genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7795029--7795097	27	2.6	27	88	0	93	37	20	18	23	1.94
7795134--7795345	105	2.0	105	94	0	370	27	29	14	28	1.95
7795146--7795309	54	3.1	54	64	24	139	28	29	12	28	1.93
7795172--7795335	54	3.1	54	63	21	119	26	29	13	29	1.94
7796654--7796696	19	2.3	19	87	0	59	27	0	4	67	1.10
7797279--7797625	18	19.6	18	67	23	163	54	3	0	41	1.20
7797263--7797625	43	8.6	42	68	20	174	53	3	0	42	1.21
7797340--7797627	31	9.6	31	71	20	154	54	3	0	41	1.20
7797399--7797566	37	4.8	34	73	14	94	53	4	0	42	1.20
7797333--7797627	61	4.8	60	74	17	193	54	3	0	41	1.19
7797297--7797606	83	3.8	77	74	20	226	54	3	0	41	1.22
7797671--7797742	15	5.3	15	69	19	50	48	0	0	51	1.00
7797671--7797712	14	2.9	14	86	10	50	45	0	0	54	0.99
7797753--7797801	17	3.2	15	77	11	55	40	0	0	59	0.98
7797753--7797816	32	2.0	32	84	9	85	40	0	0	59	0.97
7798973--7799025	26	2.0	28	85	7	74	64	0	0	35	0.94
7800638--7801121	249	1.9	250	90	0	763	43	6	7	42	1.58
7801173--7801203	11	2.8	11	90	0	53	77	0	0	22	0.77
7801170--7801208	17	2.3	17	86	8	53	76	2	0	20	0.90
7801693--7801801	34	3.2	33	75	13	105	52	5	3	38	1.42
7819425--7819524	48	2.1	48	94	0	173	34	14	31	21	1.92
7822506--7822593	44	2.0	44	95	0	158	42	14	17	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7834501--7834542	18	2.3	18	100	0	84	26	9	16	47	1.77
7835522--7835582	29	2.1	30	87	3	88	47	1	1	49	1.21
7837160--7837200	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
7839573--7839597	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7848241--7848292	20	2.5	21	90	6	79	50	0	0	50	1.00
7848259--7848328	31	2.3	30	75	9	70	58	1	0	40	1.07
7848281--7848331	25	2.0	25	81	7	59	58	1	0	39	1.09
7850551--7850598	14	3.6	12	81	18	51	43	0	0	56	0.99
7850538--7850603	27	2.4	27	82	12	73	46	1	0	51	1.10
7850551--7850608	14	4.1	14	75	20	50	43	0	0	56	0.99
7854823--7854912	45	2.0	46	88	2	137	21	26	21	31	1.98
7856199--7856235	19	1.9	19	88	0	56	83	0	13	2	0.74
7859125--7859157	17	1.9	17	93	0	57	42	3	3	51	1.32
7861212--7861238	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
7863736--7863794	2	30.5	2	83	6	77	0	45	0	54	0.99
7870683--7870732	25	2.0	24	81	11	57	32	2	10	56	1.44
7873712--7873751	18	2.2	18	95	0	71	37	0	0	62	0.95
7879682--7879897	72	3.0	72	97	0	405	31	15	15	38	1.88
7886558--7886599	22	1.9	22	85	9	59	52	7	0	40	1.29
7887357--7887387	16	1.9	16	93	0	53	51	3	3	41	1.34
7887599--7887636	19	2.0	19	85	10	51	34	0	5	60	1.19
7888001--7888044	16	2.5	17	89	10	63	38	0	2	59	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7888702--7888742	13	3.2	13	77	16	50	36	7	2	53	1.42
7888819--7888848	12	2.6	11	90	10	51	30	0	0	70	0.88
7900329--7900360	16	2.0	16	100	0	64	43	6	6	43	1.54
7907308--7907933	322	1.9	325	84	7	826	42	14	18	23	1.87
7922203--7922242	21	1.9	21	85	10	55	52	2	7	37	1.43
7934969--7938122	791	4.0	790	97	0	5794	28	19	18	33	1.95
7950550--7950574	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7954665--7954709	2	22.5	2	95	0	81	48	2	48	0	1.13
7958312--7958389	18	4.0	19	80	9	77	39	0	0	60	0.97
7958362--7958406	21	2.2	21	92	7	76	44	0	0	55	0.99
7958339--7958406	21	3.5	19	84	10	75	42	0	0	57	0.98
7958362--7958417	21	2.8	20	81	10	69	44	1	0	53	1.11
7959635--7959671	3	12.3	3	88	0	56	27	0	5	67	1.12
7959635--7959669	15	2.3	15	100	0	70	25	0	5	68	1.11
7962578--7962623	22	2.1	22	100	0	92	34	13	21	30	1.91
7964553--7964600	24	2.1	24	84	7	64	29	10	16	43	1.81
7968703--7968739	16	2.4	16	86	13	51	29	16	13	40	1.86
7969742--7969767	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
7974970--7975028	30	1.9	30	89	3	91	32	25	0	42	1.55
7976508--7976577	36	2.1	34	82	12	83	47	15	2	34	1.61
7976963--7976988	13	2.0	13	100	0	52	7	7	0	84	0.77
7982580--7982645	29	2.2	30	81	5	71	39	12	4	43	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7982596--7982656	30	2.1	28	81	6	68	31	9	4	54	1.55
7994636--7994804	60	2.9	57	84	5	212	40	13	6	39	1.71
7995683--7995840	24	6.7	24	70	20	102	59	1	3	34	1.26
7995673--7995841	10	16.2	10	69	18	71	60	1	4	33	1.26
7996030--7996437	42	9.5	41	79	8	343	44	20	12	23	1.85
7996030--7996437	128	3.2	129	81	4	405	44	20	12	23	1.85
7996030--7996437	86	4.7	86	80	4	380	44	20	12	23	1.85
7996572--7996605	17	2.0	17	100	0	68	41	11	17	29	1.85
7997483--7997524	22	2.0	21	85	4	57	2	19	0	78	0.86
8007784--8008057	58	4.7	56	85	6	327	38	11	5	44	1.62
8007780--8008057	116	2.4	115	87	6	382	38	11	5	44	1.64
8008086--8008119	11	3.1	11	91	8	52	79	0	2	17	0.86
8008145--8008179	3	11.7	3	88	11	54	71	0	0	28	0.86
8008088--8008181	21	4.3	22	71	12	79	68	4	1	26	1.15
8008141--8008176	18	2.0	18	100	0	72	72	0	0	27	0.85
8008136--8008179	15	3.2	13	82	17	54	68	2	0	29	1.02
8008912--8009045	48	2.8	47	82	7	139	59	2	4	33	1.30
8009026--8009073	4	12.5	4	79	16	57	72	2	2	22	1.05
8011859--8011888	12	2.6	12	94	5	53	36	16	10	36	1.82
8012642--8012678	11	3.4	11	96	0	65	43	2	0	54	1.14
8013387--8013450	11	5.6	12	75	14	55	64	0	1	34	1.03
8013387--8013452	23	2.9	23	76	13	57	63	0	1	34	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8013490--8013540	20	2.6	20	73	14	61	50	0	0	49	1.00
8015787--8015827	2	20.5	2	89	0	64	48	4	0	46	1.23
8015829--8015853	6	4.2	6	100	0	50	16	0	32	52	1.44
8016038--8016066	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
8018881--8018957	30	2.5	30	84	14	104	44	12	2	40	1.57
8019085--8019127	14	3.0	15	83	10	54	48	2	0	48	1.14
8019081--8019155	26	2.8	26	75	15	64	46	4	1	48	1.29
8019094--8019179	46	1.9	44	81	13	104	45	5	1	47	1.34
8020289--8020344	18	3.2	18	77	12	62	51	3	5	39	1.42
8020297--8020344	17	2.7	18	78	12	55	50	2	6	41	1.39
8028150--8028189	18	2.4	17	84	15	57	52	12	0	35	1.39
8032343--8032379	19	1.9	19	88	0	56	64	5	8	21	1.40
8034420--8034459	21	1.9	21	85	10	55	47	5	10	37	1.59
8036685--8036769	31	2.7	30	81	3	89	41	15	4	38	1.68
8037880--8037955	31	2.5	31	88	0	107	40	5	10	43	1.62
8037902--8037948	24	1.9	25	82	4	60	42	6	12	38	1.69
8041088--8041144	24	2.7	21	76	15	55	61	8	1	28	1.36
8041245--8041290	15	3.1	15	81	12	58	71	4	0	23	1.03
8041958--8042039	42	1.9	43	85	2	112	21	12	4	60	1.50
8046070--8046575	121	4.2	121	78	1	453	18	19	14	47	1.82
8047292--8047329	20	1.9	19	89	5	58	10	2	5	81	0.94
8050013--8050067	26	2.0	28	86	6	78	29	16	10	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8053432--8053500	29	2.3	29	77	5	75	44	1	8	44	1.43
8054384--8054444	22	2.8	21	82	14	70	75	3	1	19	1.03
8056620--8056752	47	2.9	45	82	5	176	19	22	10	47	1.80
8066124--8066167	21	2.1	21	82	0	52	13	13	2	70	1.26
8072673--8072746	17	4.2	17	70	10	51	77	2	4	16	1.04
8073513--8073550	3	12.7	3	94	0	67	65	2	0	31	1.06
8078418--8078450	15	2.3	15	89	5	50	60	3	3	33	1.27
8079086--8079126	18	2.4	17	84	8	55	56	2	0	41	1.13
8080528--8080564	4	9.2	4	100	0	74	24	0	24	51	1.49
8084057--8084103	18	2.6	18	96	0	85	59	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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