genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  85  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28786928--28787004	27	2.7	29	78	11	97	37	14	15	32	1.88
28789858--28789907	24	2.1	24	82	14	59	64	10	0	26	1.25
28797092--28797126	14	2.4	14	90	4	52	40	20	2	37	1.67
28805874--28805905	13	2.6	13	90	9	50	34	12	15	37	1.85
28807106--28807393	51	5.7	51	78	6	298	28	14	27	29	1.96
28807106--28807387	102	2.8	102	89	1	415	29	14	26	29	1.96
28818708--28819091	98	3.9	98	78	3	439	22	30	21	26	1.99
28818769--28819037	147	1.8	147	86	3	389	21	29	22	26	1.99
28818667--28818983	99	3.2	99	78	4	406	22	28	20	28	1.99
28818667--28819083	197	2.1	197	95	0	753	22	29	21	27	1.99
28818708--28819093	50	7.8	50	82	4	424	22	30	21	26	1.99
28825909--28825976	34	2.0	34	91	2	111	33	10	32	23	1.88
28836051--28836101	11	4.9	11	73	22	56	54	0	1	43	1.11
28836051--28836109	30	2.0	30	93	6	102	57	0	1	40	1.09
28836650--28836726	37	2.1	37	83	9	95	57	2	1	38	1.21
28838069--28838145	37	2.1	37	83	9	95	57	2	1	38	1.21
28845241--28845280	18	2.2	18	86	8	55	60	2	0	37	1.11
28848674--28848729	22	2.6	21	78	13	60	66	8	1	23	1.30
28849150--28849223	21	3.9	19	80	15	64	29	5	1	63	1.25
28849282--28849321	18	2.2	18	86	0	53	25	2	5	67	1.23
28849280--28849337	28	2.1	28	83	6	73	31	1	5	62	1.27
28860804--28860846	16	2.7	16	82	7	52	55	2	0	41	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28866543--28866585	16	2.7	16	82	7	52	55	2	0	41	1.12
28866631--28866687	29	2.0	29	89	6	89	49	10	8	31	1.68
28870804--28870846	10	4.1	10	85	11	50	60	4	0	34	1.17
28884256--28884328	37	2.0	37	97	0	137	36	12	15	35	1.84
28886081--28888877	931	3.0	931	97	0	5326	36	18	13	31	1.90
28888814--28888876	20	3.1	21	77	9	76	33	23	9	33	1.87
28888797--28888876	40	2.0	41	90	2	126	31	27	10	31	1.89
28889101--28889488	210	1.8	210	86	0	560	40	10	19	29	1.85
28897432--28897491	26	2.3	26	91	0	93	36	15	23	25	1.93
28897585--28897700	56	2.1	55	82	4	135	31	16	25	27	1.96
28897765--28897820	28	2.0	28	82	6	69	32	16	19	32	1.94
28903938--28903969	16	2.0	16	93	0	55	78	0	0	21	0.76
28905900--28905930	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
28906508--28906717	3	70.0	3	100	0	420	66	0	33	0	0.92
28909149--28909211	24	2.7	23	82	7	65	39	19	11	30	1.86
28912456--28912485	9	3.3	9	95	0	51	33	40	0	26	1.57
28913010--28913057	24	2.0	24	100	0	96	37	16	8	37	1.79
28913741--28913781	16	2.6	16	96	0	73	21	46	7	24	1.77
28914641--28914677	18	2.1	18	89	0	56	62	0	21	16	1.33
28915694--28915723	15	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
28916976--28917006	4	7.8	4	100	0	62	0	22	0	77	0.77
28921657--28921689	17	1.9	17	93	0	57	24	0	12	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28928742--28928833	46	2.0	46	100	0	184	30	6	0	63	1.20
28928742--28928864	46	2.7	45	89	3	158	28	6	0	65	1.18
28934901--28935083	21	8.8	21	76	3	129	42	18	24	14	1.88
28934906--28935061	42	3.7	42	76	5	154	42	17	24	15	1.88
28934916--28935084	63	2.7	64	75	4	146	41	18	24	15	1.89
28934912--28935082	42	4.1	42	79	0	153	41	18	25	15	1.89
28948878--28948911	17	2.0	17	100	0	68	35	5	23	35	1.79
28951863--28951907	19	2.3	20	80	3	56	24	13	6	55	1.62
28966864--28966991	57	2.2	57	82	13	158	46	5	21	26	1.72
28976964--28977174	102	2.0	103	98	1	406	32	5	15	46	1.67
28977452--28977584	69	1.9	70	85	1	187	45	9	15	29	1.79
28982424--28982458	19	1.9	19	88	11	56	42	5	2	48	1.41
28983240--28983274	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
28987237--28987266	15	2.0	15	93	0	51	50	13	3	33	1.58
28997677--28997701	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
29005524--29005553	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
29009170--29009232	29	2.2	29	85	5	83	19	7	0	73	1.08
29009165--29009245	21	3.8	21	76	11	67	19	6	2	71	1.19
29009276--29009339	31	2.1	31	85	5	85	21	3	6	68	1.26
29011362--29011394	17	1.9	17	93	0	57	18	3	15	63	1.43
29011960--29011984	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
29021265--29021421	22	7.1	22	78	5	102	21	24	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29021278--29021371	44	2.1	44	86	0	125	18	21	35	25	1.95
29021583--29021658	22	3.5	22	78	7	73	18	18	31	31	1.95
29021300--29021869	287	2.0	289	85	2	781	27	22	20	29	1.98
29021625--29021697	22	3.3	22	86	0	92	20	21	30	27	1.98
29021640--29021708	22	3.1	22	82	0	75	24	17	27	30	1.97
29023458--29023492	7	5.0	7	92	0	61	40	28	2	28	1.71
29024027--29024073	3	15.7	3	100	0	94	68	0	31	0	0.90
29027169--29027239	34	2.1	34	97	0	133	19	14	25	40	1.89
29040419--29040454	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
29040980--29041027	23	2.1	23	84	7	62	6	18	0	75	1.01
29042126--29042223	12	8.3	11	74	15	72	69	0	6	24	1.11
29042134--29042217	4	20.5	4	75	18	59	69	0	5	25	1.11
29042181--29042223	11	3.9	11	91	8	70	76	0	0	23	0.78
29042181--29042226	15	3.3	14	85	14	60	76	0	0	23	0.79
29042126--29042226	23	4.2	23	74	13	71	69	0	5	24	1.11
29048688--29048756	15	4.4	16	75	18	65	42	7	2	47	1.46
29048702--29048755	19	3.1	19	69	20	62	40	7	1	50	1.41
29048688--29048755	34	2.0	34	97	0	127	41	7	2	48	1.46
29052739--29052825	35	2.5	35	84	3	104	35	10	25	28	1.89
29069500--29069528	14	2.1	14	100	0	58	41	6	0	51	1.28
29069974--29070008	16	2.1	17	89	5	54	11	51	0	37	1.38
29075001--29075025	10	2.5	10	100	0	50	36	8	32	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29076424--29076457	16	2.1	16	88	0	50	23	5	11	58	1.55
29078588--29078625	16	2.4	16	82	13	51	10	52	0	36	1.36
29084434--29084471	18	2.1	19	85	5	51	13	2	13	71	1.26
29089458--29089514	13	4.4	13	82	4	62	28	5	14	52	1.62
29091174--29091296	40	3.1	39	84	2	147	13	16	27	42	1.86
29101568--29101605	17	2.2	17	90	0	58	50	31	5	13	1.63
29104850--29105130	140	2.0	140	99	0	553	26	17	19	36	1.94
29108681--29108708	3	9.3	3	100	0	56	0	0	32	67	0.91
29110226--29110266	15	2.7	15	88	0	64	46	24	7	21	1.77
29110775--29111195	214	2.0	212	94	0	743	31	16	20	31	1.95
29114207--29114244	19	2.1	19	95	5	69	28	5	26	39	1.78
29132955--29132979	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
29139496--29139546	26	2.0	26	81	14	61	29	9	3	56	1.49
29142789--29142854	21	3.2	20	76	18	64	68	6	3	22	1.26
29143126--29143190	34	2.0	32	87	6	94	69	1	9	20	1.24
29154082--29154108	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
29161540--29161579	15	2.6	15	84	15	55	52	5	0	42	1.23
29167589--29167817	114	2.0	115	99	0	451	30	12	16	41	1.85
29168904--29168942	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
29169831--29169948	62	2.0	61	88	5	177	48	5	4	42	1.44
29169926--29169974	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
29171471--29171588	62	2.0	61	88	5	177	48	5	4	42	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29171566--29171614	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
29175229--29175266	20	1.9	20	88	0	58	36	7	5	50	1.54
29175671--29175710	17	2.4	17	91	8	64	65	2	0	32	1.06
29190229--29190433	56	3.7	56	97	0	383	24	18	29	27	1.98
29190229--29190581	56	6.7	51	82	7	265	27	19	28	25	1.99
29190229--29190485	56	4.7	53	92	2	277	25	20	29	24	1.99
29196908--29197045	50	2.6	50	84	6	159	26	21	28	23	1.99
29199184--29199221	20	1.9	20	88	0	58	34	5	0	60	1.19
29199199--29199251	25	2.1	25	82	6	63	39	1	1	56	1.21
29224339--29224380	8	5.4	8	85	2	59	64	0	2	33	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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