genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  1  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--63	8	8.2	8	89	7	87	42	39	3	14	1.61
4--671	7	94.4	7	92	5	668	35	43	6	13	1.70
1087--1261	7	24.9	7	75	11	126	42	40	1	16	1.55
1261--1335	32	2.3	32	90	0	114	38	18	25	17	1.92
1501--1568	32	2.1	32	83	0	82	36	22	23	17	1.94
1268--1726	235	2.0	233	92	0	756	35	21	22	19	1.96
2991--3026	17	2.1	17	94	0	63	52	11	5	30	1.59
3945--3992	19	2.5	20	90	6	73	72	8	10	8	1.27
6430--6954	230	2.3	229	86	2	732	46	14	15	23	1.82
15516--15586	21	3.4	21	100	0	142	40	32	16	9	1.82
16556--16641	45	1.9	44	88	6	129	32	27	5	33	1.81
36390--36479	47	1.9	47	88	4	137	34	26	5	33	1.80
37586--37621	16	2.2	17	90	5	56	50	5	13	30	1.65
41638--41800	36	4.3	36	78	19	179	37	14	19	28	1.91
41674--41835	36	3.8	45	79	17	186	36	14	20	28	1.92
41614--41835	82	2.7	81	92	4	360	36	14	20	28	1.92
43410--43743	167	2.0	167	98	1	643	30	21	20	26	1.98
45082--45122	4	10.2	4	100	0	82	24	0	26	48	1.51
48022--48066	23	1.9	24	86	4	65	44	2	2	51	1.26
56504--57034	268	2.0	261	96	2	972	29	20	23	26	1.99
72820--72868	6	8.3	6	81	4	64	18	65	0	16	1.28
75888--75918	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93018--93056	18	2.2	19	90	9	64	0	12	2	84	0.72
96397--96453	26	2.2	26	77	0	60	24	8	26	40	1.84
101192--101248	26	2.2	26	77	0	60	24	8	26	40	1.84
104198--104254	23	2.5	22	88	8	80	22	22	14	40	1.90
104211--104255	23	2.0	23	100	0	90	22	17	17	42	1.89
106317--106378	31	2.0	31	96	0	115	48	12	11	27	1.76
107088--107738	93	7.0	93	99	0	1284	47	19	8	24	1.77
110189--110389	99	2.0	100	99	0	395	33	29	20	16	1.95
110605--110634	10	2.8	11	95	5	53	13	6	0	80	0.91
111248--111290	19	2.3	19	83	0	50	34	0	6	58	1.25
126005--126048	22	2.0	22	100	0	88	50	0	13	36	1.42
127335--127387	27	2.0	27	96	0	97	66	5	0	28	1.15
138170--138199	4	7.8	4	92	7	53	0	23	0	76	0.78
140976--141039	33	1.9	33	96	0	119	26	15	14	43	1.85
144099--144127	13	2.2	13	100	0	58	44	13	0	41	1.44
145318--145347	14	2.2	14	94	5	53	13	16	0	70	1.18
159000--159024	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
177197--177246	24	2.2	24	79	10	61	36	4	0	60	1.16
177572--177622	3	17.0	3	87	0	66	25	33	1	39	1.67
189690--189723	7	5.0	7	96	3	61	41	0	14	44	1.45
196113--196341	112	2.0	113	99	0	451	44	4	11	40	1.60
203983--204017	15	2.3	15	90	0	52	20	25	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212065--212097	12	2.8	12	100	0	66	66	9	24	0	1.20
213006--213060	8	6.9	8	80	15	60	21	1	9	67	1.28
213014--213058	23	2.0	23	82	8	56	22	2	6	68	1.24
213250--213322	29	2.5	28	77	16	69	54	10	2	31	1.49
214158--214197	18	2.2	18	86	8	55	60	2	0	37	1.11
214168--214218	17	2.8	19	82	11	54	60	0	0	39	0.97
215247--215288	22	1.9	22	85	0	57	54	7	4	33	1.49
236304--236364	31	2.0	31	93	0	104	36	19	9	34	1.85
236714--236951	123	1.9	122	91	4	390	32	16	23	27	1.96
240263--240313	22	2.3	21	83	9	66	33	0	33	33	1.58
240337--240768	216	2.0	216	100	0	864	24	18	30	26	1.98
243774--243808	4	8.8	4	87	12	54	51	22	2	22	1.61
244231--244264	1	34.0	1	100	0	68	100	0	0	0	0.00
248292--248343	26	2.0	26	100	0	104	30	34	11	23	1.90
254143--254218	35	2.1	35	85	4	98	13	17	18	51	1.76
257917--257965	25	1.9	26	83	4	64	32	8	20	38	1.82
260265--260548	72	4.0	70	86	5	383	49	11	1	37	1.50
260589--260642	27	2.0	27	100	0	108	25	11	11	51	1.70
261253--261303	23	2.3	22	82	3	57	17	3	9	68	1.33
266518--266582	31	2.1	31	94	0	112	44	12	9	33	1.74
269302--269605	112	2.8	113	80	6	322	49	16	9	24	1.75
273213--273324	25	4.5	25	98	0	215	42	5	18	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274166--274208	21	2.0	22	86	4	61	48	4	0	46	1.22
288965--289044	21	4.0	21	76	12	78	36	7	13	42	1.73
302740--302770	4	7.8	4	92	0	53	22	0	3	74	0.96
306668--306702	18	1.9	18	88	11	54	60	0	5	34	1.21
318507--318557	15	3.4	15	75	20	61	15	41	25	17	1.89
318501--318571	30	2.4	30	100	0	142	18	33	29	18	1.95
318501--318571	15	4.8	14	70	23	56	18	33	29	18	1.95
327689--327760	34	2.1	34	82	5	83	44	2	15	37	1.61
328360--328422	30	2.0	30	84	12	81	44	1	1	52	1.20
330718--331013	148	2.0	148	99	0	583	20	24	13	42	1.87
344650--344683	15	2.4	14	95	5	59	50	0	50	0	1.00
344635--344690	27	2.1	27	86	6	78	53	0	46	0	1.00
344636--344690	12	4.5	12	77	16	51	54	0	45	0	0.99
357706--357744	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
379734--379858	60	2.1	60	83	3	153	44	18	10	26	1.82
382624--382659	18	1.9	19	94	5	65	44	0	27	27	1.55
410743--410810	9	7.2	9	72	21	50	36	1	0	61	1.05
410770--410811	11	3.9	11	76	17	52	42	2	0	54	1.13
410779--410818	21	1.9	21	89	0	62	40	2	0	57	1.12
410839--410877	16	2.4	16	82	0	51	20	46	23	10	1.81
411333--411397	23	3.1	20	77	16	69	49	9	4	36	1.56
418725--418755	16	1.9	16	93	0	53	35	0	9	54	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
419652--419691	20	2.0	21	85	5	55	60	7	0	32	1.25
425901--425941	21	1.9	21	85	5	55	19	0	4	75	0.98
425914--425952	15	2.6	15	87	0	60	25	2	2	69	1.14
427234--427287	25	2.2	25	83	6	65	57	0	3	38	1.17
432658--432701	21	2.0	22	82	8	54	43	2	4	50	1.35
439902--439948	22	2.1	22	84	4	58	12	0	23	63	1.28
447394--447421	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
447701--447728	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
447279--447895	307	2.0	308	99	0	1227	36	10	11	41	1.75
458630--458671	20	2.1	20	90	0	66	40	9	16	33	1.81
458680--458710	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
463942--463983	20	2.1	20	90	0	66	40	9	16	33	1.81
463992--464022	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
471383--471414	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
471465--471516	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
471465--471580	59	2.0	59	92	0	196	29	14	11	44	1.80
471521--471575	23	2.4	23	87	6	76	29	14	14	41	1.85
480337--480425	44	2.0	44	100	0	178	38	13	17	30	1.89
489707--489750	24	1.9	24	90	9	74	38	0	0	61	0.96
489817--489992	68	2.8	59	82	14	244	46	7	5	40	1.57
489847--490010	68	2.4	68	98	0	319	48	7	5	39	1.54
509917--509978	30	2.1	30	93	0	106	12	17	51	17	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
515023--515074	26	2.0	27	88	3	79	61	3	19	15	1.48
523374--523415	19	2.3	19	84	12	52	73	2	4	19	1.12
524406--524447	19	2.3	19	84	12	52	73	2	4	19	1.12
534959--534989	6	5.2	6	100	0	62	19	0	16	64	1.29
538023--538051	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
543139--543274	45	3.0	45	100	0	272	36	13	15	35	1.86
548105--548130	6	4.3	6	100	0	52	65	0	0	34	0.93
558641--558674	16	2.1	17	88	5	52	52	5	0	41	1.25
563769--563809	21	1.9	21	90	5	64	9	7	2	80	0.99
580672--580757	30	2.8	30	85	8	102	13	43	4	38	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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