genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  71  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24198096--24198156	30	2.1	29	87	3	86	32	8	4	54	1.52
24198096--24198156	29	2.1	30	84	9	81	32	8	4	54	1.52
24201270--24201343	28	2.7	27	83	6	105	45	6	0	47	1.29
24201391--24201491	27	3.7	27	85	5	125	24	27	30	16	1.97
24201625--24201663	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
24207353--24207382	16	1.9	15	93	6	51	26	3	0	70	1.03
24207902--24208012	32	3.4	32	78	11	95	0	31	0	68	0.90
24207931--24208011	18	4.6	17	74	18	69	0	30	0	69	0.89
24207957--24208012	4	14.0	4	80	14	62	0	30	0	69	0.89
24207925--24208007	40	2.2	40	85	8	111	0	31	0	68	0.90
24207902--24208021	64	1.9	64	81	13	149	0	33	0	66	0.92
24208056--24208122	27	2.5	27	90	4	100	14	23	29	31	1.95
24208217--24208283	27	2.5	27	90	4	100	14	23	29	31	1.95
24208026--24208348	161	2.0	162	99	0	639	16	27	22	33	1.95
24208350--24208421	28	2.6	28	91	2	119	50	0	9	40	1.36
24224041--24224200	86	1.9	85	83	8	209	29	25	19	26	1.98
24224842--24224869	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
24237631--24237694	26	2.5	25	82	5	74	70	3	6	20	1.23
24238311--24238335	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
24239040--24239091	24	2.2	24	85	0	68	53	0	5	40	1.25
24239334--24239677	178	1.9	177	89	2	530	36	12	10	40	1.78
24240302--24240397	42	2.3	42	94	0	165	25	22	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24240386--24240412	13	2.1	13	100	0	54	37	33	22	7	1.82
24240344--24240451	55	2.0	55	85	3	146	28	24	20	26	1.99
24240300--24240496	97	2.0	97	80	1	216	27	21	21	28	1.99
24240397--24240609	42	5.0	42	72	6	164	28	19	20	30	1.97
24240984--24241035	21	2.5	21	81	9	70	5	48	15	30	1.68
24243688--24243755	18	3.8	18	94	0	109	35	0	13	51	1.41
24243688--24243761	27	2.7	27	85	0	94	35	1	13	50	1.50
24243688--24243761	9	8.2	9	80	0	85	35	1	13	50	1.50
24243876--24243909	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
24243933--24243967	9	3.9	9	84	0	52	37	0	14	48	1.44
24243931--24243975	18	2.5	18	96	0	81	40	0	11	48	1.39
24244067--24244111	23	2.0	23	81	0	54	40	4	8	46	1.55
24246767--24246812	14	3.3	14	81	0	56	43	34	0	21	1.53
24246994--24247042	21	2.3	22	85	3	64	36	40	2	20	1.64
24247111--24247143	14	2.4	14	89	0	57	51	27	0	21	1.48
24247083--24247175	39	2.4	40	83	5	127	48	22	2	26	1.62
24248543--24248616	3	24.7	3	100	0	148	67	0	0	32	0.91
24248999--24249040	21	2.0	21	85	0	57	66	7	2	23	1.28
24268836--24269083	128	1.9	129	81	7	299	27	20	22	29	1.98
24268974--24269085	44	2.5	44	84	5	138	27	19	22	30	1.98
24269232--24269318	44	2.0	44	88	0	129	27	26	14	31	1.95
24269451--24269677	44	5.1	44	87	1	346	29	25	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24269451--24269677	89	2.6	88	86	1	346	29	25	13	31	1.94
24270839--24270890	8	7.3	7	81	14	54	11	17	0	71	1.15
24270852--24270899	21	2.2	21	85	10	62	14	14	0	70	1.16
24271769--24271807	17	2.2	17	86	4	51	66	7	15	10	1.43
24273756--24273781	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
24275654--24275685	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
24276248--24276298	16	3.2	15	76	20	50	78	1	9	9	1.04
24277746--24277788	21	2.0	21	100	0	86	48	27	4	18	1.68
24293194--24293242	21	2.3	22	92	7	91	53	18	4	24	1.62
24304533--24304724	63	3.0	62	92	1	303	36	13	16	33	1.88
24309317--24309366	12	4.2	12	75	14	59	54	6	6	34	1.50
24309634--24309684	22	2.3	23	80	16	63	39	45	0	15	1.47
24309655--24309701	17	2.9	16	87	12	69	34	48	0	17	1.47
24309965--24310313	118	3.0	115	87	5	492	26	26	20	26	1.99
24310226--24310448	72	3.1	72	86	2	313	25	25	21	26	2.00
24310357--24310570	114	1.9	114	93	0	365	25	27	21	25	2.00
24310095--24310715	258	2.4	259	87	2	861	25	25	21	27	1.99
24310471--24310787	73	4.4	73	89	1	458	24	25	23	27	2.00
24310471--24310787	145	2.2	145	87	1	465	24	25	23	27	2.00
24310817--24310842	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
24311584--24311680	23	4.4	21	71	18	58	54	5	4	36	1.42
24311569--24311675	45	2.3	45	81	13	112	56	4	3	35	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24311584--24311680	45	2.2	46	82	15	116	54	5	4	36	1.42
24311600--24311675	21	3.4	21	72	22	59	53	6	2	36	1.41
24311798--24311843	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
24313084--24313121	20	2.0	20	90	10	62	18	0	5	76	0.97
24314019--24314246	109	2.1	110	98	0	440	50	7	3	38	1.49
24314227--24314273	25	1.9	24	83	12	60	42	6	4	46	1.48
24318244--24318272	15	1.9	15	100	0	58	62	0	6	31	1.22
24318287--24318342	17	3.3	16	74	16	51	78	5	1	14	1.00
24321473--24321548	10	7.9	9	75	16	64	60	0	2	36	1.11
24321868--24321911	9	4.6	10	77	11	56	63	0	4	31	1.14
24321868--24321911	19	2.3	19	84	7	63	63	0	4	31	1.14
24322548--24322580	16	2.1	16	94	0	57	27	27	0	45	1.54
24322503--24322621	48	2.4	50	85	4	152	24	34	0	40	1.61
24322809--24322853	19	2.4	20	75	14	51	40	8	0	51	1.33
24323763--24323796	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
24328493--24328613	61	2.0	63	86	3	174	50	17	0	31	1.52
24328886--24329150	114	2.3	114	87	4	374	28	26	21	24	1.99
24329084--24329277	41	4.7	41	88	0	289	27	31	20	20	1.97
24329084--24329277	82	2.4	82	92	0	334	27	31	20	20	1.97
24337565--24337606	19	2.3	19	84	16	61	71	4	0	23	1.05
24343831--24343879	26	1.9	25	84	12	64	42	2	30	24	1.66
24345370--24345419	26	1.9	26	83	0	64	32	4	8	56	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24352060--24352119	24	2.5	24	86	5	77	61	1	0	36	1.06
24353707--24353754	22	2.3	21	80	20	57	43	14	22	18	1.87
24367016--24367069	23	2.4	23	84	9	67	53	3	3	38	1.36
24367046--24367083	16	2.4	16	90	0	58	47	5	5	42	1.48
24367245--24367348	52	2.0	52	92	0	172	27	25	12	33	1.92
24372555--24372586	10	3.2	10	90	0	55	53	0	6	40	1.26
24373309--24373351	7	6.4	7	86	7	63	62	11	0	25	1.29
24373304--24373351	21	2.4	19	83	10	60	66	10	0	22	1.22
24374140--24374256	42	2.7	43	77	5	112	26	16	24	32	1.96
24376115--24376171	28	2.0	28	83	12	73	36	22	0	40	1.55
24379363--24379410	21	2.3	20	85	3	60	35	18	4	41	1.70
24380162--24380198	19	1.9	19	88	0	56	43	0	18	37	1.51
24380297--24380361	5	13.2	5	75	15	64	38	0	3	58	1.14
24383380--24383444	21	3.1	21	79	0	85	16	23	23	36	1.94
24391024--24391070	21	2.3	20	88	3	67	36	19	4	40	1.71
24394358--24394401	12	3.6	12	81	3	52	45	9	2	43	1.48
24394619--24394669	19	2.7	19	79	11	68	23	3	7	64	1.37
24397802--24397846	13	3.4	13	81	6	54	64	0	2	33	1.06
24397801--24397847	14	3.4	14	77	16	53	65	0	2	31	1.04
24402630--24402742	60	1.9	60	81	3	138	39	6	16	37	1.74
24402620--24402753	60	2.2	59	77	3	135	39	5	14	40	1.69
24403429--24403469	22	1.9	21	90	5	64	60	0	2	36	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24410647--24410688	22	2.0	21	81	9	50	50	0	2	47	1.14
24412914--24412978	18	3.6	18	77	8	60	29	29	26	15	1.96
24416401--24416438	19	2.0	19	90	10	60	39	0	5	55	1.23
24426304--24426468	82	2.0	82	96	0	303	42	2	10	44	1.51
24429559--24429650	48	1.9	48	95	0	166	33	5	11	48	1.63
24430269--24430303	14	2.5	14	95	0	61	40	5	20	34	1.76
24432065--24432132	31	2.2	31	84	5	84	64	10	0	25	1.24
24432277--24432315	6	6.2	6	88	11	60	0	46	0	53	1.00
24445895--24445957	32	2.0	31	84	3	81	41	1	7	49	1.42
24453675--24453722	20	2.4	20	79	6	53	56	6	16	20	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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