genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  5  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2080348--2080380	16	2.1	16	100	0	66	18	6	30	45	1.73
2080438--2080788	175	2.0	176	99	0	695	32	13	20	33	1.91
2084700--2084744	23	2.0	23	82	4	56	48	6	6	37	1.56
2089034--2089096	18	4.1	16	72	25	55	52	3	1	42	1.27
2089054--2089098	20	2.2	21	80	11	58	53	0	2	44	1.13
2098284--2098338	23	2.4	23	90	6	85	20	16	10	52	1.73
2104346--2104458	38	3.0	38	97	0	208	43	10	17	28	1.82
2105906--2106816	451	2.0	451	99	0	1799	35	9	11	42	1.74
2107985--2108016	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2118450--2118487	15	2.5	15	87	8	51	55	28	0	15	1.41
2120282--2120333	27	2.0	26	84	3	68	32	3	1	61	1.25
2120597--2120663	28	2.4	28	79	0	80	38	1	0	59	1.06
2125993--2126022	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2128172--2128246	26	2.9	26	82	4	80	21	29	28	21	1.98
2137961--2138031	34	2.1	34	100	0	142	28	15	8	47	1.74
2140372--2140415	24	1.9	23	86	9	63	47	15	6	29	1.72
2148385--2148443	27	2.2	26	82	8	73	64	3	1	30	1.20
2160763--2160907	72	2.0	72	93	0	245	37	19	15	27	1.91
2172626--2172681	22	2.6	21	75	10	60	46	1	3	48	1.30
2172977--2173001	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2176207--2176233	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
2186205--2186230	7	3.7	7	100	0	52	30	0	30	38	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2186522--2186618	31	3.1	31	70	5	88	46	7	10	36	1.66
2186890--2186914	12	2.1	12	100	0	50	36	16	0	48	1.46
2188092--2188288	46	4.6	45	80	12	243	28	22	14	34	1.94
2188178--2188252	37	2.0	37	92	0	123	26	21	14	37	1.92
2188132--2188288	83	1.9	83	90	0	251	29	22	13	34	1.92
2193360--2193406	24	1.9	25	86	4	69	72	0	0	27	0.85
2193359--2193419	23	2.8	21	72	20	54	72	0	0	27	0.85
2202488--2202513	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2204629--2204669	19	2.0	21	86	9	59	36	0	4	58	1.20
2205927--2205977	14	3.7	14	76	2	50	37	35	5	21	1.78
2209182--2209807	154	4.0	154	90	2	918	19	7	21	50	1.73
2214453--2214494	18	2.4	17	84	8	57	33	0	2	64	1.07
2221626--2221662	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2231713--2231754	14	3.0	14	89	0	57	40	2	11	45	1.54
2231881--2231916	14	2.6	14	86	0	54	38	16	16	27	1.90
2242884--2242949	32	2.1	32	82	5	80	31	9	10	48	1.69
2253301--2253329	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2253951--2254121	75	2.2	76	91	3	272	18	22	16	42	1.89
2265623--2265833	64	3.6	56	82	14	200	22	10	2	64	1.36
2265656--2265836	64	2.9	60	85	10	240	23	11	2	62	1.42
2265997--2266063	19	3.5	19	71	18	66	26	4	2	65	1.26
2265988--2266068	39	2.1	39	97	0	153	25	3	2	67	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2274200--2274244	18	2.5	18	85	7	56	75	0	0	24	0.80
2280011--2280048	10	3.7	10	89	3	58	5	0	26	68	1.11
2280104--2280144	18	2.2	19	86	4	57	21	2	7	68	1.26
2284287--2284348	20	2.9	21	81	18	67	38	1	8	51	1.41
2284287--2284336	20	2.5	20	87	12	68	36	2	8	54	1.42
2284901--2284941	21	2.0	21	95	0	73	24	19	29	26	1.98
2285010--2285049	21	1.9	21	85	10	55	5	27	2	65	1.27
2285891--2286059	11	16.4	11	70	18	89	60	0	4	34	1.16
2285914--2286029	10	11.2	10	73	15	85	63	0	3	32	1.11
2285864--2285957	40	2.2	42	87	7	129	61	1	2	35	1.15
2285969--2286081	38	2.8	40	83	12	133	61	0	4	34	1.16
2286541--2286580	17	2.4	17	86	0	53	5	27	0	67	1.11
2296780--2296824	21	2.1	21	88	8	65	46	4	22	26	1.70
2297334--2297373	21	1.9	22	85	10	57	20	0	20	60	1.37
2305493--2305525	3	11.3	3	87	6	50	0	36	0	63	0.95
2306579--2306643	34	1.9	34	84	6	87	58	1	4	35	1.28
2323404--2323432	14	2.0	15	93	6	51	75	10	13	0	1.04
2329642--2329717	9	8.3	9	73	16	50	68	1	1	28	1.06
2329642--2329710	18	3.8	18	74	16	70	66	1	1	30	1.09
2329633--2329698	27	2.5	25	75	18	62	65	1	1	31	1.11
2331713--2331750	17	2.3	18	86	13	55	65	0	0	34	0.93
2335586--2335648	28	2.2	28	91	2	99	52	4	3	39	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335627--2335661	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
2339147--2339219	37	2.0	37	97	0	137	6	31	21	39	1.80
2347983--2348029	18	2.5	19	77	22	55	23	10	19	46	1.80
2350138--2350181	21	2.1	21	95	0	79	29	0	11	59	1.32
2350360--2350441	38	2.2	38	95	0	146	40	2	2	54	1.26
2350515--2350579	27	2.4	27	92	0	103	13	30	23	32	1.93
2355106--2355186	41	1.9	43	85	5	112	35	1	1	61	1.12
2356458--2356517	23	2.8	20	72	13	57	41	3	6	48	1.46
2362874--2362943	11	6.4	11	75	6	52	18	5	8	67	1.38
2362892--2362947	14	3.6	14	74	21	58	23	5	5	66	1.34
2370270--2370396	3	42.0	3	98	1	245	66	0	0	33	0.92
2372332--2372385	21	2.6	20	79	5	54	61	5	5	27	1.41
2396342--2396393	16	3.2	16	94	0	86	28	0	34	36	1.58
2396374--2396464	45	2.0	44	85	2	119	30	5	28	35	1.80
2399120--2399157	20	1.9	20	89	10	60	26	13	5	55	1.59
2405080--2405146	33	2.1	32	94	2	116	28	7	11	52	1.65
2412955--2413281	163	2.0	163	100	0	654	28	12	16	42	1.85
2419419--2419452	5	6.8	5	100	0	68	79	0	20	0	0.73
2431815--2431841	13	2.1	13	100	0	54	29	14	29	25	1.95
2434202--2434247	23	2.0	23	95	0	83	21	32	4	41	1.73
2435073--2435199	47	2.6	49	89	7	197	17	27	8	46	1.77
2442124--2442238	43	2.7	42	84	7	144	30	23	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2459140--2459982	421	2.0	421	99	0	1670	45	12	9	32	1.74
2460867--2460893	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2463126--2463221	45	2.1	43	83	10	129	34	5	28	32	1.79
2475509--2476084	212	2.7	210	87	4	803	28	13	19	38	1.90
2480758--2480787	15	2.0	15	93	0	51	3	56	0	40	1.16
2484345--2484405	30	2.0	31	87	3	88	39	0	40	19	1.52
2484617--2484653	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
2486296--2486352	4	14.2	4	100	0	114	50	24	0	24	1.49
2496612--2496664	19	2.7	19	75	18	56	39	3	1	54	1.29
2498419--2498624	105	2.0	102	83	11	256	41	13	16	28	1.86
2499450--2499516	29	2.3	29	77	10	75	58	8	2	29	1.44
2500077--2500449	96	3.8	97	87	4	513	25	17	13	43	1.86
2500350--2500641	112	2.6	111	83	7	330	29	15	13	41	1.85
2506900--2506955	24	2.3	24	100	0	112	39	3	17	39	1.67
2508702--2508746	22	2.0	22	83	8	56	33	6	4	55	1.46
2508727--2508753	14	1.9	14	100	0	54	40	14	7	37	1.74
2510230--2510325	48	2.0	48	97	0	183	27	30	20	21	1.98
2514281--2514681	64	6.3	64	76	7	379	48	23	13	14	1.80
2514287--2514681	127	3.1	127	92	0	646	48	23	13	15	1.80
2514895--2515050	9	16.4	10	68	16	59	54	1	5	39	1.31
2514901--2514959	19	3.2	18	75	15	59	57	1	3	37	1.25
2514932--2515037	39	2.7	39	79	8	108	55	0	5	37	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2516129--2516163	12	2.9	12	100	0	70	14	25	25	34	1.94
2516236--2516314	40	2.0	40	85	5	106	25	18	26	29	1.98
2516692--2516901	43	4.9	43	92	0	330	30	18	26	24	1.98
2519651--2519694	14	3.2	13	84	12	52	31	0	15	52	1.44
2526311--2526370	31	1.9	31	82	0	75	48	6	5	40	1.51
2527231--2527288	29	2.0	29	82	0	71	22	10	13	53	1.70
2529648--2529689	15	2.9	15	78	3	50	64	0	0	35	0.94
2529609--2529676	28	2.4	29	76	14	70	63	1	1	33	1.13
2530915--2530960	24	1.9	24	91	8	76	60	2	0	36	1.09
2530911--2530962	24	2.3	23	84	15	72	59	1	0	38	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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