genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          145   

This is table  23  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8854702--8855379	45	15.2	45	80	5	550	29	23	16	30	1.96
8854712--8855350	133	4.8	133	84	4	729	29	24	15	30	1.96
8856671--8856709	6	6.5	6	93	0	69	0	17	0	82	0.68
8857323--8857365	18	2.4	18	88	0	59	62	6	18	11	1.50
8859172--8859217	19	2.4	20	85	7	60	43	8	19	28	1.80
8859245--8859271	14	1.9	14	100	0	54	48	14	7	29	1.71
8859664--8859697	16	2.1	16	100	0	68	41	23	17	17	1.90
8861149--8861241	49	1.9	48	91	2	150	47	8	12	31	1.72
8870497--8870555	22	2.6	23	81	5	75	44	3	10	42	1.55
8877436--8877481	16	2.9	16	79	17	51	21	28	10	39	1.87
8879447--8879566	17	7.0	17	71	9	73	24	18	27	30	1.98
8882176--8882215	21	2.0	20	85	5	53	15	2	2	80	0.93
8884388--8884463	24	3.2	23	76	9	73	48	0	1	50	1.09
8884402--8884445	12	3.7	11	80	14	52	52	0	2	45	1.13
8884425--8884462	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
8884681--8884712	17	2.0	17	88	11	50	62	15	21	0	1.32
8890916--8890958	12	3.6	12	87	0	50	41	0	6	51	1.29
8890924--8890962	18	2.2	18	90	0	60	38	0	5	56	1.22
8903516--8903547	15	2.1	15	100	0	64	25	6	12	56	1.59
8903962--8904058	33	2.8	35	72	20	89	45	2	1	51	1.19
8904229--8904262	13	2.6	13	80	0	50	41	5	0	52	1.25
8905914--8905940	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8908837--8908886	25	2.0	26	92	4	84	30	2	0	68	1.01
8908838--8908892	26	2.2	26	83	9	69	30	1	0	67	1.01
8908836--8908893	25	2.2	26	84	6	82	31	1	0	67	1.01
8910946--8910970	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8914647--8914708	24	2.6	24	84	5	72	17	32	17	32	1.94
8914810--8914965	73	2.1	75	82	5	185	17	25	23	33	1.96
8914791--8914977	24	7.6	24	69	14	78	17	25	22	34	1.96
8921524--8921702	42	4.3	42	79	2	153	42	18	22	16	1.89
8921608--8921702	21	4.5	21	69	12	61	43	16	21	18	1.88
8921524--8921720	84	2.3	84	80	6	218	42	17	23	16	1.88
8922322--8922352	16	1.9	16	93	0	53	54	9	0	35	1.33
8925215--8925282	21	3.3	21	74	12	61	42	2	5	48	1.42
8930997--8931035	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
8940150--8940181	3	10.7	3	93	0	55	65	3	0	31	1.08
8940573--8940620	21	2.2	21	85	3	60	50	4	0	45	1.21
8942117--8942141	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
8945888--8945921	17	2.0	17	94	0	59	2	14	5	76	1.09
8950958--8950995	13	2.9	13	96	0	67	26	7	26	39	1.83
8952494--8952524	14	2.2	14	100	0	62	38	12	25	22	1.90
8952895--8952921	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
8955695--8955738	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22
8965931--8966021	21	4.3	20	71	14	76	45	20	19	14	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8965961--8966076	42	2.7	42	89	1	187	45	19	19	14	1.85
8965946--8966081	21	6.5	21	71	6	105	45	19	19	15	1.85
8974482--8974629	50	2.9	51	78	4	174	29	28	18	23	1.98
8979026--8979060	14	2.5	14	90	0	52	40	5	0	54	1.24
8979034--8979061	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
8979483--8979520	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
8981696--8981821	43	3.0	41	72	22	107	30	26	18	24	1.98
8986508--8986549	17	2.5	17	100	0	84	21	30	28	19	1.97
8989186--8989215	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
8989464--8989507	20	2.3	18	84	7	52	18	13	11	56	1.66
8993429--8993456	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
8994403--8994437	18	2.0	18	88	5	54	0	11	17	71	1.14
9004385--9004425	12	3.7	12	81	18	61	65	9	0	24	1.22
9004383--9004426	21	2.1	21	100	0	88	68	9	0	22	1.18
9004446--9004491	6	8.0	6	78	9	51	76	0	23	0	0.79
9004446--9004489	11	3.9	11	85	5	61	77	0	22	0	0.77
9004447--9004491	17	2.6	17	80	10	56	75	0	24	0	0.80
9007802--9007834	7	4.7	7	88	11	50	84	0	15	0	0.61
9008704--9008756	24	2.2	24	96	0	97	33	7	28	30	1.85
9009084--9009974	44	19.9	43	68	12	307	31	19	21	27	1.97
9009086--9009797	44	15.8	45	70	10	341	30	18	22	27	1.98
9009078--9009417	178	1.9	178	90	2	540	29	20	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9009086--9009434	133	2.6	135	83	4	431	30	20	23	26	1.99
9021124--9021207	10	7.5	11	73	17	50	25	0	3	71	1.02
9021114--9021190	23	3.2	25	73	15	74	29	1	2	66	1.13
9023581--9023634	22	2.5	22	84	0	63	31	31	11	25	1.91
9026968--9027002	18	1.9	18	88	0	52	48	0	11	40	1.39
9028430--9028504	26	2.9	26	100	0	150	14	25	32	28	1.95
9028938--9029001	30	2.2	30	83	13	80	26	10	7	54	1.62
9030087--9030129	21	2.0	21	86	8	61	53	2	2	41	1.26
9034897--9034934	20	1.9	20	84	10	51	36	0	5	57	1.21
9039249--9039330	12	7.0	12	70	9	62	25	6	3	64	1.33
9039244--9039325	34	2.4	34	76	11	87	26	4	3	64	1.30
9046232--9046315	25	3.4	24	79	9	89	29	23	22	23	1.99
9055909--9056054	78	1.9	78	94	0	256	25	19	10	44	1.83
9057641--9057700	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
9058207--9058232	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
9063804--9063834	14	2.2	14	100	0	62	25	0	35	38	1.56
9066008--9066050	20	2.2	19	83	4	50	30	2	9	58	1.42
9066055--9066089	16	2.1	17	89	5	54	31	2	0	65	1.07
9066099--9066145	17	2.7	17	87	9	60	23	0	8	68	1.17
9066170--9066222	18	2.9	17	77	5	52	33	3	1	60	1.26
9066394--9066445	18	2.9	17	80	2	50	32	3	1	61	1.25
9066165--9066611	223	2.0	224	99	0	887	36	8	12	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9067302--9067792	247	2.0	247	90	0	777	31	17	19	31	1.95
9076468--9076499	7	4.6	7	96	0	55	59	0	21	18	1.38
9078486--9078691	63	3.1	63	65	17	148	33	21	10	33	1.88
9078306--9078802	134	3.7	134	82	1	557	30	20	13	35	1.91
9079699--9079998	134	2.2	134	80	5	331	31	20	11	37	1.87
9080918--9080970	18	2.9	18	83	10	65	33	0	1	64	1.05
9085082--9085115	16	2.1	16	88	0	50	38	2	0	58	1.13
9086523--9086582	25	2.3	26	81	16	72	40	25	11	23	1.88
9089764--9089797	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
9089920--9090154	21	11.2	21	71	5	161	44	16	21	17	1.86
9089967--9090152	84	2.2	84	89	1	275	45	16	20	17	1.85
9089925--9090163	42	5.7	42	79	3	232	46	16	20	16	1.85
9093466--9093493	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9093842--9093884	21	2.0	21	82	13	52	46	2	0	51	1.13
9107343--9107394	14	3.3	16	69	15	54	26	5	13	53	1.62
9107330--9107394	31	2.1	31	97	0	121	23	6	12	58	1.56
9109280--9109347	28	2.4	29	87	2	93	16	5	4	73	1.19
9112451--9112486	15	2.5	15	86	4	56	52	5	5	36	1.48
9116007--9116636	175	3.6	175	80	8	679	27	22	20	29	1.99
9116036--9116370	90	3.8	90	76	7	371	28	24	19	27	1.99
9116126--9116685	134	4.3	132	81	8	542	27	23	20	28	1.99
9116030--9116680	44	14.8	43	71	10	354	27	23	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9117764--9117823	7	9.0	7	82	10	81	15	18	0	66	1.25
9117764--9117823	13	4.5	14	85	6	81	15	18	0	66	1.25
9117773--9117823	20	2.5	20	100	0	102	13	17	0	68	1.21
9118754--9118870	6	18.8	6	83	5	65	12	7	8	70	1.32
9118773--9118864	25	3.6	26	76	11	75	10	7	8	72	1.27
9124104--9124178	3	24.7	3	91	2	123	65	1	1	32	1.09
9127227--9127263	18	2.1	18	94	0	65	45	40	8	5	1.56
9128272--9128394	42	2.9	43	86	3	160	30	27	16	26	1.97
9138258--9138441	91	2.0	91	96	0	341	39	15	16	28	1.89
9138831--9138947	44	2.7	44	83	0	153	29	19	21	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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