genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7613309--7613416	46	2.4	46	79	13	116	42	10	12	34	1.77
7615086--7615112	9	3.0	9	100	0	54	88	0	0	11	0.50
7615213--7615248	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
7615255--7615299	9	5.0	9	82	17	58	6	15	0	77	0.96
7615246--7615299	27	2.0	27	85	7	74	11	12	0	75	1.04
7615255--7615309	18	2.9	19	78	7	60	5	20	0	74	1.01
7615278--7615328	26	1.9	27	84	4	68	3	25	0	70	1.04
7615658--7615696	20	1.9	21	89	5	62	82	15	0	2	0.79
7615659--7615703	20	2.2	20	84	0	54	84	11	2	2	0.80
7621468--7621527	29	2.1	30	84	6	79	45	1	1	51	1.21
7622450--7622524	32	2.3	32	95	0	132	52	12	10	25	1.70
7625170--7625244	31	2.3	34	77	11	86	32	4	1	62	1.22
7625225--7625269	22	2.0	22	91	0	72	31	2	0	66	1.04
7625230--7625278	22	2.2	22	82	7	64	36	2	0	61	1.08
7628054--7628095	20	2.0	20	86	4	57	40	0	9	50	1.35
7629267--7629522	137	1.9	137	92	0	431	33	12	15	38	1.85
7629551--7629642	45	2.0	45	89	6	139	32	17	9	40	1.82
7629506--7629642	48	3.0	45	79	9	141	35	16	11	37	1.85
7630428--7630465	2	19.0	2	89	10	60	47	2	0	50	1.15
7631258--7631296	2	19.5	2	83	0	51	51	2	5	41	1.38
7632675--7632740	34	1.9	34	96	0	123	65	7	1	25	1.28
7637419--7637814	43	9.2	43	76	5	336	40	18	12	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7637515--7637808	84	3.5	84	81	5	333	38	18	13	30	1.89
7639609--7639638	10	3.0	10	95	0	51	0	13	0	86	0.57
7639612--7639649	18	2.0	20	90	10	62	5	10	0	84	0.77
7645163--7645205	21	2.1	20	83	12	52	53	9	0	37	1.33
7645241--7645350	18	6.0	18	72	19	86	48	11	7	32	1.67
7645241--7645350	55	2.0	54	81	13	127	48	11	7	32	1.67
7645544--7645571	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
7645551--7645656	44	2.4	44	98	0	203	58	9	1	30	1.40
7645638--7645714	20	3.4	23	69	22	65	59	9	3	27	1.45
7645653--7645860	20	11.1	20	64	22	78	53	10	5	30	1.59
7645667--7645712	23	2.0	22	88	12	67	63	8	4	23	1.42
7645652--7645799	55	2.7	55	84	4	208	54	10	6	28	1.58
7645745--7645831	32	2.7	32	87	1	120	54	12	5	27	1.61
7645815--7645975	24	7.0	24	70	19	128	54	10	3	31	1.52
7645852--7645975	47	2.7	46	82	9	137	54	10	3	31	1.50
7645900--7645964	21	3.2	20	79	14	69	56	10	3	29	1.48
7654606--7654763	81	2.0	81	97	0	298	39	12	3	44	1.59
7654744--7654784	3	13.3	3	89	5	64	34	29	0	36	1.58
7654745--7654782	19	2.0	19	94	0	67	36	28	0	34	1.58
7655078--7655141	23	2.8	21	78	21	58	56	0	1	42	1.09
7656652--7656701	19	2.7	19	81	3	66	72	0	0	28	0.86
7662690--7662832	74	1.9	74	87	5	209	19	21	11	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7663143--7663171	9	3.0	10	90	10	51	79	0	0	20	0.74
7669175--7669219	20	2.3	19	76	3	54	13	55	28	2	1.50
7669250--7669341	32	2.9	32	90	0	148	35	41	20	2	1.65
7669300--7669342	13	3.1	15	87	12	65	37	41	20	0	1.53
7669386--7669418	16	1.9	18	88	11	52	15	3	3	78	0.99
7669758--7669801	18	2.4	18	84	3	52	63	2	2	31	1.19
7669594--7670151	213	2.6	211	88	5	806	43	8	15	32	1.77
7669959--7670016	20	2.8	19	76	21	55	67	0	5	27	1.12
7669964--7670014	19	2.9	17	76	18	52	68	0	3	27	1.07
7670174--7670223	21	2.3	23	77	19	63	60	0	0	40	0.97
7671369--7671419	20	2.5	20	75	6	50	80	11	0	7	0.90
7674224--7674255	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7674385--7674442	29	2.0	29	86	0	80	20	5	10	63	1.44
7679002--7679040	19	2.1	19	100	0	78	15	15	30	38	1.88
7679558--7679616	26	2.4	25	72	8	59	45	5	8	40	1.56
7679630--7679672	15	2.8	16	86	13	54	60	4	2	32	1.30
7681331--7681356	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
7682539--7682599	26	2.3	26	83	13	72	44	9	3	42	1.54
7687488--7687515	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
7687711--7687744	16	2.0	18	88	11	54	32	0	0	67	0.91
7689502--7689539	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
7694625--7694698	32	2.5	31	82	8	82	44	12	9	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7694886--7694965	40	2.0	41	87	7	119	50	2	10	37	1.50
7697610--7697660	22	2.3	23	80	12	63	78	0	0	21	0.75
7697777--7697924	56	2.6	56	90	0	242	45	8	10	34	1.70
7701957--7701993	9	4.2	9	89	3	58	78	0	13	8	0.96
7701992--7702028	16	2.2	17	90	9	58	67	0	27	5	1.12
7703088--7703146	22	2.7	22	84	5	75	38	5	16	38	1.71
7703809--7704009	41	4.9	42	85	7	250	23	14	20	41	1.89
7704056--7704169	44	2.6	44	83	1	122	25	9	16	48	1.77
7704205--7704242	19	2.0	19	89	0	58	86	7	2	2	0.74
7706630--7706872	57	4.2	58	78	11	221	49	8	9	32	1.65
7706645--7706771	63	2.0	62	83	4	157	51	8	11	29	1.67
7706773--7706919	55	2.6	56	90	1	233	42	8	11	37	1.71
7707488--7707562	15	5.1	15	73	16	59	38	4	0	57	1.18
7708588--7708652	15	4.2	15	73	13	51	30	0	3	66	1.07
7710367--7710439	30	2.4	30	79	4	94	45	16	0	38	1.48
7711556--7711617	22	2.8	21	80	9	70	27	1	1	69	1.07
7712289--7712561	41	6.5	41	83	4	323	43	17	10	28	1.83
7712289--7712561	83	3.3	81	85	5	348	43	17	10	28	1.83
7712736--7712785	22	2.2	22	85	3	64	36	10	14	40	1.79
7712743--7712786	22	2.0	23	90	4	72	34	9	15	40	1.79
7712901--7712954	20	2.7	20	82	2	63	38	12	11	37	1.79
7712868--7713096	79	2.9	79	87	1	316	34	16	11	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7712978--7713207	21	10.8	20	68	16	101	37	15	8	39	1.77
7713052--7713216	46	3.6	46	80	8	187	39	15	6	38	1.73
7714449--7714480	14	2.2	15	94	5	57	9	12	0	78	0.97
7714464--7714520	26	2.2	26	81	9	62	12	21	1	64	1.35
7718937--7718967	15	2.1	15	93	0	53	16	0	0	83	0.64
7718925--7718983	21	2.9	21	82	5	77	25	3	0	71	1.02
7719187--7719225	21	1.9	21	84	5	53	56	17	2	23	1.53
7721105--7721194	22	4.1	22	71	10	60	47	12	6	33	1.67
7721147--7721258	22	5.0	22	73	12	79	45	8	10	35	1.68
7721628--7721669	21	2.0	21	85	0	57	28	9	19	42	1.82
7727938--7728008	30	2.4	30	80	0	88	43	16	1	38	1.57
7729260--7729289	15	2.0	15	93	0	51	76	3	0	20	0.92
7730881--7730988	50	2.3	45	76	14	117	29	17	4	48	1.67
7732164--7732201	14	2.5	15	83	16	51	26	0	13	60	1.33
7733738--7733776	14	2.7	15	88	7	55	46	7	7	38	1.61
7737898--7737958	20	3.0	21	78	4	70	49	4	8	37	1.54
7737954--7737991	14	2.7	15	88	8	53	52	7	0	39	1.31
7743635--7743672	14	2.7	15	88	8	53	50	10	2	36	1.51
7746288--7746399	51	2.2	51	82	6	129	49	6	8	36	1.58
7746422--7746448	14	1.9	14	100	0	54	29	3	0	66	1.09
7751479--7751570	44	2.2	41	80	9	96	48	4	5	41	1.46
7752238--7752267	15	2.1	14	93	6	51	46	6	10	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7754874--7754916	22	1.9	23	90	4	70	69	6	4	18	1.29
7755827--7755859	17	1.9	17	88	11	50	33	6	0	60	1.21
7759499--7759923	214	2.0	215	91	0	690	49	14	18	17	1.80
7767717--7768374	334	2.0	334	98	0	1262	29	15	13	40	1.87
7769464--7769527	3	21.7	3	85	9	87	32	3	0	64	1.10
7774040--7774267	116	2.0	116	84	2	298	30	21	16	32	1.95
7774040--7774303	115	2.3	116	82	4	302	29	20	17	32	1.95
7777375--7777417	22	2.0	22	85	0	59	48	9	4	37	1.56
7777407--7777456	18	3.2	15	81	15	57	58	8	0	34	1.28
7794599--7794809	111	1.9	111	93	0	359	25	26	16	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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