genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20060819

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  117  ( 13965 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13700210--13704993	181	26.8	175	72	12	1473	41	9	8	40	1.67
13701254--13706679	181	30.0	181	73	10	2995	41	9	8	39	1.69
13703201--13703233	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
13699690--13706679	362	19.4	360	73	11	2861	42	9	8	39	1.68
13699688--13706685	536	13.0	533	70	12	1621	42	9	8	39	1.68
13705107--13706684	179	8.8	178	72	9	629	42	10	7	38	1.69
13706571--13706796	117	1.9	117	88	1	337	44	8	6	40	1.60
13706688--13708153	181	8.1	180	76	8	1055	41	9	8	40	1.67
13706688--13708086	538	2.6	541	77	8	1231	41	9	8	40	1.68
13708027--13708289	137	1.9	138	81	6	320	41	10	6	41	1.66
13708460--13708725	140	1.9	142	81	3	331	42	10	7	38	1.69
13708592--13711786	181	17.7	180	73	9	1489	41	10	8	39	1.69
13708673--13710317	363	4.6	356	75	8	955	41	10	8	38	1.70
13710572--13710609	16	2.5	15	87	8	58	63	2	0	34	1.09
13710645--13711810	178	6.6	177	74	7	792	40	9	8	41	1.68
13711819--13714955	181	17.6	180	74	10	2066	41	9	8	40	1.68
13711816--13715705	543	7.3	541	71	13	1390	41	9	8	40	1.68
13713716--13714562	173	4.9	170	74	11	506	43	9	7	38	1.66
13715122--13715577	178	2.5	177	77	5	434	43	9	8	39	1.67
13716819--13716868	20	2.5	20	83	0	73	40	14	22	24	1.90
13719210--13719261	24	2.2	24	86	6	70	34	0	1	63	1.06
13720313--13720366	28	1.9	28	96	0	99	35	14	9	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13744564--13744618	24	2.4	22	81	6	65	69	7	16	7	1.35
13746366--13746399	12	2.8	12	90	4	50	64	0	2	32	1.08
13747145--13747180	17	2.1	17	94	0	63	30	13	25	30	1.94
13747507--13747572	3	22.0	3	93	0	114	33	30	0	36	1.58
13747571--13747603	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
13749750--13750087	143	2.4	141	81	6	378	34	13	8	42	1.75
13756093--13756202	56	2.0	56	88	0	166	37	13	20	28	1.91
13758732--13758894	72	2.3	72	81	3	186	17	20	16	44	1.86
13758797--13759419	36	17.3	36	73	6	233	15	17	14	52	1.75
13758797--13759133	74	4.7	72	76	8	245	16	17	13	51	1.77
13758928--13759107	71	2.5	73	78	9	188	17	16	13	52	1.74
13758676--13759277	253	2.4	253	80	3	597	17	17	13	51	1.76
13759009--13759162	73	2.1	72	79	4	166	18	17	11	53	1.72
13759147--13759341	35	5.5	35	68	15	112	13	16	14	55	1.70
13758821--13759413	251	2.4	252	78	7	589	15	16	14	52	1.74
13759329--13759450	36	3.4	36	73	17	101	14	14	13	56	1.68
13759329--13759531	109	1.9	109	84	2	273	17	16	13	53	1.73
13759577--13759635	5	11.8	5	76	20	61	79	15	0	5	0.89
13759576--13759627	27	1.9	27	88	7	79	78	15	0	5	0.92
13759582--13759635	22	2.4	22	81	9	65	79	14	0	5	0.90
13760023--13760445	145	2.9	144	82	5	489	31	13	12	42	1.82
13761688--13761749	7	9.1	7	82	12	67	70	1	0	27	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13761698--13761741	19	2.3	19	80	7	54	70	2	0	27	0.99
13761688--13761753	13	5.0	13	77	18	57	72	1	0	25	0.93
13761691--13761741	26	2.0	27	88	7	79	68	1	0	29	1.00
13764053--13764102	9	5.6	9	78	0	55	12	4	4	80	1.00
13764053--13764102	18	2.8	18	87	3	66	12	4	4	80	1.00
13765045--13765121	7	10.6	7	77	5	64	23	1	28	46	1.60
13765043--13765122	15	4.9	15	72	21	72	22	1	30	46	1.60
13780887--13780921	14	2.5	15	86	13	56	34	2	0	62	1.10
13781225--13781267	19	2.2	20	88	8	63	9	4	2	83	0.87
13781223--13781282	19	3.0	20	74	18	61	10	3	5	81	0.95
13781391--13781484	36	2.6	35	85	5	118	54	8	15	21	1.68
13781570--13781649	35	2.3	35	82	4	90	51	5	20	23	1.67
13781583--13781683	35	2.9	36	79	4	107	52	6	16	23	1.68
13781802--13781889	36	2.5	36	85	3	117	48	11	21	18	1.79
13781832--13781907	35	2.1	36	85	2	100	48	13	19	18	1.80
13781907--13782077	32	5.4	32	75	8	152	32	13	18	36	1.89
13784791--13784830	13	3.2	13	85	7	64	35	2	0	62	1.09
13784791--13784827	12	3.0	12	92	4	56	32	2	0	64	1.07
13784895--13784926	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
13786677--13787165	144	3.4	144	80	5	506	39	14	14	31	1.86
13787635--13787685	17	3.0	17	86	11	61	0	3	17	78	0.90
13787817--13787970	37	4.2	37	76	8	134	53	12	17	15	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13787810--13787967	73	2.1	75	82	4	196	53	13	17	15	1.72
13787810--13788059	110	2.3	107	78	8	238	53	13	17	15	1.73
13787881--13788079	37	5.4	36	72	11	104	52	15	17	15	1.75
13787810--13788390	36	15.9	36	69	12	170	53	13	16	16	1.73
13788211--13788390	37	4.9	37	74	10	163	57	14	13	14	1.66
13788238--13788376	73	1.9	73	83	5	183	57	15	12	15	1.65
13788414--13788456	23	1.9	21	86	13	59	18	16	20	44	1.87
13788715--13788796	32	2.5	33	78	5	96	31	14	19	34	1.92
13792174--13792203	12	2.6	11	90	10	51	90	0	0	10	0.47
13794011--13794562	145	3.8	145	84	2	673	31	15	13	39	1.86
13796222--13796271	3	16.7	3	87	0	73	66	28	0	6	1.15
13796355--13796426	3	24.7	3	88	5	112	66	0	2	30	1.06
13805794--13805855	17	3.7	16	71	24	56	40	0	4	54	1.22
13807315--13807413	45	2.2	46	83	5	130	29	8	8	54	1.58
13807531--13807589	25	2.3	27	80	13	72	37	8	8	45	1.65
13807796--13807820	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
13807837--13807891	12	4.6	11	77	16	56	70	10	1	16	1.23
13809087--13809124	20	1.9	20	94	0	67	31	36	18	13	1.89
13809050--13809164	61	1.9	61	90	0	185	41	21	15	20	1.90
13809107--13809396	41	7.0	41	83	3	375	41	21	12	24	1.87
13809107--13809396	83	3.5	82	85	1	391	41	21	12	24	1.87
13809107--13809398	124	2.4	124	85	2	399	41	21	12	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13809675--13809844	79	2.1	79	82	7	202	34	17	11	35	1.87
13809807--13809861	22	2.5	22	88	5	76	45	16	5	32	1.70
13810196--13810239	23	1.9	23	86	9	63	27	25	4	43	1.74
13811119--13811185	9	7.6	9	75	16	52	5	17	0	76	0.99
13811095--13811186	26	3.5	26	80	5	89	6	20	0	72	1.06
13811132--13811177	18	2.6	18	89	6	67	4	15	0	80	0.86
13811101--13811185	17	4.7	18	73	17	59	7	20	0	72	1.07
13811138--13811187	25	2.0	25	92	0	82	4	20	0	76	0.95
13815069--13815133	28	2.4	28	94	2	114	33	9	3	53	1.48
13815166--13815345	63	3.1	59	78	12	201	24	11	6	57	1.58
13815125--13815346	55	3.9	56	74	13	175	25	12	7	54	1.63
13815758--13815797	12	3.3	13	90	10	59	75	5	0	20	0.99
13816063--13816105	14	2.8	16	79	10	54	0	41	0	58	0.98
13816061--13816105	15	3.0	15	80	9	56	0	42	0	57	0.98
13821280--13821361	37	2.2	37	91	4	130	50	6	1	42	1.35
13836841--13836865	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
13839457--13839489	14	2.4	14	90	10	50	69	12	12	6	1.35
13839457--13839490	15	2.4	14	90	5	50	70	11	11	5	1.32
13839482--13839544	18	3.6	18	72	18	60	71	3	9	15	1.25
13839537--13839610	29	2.6	29	74	10	71	70	5	13	10	1.32
13840624--13840691	33	2.1	33	94	0	118	39	8	11	39	1.73
13841088--13841424	102	3.3	101	80	3	327	35	13	10	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13841144--13841463	103	3.1	103	81	3	351	35	15	10	38	1.81
13845017--13845391	144	2.6	145	84	2	488	40	13	14	30	1.85
13847493--13847769	145	1.9	144	87	3	405	42	12	12	32	1.81
13856238--13856271	3	11.3	3	87	0	50	32	2	2	61	1.26
13858301--13858564	143	1.9	142	83	4	343	42	17	9	29	1.82
13858301--13858569	142	1.9	143	82	3	328	42	17	10	28	1.83
13858864--13858914	8	6.8	8	77	8	54	7	0	5	86	0.71
13858864--13858941	36	2.1	37	83	6	97	10	0	10	79	0.94
13859156--13859476	80	3.9	79	79	9	299	34	13	17	34	1.88
13859160--13859476	89	3.9	80	79	8	300	34	13	16	35	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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