genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211634--213424	181	10.0	179	74	8	1238	40	7	10	41	1.68
211651--213249	720	2.2	716	80	4	1711	40	7	10	41	1.68
213377--213472	50	1.9	50	93	0	165	41	8	10	39	1.69
213675--214174	181	2.8	180	84	3	587	40	8	11	40	1.70
214155--214221	19	3.7	19	80	7	68	41	11	4	41	1.62
214174--214806	181	3.5	180	74	9	526	39	11	8	40	1.71
215149--220326	180	28.7	180	74	9	3142	41	9	8	41	1.68
215801--216138	182	1.9	181	81	5	423	41	11	7	40	1.69
218555--220328	177	9.9	176	78	6	1371	40	8	8	41	1.67
215149--220328	718	7.2	716	75	9	2106	41	9	8	41	1.68
220361--222319	180	10.9	177	72	11	884	42	9	8	39	1.69
220353--222307	357	5.5	358	72	11	891	42	9	8	39	1.69
220362--222265	537	3.5	527	76	10	1647	42	9	8	39	1.68
222422--223114	180	3.8	178	77	7	487	39	11	7	41	1.69
223264--226453	181	17.7	179	75	7	1883	41	9	7	40	1.68
223264--226453	361	8.9	360	73	9	1288	41	9	7	40	1.68
223327--226453	180	17.4	178	74	8	1954	41	9	7	40	1.68
225956--225999	18	2.4	18	85	7	54	61	2	2	34	1.21
227437--236247	181	48.6	180	71	10	4036	39	8	10	41	1.69
227508--239063	361	32.1	361	70	11	4636	39	8	10	41	1.69
232710--233368	360	1.8	361	81	7	820	37	9	11	42	1.72
232471--240698	538	15.4	538	73	9	4301	39	8	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233904--235821	180	10.7	176	73	10	699	40	8	10	41	1.69
236117--236394	147	1.9	144	82	7	346	37	5	11	45	1.65
236256--239069	181	15.7	178	74	8	1759	39	8	9	41	1.69
238948--239226	140	2.0	138	80	11	318	40	6	8	43	1.63
239058--240698	180	9.1	180	76	8	1212	40	7	9	41	1.67
239058--240698	540	3.0	533	80	6	1661	40	7	9	41	1.67
240281--240331	18	2.8	20	72	27	60	41	3	13	41	1.63
242714--243026	169	1.9	169	80	4	380	40	7	10	41	1.67
242867--244204	171	7.5	178	76	9	1022	40	8	9	41	1.68
242923--244010	180	6.1	173	74	9	506	40	8	8	41	1.67
244182--244225	21	2.1	21	100	0	88	38	4	11	45	1.61
244506--245249	181	4.2	179	80	6	729	42	8	9	40	1.67
245126--245173	18	2.8	17	78	12	53	47	6	8	37	1.59
245242--245379	67	2.1	67	90	0	213	40	6	14	38	1.72
245309--246304	182	5.5	181	76	6	791	38	8	10	42	1.70
246399--249770	181	18.8	181	76	7	2659	40	8	9	41	1.69
246397--249704	892	3.7	901	76	7	2140	40	8	10	41	1.69
249744--249808	34	1.9	34	90	0	103	38	6	1	53	1.35
249581--249982	215	1.9	215	82	2	511	41	8	7	41	1.65
250374--251162	182	4.4	181	74	10	470	42	10	7	39	1.67
251182--254025	181	15.8	180	75	7	2025	41	9	8	40	1.68
251158--254038	539	5.3	540	75	7	2056	41	9	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253904--254156	133	1.9	133	86	3	357	41	9	7	41	1.65
253724--254344	313	2.0	312	84	4	813	42	9	7	40	1.65
254399--255486	355	3.0	346	77	9	983	40	8	9	41	1.67
254399--255660	181	7.1	181	76	6	997	40	8	9	41	1.68
255676--256525	181	4.8	180	76	10	703	39	8	9	41	1.68
257108--258784	181	9.3	181	76	5	1284	41	8	9	40	1.69
257108--258784	361	4.6	363	76	6	1071	41	8	9	40	1.69
258791--259342	179	3.1	180	80	6	659	39	7	10	42	1.68
259214--259468	135	1.9	135	89	0	393	37	9	10	43	1.70
259507--259738	118	2.0	118	81	5	272	45	9	10	34	1.72
259617--263258	180	20.0	179	71	11	1091	39	8	9	42	1.68
259817--261050	358	3.5	356	77	7	1074	39	7	10	41	1.69
259652--261007	539	2.5	535	78	5	1247	40	7	10	41	1.68
261043--261180	67	2.1	67	92	0	231	42	6	13	37	1.71
261309--263079	542	3.3	542	78	6	1382	39	8	9	43	1.68
261321--263254	180	10.8	181	76	6	1486	39	8	9	42	1.68
262047--263258	542	2.2	535	81	6	1349	39	8	9	42	1.68
263358--264857	180	8.4	181	74	9	954	39	8	10	41	1.70
263500--263982	183	2.6	187	82	9	517	41	7	10	40	1.68
264292--265459	180	6.7	175	72	14	560	38	7	11	42	1.70
265604--265928	178	1.8	175	80	7	386	45	10	7	36	1.66
265779--268667	177	16.4	174	71	12	1056	42	10	8	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265859--266896	524	2.0	525	82	5	1274	43	9	8	39	1.67
265779--267442	710	2.4	695	78	8	1731	43	10	8	38	1.69
267449--268013	179	3.2	180	79	3	462	41	10	8	39	1.71
267520--268932	176	7.9	177	71	11	502	41	10	8	39	1.70
267706--268358	345	1.9	344	78	7	718	42	9	9	38	1.69
284831--285103	144	1.9	144	86	1	386	27	20	15	36	1.93
298358--298407	25	2.0	25	88	4	73	80	2	14	4	0.95
298358--298399	17	2.5	16	85	11	57	78	2	16	2	0.96
298808--298840	15	2.3	15	94	5	59	75	0	12	12	1.04
298802--298885	23	3.7	23	78	13	95	75	0	15	9	1.05
298752--298885	44	3.0	42	82	11	128	68	0	21	9	1.18
298804--298861	20	2.8	20	86	7	62	77	0	13	8	0.98
298827--298867	20	2.2	19	86	8	57	78	0	17	4	0.93
299985--300026	22	2.0	21	90	4	66	33	9	21	35	1.86
299986--300041	22	2.5	22	82	5	60	37	7	19	35	1.79
300688--300765	39	2.0	40	92	2	131	21	10	24	43	1.83
300770--301162	90	4.4	90	84	2	454	23	13	17	45	1.84
300733--301162	88	4.9	90	83	3	446	23	13	18	44	1.85
300770--301186	178	2.4	176	80	4	462	23	13	17	45	1.84
301700--301738	12	3.1	12	85	10	51	71	7	20	0	1.10
301702--301742	14	2.9	14	96	0	73	70	9	19	0	1.14
301872--301941	31	2.2	33	75	17	76	21	14	18	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306807--306848	11	3.8	11	87	0	66	19	0	30	50	1.48
306806--306848	22	2.0	22	95	0	77	20	0	30	48	1.50
306873--307029	52	3.0	52	90	1	235	38	8	26	25	1.85
310284--310318	6	5.8	6	93	0	52	0	2	8	88	0.61
311445--311481	19	1.9	19	88	0	56	37	10	0	51	1.37
311593--311649	20	2.7	21	86	10	80	56	1	0	42	1.10
314735--314784	15	3.5	15	81	13	61	0	40	0	60	0.97
315594--315750	42	3.8	41	84	2	197	40	19	14	24	1.89
315594--315750	83	1.9	83	87	0	233	40	19	14	24	1.89
315726--315774	24	2.0	24	92	0	80	42	16	22	18	1.88
316024--316078	20	2.6	22	77	11	69	30	14	16	38	1.89
316096--316153	21	2.7	22	83	2	73	39	18	5	36	1.74
316488--316531	23	1.9	23	86	9	63	27	25	4	43	1.74
317471--317592	8	15.0	8	73	16	72	4	18	0	77	0.98
317488--317592	15	6.7	15	72	14	61	4	17	0	77	1.00
317529--317592	10	6.1	10	79	15	58	0	20	0	79	0.73
317529--317592	32	2.0	31	90	3	101	0	20	0	79	0.73
317506--317586	23	3.6	22	77	14	76	3	19	1	75	1.02
317932--317979	24	2.0	24	83	0	60	4	22	2	70	1.15
317935--317989	28	1.9	29	82	10	69	7	20	1	70	1.20
322414--322453	13	3.2	13	89	3	64	72	7	7	12	1.27
322417--322484	25	2.8	24	79	18	77	75	7	4	13	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322418--322484	12	5.4	12	77	13	57	74	7	4	13	1.18
323357--323421	6	10.5	6	77	6	58	75	3	3	18	1.07
323359--323408	22	2.3	22	82	6	57	72	4	2	22	1.12
323671--323730	24	2.5	24	78	10	59	51	0	3	45	1.17
323742--323791	16	3.0	16	76	21	57	50	6	2	42	1.38
323776--323800	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
323775--323821	19	2.5	20	75	6	53	48	0	0	51	1.00
324346--324441	40	2.4	38	79	5	102	34	9	6	50	1.60
324416--324452	19	1.9	19	94	0	65	37	10	0	51	1.37
324534--324604	22	3.2	22	82	13	92	63	0	1	35	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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