genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   

This is table  22  of  117  ( 13965 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2776624--2776674	25	2.0	25	85	7	68	47	0	0	52	1.00
2777445--2777499	28	2.0	28	82	7	67	56	5	0	38	1.23
2783692--2783731	20	2.0	20	85	14	55	42	0	17	40	1.49
2788171--2788319	33	4.5	33	77	3	129	12	5	46	35	1.64
2788168--2788367	48	4.1	46	65	13	114	11	4	47	36	1.60
2788171--2788309	66	2.1	65	82	2	161	12	4	47	35	1.61
2788119--2788517	147	2.7	150	90	2	588	12	5	47	35	1.63
2788319--2788405	33	2.6	33	83	3	113	11	1	50	36	1.46
2788401--2788472	33	2.2	33	84	0	99	11	5	51	31	1.60
2788330--2788472	72	2.0	72	82	5	173	11	3	51	33	1.56
2788471--2789184	33	21.5	33	67	9	164	16	7	42	34	1.76
2788552--2789182	66	9.5	65	69	11	278	16	7	41	33	1.76
2788554--2788982	99	4.4	100	76	7	385	17	6	41	33	1.76
2788926--2789144	75	3.0	75	71	14	172	17	6	41	34	1.76
2788860--2789144	141	2.0	141	89	0	435	16	6	42	34	1.74
2789001--2789205	66	3.1	64	76	8	207	16	7	41	34	1.76
2789100--2789205	33	3.2	32	75	10	97	16	8	42	33	1.78
2790115--2790153	12	3.2	12	77	0	51	35	23	7	33	1.83
2796223--2796288	25	2.5	26	79	13	73	28	4	1	65	1.21
2799474--2799514	20	2.0	20	85	0	55	39	14	36	9	1.79
2801144--2801174	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2807102--2807131	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2807252--2807456	11	18.6	11	65	20	65	51	1	1	45	1.21
2807260--2807313	27	2.0	27	82	7	65	57	0	1	40	1.09
2807270--2807456	14	11.9	14	64	31	53	51	2	1	45	1.20
2807354--2807444	8	12.2	8	70	11	52	49	1	2	47	1.21
2807330--2807403	17	4.5	17	70	23	52	50	1	2	45	1.24
2807358--2807428	35	2.0	37	83	10	94	47	1	2	47	1.25
2807317--2807456	30	5.0	28	69	18	103	50	1	1	46	1.19
2809355--2809509	84	1.8	84	82	6	197	43	3	7	45	1.49
2809829--2809866	2	19.5	2	94	5	69	0	50	0	50	1.00
2810539--2810669	11	11.2	11	69	23	56	70	2	6	19	1.20
2810545--2810642	20	5.0	19	73	14	74	71	3	6	19	1.21
2810546--2810663	38	3.0	38	79	10	121	71	2	6	19	1.21
2810597--2810666	29	2.5	28	81	6	81	70	2	7	20	1.24
2810546--2810637	14	7.1	13	73	19	52	72	2	6	18	1.16
2810570--2810681	6	19.7	6	68	17	53	66	1	9	21	1.30
2810624--2810669	16	2.8	16	83	3	56	69	2	6	21	1.22
2812697--2812726	13	2.3	13	94	0	51	80	3	6	10	1.01
2813515--2813542	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
2814023--2814055	13	2.5	13	95	0	57	42	18	27	12	1.85
2814807--2814843	17	2.1	18	85	14	51	18	8	0	72	1.08
2817509--2817550	7	5.9	7	81	13	50	85	0	9	4	0.72
2817523--2817551	8	3.8	8	95	4	51	89	0	10	0	0.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2818488--2818524	15	2.4	16	82	13	51	83	2	2	10	0.84
2818877--2818968	41	2.2	42	86	3	132	46	25	3	25	1.67
2819316--2819383	3	22.7	3	96	0	127	67	1	0	30	0.99
2819766--2819825	29	2.0	31	87	6	88	46	0	0	53	1.00
2820543--2820598	12	4.9	12	74	22	50	57	1	0	41	1.09
2820942--2820987	19	2.3	19	85	7	56	78	2	8	10	1.05
2821067--2821107	20	2.0	20	85	0	55	73	2	7	17	1.17
2822057--2822082	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2822359--2822567	103	2.0	103	96	0	382	34	13	13	38	1.84
2823503--2823676	16	11.0	15	68	21	74	27	0	4	67	1.14
2823594--2823680	4	20.5	4	72	15	52	28	0	3	67	1.06
2824711--2824771	20	2.9	21	79	16	63	13	6	1	78	1.01
2824705--2824771	17	4.1	16	73	24	59	13	7	1	77	1.04
2824753--2824794	22	1.9	22	85	9	59	14	11	2	71	1.24
2824790--2824904	57	2.1	56	91	3	187	44	6	11	38	1.65
2824893--2824918	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
2824836--2824978	73	2.0	70	89	4	214	41	7	11	38	1.71
2824906--2825269	60	6.2	58	88	7	515	43	6	12	36	1.70
2824906--2825269	117	3.1	113	87	8	500	43	6	12	36	1.70
2824906--2825269	175	2.1	177	93	3	619	43	6	12	36	1.70
2827129--2827315	3	60.3	3	73	19	104	29	1	4	64	1.21
2827680--2827727	25	1.9	25	87	8	71	31	8	18	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2827736--2827801	30	2.2	31	81	8	73	25	27	19	27	1.99
2828112--2828143	5	6.4	5	96	0	55	21	43	34	0	1.53
2828208--2828256	20	2.5	19	84	12	64	12	2	4	81	0.91
2828203--2828259	12	4.8	12	81	10	55	12	1	3	82	0.87
2828208--2828272	32	2.0	32	82	5	78	16	1	7	73	1.13
2828336--2828702	57	6.1	57	79	15	352	46	7	12	33	1.71
2832080--2832117	9	3.5	11	82	17	53	86	0	2	10	0.66
2832433--2832457	13	1.9	13	100	0	50	72	0	16	12	1.13
2832449--2832507	10	5.7	10	76	11	57	81	0	16	1	0.78
2832450--2832483	12	2.8	12	86	4	50	88	0	11	0	0.52
2832438--2832515	22	3.7	21	79	10	88	78	0	16	5	0.93
2832436--2832478	11	3.7	12	84	12	54	81	0	13	4	0.84
2832447--2832523	38	2.0	38	84	0	100	77	0	16	5	0.94
2832434--2832515	11	7.9	10	75	17	51	76	0	17	6	0.97
2832449--2832528	30	2.7	30	88	0	106	78	0	17	3	0.89
2832464--2832523	8	7.8	8	75	7	52	76	0	18	5	0.96
2833741--2834486	42	18.1	41	89	5	1109	22	17	23	36	1.94
2833741--2834486	81	9.1	81	93	3	1085	22	17	23	36	1.94
2834496--2834594	9	10.6	9	82	13	94	83	10	0	6	0.79
2834493--2834600	48	2.2	49	79	14	134	83	10	0	6	0.81
2834494--2834587	1	94.0	1	74	0	62	85	9	0	5	0.75
2834779--2834892	3	36.3	3	72	20	60	30	0	5	64	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2834924--2834954	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
2834937--2835045	43	2.4	45	76	8	116	23	7	6	62	1.45
2835316--2835363	25	1.9	25	87	8	71	31	8	18	41	1.80
2835372--2835437	30	2.2	31	81	8	73	25	27	19	27	1.99
2835853--2835912	8	7.4	8	77	9	50	11	1	5	81	0.91
2835850--2835908	13	4.3	13	73	12	55	10	1	5	83	0.88
2835982--2836410	59	7.1	57	75	15	355	46	7	13	32	1.71
2835992--2836402	125	3.4	117	85	10	533	45	7	13	33	1.73
2840609--2840638	15	2.1	15	93	6	53	56	6	30	6	1.51
2842702--2843016	57	5.4	57	89	4	477	44	7	12	35	1.70
2849950--2850003	25	2.2	25	86	3	74	75	1	5	16	1.07
2852545--2852575	4	7.8	4	92	0	53	80	0	0	19	0.71
2852543--2852577	8	4.4	8	92	0	52	82	0	0	17	0.66
2855538--2855581	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
2856538--2856576	8	4.6	8	87	12	60	12	0	0	87	0.55
2856538--2856586	18	2.7	18	87	12	66	18	0	0	81	0.69
2858216--2858283	34	2.0	34	88	5	102	42	5	14	36	1.70
2858738--2858829	18	5.0	17	71	21	62	72	2	8	16	1.19
2858738--2858782	17	2.6	18	80	19	60	75	2	8	13	1.13
2859613--2859638	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2859824--2859892	22	3.1	22	63	8	59	39	5	11	43	1.65
2859804--2859892	44	2.0	44	100	0	178	41	6	11	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2860648--2860691	23	2.0	21	86	8	61	31	0	4	63	1.14
2860823--2860863	22	1.9	21	85	5	55	56	0	0	43	0.99
2862178--2862209	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2864296--2864328	13	2.5	13	95	0	57	24	21	42	12	1.86
2876256--2876289	17	1.9	18	88	5	52	50	2	0	47	1.16
2877403--2877445	12	3.3	12	79	17	50	41	2	0	55	1.12
2877439--2877493	24	2.3	24	90	6	85	38	3	0	58	1.16
2877763--2877822	6	9.8	6	71	10	50	48	0	6	45	1.29
2877913--2877956	22	1.9	24	90	9	74	61	0	2	36	1.09
2879328--2879376	13	3.5	14	77	8	55	36	0	0	63	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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