genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  61  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20954078--20954144	25	2.8	23	84	6	98	31	0	1	67	1.00
20954390--20954437	23	2.1	23	84	0	60	16	6	12	64	1.46
20954429--20954487	24	2.4	25	82	5	66	28	10	5	55	1.54
20964019--20964066	3	16.0	3	100	0	96	33	0	33	33	1.58
20964065--20964094	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
20964163--20964215	18	2.9	17	72	10	52	62	0	11	26	1.29
20965535--20965580	24	1.9	24	86	8	67	6	0	41	52	1.27
20965776--20966258	239	2.0	242	89	4	742	31	21	14	32	1.93
20966430--20966495	11	6.4	10	77	8	53	6	15	0	78	0.93
20966446--20966491	10	4.5	10	89	5	65	8	15	0	76	1.02
20966446--20966490	21	2.1	21	91	0	72	8	13	0	77	0.98
20966435--20966493	10	5.9	9	83	14	55	6	15	0	77	0.96
20966435--20966497	21	3.0	21	77	13	67	7	14	0	77	0.97
20973189--20974118	44	20.6	44	74	6	660	28	20	17	32	1.96
20973183--20974118	133	6.9	133	81	4	789	28	21	17	32	1.96
20973191--20974118	272	3.4	268	79	4	866	28	20	17	32	1.96
20973174--20974118	412	2.3	405	81	2	1061	28	20	17	32	1.96
20977074--20977116	23	2.0	23	86	9	63	27	13	11	46	1.78
20977533--20977659	43	3.0	42	85	3	175	25	17	14	42	1.87
20982312--20982365	19	2.8	20	83	5	67	44	9	18	27	1.80
20984294--20984353	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
20984568--20984602	18	1.9	18	94	0	61	22	11	17	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20994691--20994796	41	2.6	41	89	3	151	50	10	20	18	1.76
21001809--21001872	29	2.2	29	97	2	121	31	10	20	37	1.87
21017833--21017881	14	3.5	14	89	8	73	26	12	0	61	1.31
21017842--21017886	14	3.2	14	87	0	63	24	11	0	64	1.26
21021047--21021077	5	6.2	5	100	0	62	0	0	19	80	0.71
21021599--21021633	4	9.0	4	87	6	54	22	0	2	74	0.95
21021599--21021633	11	3.0	12	91	4	54	22	0	2	74	0.95
21021948--21021983	3	12.3	3	88	5	56	30	0	2	66	1.06
21021950--21021983	17	2.0	17	94	0	59	29	0	2	67	1.05
21023158--21023221	6	9.8	6	77	15	56	15	0	6	78	0.95
21023143--21023220	26	2.9	25	73	17	68	14	2	6	76	1.08
21037131--21037172	15	2.6	16	85	11	59	26	7	0	66	1.17
21041917--21041971	27	2.0	27	96	0	101	34	10	5	49	1.61
21046765--21046805	21	2.0	21	90	0	64	29	26	17	26	1.97
21047940--21048008	24	2.9	24	82	4	77	40	7	7	44	1.60
21050259--21050319	23	2.6	23	84	2	86	39	4	8	47	1.55
21062925--21063031	24	4.5	24	73	17	91	70	3	5	20	1.24
21062944--21063026	9	9.3	9	68	19	50	69	3	4	21	1.22
21062988--21063034	15	3.3	14	77	14	51	72	2	2	23	1.06
21062925--21063044	24	5.1	24	75	14	81	69	4	5	20	1.27
21069581--21069614	18	1.9	17	88	5	50	76	2	0	20	0.92
21076975--21077013	16	2.4	16	87	8	53	41	2	0	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21076956--21077099	45	3.3	45	75	13	183	37	3	2	56	1.28
21076942--21077140	42	4.7	42	73	11	183	36	5	3	54	1.39
21076942--21077147	85	2.4	85	99	0	403	36	4	3	55	1.38
21077060--21077098	16	2.4	16	87	8	53	41	2	0	56	1.13
21092943--21092986	18	2.4	18	88	0	70	47	20	4	27	1.69
21100094--21100126	16	2.1	16	100	0	66	45	6	18	30	1.73
21102349--21102491	19	7.4	19	77	11	112	19	23	25	31	1.98
21102333--21102498	39	4.3	39	70	5	122	19	24	25	30	1.98
21103651--21103707	27	2.1	27	100	0	114	31	17	31	19	1.95
21105673--21105721	27	1.9	25	84	12	64	36	0	2	61	1.08
21105871--21105897	13	2.1	13	100	0	54	37	40	7	14	1.74
21106180--21106242	21	3.2	20	74	24	55	42	19	1	36	1.61
21106404--21106541	50	2.7	50	78	5	154	31	27	16	23	1.96
21109426--21109487	33	1.9	32	86	3	88	33	11	20	33	1.89
21110650--21110687	12	3.1	13	81	11	53	15	23	0	60	1.35
21110688--21110777	45	2.0	46	84	2	119	31	15	6	46	1.72
21113658--21113698	20	2.0	20	100	0	82	43	4	26	24	1.74
21114960--21115001	18	2.4	17	78	17	50	21	0	7	71	1.09
21120202--21120323	44	2.8	44	86	2	156	29	25	18	26	1.98
21131581--21131611	16	1.9	16	100	0	62	38	0	0	61	0.96
21135831--21135878	25	2.0	24	87	4	69	35	25	22	16	1.95
21142225--21142252	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21147628--21147658	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
21150661--21150778	59	2.0	60	86	1	166	36	15	9	38	1.79
21151026--21151079	19	2.8	19	97	0	99	37	9	16	37	1.81
21157795--21157841	24	2.0	24	95	0	85	36	14	31	17	1.90
21158984--21159456	44	10.7	45	77	4	446	29	16	24	28	1.97
21158984--21159456	132	3.6	132	93	0	768	29	16	24	28	1.97
21159578--21159680	44	2.3	44	83	6	120	30	21	19	29	1.97
21159577--21159828	128	2.0	129	82	5	314	31	20	20	27	1.97
21160112--21160187	19	3.8	19	77	14	82	34	9	18	38	1.83
21160144--21160187	21	2.0	22	82	8	54	36	6	18	38	1.77
21160693--21160742	15	3.3	15	75	8	57	22	2	0	76	0.89
21160682--21160745	29	2.2	30	91	2	103	20	3	0	76	0.92
21160795--21160858	25	2.6	25	80	2	76	32	1	3	62	1.20
21164353--21164428	38	2.0	38	89	0	116	31	21	22	25	1.98
21175196--21175224	12	2.3	13	94	5	51	20	10	0	68	1.18
21189192--21189223	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
21190559--21190642	11	8.4	10	68	22	52	36	1	2	59	1.18
21190560--21190642	20	4.2	20	68	20	66	37	1	2	59	1.19
21194856--21194901	13	3.6	13	79	5	58	21	4	0	73	1.00
21194856--21194898	6	6.8	6	81	7	50	23	2	0	74	0.93
21198297--21198372	23	3.3	24	83	7	95	28	18	21	31	1.97
21205704--21205779	23	3.3	23	84	0	116	22	18	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21207486--21207561	23	3.3	23	88	5	109	31	26	18	23	1.97
21208990--21209607	308	2.0	308	99	0	1218	39	8	17	33	1.81
21211059--21211084	13	2.0	13	100	0	52	46	7	46	0	1.31
21223043--21223218	87	2.0	87	95	2	318	38	18	18	25	1.92
21223500--21223567	9	7.4	9	85	9	93	39	27	10	22	1.86
21223763--21223802	16	2.5	16	84	11	55	17	5	20	57	1.58
21224241--21224265	12	2.1	12	100	0	50	8	16	44	32	1.76
21242019--21242047	13	2.1	14	93	6	51	41	3	0	55	1.17
21249901--21249989	46	1.9	44	86	13	126	35	1	3	59	1.21
21250843--21250898	28	2.0	28	82	6	69	53	0	1	44	1.11
21250907--21250940	5	6.8	5	100	0	68	41	0	0	58	0.98
21250843--21250925	34	2.3	37	81	12	109	49	0	3	46	1.19
21251686--21251732	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
21252274--21252341	31	2.1	33	83	5	86	36	2	22	38	1.69
21253484--21253536	26	2.0	26	96	0	97	28	3	37	30	1.75
21254057--21254090	6	5.5	6	93	6	59	85	0	14	0	0.60
21254190--21254259	20	3.5	20	84	2	86	22	11	11	54	1.68
21268627--21268659	13	2.6	13	90	4	50	18	3	27	51	1.60
21270480--21270614	25	5.5	24	68	14	80	25	17	13	42	1.86
21270512--21270589	23	3.3	23	72	13	86	25	19	16	38	1.92
21270461--21270617	48	3.3	48	90	1	235	26	17	14	41	1.88
21273715--21273747	17	2.0	17	88	5	50	36	21	0	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21283906--21283947	3	14.0	3	84	0	57	0	26	33	40	1.56
21283906--21283947	12	3.5	12	90	0	66	0	26	33	40	1.56
21290829--21290983	82	1.9	81	84	4	204	49	12	3	34	1.60
21297698--21297722	9	2.8	9	100	0	50	48	24	8	20	1.76
21308401--21308435	18	1.9	18	100	0	70	45	20	11	22	1.82
21314185--21314209	13	1.9	13	100	0	50	56	16	4	24	1.57
21315729--21315798	28	2.5	28	90	6	108	40	10	0	50	1.36
21315861--21315938	27	2.9	26	87	11	104	28	26	29	15	1.96
21317500--21317616	57	2.0	58	96	3	218	38	15	15	30	1.88
21319758--21319866	38	2.9	38	90	4	168	0	33	0	65	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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