genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  77  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26064094--26064147	28	1.9	28	92	7	92	18	22	25	33	1.97
26064731--26064780	21	2.4	21	86	0	64	20	18	38	24	1.93
26066552--26066576	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
26067340--26067461	38	3.2	38	100	0	244	54	4	14	25	1.60
26068017--26068078	20	3.3	18	78	17	56	64	3	4	27	1.29
26068745--26068777	17	1.9	17	88	11	50	33	3	3	60	1.27
26069088--26069114	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
26081897--26082071	41	4.3	41	77	1	118	35	18	25	20	1.95
26081900--26082049	81	1.8	82	82	4	196	33	18	26	21	1.96
26081900--26082070	81	2.1	82	80	5	186	35	18	25	20	1.95
26093368--26093458	39	2.3	39	94	0	155	43	29	5	20	1.74
26105487--26105600	27	4.3	27	77	2	104	35	17	27	20	1.95
26108258--26108315	29	2.0	29	96	0	107	34	24	18	22	1.96
26111109--26111149	21	1.9	22	85	5	57	41	4	24	29	1.75
26115915--26115997	38	2.2	38	97	0	157	18	9	25	46	1.79
26124175--26124212	16	2.5	15	87	8	51	28	2	5	63	1.30
26124809--26124859	26	2.0	26	88	0	75	25	29	25	19	1.99
26126242--26126319	28	2.8	29	84	3	88	29	20	25	24	1.99
26126271--26126330	28	2.1	28	81	6	68	23	21	31	23	1.98
26126414--26126480	23	2.9	23	88	4	91	34	23	17	23	1.96
26145739--26145802	25	2.6	24	77	2	65	26	20	21	31	1.98
26148383--26148424	21	2.0	21	100	0	84	28	4	23	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26148639--26148823	50	3.6	50	77	5	156	26	21	29	23	1.99
26149080--26149128	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
26166710--26166786	20	3.8	20	81	6	93	38	15	32	12	1.86
26166735--26166807	20	3.6	19	77	5	65	34	17	34	13	1.90
26166709--26166808	40	2.5	41	82	8	116	37	16	33	14	1.88
26168857--26168885	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
26171830--26171876	21	2.2	22	84	3	60	51	19	10	19	1.75
26173506--26173541	18	2.0	18	94	0	63	22	8	27	41	1.82
26181710--26181782	36	2.0	36	97	0	137	39	10	15	34	1.82
26184279--26184321	16	2.7	16	82	7	52	37	16	2	44	1.60
26184968--26185000	17	1.9	17	93	0	57	15	18	3	63	1.43
26185013--26185047	18	2.0	17	88	5	52	48	0	0	51	1.00
26189549--26189605	18	3.2	18	97	0	105	47	8	5	38	1.57
26190333--26190375	16	2.7	16	82	7	52	37	16	2	44	1.60
26204627--26204657	16	1.9	16	93	0	53	19	22	6	51	1.69
26205410--26205467	30	1.9	30	89	0	89	32	25	5	36	1.78
26216688--26216827	62	2.3	62	88	0	208	21	26	27	24	1.99
26216709--26216842	62	2.2	62	87	2	189	20	24	28	26	1.99
26218553--26218619	30	2.5	25	76	21	80	68	20	5	4	1.29
26218924--26218965	21	2.0	21	90	9	68	38	4	4	52	1.44
26222062--26222090	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
26239441--26239492	18	2.9	18	80	5	61	34	55	0	9	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26239441--26239509	30	2.3	30	87	0	93	30	56	0	13	1.37
26239459--26239521	30	2.1	30	84	0	81	30	57	0	12	1.36
26239447--26239538	18	4.9	18	73	10	78	30	58	0	10	1.32
26239475--26239593	42	2.9	42	83	3	127	23	58	5	12	1.54
26239513--26239617	42	2.5	42	90	0	165	20	60	7	12	1.56
26239516--26239634	42	2.8	42	84	2	114	20	60	7	11	1.55
26239633--26239992	60	6.0	60	91	0	542	19	56	10	13	1.65
26239716--26239761	24	1.9	24	86	0	65	21	65	4	8	1.38
26239716--26239992	30	9.2	30	64	20	123	19	57	9	13	1.63
26239685--26240054	120	3.1	118	86	3	350	21	56	9	11	1.63
26239685--26240055	180	2.1	178	81	4	440	21	56	9	11	1.64
26240036--26240135	15	6.5	15	68	19	62	27	59	5	9	1.49
26240072--26240136	24	2.7	24	80	4	69	27	58	6	7	1.50
26240108--26240267	60	2.7	60	83	1	153	25	58	5	10	1.53
26240150--26240273	18	6.6	18	69	15	72	25	58	6	8	1.52
26240150--26240257	42	2.8	36	74	15	108	25	59	5	9	1.50
26240024--26240195	78	2.2	78	85	0	236	25	59	5	9	1.50
26240167--26240256	42	2.1	42	89	0	135	25	61	4	8	1.45
26240150--26240273	36	3.3	37	75	12	126	25	58	6	8	1.52
26240223--26240315	42	2.2	42	82	0	114	26	58	5	9	1.52
26240128--26240327	60	3.3	59	79	6	170	26	58	5	10	1.51
26240307--26240341	12	2.9	12	86	0	52	42	51	2	2	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26240265--26240327	18	3.5	18	73	0	54	31	57	3	7	1.43
26242533--26243509	109	8.9	109	90	2	1521	34	16	17	32	1.92
26242533--26243508	220	4.5	220	94	1	1676	34	16	17	32	1.92
26243842--26243875	18	1.9	18	88	5	52	52	0	14	32	1.42
26244142--26244209	3	22.7	3	100	0	136	33	0	32	33	1.58
26245950--26246502	101	5.5	101	91	1	824	22	21	24	31	1.98
26246473--26246535	31	2.0	31	100	0	126	19	15	19	46	1.85
26246535--26246819	51	5.7	50	71	6	209	21	20	24	32	1.97
26246375--26246634	132	2.0	132	94	0	457	21	18	24	35	1.95
26246512--26246822	50	6.2	50	71	8	193	21	19	24	34	1.96
26246274--26246735	233	2.0	233	92	0	762	21	19	24	34	1.97
26246504--26246822	101	3.2	100	89	1	444	21	19	24	34	1.96
26265275--26265318	23	1.9	23	86	9	63	18	22	15	43	1.88
26271758--26271817	28	2.1	28	84	6	77	51	8	3	36	1.49
26276620--26276650	4	7.8	4	100	0	62	48	0	0	51	1.00
26292249--26292570	131	2.5	132	89	1	486	27	21	25	25	1.99
26292564--26292780	44	4.8	43	70	17	143	32	17	21	26	1.96
26292565--26292821	140	1.8	138	94	0	442	33	17	21	26	1.96
26292904--26293080	50	3.5	50	75	4	205	35	24	18	22	1.96
26292898--26293080	100	1.8	100	90	2	296	34	24	18	22	1.96
26305974--26306030	20	2.9	20	74	12	64	31	15	35	17	1.92
26305950--26306030	39	2.1	39	85	0	108	33	17	32	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26310957--26311007	25	2.0	25	100	0	102	19	23	19	37	1.94
26313359--26313434	5	15.2	5	80	0	80	25	40	1	32	1.64
26314335--26314474	50	2.8	50	77	0	154	30	28	15	25	1.96
26321007--26321057	10	4.6	11	81	15	61	52	3	0	43	1.19
26321012--26321058	23	2.0	23	100	0	94	51	4	0	44	1.21
26324600--26324661	28	2.3	26	81	8	70	50	3	0	46	1.17
26330096--26330183	33	2.6	34	87	1	133	45	20	2	31	1.64
26331357--26331411	25	2.2	26	83	3	67	70	9	9	10	1.33
26331416--26331464	11	4.5	11	80	14	57	65	0	34	0	0.93
26331416--26331460	17	2.7	16	79	6	54	62	0	37	0	0.96
26339279--26339457	94	1.9	94	86	2	252	35	18	9	35	1.84
26339499--26339540	19	2.2	19	83	8	50	54	2	2	40	1.26
26339494--26339554	30	2.0	32	84	9	83	55	1	3	39	1.26
26342618--26342659	18	2.5	18	81	11	54	33	2	4	59	1.31
26342902--26342941	5	8.0	5	91	0	62	37	37	2	22	1.68
26358994--26359038	22	2.0	23	91	4	74	73	0	26	0	0.84
26370947--26371049	20	5.2	20	64	13	68	21	31	18	29	1.97
26370910--26371080	80	2.1	81	87	4	240	21	29	18	30	1.97
26370908--26371059	40	3.8	40	89	1	234	20	30	17	31	1.96
26371794--26371836	17	2.5	17	92	0	77	27	37	23	11	1.89
26372808--26372864	21	2.7	21	88	0	87	38	15	24	21	1.92
26373880--26373953	37	2.0	37	100	0	148	32	18	5	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26377048--26377077	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
26383298--26383327	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
26386735--26386796	27	2.3	27	83	5	72	33	11	29	25	1.91
26386810--26386872	30	2.1	30	96	0	117	34	20	25	19	1.96
26392352--26392398	24	2.0	24	100	0	94	19	17	17	46	1.84
26394730--26394789	26	2.3	27	88	5	88	35	10	13	41	1.78
26395361--26395648	27	10.7	27	76	4	240	21	14	20	42	1.88
26395375--26395639	81	3.3	80	83	3	289	21	14	20	43	1.87
26401573--26401603	13	2.3	14	94	5	55	80	6	0	12	0.89
26401565--26401603	20	2.0	20	94	0	69	79	7	0	12	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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