genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  62  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21319780--21319878	10	10.3	10	70	16	75	1	33	0	65	0.99
21319787--21319897	18	6.1	18	73	15	86	0	32	0	65	1.05
21319818--21319897	34	2.8	28	73	24	76	0	32	1	66	1.00
21319858--21319900	22	1.9	23	85	4	61	0	30	2	67	1.03
21319820--21319901	28	2.7	30	73	19	80	0	32	1	65	1.00
21319949--21320017	27	2.6	27	83	4	95	17	26	28	27	1.97
21320073--21320141	27	2.5	28	90	4	106	46	1	11	40	1.49
21321145--21321218	21	3.5	21	66	0	67	25	0	27	47	1.52
21321240--21321369	34	3.8	33	78	11	138	40	1	15	43	1.56
21321430--21321697	126	2.1	125	86	2	376	35	18	15	30	1.92
21324719--21324775	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
21325785--21325816	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
21326966--21327030	30	2.2	30	97	0	121	41	3	29	26	1.71
21327480--21327783	152	2.0	153	99	0	601	41	11	10	36	1.76
21328023--21328081	20	3.1	19	78	9	66	44	1	10	44	1.48
21332614--21332660	14	3.5	13	81	16	51	46	4	0	48	1.21
21333675--21333713	5	7.8	5	91	0	51	20	23	20	35	1.96
21348046--21348093	20	2.5	20	77	16	55	37	0	20	41	1.53
21348420--21348480	24	2.5	25	79	12	65	65	3	4	26	1.28
21353229--21353336	36	3.0	36	93	0	171	34	18	13	33	1.90
21355842--21355892	3	17.3	3	95	4	95	64	0	0	35	0.94
21356171--21356208	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21358138--21358539	206	2.0	206	99	0	795	45	7	10	35	1.68
21364083--21364124	23	1.9	23	85	9	61	30	4	0	64	1.14
21365844--21365895	26	2.0	26	82	10	63	11	11	1	75	1.14
21372850--21372897	17	2.8	17	80	3	60	27	0	2	70	0.98
21379473--21379505	16	2.1	16	94	0	57	15	12	18	54	1.71
21382956--21383118	58	2.7	60	78	12	156	41	1	4	52	1.32
21386396--21386444	3	16.0	3	95	4	89	32	0	2	65	1.04
21394121--21394172	17	3.1	17	91	0	86	50	1	9	38	1.46
21394681--21394879	90	2.2	90	92	1	328	31	10	9	48	1.70
21404796--21404894	46	2.2	46	90	0	153	51	8	7	33	1.58
21407511--21407685	45	3.9	45	90	5	275	22	18	10	48	1.79
21407592--21407664	24	3.2	24	64	25	57	24	17	10	46	1.80
21411585--21411685	46	2.2	46	92	0	166	49	10	6	32	1.64
21416301--21416518	46	4.8	46	78	4	210	45	15	19	20	1.85
21416391--21416561	46	3.7	46	85	0	155	45	14	21	19	1.85
21435670--21435727	29	2.0	29	100	0	116	34	13	20	31	1.92
21436174--21436353	91	2.0	92	96	1	335	44	2	4	48	1.37
21436193--21436341	47	3.2	47	70	16	157	44	2	4	48	1.35
21436488--21436522	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21443474--21443531	17	3.4	17	70	13	55	22	12	8	56	1.62
21443459--21443531	35	2.1	35	89	0	110	24	9	10	54	1.65
21450008--21450049	13	2.9	14	80	13	50	45	2	0	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21457055--21457192	42	3.3	43	83	5	183	10	20	17	51	1.75
21459730--21459761	16	2.0	16	93	0	55	31	21	0	46	1.52
21460944--21460982	20	1.9	21	84	5	53	61	7	0	30	1.24
21473349--21473583	101	2.3	99	83	9	271	30	7	15	46	1.72
21477585--21477648	26	2.5	26	79	2	76	39	17	18	25	1.92
21486657--21486684	14	2.0	14	100	0	56	7	21	42	28	1.79
21486968--21487030	26	2.4	28	86	7	87	63	11	0	25	1.27
21493036--21493083	25	1.9	25	82	0	60	12	22	22	41	1.88
21499983--21500157	45	3.9	45	84	1	228	33	24	16	26	1.95
21503014--21503073	29	2.0	30	84	9	79	60	1	15	23	1.44
21504041--21504100	27	2.3	26	82	5	86	21	20	18	40	1.92
21505409--21505541	42	3.2	42	90	2	205	20	30	30	18	1.96
21506829--21506965	53	2.6	53	83	0	184	13	24	43	17	1.86
21507200--21507238	13	3.0	13	84	0	51	17	15	15	51	1.77
21514536--21514634	27	3.7	26	82	5	108	38	23	21	17	1.93
21535364--21535473	38	2.9	38	87	0	157	35	24	20	19	1.96
21540837--21540865	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
21541913--21542036	43	2.9	42	78	14	128	23	19	28	29	1.98
21542924--21542973	23	2.2	23	85	0	64	30	18	16	36	1.92
21542888--21543045	71	2.2	71	81	7	180	29	12	18	38	1.88
21542932--21543045	23	4.9	23	75	8	95	30	12	18	38	1.87
21545795--21546073	27	10.4	27	83	0	335	42	20	17	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21545824--21546073	134	1.9	135	90	2	387	42	21	17	19	1.89
21548506--21548544	3	13.0	3	94	0	69	64	2	33	0	1.08
21549546--21549595	24	2.1	24	100	0	100	40	18	4	38	1.69
21551233--21551259	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21552601--21552689	29	3.3	27	71	20	80	43	3	12	40	1.59
21553115--21553141	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
21559026--21559077	26	2.0	26	88	0	77	23	25	28	23	1.99
21559052--21559281	42	5.5	41	77	11	218	23	15	25	35	1.94
21559052--21559289	84	2.8	84	89	2	352	23	16	24	34	1.95
21562131--21562165	6	5.8	6	93	0	61	20	17	31	31	1.95
21567617--21567684	22	3.0	22	68	19	68	33	8	13	44	1.74
21572361--21572631	27	10.1	27	76	10	191	36	19	19	24	1.95
21572361--21572614	81	3.1	81	80	4	280	35	20	18	24	1.95
21572376--21572614	54	4.4	53	80	5	246	36	20	18	25	1.95
21572650--21572696	24	2.0	24	87	8	69	27	4	21	46	1.69
21572792--21572844	27	2.0	27	84	0	70	24	24	20	30	1.99
21572826--21572880	26	2.1	26	93	0	92	18	21	25	34	1.96
21572881--21573038	32	4.9	32	79	4	149	22	19	20	37	1.94
21572879--21573038	64	2.5	64	83	4	207	23	19	20	37	1.94
21576335--21576568	27	8.7	27	82	2	247	35	20	21	23	1.96
21576359--21576613	54	4.8	54	81	7	254	36	19	21	23	1.95
21576334--21576613	81	3.5	81	80	5	327	35	19	21	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21576335--21576613	27	10.4	26	77	7	220	35	19	21	23	1.96
21576630--21576678	24	2.0	24	96	0	89	24	6	24	44	1.76
21576630--21576693	24	2.7	24	87	0	74	25	6	21	46	1.74
21576808--21576861	26	2.1	26	85	0	72	20	22	22	35	1.96
21576862--21577098	32	7.4	32	87	1	298	22	20	19	37	1.94
21579071--21579186	48	2.4	48	84	5	155	47	6	29	16	1.72
21579269--21579385	41	2.9	41	85	8	159	19	24	16	39	1.92
21587272--21587336	28	2.3	27	74	7	67	29	24	26	20	1.99
21587457--21587521	22	3.0	21	71	13	51	47	16	18	16	1.83
21587540--21587765	64	3.5	64	80	10	239	37	20	20	21	1.95
21587513--21587767	96	2.7	96	76	5	257	37	19	21	21	1.94
21587533--21587779	32	7.7	32	76	7	182	37	20	20	21	1.95
21587936--21587982	24	1.9	25	91	4	78	48	29	8	12	1.71
21587994--21588047	27	2.0	27	85	3	74	44	14	16	24	1.85
21588047--21588352	27	11.3	27	84	2	314	22	20	20	35	1.96
21588043--21588352	81	3.8	81	83	3	349	22	20	21	35	1.96
21591370--21591478	40	2.8	38	82	12	141	33	26	22	16	1.95
21591536--21591714	41	4.4	41	95	1	315	23	20	24	31	1.98
21591828--21591884	26	2.2	26	84	9	73	57	5	8	28	1.50
21592124--21592156	14	2.3	15	89	5	50	33	0	27	39	1.57
21592176--21592417	132	1.8	132	84	4	328	29	1	26	42	1.63
21592293--21592330	14	2.7	14	88	8	51	23	0	42	34	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21592443--21592484	7	6.0	7	85	0	57	16	0	50	33	1.46
21592443--21592484	21	2.0	21	90	0	66	16	0	50	33	1.46
21592574--21592628	27	2.0	29	82	13	71	50	0	5	43	1.25
21594335--21594397	34	2.0	32	87	12	94	28	11	15	44	1.81
21596215--21596436	43	5.2	43	90	2	322	19	19	32	28	1.96
21611953--21612123	41	4.2	41	83	2	202	23	28	15	32	1.95
21612810--21612911	43	2.4	43	93	0	168	18	25	30	25	1.98
21615447--21615517	22	3.2	22	73	13	65	43	23	19	12	1.86
21619287--21619915	211	3.0	211	97	0	1161	22	20	15	41	1.89
21635843--21635877	15	2.4	15	85	4	54	57	0	5	37	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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