genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  20  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7560426--7560460	6	5.8	6	100	0	70	0	17	51	31	1.45
7560429--7560471	18	2.4	18	88	0	59	2	16	53	27	1.55
7569528--7569554	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
7578120--7578292	46	3.8	46	89	2	276	38	9	22	30	1.85
7579870--7579912	2	20.5	2	82	17	52	44	4	2	48	1.36
7579877--7579915	19	2.1	19	100	0	78	43	5	5	46	1.48
7594586--7594612	4	6.8	4	100	0	54	22	25	25	25	2.00
7612884--7612940	29	1.9	29	85	3	78	45	21	10	22	1.82
7623399--7623707	44	6.8	43	74	14	214	28	20	19	31	1.97
7623313--7623634	142	2.3	138	90	3	495	28	20	19	31	1.97
7623796--7624161	131	2.8	131	91	0	590	22	22	22	31	1.98
7623929--7624112	44	4.2	43	66	13	106	22	22	22	32	1.98
7628721--7628750	15	2.0	15	93	0	51	43	13	20	23	1.86
7630894--7630989	47	2.0	47	82	11	117	53	3	7	36	1.45
7636161--7636251	44	2.0	44	89	6	139	32	4	26	36	1.76
7636357--7636482	58	2.2	58	84	2	155	50	3	0	45	1.23
7636425--7636463	10	3.9	10	82	0	51	53	0	0	46	1.00
7636425--7636475	20	2.4	22	90	9	88	50	1	0	47	1.12
7636344--7636508	58	2.9	56	79	8	147	50	3	1	43	1.30
7636597--7636635	14	2.8	14	80	0	51	41	12	10	35	1.77
7641049--7641073	6	4.2	6	100	0	50	32	0	52	16	1.44
7651833--7651885	24	2.3	23	87	6	72	56	3	7	32	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7651839--7651885	24	2.0	24	91	0	76	55	4	8	31	1.49
7652478--7652530	22	2.4	22	81	9	63	45	18	3	32	1.68
7652490--7652534	23	2.0	23	91	4	74	40	22	4	33	1.74
7652514--7652587	21	3.8	19	84	10	105	36	16	10	36	1.83
7666600--7666762	89	1.8	89	85	0	227	28	20	23	27	1.99
7666764--7667008	89	2.8	89	84	3	262	31	19	22	27	1.98
7666560--7666984	222	1.9	222	92	0	706	29	20	22	27	1.99
7666689--7666970	133	2.1	133	82	3	307	30	20	22	26	1.98
7666583--7667007	44	9.6	43	71	8	183	30	19	22	27	1.98
7668636--7668674	3	13.3	3	94	5	71	30	0	0	69	0.89
7672977--7673028	25	2.1	25	85	0	68	57	3	0	38	1.17
7673031--7673079	21	2.3	22	89	10	75	53	0	4	42	1.20
7673031--7673107	11	7.1	11	70	11	52	46	0	2	50	1.15
7673295--7673330	16	2.2	16	90	0	54	36	25	0	38	1.56
7686034--7686076	19	2.2	20	80	12	54	32	16	0	51	1.45
7688916--7689180	132	2.0	133	99	0	523	36	11	26	24	1.90
7694197--7694223	14	1.9	14	100	0	54	74	7	18	0	1.05
7701192--7701226	17	2.1	17	100	0	70	22	22	17	37	1.94
7709492--7709591	42	2.4	42	83	3	130	40	13	27	20	1.89
7711642--7711676	16	2.2	16	90	5	54	42	8	11	37	1.72
7720203--7720228	13	2.0	13	100	0	52	15	15	7	61	1.55
7720208--7720328	51	2.4	51	87	5	165	29	15	9	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7720302--7720365	32	2.0	32	100	0	128	25	21	3	50	1.64
7721422--7721454	17	1.9	17	93	0	57	30	9	6	54	1.56
7724167--7724288	64	1.9	63	86	1	172	34	22	21	21	1.97
7725946--7726003	11	5.1	11	79	8	62	63	3	0	32	1.11
7729946--7729985	18	2.2	19	90	4	64	45	5	2	47	1.38
7731243--7731269	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7731483--7731623	44	3.2	44	87	3	194	41	22	4	31	1.73
7747164--7747272	55	2.0	55	92	0	182	33	17	18	31	1.94
7760579--7760635	3	19.3	3	82	10	73	28	1	0	70	0.98
7760567--7760632	15	4.6	14	81	7	53	25	4	0	69	1.07
7760839--7760864	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
7760870--7760986	40	3.0	40	77	5	121	35	19	19	24	1.95
7761041--7761156	41	2.9	41	92	5	191	18	25	28	27	1.98
7761922--7761993	33	2.2	33	84	0	90	16	6	45	30	1.74
7763073--7763379	146	2.1	147	93	0	526	39	15	13	31	1.86
7768093--7768388	43	6.9	43	86	4	357	21	18	30	29	1.97
7778172--7778246	29	2.5	29	82	4	87	48	14	12	25	1.78
7779201--7779248	23	2.1	23	84	7	62	41	0	2	56	1.11
7779954--7779995	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
7780174--7780235	27	2.3	27	97	0	115	14	33	22	29	1.94
7799202--7799273	32	2.2	33	97	2	137	51	19	9	19	1.74
7809184--7809342	39	4.1	39	100	0	318	33	10	25	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7823252--7823530	139	2.0	140	99	0	551	22	19	18	39	1.92
7829633--7829785	73	2.1	73	97	0	288	24	19	9	46	1.79
7831314--7831415	53	1.9	53	95	0	186	29	23	9	37	1.87
7833444--7833508	11	5.9	11	76	5	53	61	7	12	18	1.54
7838869--7838948	25	3.1	25	63	16	63	61	18	8	11	1.55
7838843--7838948	53	2.0	53	100	0	212	58	20	9	11	1.60
7838843--7838927	28	3.1	28	64	16	79	55	23	10	10	1.65
7844305--7844345	19	2.1	20	86	4	57	56	0	9	34	1.32
7845231--7845271	19	2.1	20	86	4	57	56	0	9	34	1.32
7847597--7847647	20	2.3	23	83	9	63	74	7	1	15	1.13
7847597--7847647	10	4.8	10	76	21	50	74	7	1	15	1.13
7849538--7849596	27	2.2	27	90	0	91	20	30	30	18	1.96
7849646--7849696	11	4.7	10	76	23	50	15	1	7	74	1.13
7849646--7849696	20	2.3	23	83	9	63	15	1	7	74	1.13
7855938--7856253	157	2.0	158	99	0	625	45	12	15	26	1.82
7864158--7864244	40	2.2	40	83	4	104	39	20	6	33	1.79
7865972--7866111	41	3.4	41	76	3	147	21	20	25	32	1.97
7866444--7866515	32	2.2	32	95	0	126	41	2	33	22	1.68
7869016--7869054	17	2.4	16	87	8	60	69	7	0	23	1.14
7874578--7874640	33	1.9	33	83	0	81	44	11	4	39	1.61
7876125--7876250	60	2.1	60	80	4	137	37	11	21	30	1.88
7880190--7880251	10	5.8	10	76	12	61	66	1	4	27	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7880188--7880251	21	3.0	21	84	13	85	65	1	4	28	1.21
7881340--7881401	19	3.3	19	82	8	65	27	0	4	67	1.10
7881371--7881408	19	2.0	19	89	0	58	28	0	10	60	1.30
7881478--7881514	16	2.1	19	85	14	53	59	0	13	27	1.35
7899894--7899930	19	2.1	19	90	10	60	32	0	5	62	1.18
7920447--7920488	20	2.1	20	82	8	50	23	2	2	71	1.10
7920452--7920488	15	2.5	16	83	16	53	27	2	0	70	1.01
7924817--7924905	10	9.2	9	73	15	54	39	3	1	56	1.23
7925783--7925858	31	2.6	29	85	8	107	53	13	6	26	1.63
7927324--7927355	6	5.5	6	96	3	57	15	0	0	84	0.63
7953006--7953032	9	3.0	9	100	0	54	44	0	0	55	0.99
7953003--7953035	10	3.4	10	87	8	50	45	0	0	54	0.99
7955133--7955171	20	2.0	20	85	10	53	48	2	2	46	1.29
7961483--7961721	118	2.0	119	99	0	471	40	17	10	31	1.83
7962802--7962860	17	3.6	17	69	17	61	62	1	1	33	1.15
7965264--7965322	17	3.6	17	69	17	61	62	1	1	33	1.15
7967257--7967306	21	2.5	20	75	21	50	38	2	2	58	1.21
7979155--7979205	21	2.4	21	83	0	57	31	31	7	29	1.86
7979894--7980078	43	4.3	43	88	0	253	25	30	18	24	1.98
7986422--7986468	19	2.5	19	92	0	85	38	8	10	42	1.70
7987039--7987434	148	2.7	148	92	0	659	32	13	14	39	1.86
7988118--7988368	89	2.8	90	83	5	316	44	29	0	25	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7988132--7988399	89	3.0	88	79	8	285	44	28	1	26	1.63
7988469--7988501	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
7988911--7989023	41	2.7	42	80	9	151	27	28	23	20	1.99
8004465--8004489	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
8004676--8004993	106	3.0	106	96	0	591	40	24	11	22	1.87
8004660--8004983	53	6.1	53	95	1	325	41	24	11	23	1.86
8004660--8004983	9	36.6	9	82	3	397	41	24	11	23	1.86
8005098--8005141	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
8012431--8012464	14	2.4	14	90	5	50	47	0	0	52	1.00
8022236--8022290	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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