0	3	45	1.17
14828754--14828802	25	2.0	25	83	0	62	57	0	2	40	1.10
14829024--14829061	20	2.0	20	89	5	60	50	0	0	50	1.00
14832028--14832080	22	2.4	22	78	9	54	49	13	7	30	1.69
14832078--14832121	21	2.0	22	95	4	81	38	18	18	25	1.92
14835728--14835787	23	2.6	23	97	0	111	41	18	26	13	1.87
14835935--14835978	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
14837385--14837452	34	2.0	34	94	0	118	29	2	41	26	1.70
14839951--14839982	2	16.0	2	93	0	55	50	46	0	3	1.17
14840513--14840542	15	1.9	16	93	6	53	30	0	23	46	1.52
14848027--14848072	21	2.2	21	88	7	67	45	0	13	41	1.43
14848348--14848391	23	2.0	23	90	4	72	43	2	0	54	1.12
14849571--14849700	60	2.1	61	86	9	176	37	16	9	36	1.80
14852216--14852240	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14852575--14852625	18	2.7	20	77	20	56	47	0	5	47	1.26
14852575--14852625	19	2.8	18	77	19	52	47	0	5	47	1.26
14855984--14856022	12	3.2	12	82	10	53	48	0	20	30	1.50
14860134--14860195	3	20.7	3	96	0	115	32	0	1	66	1.02
14863711--14863783	22	3.3	22	75	12	69	60	1	6	31	1.31
14863795--14863833	19	2.0	21	85	10	55	61	7	0	30	1.24
14865128--14865163	18	2.0	18	88	0	54	33	0	0	66	0.92
14865093--14865166	24	3.1	23	77	18	80	37	0	0	62	0.96
14870617--14870663	3	15.7	3	95	0	85	31	0	2	65	1.04
14870756--14870794	3	13.0	3	83	0	51	58	0	5	35	1.20
14872090--14872133	22	2.0	23	90	4	72	54	6	6	31	1.53
14874369--14874466	33	3.0	30	80	12	88	31	0	4	64	1.12
14874398--14874473	24	2.9	26	74	22	70	32	0	0	67	0.91
14874416--14874486	25	2.9	25	76	17	78	36	0	0	63	0.95
14874375--14874451	35	2.2	36	79	11	88	27	0	5	67	1.12
14874446--14874481	18	2.0	18	88	0	54	33	0	0	66	0.92
14874416--14874484	24	2.9	22	79	18	68	36	0	0	63	0.94
14880845--14880878	10	3.4	10	91	0	50	41	0	8	50	1.34
14883719--14883747	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
14883856--14883913	6	9.2	6	83	9	71	24	0	0	75	0.80
14883890--14883972	33	2.3	36	84	10	100	22	6	1	69	1.17
14883918--14883974	17	3.2	17	78	11	62	24	5	0	70	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14884841--14884914	14	5.3	14	71	20	57	17	2	0	79	0.84
14884838--14884914	11	7.0	11	70	24	56	18	2	0	79	0.85
14884841--14884892	18	2.9	17	86	13	70	15	3	0	80	0.85
14884840--14884909	8	8.4	8	72	20	54	17	2	0	80	0.84
14884838--14884893	6	9.2	6	77	11	60	16	3	0	80	0.85
14884930--14885092	61	2.7	60	83	6	222	45	6	12	35	1.68
14884919--14885092	60	2.9	59	82	9	228	46	6	11	35	1.67
14889060--14889127	8	8.6	8	76	10	61	83	0	11	4	0.78
14889075--14889127	22	2.4	22	84	6	63	86	0	9	3	0.68
14890822--14891079	83	3.1	83	83	6	290	26	13	19	40	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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