genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  80  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27109108--27109164	28	2.0	29	82	3	71	50	3	17	28	1.62
27110337--27110652	82	3.8	82	94	0	506	24	20	28	26	1.99
27110337--27110614	41	6.8	41	98	0	520	24	20	28	26	1.99
27112573--27112669	27	3.6	27	97	0	176	38	21	21	18	1.94
27116352--27116422	27	2.6	27	93	0	124	22	21	30	25	1.98
27124862--27124919	30	1.9	30	82	6	73	25	18	27	27	1.98
27130542--27130755	44	4.6	45	69	17	134	28	22	17	30	1.97
27130381--27130752	142	2.6	141	95	0	654	27	21	18	31	1.97
27144790--27144817	14	2.0	14	100	0	56	14	0	14	71	1.15
27147021--27147068	19	2.4	20	83	13	55	12	14	2	70	1.25
27148655--27148713	30	2.0	30	83	6	75	25	16	27	30	1.97
27155862--27155905	22	2.0	22	90	0	70	36	9	6	47	1.62
27156984--27157022	17	2.3	17	86	0	51	74	2	10	12	1.17
27169603--27169667	22	2.9	22	81	2	76	36	6	32	24	1.80
27170935--27171128	35	5.3	35	69	14	122	31	21	22	25	1.98
27170884--27171146	74	3.5	73	85	3	330	33	20	21	23	1.97
27171570--27171610	19	2.2	19	100	0	82	43	14	12	29	1.82
27177588--27177720	28	4.8	28	81	0	167	36	13	21	27	1.91
27179428--27179464	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
27179515--27179562	14	3.1	14	76	21	51	35	20	14	29	1.93
27179518--27179548	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
27185159--27185279	26	4.7	26	89	0	161	35	21	21	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27185176--27185221	14	3.4	14	72	22	53	36	17	21	23	1.94
27185416--27185451	18	1.9	18	88	5	54	41	22	5	30	1.76
27187931--27188056	27	4.7	27	88	0	171	19	12	23	44	1.85
27194510--27194543	17	2.1	17	88	5	52	17	32	11	38	1.86
27195256--27195321	33	2.0	33	87	0	96	31	25	19	22	1.98
27196794--27196858	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
27197114--27197215	26	3.9	26	76	5	107	39	20	18	21	1.93
27197303--27197352	25	2.0	26	81	18	61	44	18	12	26	1.84
27197408--27197518	53	2.1	54	84	1	143	19	14	20	45	1.85
27197367--27197511	27	5.4	27	77	7	152	20	15	21	42	1.88
27198431--27198494	34	2.0	34	85	11	91	54	6	28	10	1.59
27206826--27206858	17	1.9	17	93	0	57	36	30	0	33	1.58
27208391--27208444	24	2.2	25	77	9	58	42	9	12	35	1.75
27207867--27209596	864	2.0	864	97	0	3228	38	16	15	28	1.90
27210753--27210802	19	2.5	20	70	23	52	36	6	2	56	1.36
27219105--27219138	11	3.1	11	86	0	50	67	0	8	23	1.18
27224191--27224266	34	2.2	34	95	0	134	43	13	7	35	1.73
27226169--27226247	36	2.2	36	84	8	99	6	18	5	69	1.29
27226196--27226249	6	9.0	6	83	0	72	3	18	1	75	1.03
27227608--27227663	20	2.7	21	86	10	80	30	12	26	30	1.93
27227711--27227766	10	5.5	10	76	2	58	44	12	23	19	1.84
27227707--27227766	30	2.0	31	86	3	86	46	13	21	18	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27228712--27228752	17	2.4	18	88	8	59	9	9	4	75	1.17
27230266--27230341	34	2.2	34	90	0	116	43	13	6	36	1.70
27234315--27234385	25	2.9	25	85	2	99	23	26	21	28	1.99
27234488--27234512	9	2.8	9	100	0	50	40	12	12	36	1.79
27237172--27237197	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
27239397--27239425	13	2.2	13	100	0	58	0	20	31	48	1.50
27253859--27253890	12	2.7	12	95	0	55	68	9	9	12	1.39
27253959--27253992	10	3.3	10	95	4	59	70	8	2	17	1.25
27255052--27255083	12	2.7	12	95	0	55	68	9	9	12	1.39
27255152--27255185	10	3.3	10	95	4	59	70	8	2	17	1.25
27259661--27259689	14	2.0	15	93	6	51	27	0	6	65	1.18
27259934--27260172	34	7.0	34	81	1	246	28	5	30	34	1.81
27259934--27260143	102	2.0	103	84	2	271	29	5	30	34	1.79
27261233--27261287	25	2.1	27	83	6	69	23	9	7	60	1.52
27263476--27263509	17	2.0	17	100	0	68	23	17	17	41	1.90
27278504--27278853	175	2.0	175	100	0	700	25	7	18	48	1.74
27281984--27282045	23	2.6	24	72	25	60	45	6	16	32	1.72
27289444--27289586	51	2.9	49	79	6	162	32	22	16	28	1.96
27289444--27289586	49	2.8	51	81	4	166	32	22	16	28	1.96
27293288--27293351	24	2.6	25	72	16	62	12	10	12	64	1.51
27300660--27300707	24	2.0	24	96	4	89	45	16	6	31	1.72
27303984--27304044	32	1.9	31	90	3	95	45	6	8	39	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27304579--27304623	22	2.0	24	82	8	58	8	6	13	71	1.31
27316340--27316548	106	2.0	106	95	1	375	48	12	10	28	1.73
27316380--27316546	52	3.2	52	66	18	146	49	11	8	29	1.70
27317188--27317257	26	2.7	26	77	0	77	30	20	24	25	1.99
27319639--27319687	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
27321270--27321304	18	2.0	18	88	5	54	5	17	34	42	1.73
27322331--27322394	11	5.8	11	76	7	67	42	50	0	7	1.31
27322331--27322394	22	2.9	21	86	9	83	42	50	0	7	1.31
27323035--27323076	19	2.2	19	87	8	59	40	2	11	45	1.54
27326679--27326763	27	3.1	27	78	6	82	47	20	12	20	1.82
27326687--27326794	27	4.0	25	73	15	74	45	19	14	20	1.85
27328882--27329077	28	7.0	28	83	0	221	31	22	23	21	1.98
27328869--27329077	84	2.5	84	88	0	294	32	22	23	22	1.98
27329397--27329511	27	4.3	27	83	4	151	13	20	23	42	1.88
27330529--27330627	49	2.0	49	94	0	171	22	26	22	29	1.99
27334475--27334648	28	6.0	28	76	6	159	27	22	24	25	2.00
27334520--27334663	28	5.1	28	81	0	144	28	20	24	27	1.99
27334782--27334839	27	2.2	26	81	6	64	32	20	25	20	1.97
27334984--27335125	27	5.3	27	85	3	169	17	20	22	39	1.92
27336156--27336183	11	2.5	11	100	0	56	35	39	0	25	1.56
27339697--27339835	69	2.0	69	88	0	206	40	17	15	27	1.89
27340084--27340214	50	2.6	50	81	3	156	39	14	12	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27340224--27340323	33	3.1	33	78	11	116	49	8	14	29	1.71
27350698--27350990	50	5.8	50	81	4	277	23	28	21	26	1.99
27356384--27356676	50	5.8	50	81	4	277	23	28	21	26	1.99
27362017--27362307	50	5.7	50	77	4	230	23	27	24	25	2.00
27376745--27377029	50	5.6	50	77	4	234	22	26	23	27	1.99
27385181--27385282	51	2.0	51	90	3	161	43	14	17	24	1.87
27391818--27392050	27	8.6	27	81	3	238	41	19	14	24	1.89
27391818--27392050	81	2.9	81	87	2	317	41	19	14	24	1.89
27393931--27394032	54	1.9	53	88	6	152	21	31	25	21	1.98
27394781--27394919	40	3.5	40	82	3	147	29	15	30	23	1.96
27401738--27401772	16	2.2	16	100	0	70	40	0	5	54	1.24
27401751--27401922	95	1.8	95	96	0	317	37	11	8	42	1.71
27403666--27403716	24	2.1	24	100	0	102	35	7	7	49	1.61
27405198--27405257	9	6.7	9	78	0	57	28	33	11	26	1.91
27405190--27405248	27	2.2	27	87	0	82	33	28	11	25	1.91
27405215--27405259	18	2.5	18	81	0	63	31	33	11	24	1.90
27405198--27405257	27	2.2	27	90	0	93	28	33	11	26	1.91
27406555--27406589	11	3.2	11	87	0	52	65	2	0	31	1.07
27407026--27407111	36	2.4	36	82	0	118	18	9	41	30	1.82
27411805--27411893	18	4.9	18	73	10	65	28	32	13	25	1.94
27411805--27411891	9	9.7	9	72	5	59	27	33	13	25	1.94
27411805--27411882	27	2.9	27	82	0	84	28	32	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27411822--27411891	27	2.6	27	86	4	88	30	32	12	24	1.93
27413767--27413813	15	3.1	15	77	17	53	4	17	0	78	0.90
27414963--27415011	20	2.5	20	86	6	64	63	6	4	26	1.36
27416280--27416324	19	2.3	20	81	14	58	40	0	2	57	1.11
27416437--27416464	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
27416415--27416461	20	2.3	21	75	10	53	25	0	4	70	1.05
27416736--27416975	120	2.0	121	90	2	385	43	11	17	27	1.83
27432425--27432449	8	3.1	8	100	0	50	28	12	48	12	1.76
27432922--27433023	43	2.4	42	79	12	109	27	24	15	32	1.96
27434275--27434324	22	2.3	22	85	0	64	10	4	6	80	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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