genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  45  of  117  ( 13965 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8240689--8241498	215	3.8	212	85	5	1090	49	6	10	32	1.64
8240689--8241499	426	1.9	420	89	5	1276	49	6	10	32	1.64
8240740--8241476	211	3.5	211	87	5	1100	49	6	11	32	1.63
8242207--8242241	16	2.3	15	95	5	61	2	5	31	60	1.35
8246894--8246974	40	2.0	40	95	0	144	43	13	20	22	1.87
8248588--8248699	34	3.3	33	80	9	127	32	14	15	38	1.87
8259610--8260162	189	2.9	184	76	9	515	34	15	10	38	1.82
8261343--8261392	19	2.6	19	90	0	82	26	4	16	54	1.59
8261385--8261452	28	2.4	28	90	0	100	22	5	25	47	1.73
8264753--8264966	63	3.4	61	75	14	186	38	13	15	32	1.86
8266556--8266637	29	2.8	29	76	12	87	67	1	4	26	1.19
8267683--8267875	98	2.0	98	91	2	316	32	11	18	36	1.88
8271744--8271790	3	15.7	3	95	0	58	31	8	0	59	1.27
8275490--8275563	21	3.2	21	67	20	58	58	22	4	14	1.54
8275490--8275587	50	2.0	49	90	4	153	58	20	7	14	1.60
8278449--8278544	29	3.2	29	64	18	70	51	3	8	37	1.48
8278426--8278546	61	2.0	61	96	0	224	50	4	7	38	1.50
8278676--8278710	16	2.2	16	90	5	54	74	0	22	2	0.95
8279135--8279169	16	2.3	15	95	5	61	2	5	31	60	1.35
8284803--8284850	12	3.7	13	79	17	55	31	16	0	52	1.45
8286060--8286239	97	1.9	97	91	0	297	30	13	20	35	1.91
8294096--8294142	23	2.0	23	88	8	69	74	4	2	19	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8295103--8295141	16	2.5	15	84	8	51	66	2	5	25	1.25
8296869--8297071	100	2.0	100	87	3	293	34	12	16	35	1.87
8298669--8298742	25	3.1	25	75	14	84	71	9	5	13	1.28
8298672--8298745	12	6.4	11	76	15	69	72	9	4	13	1.23
8299562--8299617	25	2.3	23	72	6	58	71	8	7	12	1.30
8299812--8299897	41	2.1	41	84	4	111	40	23	11	24	1.87
8300511--8300571	24	2.7	22	82	9	70	42	11	6	39	1.67
8300312--8300774	46	10.4	44	78	8	299	38	13	9	38	1.77
8300312--8300774	21	20.8	21	72	13	236	38	13	9	38	1.77
8300336--8300769	92	4.8	91	80	8	367	38	13	9	38	1.77
8301969--8302032	18	3.7	16	78	17	58	7	10	1	79	0.99
8301969--8302024	27	2.0	28	89	3	87	7	10	0	82	0.85
8301985--8302034	18	2.8	18	85	8	59	6	16	2	76	1.08
8301975--8302032	27	2.1	27	83	0	71	6	10	1	81	0.95
8305207--8305301	50	1.9	50	86	0	136	28	13	7	50	1.68
8306682--8306722	16	2.7	15	85	7	55	46	12	12	29	1.77
8307821--8307982	60	2.8	58	80	7	184	24	11	9	55	1.64
8307807--8307990	60	3.1	59	76	11	173	22	10	8	58	1.58
8308599--8308672	11	6.3	12	80	9	82	74	6	1	17	1.11
8308595--8308663	23	3.0	23	75	23	72	75	5	2	15	1.12
8308600--8308675	24	3.1	25	75	9	68	73	7	1	17	1.13
8310782--8311172	198	2.0	199	94	2	689	41	13	17	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8317347--8317444	49	2.0	49	89	0	151	58	19	8	14	1.61
8320325--8320373	25	2.0	23	88	7	71	30	0	8	61	1.25
8321890--8321919	16	1.9	15	93	6	51	50	3	0	46	1.18
8322595--8322663	31	2.2	32	86	2	104	36	7	4	52	1.49
8323057--8323097	18	2.3	18	86	0	55	39	2	4	53	1.35
8326771--8326813	16	2.5	17	80	20	54	67	0	4	27	1.10
8326776--8326823	8	5.4	9	80	9	55	75	0	2	22	0.91
8328379--8328403	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
8328996--8329023	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8329059--8329098	21	1.9	21	85	10	55	67	2	5	25	1.23
8331165--8331193	15	2.0	15	93	6	51	31	13	6	48	1.69
8338140--8338383	121	2.0	121	92	3	404	36	12	9	41	1.75
8346725--8346783	18	3.3	18	73	20	61	33	1	1	62	1.15
8348764--8348794	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
8349021--8349212	98	2.0	97	92	2	323	32	7	10	50	1.64
8349593--8349645	15	3.5	15	73	0	61	50	15	11	22	1.75
8349595--8349654	30	2.0	30	93	0	102	51	13	13	21	1.75
8352083--8352184	34	3.0	34	77	5	100	45	4	3	46	1.43
8352189--8352231	21	2.0	21	86	4	59	55	6	9	27	1.57
8352714--8352752	18	2.2	18	86	9	53	0	53	0	46	1.00
8359438--8359473	7	5.1	7	93	0	63	2	13	27	55	1.52
8367937--8367987	26	1.9	27	84	11	70	43	7	5	43	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8369569--8369598	14	2.2	13	94	5	51	50	0	0	50	1.00
8372758--8372792	17	2.1	17	100	0	70	51	8	5	34	1.56
8376854--8376887	17	1.9	17	88	5	50	8	14	14	61	1.55
8378047--8378086	21	1.9	21	84	0	53	25	40	27	7	1.82
8382153--8382185	6	5.5	6	96	0	57	0	51	3	45	1.16
8394714--8394774	30	2.1	30	84	6	81	29	1	8	60	1.35
8394962--8394996	19	1.9	19	88	11	56	57	5	5	31	1.46
8396890--8397228	175	1.9	175	91	3	549	45	7	10	37	1.66
8397775--8397824	16	3.1	16	76	2	55	62	2	0	36	1.07
8398397--8398486	42	2.1	41	82	11	103	46	4	1	47	1.29
8398591--8398627	14	2.5	15	91	4	58	67	2	0	29	1.04
8398645--8398691	12	3.8	12	75	13	51	65	0	2	31	1.04
8398635--8398685	10	4.4	12	78	11	54	70	0	1	27	0.98
8398645--8398690	24	2.0	23	86	4	65	67	0	2	30	1.03
8403260--8403350	45	2.0	45	97	0	173	9	16	13	60	1.58
8408419--8408833	211	2.0	208	87	2	589	32	21	16	29	1.95
8410135--8410163	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8417662--8417686	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
8420309--8420403	29	3.3	28	71	14	77	55	0	0	44	0.99
8420361--8420445	30	2.8	30	84	10	95	45	0	1	52	1.08
8420380--8420438	18	3.2	18	80	4	64	50	0	1	47	1.11
8422623--8422685	32	2.0	32	93	0	108	38	19	3	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8424401--8424442	21	2.0	21	100	0	84	23	28	9	38	1.86
8453813--8453846	7	4.7	7	89	7	50	67	0	2	29	1.05
8455906--8455931	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
8464990--8465043	23	2.3	23	90	6	83	59	1	5	33	1.31
8465290--8465323	16	2.1	16	88	0	50	70	0	0	29	0.87
8465305--8465370	29	2.3	28	74	7	69	59	6	1	33	1.31
8468025--8468062	17	2.2	17	86	9	51	18	2	2	76	1.02
8468897--8468968	29	2.4	29	82	11	76	52	0	8	38	1.32
8470160--8470191	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8480367--8480410	23	1.9	23	86	9	63	61	4	2	31	1.28
8486514--8486550	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
8488790--8488825	17	2.1	18	89	5	56	0	0	16	83	0.65
8488790--8488825	18	2.0	18	88	0	54	0	0	16	83	0.65
8490108--8490149	19	2.2	19	83	8	50	45	0	4	50	1.23
8490523--8490548	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
8493370--8493418	21	2.3	22	96	3	91	57	0	0	42	0.99
8493406--8493445	8	5.4	8	80	14	50	75	0	0	25	0.81
8493405--8493445	14	2.8	15	79	17	50	73	0	0	26	0.84
8493370--8493454	21	3.9	22	77	6	66	60	0	0	40	0.97
8500152--8500182	15	2.1	15	93	0	53	22	41	12	22	1.88
8504719--8504795	39	2.0	39	94	0	136	45	3	11	38	1.59
8504926--8504975	22	2.2	22	82	10	57	16	4	6	74	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8509456--8509493	16	2.4	16	86	8	51	73	7	0	18	1.06
8510335--8510379	19	2.2	20	80	15	56	48	0	0	51	1.00
8510342--8510378	19	2.0	19	94	5	67	48	0	0	51	1.00
8510591--8510649	21	2.8	21	82	14	77	10	10	1	77	1.05
8510596--8510656	22	3.0	19	73	21	52	9	9	1	78	1.03
8510601--8510663	25	2.5	24	80	14	65	9	7	1	80	0.95
8510599--8510666	13	5.2	13	75	8	57	10	7	1	80	0.95
8510954--8510999	23	2.0	24	82	4	58	32	0	2	65	1.05
8511396--8511434	13	3.2	13	82	14	55	64	0	0	35	0.94
8511619--8511664	19	2.2	22	81	14	62	17	2	13	67	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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