genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  22  of  145  ( 17310 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8465864--8466755	178	5.0	177	87	5	832	26	25	17	30	1.97
8465904--8466650	312	2.4	311	87	1	1014	26	25	17	30	1.97
8466318--8466807	89	5.5	89	97	0	890	24	28	18	28	1.98
8465904--8466739	401	2.1	401	89	0	1280	26	25	17	30	1.98
8468077--8468125	21	2.3	21	89	6	73	14	16	0	69	1.19
8468077--8468125	7	7.0	7	82	17	66	14	16	0	69	1.19
8469074--8469112	17	2.2	17	86	4	51	66	7	15	10	1.43
8476148--8476232	32	2.6	32	83	1	98	22	35	17	24	1.95
8480500--8480546	23	2.0	23	83	4	58	19	2	6	72	1.17
8480503--8480571	29	2.4	29	77	15	72	20	1	4	73	1.07
8497379--8498324	44	21.8	44	68	13	293	28	19	22	28	1.98
8497365--8498066	213	3.3	217	87	2	1063	27	19	22	28	1.97
8501565--8501613	19	2.5	20	83	9	66	61	8	2	28	1.36
8501648--8501689	21	2.1	21	86	8	61	19	4	4	71	1.22
8501713--8501746	15	2.1	17	89	10	54	32	2	0	64	1.08
8502268--8502309	15	2.8	14	89	10	57	38	0	9	52	1.34
8502285--8502325	19	2.2	18	86	4	55	43	2	4	48	1.37
8508571--8508639	25	2.8	25	75	4	77	34	15	23	26	1.95
8508745--8508808	26	2.5	27	85	14	91	39	21	26	12	1.89
8509638--8509697	31	1.9	31	93	0	102	40	5	25	30	1.77
8513325--8513377	18	2.9	18	94	5	90	18	7	22	50	1.72
8514991--8515158	10	18.0	9	68	20	71	64	3	1	30	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8515007--8515066	9	6.4	9	79	12	50	63	5	0	31	1.16
8515003--8515152	19	7.8	19	70	20	98	64	4	1	30	1.20
8515035--8515082	18	2.5	18	86	10	60	66	2	0	31	1.03
8515088--8515135	18	2.6	19	80	12	55	64	2	4	29	1.23
8515073--8515172	49	2.0	49	84	3	130	63	4	3	30	1.28
8517897--8518006	42	2.6	42	77	5	123	23	20	30	24	1.98
8528218--8528377	49	3.2	49	68	10	144	33	23	17	25	1.96
8528229--8528417	100	1.9	100	88	0	288	33	21	21	23	1.97
8536458--8536501	12	3.7	12	79	11	54	56	0	9	34	1.31
8538226--8538482	44	6.0	43	74	12	183	26	23	21	28	1.99
8556627--8556687	20	3.0	20	90	0	95	9	45	14	29	1.77
8556753--8556777	13	1.9	13	100	0	50	68	0	32	0	0.90
8557087--8557118	7	4.6	7	96	0	55	50	0	0	50	1.00
8557526--8557565	18	2.1	19	86	9	55	35	0	7	57	1.27
8557529--8557571	20	2.0	22	82	8	54	39	0	9	51	1.34
8579217--8579258	6	7.0	6	88	0	57	30	33	35	0	1.58
8579406--8579497	33	2.8	33	81	3	105	16	43	11	28	1.83
8582949--8583011	27	2.3	27	86	0	90	19	33	25	22	1.97
8583651--8583698	22	2.3	21	79	17	55	39	4	4	52	1.40
8588071--8588104	16	2.1	17	88	5	52	29	0	50	20	1.49
8590561--8590598	20	1.9	20	88	0	58	47	10	18	23	1.79
8600393--8600439	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8600794--8600829	18	1.9	19	88	5	56	33	22	0	44	1.53
8601114--8601161	25	2.0	24	83	4	60	2	14	6	77	1.06
8605722--8605817	25	3.8	25	80	6	97	33	19	27	19	1.96
8606038--8606085	24	2.0	25	91	4	80	35	16	25	22	1.95
8613565--8613711	25	5.9	25	76	10	108	35	19	26	18	1.95
8616279--8616335	9	6.2	9	80	11	62	56	17	0	26	1.41
8616274--8616333	28	2.1	28	96	0	111	55	15	0	30	1.41
8616279--8616326	14	3.4	14	76	21	55	56	18	0	25	1.42
8616274--8616343	28	2.5	28	90	4	97	54	17	0	28	1.43
8616247--8616377	68	1.9	67	84	4	174	50	18	1	29	1.56
8625430--8625484	17	3.1	18	77	15	62	18	7	3	70	1.25
8625558--8625631	38	1.9	39	83	8	98	36	1	6	55	1.35
8625565--8625628	18	3.6	17	75	6	65	39	1	7	51	1.40
8628229--8628258	15	2.0	15	100	0	60	66	0	6	26	1.16
8628233--8628267	15	2.3	15	90	0	52	71	0	8	20	1.11
8628228--8628267	18	2.2	18	86	8	55	70	0	7	22	1.12
8636747--8636779	7	4.6	7	96	3	57	54	15	0	30	1.41
8639124--8639152	13	2.2	13	100	0	58	37	0	27	34	1.57
8640925--8641079	46	3.4	46	87	0	211	32	23	18	25	1.97
8643713--8643757	23	2.0	23	90	0	72	33	8	17	40	1.81
8643906--8643958	26	2.0	26	82	7	63	45	5	3	45	1.45
8645952--8646555	300	2.0	300	99	0	1199	35	16	14	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8646878--8646919	18	2.3	18	100	0	84	28	9	30	30	1.89
8655526--8655616	31	3.0	31	81	12	125	27	17	12	42	1.85
8655537--8655616	29	2.7	29	86	11	101	28	18	10	42	1.83
8662270--8662314	23	2.0	24	82	8	58	66	2	8	22	1.30
8663790--8663824	19	1.9	17	88	11	52	68	0	11	20	1.20
8665934--8665975	19	2.2	20	86	4	59	45	4	0	50	1.23
8666169--8666272	44	2.5	39	78	14	118	39	22	0	38	1.54
8666186--8666284	44	2.2	44	90	0	162	42	23	0	34	1.54
8668016--8668073	26	2.2	26	87	0	80	43	12	1	43	1.52
8685587--8685636	26	2.0	25	84	4	64	32	10	2	56	1.44
8690324--8690369	7	6.9	7	87	2	60	86	10	0	2	0.64
8690325--8690384	24	2.5	24	86	8	86	85	10	0	5	0.75
8691223--8691261	20	1.9	20	89	5	60	76	0	12	10	1.01
8692517--8693203	46	14.9	46	92	0	1095	24	16	29	28	1.97
8693193--8693725	132	4.0	132	92	0	861	31	18	23	26	1.97
8695180--8695229	26	2.0	25	84	4	64	32	10	2	56	1.44
8701488--8701539	20	2.6	20	84	6	70	21	19	7	51	1.71
8701632--8701673	22	2.0	22	90	9	70	21	9	14	54	1.68
8702065--8702105	20	2.0	20	90	0	64	53	9	9	26	1.65
8703291--8703469	33	5.4	33	73	5	137	45	15	22	16	1.85
8703297--8703508	66	3.2	66	88	1	309	45	15	22	16	1.84
8726406--8726436	11	2.7	11	95	5	53	6	19	3	70	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8730945--8731223	138	2.0	139	99	0	551	49	10	7	32	1.67
8737884--8737951	33	2.1	33	97	0	127	39	0	30	29	1.57
8751381--8752021	154	4.2	154	95	0	1081	51	9	9	29	1.65
8752392--8752453	23	2.6	24	83	16	69	50	0	1	48	1.10
8755338--8755368	6	5.3	6	92	7	55	64	0	0	35	0.94
8755340--8755364	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8760404--8760440	2	18.5	2	94	0	56	48	5	0	45	1.25
8774072--8774476	105	3.8	105	84	3	492	35	6	12	45	1.68
8774074--8774476	212	1.9	210	86	1	563	35	6	11	45	1.67
8783531--8783570	19	2.1	19	85	0	53	42	22	5	30	1.75
8785500--8785541	22	1.9	22	90	9	68	47	33	2	16	1.60
8788139--8788183	23	2.0	23	90	0	72	53	2	0	44	1.13
8795739--8795768	11	2.7	11	100	0	60	0	53	0	46	1.00
8796607--8796650	22	2.0	22	86	4	63	38	2	6	52	1.41
8797639--8797678	20	2.0	20	85	5	53	35	2	5	57	1.34
8804565--8804605	20	2.0	20	100	0	82	51	4	14	29	1.63
8813119--8813195	35	2.2	35	97	0	145	29	20	12	36	1.90
8814921--8814961	13	3.1	14	86	6	50	21	7	24	46	1.77
8816131--8816162	16	2.0	16	100	0	64	56	6	12	25	1.59
8817495--8817589	47	2.0	48	87	2	138	29	14	22	33	1.94
8818228--8818269	22	1.9	22	90	0	66	47	11	0	40	1.40
8818246--8818641	34	11.6	34	99	0	774	44	14	0	41	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8824754--8824804	21	2.4	21	90	0	75	35	17	43	3	1.68
8824856--8824910	21	2.6	21	82	0	65	40	12	40	7	1.71
8825229--8825558	42	7.9	42	90	3	506	22	19	25	32	1.97
8825238--8825616	84	4.5	84	84	5	248	24	19	24	32	1.98
8825212--8825623	126	3.2	126	83	6	460	24	19	25	31	1.98
8850595--8850651	26	2.2	26	84	9	73	43	12	5	38	1.65
8853137--8853207	25	2.9	25	79	10	92	53	8	5	32	1.54
8853142--8853224	25	3.4	23	77	11	67	49	8	9	32	1.66
8853246--8853285	18	2.2	18	86	8	55	62	0	5	32	1.17
8853227--8853285	12	4.9	12	78	12	59	59	3	6	30	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145