genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111792--113425	181	9.2	181	74	8	1033	39	7	11	41	1.69
112738--114124	177	7.8	173	76	10	1078	40	8	9	42	1.67
112081--114030	702	2.8	700	80	5	1943	39	7	10	42	1.68
112733--113947	523	2.3	526	82	5	1414	40	8	9	42	1.66
113616--114297	360	1.9	357	78	6	743	40	8	8	42	1.65
114716--114767	21	2.5	21	96	3	97	48	9	9	32	1.69
114897--115437	287	1.9	286	81	6	666	42	9	10	37	1.71
115169--119586	181	24.5	180	75	8	3050	40	8	9	41	1.67
115197--119599	722	6.1	710	75	8	2764	40	8	9	41	1.67
118637--118671	18	2.1	17	89	10	54	48	8	5	37	1.58
121695--121763	36	1.9	36	90	0	111	26	23	23	27	2.00
128280--129441	180	6.6	176	74	9	669	41	7	9	41	1.66
129388--129525	67	2.1	67	88	2	206	44	7	10	36	1.67
129455--135757	181	35.4	181	75	7	4151	40	8	9	41	1.68
129601--135740	537	11.5	538	73	11	1681	39	8	10	41	1.68
130780--131099	167	1.9	167	82	4	403	38	8	10	43	1.68
133159--133431	148	1.9	147	86	2	395	38	5	9	45	1.61
133294--135757	357	6.9	357	75	8	1805	40	8	9	41	1.69
135598--135893	145	2.0	145	84	3	380	40	8	10	41	1.68
135628--135893	145	1.8	146	86	2	383	39	7	10	42	1.67
135878--136193	157	2.0	157	81	2	366	39	9	10	41	1.71
136035--137686	180	9.2	178	76	9	1152	41	8	9	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136146--136992	361	2.4	355	79	7	879	42	8	8	39	1.67
136105--137713	357	4.5	358	76	10	891	41	8	9	40	1.68
136105--137691	537	2.9	529	79	8	1521	41	8	9	40	1.67
136129--137686	718	2.2	718	77	8	1550	41	8	9	40	1.68
138010--140080	181	11.6	178	75	8	1380	39	8	9	41	1.69
140173--141163	359	2.8	355	79	5	937	41	10	8	40	1.69
140145--141253	179	6.2	177	76	6	860	41	9	8	39	1.69
141146--141359	106	2.0	106	88	5	317	49	7	8	35	1.61
140969--141539	286	2.0	283	83	4	720	43	7	8	39	1.65
140611--141897	645	2.0	637	80	6	1409	42	8	9	39	1.68
141252--158591	181	97.0	179	74	9	10393	41	10	8	40	1.69
141283--155353	180	78.7	175	72	11	5167	41	10	8	40	1.69
143655--143708	17	3.1	18	81	13	67	40	9	3	46	1.54
144011--144047	18	2.0	19	89	5	58	45	10	5	37	1.62
148402--148438	18	2.1	18	90	5	58	54	10	0	35	1.36
148851--149160	168	1.8	168	80	7	378	42	9	7	41	1.64
150595--150633	20	2.0	20	84	0	51	46	12	10	30	1.75
148091--170645	717	31.5	707	69	13	5667	41	10	8	40	1.68
153500--153532	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
141264--170644	539	54.4	536	71	12	6390	41	10	8	40	1.68
155201--155237	18	2.1	18	90	5	58	48	10	0	40	1.38
157518--157561	18	2.6	17	83	16	56	52	9	0	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157527--157561	18	2.0	17	94	5	61	57	5	0	37	1.23
158772--159829	181	5.9	181	75	8	860	41	9	8	40	1.68
158772--159761	361	2.7	358	77	6	996	41	9	8	40	1.67
159854--159886	16	2.1	16	88	11	50	51	6	9	33	1.58
160109--160544	181	2.4	181	80	6	492	41	10	8	39	1.69
159896--160544	180	3.6	179	76	7	501	41	10	8	39	1.70
160713--170668	181	55.5	181	74	9	6194	41	9	7	40	1.67
160713--170668	361	27.8	358	73	9	5743	41	9	7	40	1.67
161495--161542	17	2.8	17	81	12	53	43	12	0	43	1.42
163018--163057	21	1.9	20	85	10	53	52	5	5	37	1.45
165422--165750	166	2.0	164	83	7	416	43	10	6	40	1.64
165697--166122	174	2.4	173	77	9	411	41	10	8	39	1.69
166323--166355	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
161001--170668	716	13.5	716	72	11	2151	41	9	7	40	1.68
169202--169234	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
170683--170734	17	3.0	17	72	13	52	48	7	5	38	1.56
170686--170734	18	2.7	19	75	15	59	44	8	6	40	1.59
170676--171635	181	5.4	177	77	7	848	41	8	9	40	1.69
171548--171718	83	2.1	82	84	5	220	45	7	11	35	1.68
171363--171900	264	2.0	264	98	0	1031	40	8	9	40	1.69
171630--172142	181	2.8	179	82	5	568	38	9	10	40	1.73
171205--172081	445	2.0	438	81	4	1028	39	8	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171630--172207	181	3.2	177	76	12	512	39	9	10	40	1.73
172216--173409	182	6.7	178	74	8	879	40	8	9	42	1.67
172227--173409	362	3.3	360	75	11	850	40	8	9	42	1.67
173452--174731	181	7.0	181	74	8	889	40	10	9	39	1.72
173467--176806	361	9.3	356	74	9	2147	40	9	9	39	1.70
174753--176806	180	11.5	181	77	5	1718	40	9	9	40	1.70
176942--177083	38	3.9	35	79	10	126	33	5	0	59	1.26
176943--177013	35	2.1	34	85	10	94	36	7	1	54	1.36
176994--177089	3	31.7	3	79	15	92	30	4	0	65	1.11
176957--177083	38	3.4	38	79	12	131	32	5	0	61	1.24
177067--177110	12	3.6	12	87	3	61	15	2	2	79	0.93
177073--177123	24	2.1	24	81	0	57	11	9	1	76	1.10
177921--177978	3	19.7	3	80	16	68	25	0	1	72	0.94
177914--177982	12	6.0	12	80	17	76	26	0	1	72	0.93
177903--177983	22	3.6	22	81	15	87	23	1	1	74	0.97
177916--177983	25	2.7	26	78	17	81	25	0	1	73	0.92
177916--177987	32	2.4	29	86	13	101	26	0	1	72	0.93
177916--177992	22	3.7	21	78	16	72	27	0	2	70	1.01
178008--178076	5	13.8	5	76	14	63	15	4	1	78	0.98
178007--178075	36	1.9	36	85	5	95	15	4	1	78	0.98
178094--178365	58	4.7	57	83	9	345	43	6	13	36	1.70
178094--178365	116	2.3	116	91	2	440	43	6	13	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178915--178956	22	1.9	22	85	9	59	23	7	4	64	1.38
188768--188806	12	3.4	12	82	13	55	89	0	7	2	0.56
188780--188806	10	2.7	10	100	0	54	92	0	7	0	0.38
189813--189968	41	3.8	41	87	2	206	27	15	19	37	1.92
189976--190127	42	3.6	43	80	5	166	25	17	20	36	1.94
190311--190361	21	2.4	22	87	9	70	17	3	1	76	1.03
190430--190504	3	24.7	3	73	20	50	30	4	0	65	1.11
190431--190479	14	3.4	14	78	13	55	36	2	0	61	1.08
190430--190516	17	5.3	16	76	10	79	28	3	1	66	1.15
190429--190492	29	2.3	27	82	10	76	32	4	0	62	1.16
190482--190518	12	3.0	12	88	4	56	18	0	2	78	0.87
191327--191364	19	2.0	19	85	10	51	34	0	2	63	1.09
191402--191639	58	4.1	59	79	9	231	43	6	11	37	1.68
191423--191640	117	1.9	117	89	4	341	43	6	12	36	1.70
191423--191640	57	3.7	59	83	6	275	43	6	12	36	1.70
192130--193266	177	6.4	179	74	8	680	41	11	8	38	1.70
192787--194116	510	2.5	522	82	7	1525	42	10	7	39	1.69
193997--194231	118	2.0	118	83	6	298	42	11	6	40	1.66
194114--195758	181	9.1	181	76	7	449	42	10	7	39	1.68
193666--194590	479	1.9	479	80	4	1062	42	11	7	38	1.70
194963--195002	19	2.0	22	85	14	59	32	15	5	47	1.66
194114--196396	180	12.7	181	76	6	1748	42	9	7	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194145--196310	361	6.0	357	74	9	921	42	9	8	39	1.68
196470--198626	181	12.0	181	77	7	1843	40	8	9	41	1.68
196470--198657	361	6.1	361	78	6	1946	40	8	9	41	1.68
198804--198897	45	2.1	45	95	0	170	35	11	6	46	1.66
199137--199865	181	4.0	180	76	5	625	40	7	9	42	1.65
199063--199738	363	1.9	362	83	2	883	41	6	9	42	1.64
199876--201755	181	10.5	181	75	8	1330	40	8	9	41	1.68
200957--201734	358	2.2	352	78	9	767	43	7	10	39	1.67
203125--203188	27	2.4	26	94	5	119	31	34	15	18	1.93
203283--203320	18	2.1	18	90	0	58	36	21	5	36	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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