genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   

This is table  82  of  117  ( 13965 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14890839--14891125	42	6.7	42	81	8	253	25	13	19	40	1.89
14891142--14891188	5	9.6	5	82	13	53	85	10	0	4	0.74
14891142--14891191	14	3.8	13	76	7	57	86	10	0	4	0.71
14891142--14891191	19	2.5	20	90	3	75	86	10	0	4	0.71
14891413--14891509	17	5.9	17	71	19	73	22	5	1	71	1.12
14891385--14891461	28	2.8	28	80	7	84	27	2	0	70	1.01
14891402--14891506	33	3.2	34	75	17	105	24	4	0	69	1.14
14891447--14891518	30	2.3	30	83	9	83	23	6	1	68	1.22
14892350--14892393	22	2.0	22	90	0	70	31	0	0	68	0.90
14892350--14892438	15	5.7	15	72	16	58	26	1	4	67	1.17
14892416--14892486	6	11.3	6	77	14	63	15	7	0	77	0.97
14892424--14892485	20	3.0	20	80	15	65	16	6	0	77	0.97
14892416--14892488	32	2.3	31	80	17	80	15	8	0	76	1.00
14892504--14892721	58	3.7	60	86	9	288	43	6	13	36	1.71
14892503--14892722	116	1.9	120	90	5	358	43	7	13	35	1.71
14893494--14893771	22	12.7	22	69	14	110	38	8	6	46	1.61
14893503--14893583	41	2.0	41	82	0	99	40	7	7	44	1.60
14893472--14893803	22	15.1	22	70	12	105	38	8	6	46	1.60
14893687--14893728	11	3.8	11	75	12	50	42	4	2	50	1.36
14894432--14894519	10	8.4	10	74	13	70	47	9	2	40	1.48
14894562--14894632	21	3.4	21	80	1	81	46	11	8	33	1.70
14894605--14894696	21	4.4	21	72	11	73	46	14	9	29	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14894491--14894685	104	1.9	105	80	3	232	45	10	7	36	1.67
14894597--14894685	42	2.1	41	79	6	99	49	13	6	30	1.68
14894683--14894744	30	2.1	30	100	0	124	41	12	9	35	1.76
14894763--14894881	46	2.5	46	82	5	150	51	9	5	33	1.58
14894805--14894843	20	2.0	20	89	0	60	43	10	7	38	1.67
14894868--14895004	21	6.6	21	67	9	84	43	10	10	34	1.75
14894802--14895004	62	3.2	62	77	5	185	46	10	9	33	1.70
14894992--14895043	27	1.9	27	88	0	77	51	11	3	32	1.56
14895018--14895240	21	10.6	21	66	11	89	46	12	8	33	1.71
14895354--14895425	21	3.4	21	76	3	74	50	9	5	34	1.59
14895356--14895551	42	4.7	42	73	8	130	48	10	8	32	1.68
14895520--14895659	21	6.6	21	66	14	74	44	12	8	34	1.73
14895801--14895852	21	2.5	21	83	0	68	51	5	5	36	1.50
14895843--14895890	21	2.3	21	88	0	69	41	10	12	35	1.77
14896101--14896140	20	2.0	20	90	0	62	37	10	10	42	1.72
14896204--14896353	21	7.2	21	71	8	74	46	14	6	33	1.68
14896029--14896270	129	1.9	130	83	9	325	47	11	8	32	1.69
14896223--14896318	42	2.3	42	83	3	122	43	14	9	32	1.77
14896223--14896340	42	2.8	41	76	11	98	45	13	7	33	1.72
14896385--14896432	21	2.3	21	88	0	69	56	4	8	31	1.48
14897251--14897293	22	2.0	22	85	0	59	34	9	11	44	1.73
14897310--14897346	11	3.4	11	84	0	56	35	13	0	51	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14897310--14897355	22	2.1	22	91	0	74	34	10	2	52	1.49
14897414--14897475	22	2.8	23	76	13	67	48	3	4	43	1.40
14897415--14897500	44	2.0	44	83	0	109	46	5	4	43	1.48
14897508--14897570	22	2.9	22	87	0	81	41	7	6	44	1.59
14897581--14897637	11	5.2	11	76	0	51	38	3	5	52	1.41
14897581--14897637	22	2.6	22	91	0	87	38	3	5	52	1.41
14897677--14897733	22	2.6	22	83	2	71	40	15	0	43	1.47
14897780--14898082	22	13.8	22	70	8	123	37	10	3	47	1.56
14897978--14898118	44	3.3	43	76	5	133	37	9	2	50	1.49
14897931--14898069	66	2.1	67	81	11	162	38	10	3	46	1.56
14898172--14898283	22	5.1	22	81	2	118	33	7	8	50	1.61
14898145--14898276	65	2.0	67	85	2	178	35	8	6	50	1.57
14898633--14898667	16	2.1	17	89	5	54	51	5	14	28	1.65
14899434--14899463	15	2.0	15	93	0	51	70	3	6	20	1.25
14900403--14900783	191	2.0	189	95	1	690	41	8	23	27	1.82
14905357--14905391	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
14906007--14906034	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14909369--14909439	32	2.3	32	83	11	94	45	0	2	52	1.15
14912224--14912270	22	2.1	22	85	14	62	57	2	0	40	1.11
14916772--14916812	19	2.2	19	86	0	55	24	2	2	70	1.11
14916907--14916954	24	2.0	24	87	4	69	77	6	4	12	1.11
14917335--14917373	21	1.9	20	84	5	51	23	17	2	56	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14917805--14917840	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
14918153--14918207	26	2.1	26	100	0	110	30	7	0	61	1.23
14918245--14918287	21	2.0	21	82	8	52	72	2	0	25	0.97
14919547--14919573	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14954470--14954572	37	2.9	35	82	4	116	34	18	8	37	1.82
14954545--14954605	31	2.0	31	83	0	77	32	16	14	36	1.89
14957150--14957182	16	2.1	16	94	0	57	84	3	0	12	0.72
14957633--14957733	12	8.6	12	73	13	61	80	0	15	2	0.89
14957645--14957706	17	3.6	17	77	14	56	82	1	14	1	0.83
14957641--14957713	30	2.5	30	80	10	96	80	1	16	1	0.85
14957632--14957713	42	1.9	43	88	11	125	81	1	15	1	0.81
14957658--14957720	15	3.9	17	76	14	62	79	0	19	1	0.82
14958090--14958127	17	2.2	17	90	4	58	81	0	10	7	0.87
14959231--14959281	17	3.0	17	76	0	57	49	7	7	35	1.61
14959369--14959544	41	4.3	42	73	9	150	33	17	9	39	1.82
14959853--14959899	22	2.1	22	88	7	69	25	23	10	40	1.87
14960225--14960274	20	2.5	20	90	0	82	78	0	22	0	0.76
14960226--14960274	10	4.9	10	80	9	64	77	0	22	0	0.77
14960465--14960536	30	2.4	30	86	2	101	40	20	16	22	1.91
14960537--14960633	31	3.1	31	85	5	124	36	16	21	25	1.94
14960513--14960633	62	2.0	60	82	6	145	37	16	20	25	1.93
14960641--14961160	46	11.1	46	74	11	285	28	11	13	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14960657--14961007	99	3.7	92	73	13	257	29	12	11	46	1.77
14961166--14961327	50	3.2	50	72	4	146	32	12	11	44	1.77
14961137--14961273	52	2.7	51	78	3	141	29	13	11	44	1.80
14961284--14961377	49	2.0	47	83	8	118	30	9	12	46	1.74
14961743--14961783	20	2.0	20	85	0	55	46	12	9	31	1.74
14963939--14963994	13	4.4	13	80	8	62	44	35	1	17	1.60
14964003--14964061	17	3.1	19	79	18	61	45	30	1	22	1.62
14964442--14964501	19	3.1	19	83	7	77	81	0	18	0	0.69
14964441--14964497	10	5.6	10	89	2	78	84	0	15	0	0.63
14970938--14971297	179	2.0	181	90	1	571	25	16	20	37	1.94
14973243--14973272	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14977180--14977223	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
14981533--14981592	23	2.6	23	97	0	111	41	18	26	13	1.87
14981741--14981784	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
14996808--14997071	130	2.0	129	88	0	393	43	10	17	27	1.82
15002396--15002439	15	2.9	15	82	0	52	25	15	11	47	1.79
15005603--15005668	33	2.0	33	85	5	89	28	9	30	31	1.88
15007957--15008005	24	2.2	23	85	10	66	2	6	8	83	0.87
15007957--15008014	22	2.6	24	80	17	63	1	10	8	79	1.01
15015471--15015504	16	2.1	16	94	0	59	85	0	5	8	0.75
15015606--15015700	47	2.0	46	87	2	136	32	11	6	49	1.64
15015652--15015955	58	5.2	59	78	8	282	37	11	6	44	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15015963--15015997	11	3.2	11	88	11	54	82	0	0	17	0.66
15015962--15015997	5	6.8	5	93	6	54	80	0	0	19	0.71
15016028--15016101	3	24.7	3	93	5	123	68	0	1	29	0.97
15016934--15017004	3	23.7	3	85	5	72	61	1	1	35	1.13
15017185--15017225	21	2.0	21	85	9	57	4	4	4	85	0.83
15017192--15017225	16	2.1	16	89	10	52	5	2	2	88	0.70
15017185--15017228	15	2.8	16	83	10	56	4	4	6	84	0.88
15017256--15017670	41	9.9	41	73	14	195	39	18	16	25	1.91
15017440--15017525	45	1.9	45	83	4	111	45	15	13	25	1.83
15017522--15017670	42	3.6	42	83	4	169	38	20	14	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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