genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  55  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19183592--19183649	19	3.3	18	83	7	66	81	3	12	3	0.95
19184474--19184524	8	6.6	8	78	14	54	78	0	11	9	0.97
19184475--19184533	14	4.0	15	80	8	59	74	0	13	11	1.07
19184475--19184533	22	2.6	22	86	10	75	74	0	13	11	1.07
19185839--19185940	44	2.3	44	84	1	123	34	19	22	23	1.97
19186370--19186993	50	12.6	50	71	7	306	32	23	20	23	1.98
19186315--19187011	100	7.0	100	81	5	772	32	23	20	23	1.98
19186321--19187011	192	3.5	193	81	4	724	32	23	20	23	1.98
19186393--19186976	292	2.0	293	85	3	800	31	23	20	23	1.98
19188402--19188458	6	9.2	6	77	7	51	15	5	5	73	1.19
19188484--19188537	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
19189945--19189979	18	1.9	18	88	11	54	31	0	5	62	1.18
19190124--19190149	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
19204171--19204211	20	2.0	20	100	0	82	41	14	14	29	1.86
19204567--19204680	56	2.0	56	87	0	165	32	14	22	30	1.93
19205028--19205204	42	4.2	42	96	0	309	34	22	19	23	1.97
19205509--19205558	21	2.4	21	82	0	64	4	42	18	36	1.69
19215534--19215763	73	3.2	72	70	16	229	33	26	14	24	1.94
19217029--19217064	18	2.0	18	89	10	56	69	5	0	25	1.10
19217033--19217072	18	2.2	19	86	4	55	70	5	0	25	1.08
19217170--19217724	114	4.9	112	74	10	357	25	24	18	31	1.98
19217292--19217704	229	1.8	228	80	6	505	26	24	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19220989--19221044	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
19221020--19221059	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
19221062--19221181	59	2.1	59	90	1	197	41	5	9	44	1.58
19221247--19221290	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
19230705--19230752	16	2.7	18	81	18	57	58	4	2	35	1.29
19241201--19241235	17	2.1	17	94	0	61	31	2	11	54	1.51
19251322--19251351	15	1.9	16	93	6	53	20	13	0	66	1.24
19251365--19251392	14	2.0	14	100	0	56	21	7	7	64	1.43
19254701--19254756	25	2.2	25	93	0	94	35	21	17	25	1.95
19254866--19254922	28	2.0	28	86	6	80	26	29	24	19	1.98
19254913--19254942	15	2.0	15	93	0	51	40	30	20	10	1.85
19256896--19256970	19	3.8	19	89	6	123	36	10	17	36	1.84
19262287--19262319	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
19263523--19264052	44	12.1	43	74	7	335	28	14	26	30	1.95
19263540--19264052	132	3.9	133	91	3	833	28	15	25	30	1.96
19264038--19264501	88	5.3	88	88	2	662	28	28	24	19	1.98
19264104--19264419	44	7.2	44	62	10	142	27	30	23	18	1.98
19264502--19264666	44	3.8	44	82	4	199	26	18	27	27	1.98
19264501--19264666	88	1.9	88	88	0	251	25	18	27	27	1.98
19264865--19265057	100	1.9	100	84	0	260	30	23	21	23	1.99
19265064--19265185	44	2.8	43	80	7	131	31	18	19	29	1.96
19265762--19265836	19	3.8	19	89	6	123	36	10	17	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19267567--19267633	17	4.0	17	74	3	64	25	20	26	26	1.99
19267574--19267662	33	2.7	32	86	6	115	22	19	28	30	1.98
19271064--19271208	37	3.9	37	75	3	146	49	11	19	20	1.77
19271072--19271180	39	2.8	39	77	2	96	50	11	18	19	1.77
19271462--19271575	59	1.9	59	85	3	158	45	6	4	43	1.48
19276126--19276160	9	3.8	9	88	7	52	0	22	0	77	0.78
19276253--19276326	27	2.7	27	72	0	67	24	29	22	22	1.99
19276865--19276912	18	2.7	18	78	18	55	33	0	2	64	1.05
19277338--19277377	11	3.6	11	79	0	53	20	10	7	62	1.50
19278569--19278599	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
19280966--19280993	13	2.2	13	100	0	56	50	14	14	21	1.78
19283406--19283436	15	2.1	15	100	0	62	32	6	6	54	1.51
19303118--19303302	46	4.0	46	92	0	289	35	10	25	28	1.89
19317081--19317123	19	2.3	19	95	0	77	53	18	4	23	1.63
19317633--19317687	24	2.2	24	93	3	92	36	3	38	21	1.71
19322656--19322751	20	4.8	20	74	7	61	13	30	17	38	1.88
19331701--19331735	15	2.3	15	95	0	61	51	0	8	40	1.33
19339020--19339044	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
19340276--19340334	29	2.1	28	90	3	91	62	0	0	37	0.95
19340289--19340314	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
19340298--19340336	17	2.3	17	86	0	51	66	0	0	33	0.92
19341131--19341933	106	7.4	107	87	6	1068	34	20	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19341131--19341933	109	7.4	107	88	5	1084	34	20	14	29	1.93
19342518--19342632	54	2.1	54	95	0	203	25	16	27	30	1.97
19343499--19343538	19	2.1	19	85	0	53	10	42	0	47	1.37
19349263--19349294	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
19349410--19349462	22	2.4	22	76	20	56	20	3	5	69	1.25
19350610--19350655	9	5.1	9	94	0	83	45	13	10	30	1.77
19354711--19354777	32	2.1	31	83	8	82	38	7	0	53	1.29
19358617--19358642	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19361372--19361467	26	3.7	26	90	0	156	16	23	25	34	1.95
19361366--19361471	52	2.1	51	94	1	185	20	22	22	33	1.97
19362518--19362588	35	2.0	35	91	0	115	21	22	23	32	1.98
19368872--19368935	21	3.0	21	100	0	128	39	18	4	37	1.72
19383193--19383605	27	15.3	27	82	5	442	42	17	19	20	1.90
19383800--19383874	26	2.9	26	85	0	96	20	22	20	37	1.94
19383999--19384077	30	2.8	28	84	7	104	24	27	22	25	2.00
19390974--19391343	27	13.7	27	82	5	351	42	19	18	19	1.90
19390974--19391359	54	7.2	54	80	4	397	42	18	19	19	1.90
19390974--19391328	81	4.4	81	82	3	405	42	19	19	18	1.89
19391551--19391623	26	2.8	26	82	0	83	21	21	17	38	1.93
19391742--19391825	30	2.9	30	85	3	100	23	22	22	30	1.99
19401250--19401274	11	2.3	11	100	0	50	52	12	16	20	1.75
19406140--19406164	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19417192--19417252	27	2.3	27	80	8	72	49	4	8	37	1.54
19417469--19417551	3	26.7	3	73	9	60	61	4	6	27	1.40
19417469--19417552	21	3.9	20	74	21	73	61	4	5	27	1.39
19418786--19419212	44	9.7	43	73	8	229	27	22	20	30	1.98
19418784--19419212	87	4.9	86	74	8	244	27	22	20	30	1.98
19418767--19419213	218	2.1	219	94	1	792	27	21	21	29	1.99
19419214--19419741	125	4.2	125	98	0	1013	25	19	19	34	1.96
19421103--19421143	7	6.0	7	85	5	57	17	12	0	70	1.16
19421109--19421133	13	1.9	13	100	0	50	20	16	0	64	1.30
19421135--19421167	12	2.7	13	90	9	52	15	0	0	84	0.61
19422036--19422098	26	2.5	26	77	15	69	9	11	9	69	1.36
19422068--19422139	20	3.6	20	70	20	69	6	8	11	73	1.24
19428566--19428645	22	3.7	22	74	17	60	55	3	5	36	1.40
19428598--19428649	20	2.8	18	76	23	54	53	1	5	38	1.36
19431651--19431741	45	2.0	45	100	0	182	35	8	6	49	1.60
19436545--19436602	3	19.3	3	92	7	100	32	0	0	67	0.91
19438651--19438697	22	2.2	20	82	10	58	44	0	0	55	0.99
19439150--19439201	26	2.0	26	85	3	70	63	3	1	30	1.23
19442660--19442685	12	2.2	12	100	0	52	7	7	7	76	1.15
19450243--19450462	46	4.8	46	86	2	280	32	22	17	27	1.96
19461061--19461095	18	1.9	18	94	0	61	25	0	0	74	0.82
19461303--19461374	26	2.8	26	77	8	74	37	0	5	56	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19461436--19461483	19	2.5	19	79	3	51	43	6	2	47	1.40
19464873--19465000	50	2.6	49	83	6	150	25	17	25	32	1.97
19470939--19470963	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
19477926--19477958	17	1.9	17	100	0	66	9	0	0	90	0.44
19478383--19478423	19	2.1	20	90	4	66	26	9	4	58	1.50
19478392--19478431	19	2.1	19	85	0	53	27	5	5	62	1.37
19480598--19480717	58	2.1	58	83	7	149	29	8	14	48	1.72
19480677--19480753	34	2.3	34	83	0	100	28	7	15	48	1.73
19480823--19480862	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
19480962--19480998	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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