genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  41  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14580016--14580057	15	2.8	15	82	13	59	21	0	40	38	1.53
14580862--14580931	16	4.4	16	92	0	95	31	0	34	34	1.58
14580910--14581019	45	2.6	43	77	9	120	34	5	28	31	1.80
14584296--14584356	27	2.3	27	85	0	77	22	4	31	40	1.75
14588857--14589121	42	6.2	43	87	1	320	23	17	31	27	1.97
14588877--14589114	127	1.9	127	90	1	379	22	18	31	26	1.97
14604675--14604732	29	2.0	29	96	0	107	48	12	3	36	1.57
14608539--14610238	566	3.0	567	92	0	2791	31	17	21	28	1.97
14621539--14621650	21	5.3	21	67	8	84	13	20	17	48	1.81
14621538--14621776	42	5.7	42	86	0	280	15	21	16	46	1.83
14621605--14621709	21	5.0	21	62	9	61	13	21	17	47	1.81
14621614--14621722	21	5.2	21	63	4	58	13	22	16	46	1.82
14627946--14628048	52	2.0	52	86	0	143	33	24	21	21	1.97
14627945--14628049	26	4.0	26	77	2	104	32	23	22	20	1.98
14628256--14628683	27	15.8	27	83	2	502	22	16	18	42	1.89
14634303--14634402	28	3.6	28	88	0	146	33	11	26	30	1.90
14642632--14642665	6	5.3	6	86	13	50	29	2	0	67	1.05
14642632--14642665	14	2.6	13	90	9	52	29	2	0	67	1.05
14642706--14642740	17	1.9	19	88	11	56	25	11	5	57	1.56
14646584--14646675	19	4.8	19	93	0	157	36	7	16	39	1.77
14646584--14646682	38	2.7	38	95	3	175	37	7	17	38	1.77
14655144--14655233	42	2.1	42	89	4	137	52	7	32	7	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14665115--14665143	8	3.6	8	100	0	58	65	0	0	34	0.93
14667025--14667063	18	2.2	18	95	0	69	38	15	20	25	1.92
14671668--14671709	3	14.0	3	84	0	57	33	40	0	26	1.56
14671669--14671724	15	3.7	15	92	0	76	33	46	0	19	1.50
14689305--14689859	267	2.1	267	90	1	871	28	20	25	25	1.99
14689866--14689977	44	2.5	44	81	2	118	29	20	20	29	1.98
14696461--14696499	19	2.1	19	85	0	51	20	15	12	51	1.76
14706019--14706054	6	6.0	6	100	0	72	66	0	0	33	0.92
14706062--14706086	13	1.9	13	100	0	50	76	0	8	16	1.02
14715331--14715361	14	2.1	15	94	5	55	61	0	0	38	0.96
14728162--14728232	35	2.0	35	97	0	133	29	15	21	33	1.94
14730082--14730175	46	2.0	46	100	0	188	36	12	17	34	1.87
14735618--14735642	5	5.0	5	100	0	50	20	60	20	0	1.37
14742300--14742329	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14742418--14742445	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14742302--14742519	116	1.9	116	100	0	436	43	11	8	37	1.71
14748050--14748135	43	2.0	43	93	0	145	37	5	13	43	1.69
14751117--14751238	54	2.3	54	80	5	131	22	27	29	19	1.98
14768997--14769211	23	9.0	23	66	16	80	40	17	14	26	1.88
14768985--14769211	71	3.2	71	90	2	339	39	18	15	26	1.91
14768996--14769214	48	4.6	48	68	15	150	40	17	14	27	1.88
14769643--14769741	28	3.5	28	84	5	128	32	26	11	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14777022--14777121	5	20.0	5	95	0	182	40	20	0	40	1.52
14795162--14795478	158	2.0	159	98	0	618	41	4	10	43	1.59
14802918--14802984	34	1.9	35	84	3	91	31	8	11	47	1.71
14802933--14802972	20	2.0	20	85	0	53	30	10	10	50	1.69
14815168--14815257	43	2.0	46	91	8	150	22	2	12	63	1.39
14819295--14819366	22	3.3	22	90	3	110	30	31	0	37	1.58
14819400--14819468	32	2.2	32	89	5	104	33	1	0	65	1.02
14821583--14822082	29	17.2	29	98	0	966	44	24	0	30	1.54
14826175--14826214	14	2.9	14	92	0	62	67	0	2	30	1.04
14828266--14828317	26	2.0	26	100	0	104	34	15	34	15	1.89
14834327--14834409	43	1.9	43	97	0	157	22	20	14	42	1.88
14843537--14843688	16	9.1	16	80	8	160	36	1	15	46	1.55
14843527--14843688	34	4.8	34	84	3	220	37	1	15	45	1.54
14843489--14843682	9	22.7	9	74	13	151	37	1	15	45	1.54
14843802--14843893	9	10.9	9	65	21	56	35	2	18	43	1.62
14843838--14843904	20	3.1	21	85	8	91	38	0	16	44	1.48
14843886--14844165	52	5.4	52	99	0	544	31	1	17	49	1.57
14844154--14844225	9	8.4	9	73	11	62	31	1	19	47	1.58
14844155--14844225	25	2.8	25	82	0	79	32	1	19	46	1.59
14843886--14844215	156	2.1	154	90	6	515	31	1	17	49	1.57
14845825--14845867	18	2.4	18	96	0	77	25	20	32	20	1.97
14845965--14846172	83	2.5	83	83	4	231	33	23	13	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14846813--14846861	14	3.4	14	81	13	55	42	38	0	18	1.50
14846815--14846879	22	3.0	22	75	2	60	46	36	0	16	1.48
14847023--14847140	49	2.4	47	76	5	110	50	22	3	22	1.64
14847178--14847447	115	2.4	112	85	4	339	28	21	18	32	1.97
14847361--14847631	93	2.9	92	88	2	400	25	22	18	33	1.97
14847540--14847974	114	3.8	113	83	2	566	27	22	17	32	1.96
14858559--14858595	2	19.0	2	84	15	51	48	2	0	48	1.15
14859419--14859450	16	1.9	17	93	6	57	3	18	3	75	1.08
14869085--14869128	21	2.1	21	95	0	79	43	22	4	29	1.73
14869880--14869905	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14873387--14873441	23	2.4	23	100	0	110	29	7	14	49	1.70
14876711--14876780	28	2.5	28	88	4	106	41	10	1	47	1.46
14876860--14876926	27	2.5	27	90	0	98	25	28	29	16	1.97
14876974--14877058	12	7.1	12	69	20	54	67	0	32	0	0.91
14876974--14877108	10	13.8	10	71	20	65	65	0	33	0	0.98
14876961--14877061	28	3.3	29	76	15	89	65	0	34	0	0.93
14876999--14877101	38	2.8	38	91	5	160	66	0	33	0	0.99
14876978--14877063	34	3.0	28	76	22	88	67	0	32	0	0.91
14877314--14877352	14	2.7	15	84	8	53	61	5	5	28	1.39
14877326--14877354	14	2.1	14	100	0	58	55	0	6	37	1.27
14879566--14879655	27	3.3	27	85	0	126	14	26	27	31	1.95
14879714--14879771	28	2.0	29	93	3	100	56	0	5	37	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14882761--14882798	10	3.8	10	82	10	51	2	2	7	86	0.74
14882766--14882808	19	2.2	20	83	4	52	9	2	6	81	0.95
14882800--14882867	28	2.4	29	90	7	106	48	1	10	39	1.46
14883354--14883387	17	2.0	17	88	0	50	61	2	2	32	1.26
14885021--14885060	21	2.0	21	85	5	55	80	0	10	10	0.92
14885950--14886096	44	3.3	44	79	5	154	27	29	14	27	1.95
14886100--14886306	87	2.4	87	87	0	299	24	21	23	30	1.99
14886187--14886438	131	1.9	132	86	2	364	24	21	22	31	1.98
14886065--14886517	218	2.1	219	90	0	710	24	22	22	30	1.99
14886305--14886726	87	4.9	87	90	0	637	23	21	23	30	1.99
14887127--14887154	13	2.2	13	100	0	56	32	21	21	25	1.98
14887940--14887994	14	4.0	14	81	9	60	14	21	0	63	1.30
14887951--14887995	7	6.4	7	82	7	56	13	20	0	66	1.24
14888370--14888428	29	2.2	26	87	9	82	8	10	11	69	1.37
14893120--14893153	17	2.0	17	88	0	50	61	2	2	32	1.26
14904928--14905063	50	2.7	50	88	4	195	19	31	20	27	1.97
14905090--14905174	44	1.9	44	87	0	125	27	21	7	44	1.77
14907361--14907390	15	2.0	15	93	0	51	50	13	16	20	1.78
14909225--14909296	35	2.0	37	84	10	96	70	1	5	22	1.15
14910740--14910850	58	1.9	58	81	3	134	31	24	16	27	1.96
14910886--14911769	143	6.2	143	88	1	1177	27	20	20	31	1.97
14912640--14912692	10	5.0	10	84	13	70	1	15	0	83	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14915607--14915669	3	21.7	3	82	6	76	63	1	4	30	1.24
14920088--14920381	4	73.2	4	97	2	554	50	0	0	49	1.03
14923380--14923425	16	2.9	16	75	24	53	43	4	0	52	1.21
14923848--14923892	23	2.0	23	86	8	65	35	4	2	57	1.31
14924084--14924125	20	2.2	20	86	4	59	54	7	4	33	1.49
14929238--14929276	21	2.0	21	85	10	55	41	7	5	46	1.55
14936153--14936278	40	3.2	38	78	13	132	34	25	17	23	1.96
14936153--14936262	37	2.9	38	81	10	127	33	26	17	22	1.96
14937130--14937168	18	2.2	18	85	0	51	0	20	5	74	1.01
14942960--14943009	24	2.1	24	85	3	66	40	0	2	58	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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