genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8084052--8084220	15	10.9	15	68	22	68	55	2	1	40	1.23
8084068--8084148	41	2.0	41	87	4	119	54	1	2	41	1.21
8084052--8084163	18	5.9	18	79	10	84	54	1	1	41	1.21
8084279--8084319	16	2.7	15	85	7	55	48	2	0	48	1.14
8084289--8084354	26	2.6	26	90	4	100	48	1	0	50	1.10
8084279--8084339	15	4.2	16	69	25	55	47	1	0	50	1.10
8084220--8084364	60	2.4	60	78	11	147	44	0	0	53	1.10
8084469--8084498	14	2.1	14	100	0	60	46	6	0	46	1.29
8085164--8085188	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8085622--8085656	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
8086290--8086320	4	7.8	4	100	0	62	25	0	48	25	1.52
8088211--8088235	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
8092711--8092750	16	2.5	16	95	0	71	52	0	0	47	1.00
8093537--8093589	21	2.5	20	72	19	54	37	1	3	56	1.28
8103592--8103618	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
8108836--8108920	33	2.6	33	80	0	98	24	23	24	27	2.00
8109024--8109134	33	3.4	33	93	2	188	34	32	12	20	1.90
8109571--8109659	33	2.7	33	84	3	117	26	38	11	23	1.89
8109643--8109739	33	2.9	32	81	6	122	29	27	19	22	1.98
8109731--8109807	36	2.2	35	86	6	104	32	27	19	20	1.97
8109780--8109936	81	1.9	81	90	0	251	33	22	20	23	1.97
8109928--8110006	33	2.4	33	93	0	131	35	31	18	13	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8109914--8110032	33	3.6	33	83	0	121	33	29	20	16	1.95
8112747--8112783	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
8112782--8112816	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
8122842--8122866	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
8124675--8124731	24	2.4	22	75	13	60	66	3	5	24	1.28
8125226--8125267	15	2.9	15	82	7	50	33	2	7	57	1.39
8125269--8125313	12	3.6	12	77	11	54	37	2	4	55	1.32
8125259--8125314	26	2.1	27	90	3	87	35	1	3	58	1.26
8131083--8131125	19	2.3	19	84	15	54	65	2	9	23	1.34
8136853--8136908	29	2.0	27	86	6	76	60	7	0	32	1.24
8140408--8140443	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8140512--8140556	18	2.5	18	82	10	56	64	0	11	24	1.26
8142767--8142798	11	2.9	11	95	0	55	81	0	9	9	0.88
8143551--8143932	49	8.0	49	88	5	525	27	15	24	32	1.95
8143551--8143946	97	4.2	97	87	7	521	28	14	23	33	1.95
8143551--8143946	146	2.8	142	87	5	568	28	14	23	33	1.95
8143936--8143964	9	3.2	9	100	0	58	44	0	13	41	1.44
8143891--8144008	63	1.9	62	94	1	209	29	11	21	37	1.89
8143845--8144053	107	1.9	109	88	3	314	27	14	22	34	1.94
8143954--8144083	45	2.9	45	87	5	185	24	15	23	36	1.94
8144298--8144381	15	5.7	15	75	13	59	0	23	4	71	1.05
8145981--8146364	193	2.0	191	90	2	608	35	12	15	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8149464--8150238	236	3.3	232	76	9	649	32	11	5	50	1.62
8150638--8151208	288	2.0	286	81	4	664	30	10	6	52	1.61
8151038--8151475	229	1.9	228	79	6	492	31	10	5	51	1.60
8151821--8151867	21	2.2	21	77	7	51	36	6	2	55	1.37
8152793--8152835	11	3.9	11	80	19	54	30	2	0	67	1.03
8154467--8154511	2	22.5	2	95	0	81	51	2	0	46	1.13
8157485--8157598	45	2.5	45	100	0	228	54	2	0	42	1.14
8168002--8168057	10	5.5	10	79	10	60	73	0	25	1	0.93
8168745--8169291	217	2.5	219	79	7	571	53	4	9	32	1.55
8171261--8171290	16	1.9	15	93	6	51	46	0	3	50	1.18
8171455--8171513	30	2.0	30	96	0	109	40	11	6	40	1.68
8172246--8172282	16	2.4	15	86	8	56	43	0	5	51	1.24
8172440--8172519	31	2.7	31	90	5	121	37	12	7	42	1.71
8170493--8173190	986	2.7	988	93	2	4556	38	9	11	39	1.75
8175622--8176058	43	10.4	43	72	11	242	45	12	14	27	1.81
8175778--8176058	87	3.2	86	80	5	298	46	12	13	27	1.80
8175771--8176059	130	2.2	130	81	1	346	45	13	14	26	1.82
8177093--8177138	20	2.3	20	81	7	58	6	15	0	78	0.95
8185182--8185211	14	2.2	13	94	5	51	90	0	6	3	0.56
8185182--8185227	24	2.0	23	82	4	56	82	2	13	2	0.85
8192143--8192182	4	10.8	4	79	15	50	27	0	0	72	0.85
8192143--8192182	18	2.2	19	90	4	64	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8192239--8192313	5	14.8	5	75	17	66	77	4	2	16	1.03
8192234--8192320	18	4.8	17	76	16	77	78	3	3	14	1.02
8192236--8192296	31	1.9	32	90	3	97	77	4	1	16	1.03
8192238--8192284	21	2.2	22	88	3	69	78	4	2	14	0.99
8192234--8192302	31	2.2	30	82	7	93	78	4	1	15	0.98
8192245--8192321	26	3.1	26	78	14	90	79	2	3	14	0.99
8192762--8192790	6	4.8	6	100	0	58	51	34	0	13	1.42
8193147--8193193	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
8194870--8194922	29	1.9	26	85	11	70	56	11	0	32	1.35
8197241--8197283	21	2.0	23	81	9	54	60	4	11	23	1.50
8198518--8198694	63	2.8	62	78	9	171	37	14	12	35	1.85
8199411--8199568	63	2.7	58	79	8	167	33	13	16	36	1.88
8201663--8201705	20	2.0	20	82	8	50	39	0	2	58	1.11
8201703--8202501	234	3.4	230	76	9	703	31	11	6	50	1.64
8205236--8205271	18	1.9	19	88	5	56	33	2	0	63	1.08
8207054--8207086	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8210850--8210884	18	1.9	18	88	11	54	88	0	8	2	0.61
8213090--8213182	23	4.1	23	76	2	80	30	25	15	29	1.95
8213410--8213461	26	2.0	26	100	0	104	34	19	7	38	1.80
8213436--8213954	96	5.4	96	78	3	454	39	15	10	34	1.83
8213930--8213976	22	2.1	22	88	0	67	34	21	14	29	1.93
8213940--8213985	22	2.1	22	83	0	56	41	26	6	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8214052--8214110	22	2.7	22	82	10	68	33	22	15	28	1.94
8213938--8214213	125	2.2	126	81	3	299	35	16	14	33	1.89
8214100--8214409	104	3.0	104	80	2	354	36	15	14	34	1.87
8217270--8217308	20	1.9	21	85	15	55	61	0	7	30	1.24
8218423--8218465	12	3.6	12	77	0	50	39	9	4	46	1.57
8218417--8218473	24	2.5	24	88	5	82	38	7	3	50	1.46
8219467--8219509	15	2.9	14	83	10	50	23	2	4	69	1.18
8220541--8220587	24	1.9	25	95	4	87	46	2	10	40	1.50
8220681--8220708	12	2.3	12	100	0	56	85	0	7	7	0.73
8220953--8221559	213	2.9	212	86	4	810	49	5	11	33	1.62
8221563--8221595	15	2.2	15	100	0	66	36	6	12	45	1.66
8223014--8223043	12	2.5	12	88	0	51	83	0	10	6	0.81
8222532--8223165	323	2.0	311	90	5	1004	44	7	12	35	1.71
8223255--8224069	220	3.8	214	86	4	1103	49	6	10	32	1.63
8223255--8224070	434	1.9	421	88	5	1235	49	6	10	32	1.63
8224027--8224051	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
8224776--8224810	16	2.3	15	90	5	52	2	5	28	62	1.32
8225329--8225374	23	2.0	23	100	0	92	43	8	21	26	1.81
8230308--8230360	19	2.9	17	75	10	52	77	1	15	5	1.04
8230310--8230360	18	2.7	19	74	14	52	78	1	13	5	1.02
8230547--8230639	23	4.1	23	80	2	89	31	24	15	29	1.95
8230803--8231396	96	6.2	95	77	5	491	38	15	10	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8230824--8231364	192	2.8	192	80	4	574	39	15	10	34	1.81
8230810--8231389	288	2.0	287	81	3	673	39	15	10	33	1.82
8231488--8231540	22	2.4	22	90	6	81	30	24	16	28	1.97
8231345--8231649	125	2.4	125	80	4	310	34	17	15	31	1.92
8231531--8231827	104	2.9	103	82	2	371	37	15	14	33	1.87
8234724--8234762	20	1.9	21	85	15	55	61	0	7	30	1.24
8235874--8235930	24	2.4	23	82	5	69	38	8	5	47	1.57
8236927--8236969	15	2.9	14	83	10	50	23	2	4	69	1.18
8238133--8238162	13	2.4	13	94	5	53	86	0	6	6	0.70
8238373--8239047	204	3.3	202	84	6	817	48	5	12	33	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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