genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  74  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25135652--25135701	24	2.1	23	82	10	57	36	2	2	60	1.20
25135918--25135968	16	3.2	16	82	0	66	27	27	3	41	1.73
25136709--25136745	19	1.9	19	88	0	56	51	0	10	37	1.37
25136680--25136824	57	2.5	58	78	8	154	61	2	7	28	1.35
25143907--25143952	10	4.5	10	86	2	65	47	21	2	28	1.62
25144327--25144438	36	3.1	36	80	12	158	31	23	8	36	1.86
25144297--25144438	71	2.0	71	100	0	284	30	22	9	36	1.87
25144297--25144419	35	3.5	36	80	11	164	31	21	11	34	1.89
25146195--25146253	25	2.4	25	97	0	109	37	16	8	37	1.80
25148529--25148566	11	3.5	11	88	0	58	42	10	10	36	1.74
25152301--25152363	30	2.1	30	100	0	126	33	12	17	36	1.88
25162592--25162735	69	2.1	69	85	2	191	37	13	21	27	1.91
25165751--25165784	17	2.1	17	88	5	52	44	0	20	35	1.52
25171972--25172657	342	2.0	342	90	1	1070	23	21	15	39	1.92
25175512--25175544	17	1.9	17	100	0	66	54	6	3	36	1.41
25176081--25176115	11	3.2	11	95	0	61	28	14	28	28	1.95
25189956--25190041	42	2.0	43	88	2	129	15	37	23	24	1.93
25192892--25192935	22	2.0	22	91	4	72	13	25	20	40	1.89
25195021--25195141	53	2.3	54	82	5	147	44	16	20	18	1.87
25195021--25195143	27	4.6	27	81	6	133	43	17	20	18	1.88
25204823--25205054	115	2.0	117	85	3	317	35	22	14	27	1.93
25212519--25212602	41	2.0	41	93	4	143	21	22	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25213008--25213041	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
25213083--25213107	12	2.1	12	100	0	50	16	0	52	32	1.44
25213075--25213107	7	5.0	7	85	14	52	15	0	54	30	1.41
25213076--25213123	19	2.4	20	86	6	62	20	0	47	31	1.50
25213162--25213280	57	2.1	57	92	1	195	30	0	25	44	1.54
25213978--25214187	108	1.9	105	79	11	228	40	13	10	35	1.79
25214056--25214413	146	2.4	146	86	2	466	39	15	13	31	1.87
25214681--25214722	20	2.1	20	100	0	84	9	4	30	54	1.53
25217246--25217471	43	5.3	43	92	0	362	23	20	30	24	1.99
25219558--25219635	36	2.2	36	83	0	93	29	8	26	34	1.87
25219569--25219639	36	2.0	36	88	0	106	26	11	26	35	1.90
25225560--25225867	152	2.0	150	89	1	472	33	9	22	34	1.87
25229390--25229429	21	2.0	20	85	5	53	57	10	10	22	1.61
25229402--25229449	23	2.1	23	84	0	60	64	10	6	18	1.45
25229972--25230042	25	2.7	26	89	8	108	71	0	1	26	0.94
25230757--25230826	17	3.9	17	78	14	70	78	2	12	5	1.04
25230780--25230828	17	2.8	17	90	6	71	77	4	14	4	1.06
25230916--25230945	14	2.1	15	93	6	53	86	0	13	0	0.57
25231710--25231760	21	2.4	22	80	6	59	17	33	21	27	1.96
25239218--25239294	27	2.9	27	90	3	120	16	24	38	19	1.92
25239471--25239508	19	2.0	19	89	0	58	50	7	5	36	1.54
25239557--25239672	22	4.8	24	75	14	98	53	14	0	31	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25239859--25239900	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
25240079--25240140	27	2.3	27	97	0	115	14	33	22	29	1.94
25243034--25243088	24	2.3	24	100	0	110	23	3	23	49	1.66
25248871--25249019	30	5.1	30	83	8	182	26	22	6	44	1.77
25248868--25248927	15	4.1	15	72	18	54	31	23	6	38	1.81
25248906--25248956	25	2.0	25	96	0	93	25	17	7	49	1.74
25248881--25249019	55	2.4	57	88	8	194	26	20	7	45	1.77
25253351--25253414	30	2.1	31	88	2	94	26	28	6	39	1.80
25254409--25254623	86	2.6	81	78	14	249	32	15	10	41	1.80
25254432--25254712	86	3.3	85	80	9	326	32	15	10	41	1.81
25265963--25266138	95	1.9	95	90	0	280	32	14	16	35	1.89
25269655--25269812	62	2.5	62	80	4	201	20	20	30	28	1.98
25276598--25276762	82	2.0	83	98	1	323	29	21	24	24	1.99
25277973--25278027	26	2.1	26	89	0	83	40	10	12	36	1.79
25287998--25288023	9	2.9	9	100	0	52	53	0	0	46	1.00
25309110--25309148	9	4.4	9	83	6	53	23	2	2	71	1.10
25309433--25309818	132	2.9	132	94	0	664	24	24	20	30	1.99
25309504--25310052	44	12.5	44	64	11	129	24	23	20	32	1.98
25309714--25309902	88	2.1	88	90	0	288	24	22	22	30	1.99
25309604--25310038	220	2.0	220	90	1	694	23	22	20	32	1.98
25309745--25310042	132	2.3	133	84	3	345	23	22	20	32	1.98
25309736--25309906	88	1.9	88	93	0	297	24	22	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25309799--25310043	132	1.9	132	91	0	400	23	22	22	31	1.98
25314714--25314744	11	2.8	11	100	0	62	58	12	9	19	1.62
25315241--25315284	16	2.8	16	80	10	54	4	27	2	65	1.23
25323333--25323371	9	4.4	9	83	6	53	20	2	2	74	1.06
25323333--25323371	17	2.2	18	86	4	53	20	2	2	74	1.06
25324177--25324231	10	5.6	10	82	14	53	60	5	0	34	1.20
25328871--25329064	70	2.8	70	83	6	236	29	20	22	27	1.98
25332927--25332959	5	6.6	5	86	13	50	78	0	0	21	0.75
25334177--25334221	14	3.1	14	83	3	54	51	2	11	35	1.50
25334387--25334456	32	2.2	32	82	10	81	57	0	0	42	0.99
25334390--25334436	23	2.1	23	88	7	71	53	0	0	46	1.00
25334400--25334450	23	2.2	23	82	0	57	56	0	0	43	0.99
25338652--25338736	42	2.0	42	100	0	170	48	16	4	30	1.67
25348975--25349006	15	2.1	15	94	0	55	62	9	0	28	1.26
25348975--25349020	14	3.2	14	87	3	56	60	10	0	28	1.30
25349036--25349073	18	2.1	18	90	0	58	52	15	2	28	1.56
25350456--25350486	11	2.7	12	90	10	55	25	12	29	32	1.93
25353336--25353581	42	5.9	41	78	7	180	16	21	17	45	1.86
25354281--25354371	45	2.0	46	97	2	175	48	13	7	30	1.70
25365192--25365226	18	2.0	18	88	5	54	11	28	42	17	1.83
25371955--25371993	20	2.0	20	94	0	69	15	10	15	58	1.62
25377490--25377616	41	3.1	41	77	2	103	17	25	14	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25378983--25379020	18	2.1	18	95	0	67	26	0	0	73	0.83
25379719--25379865	27	5.5	27	86	4	199	34	14	12	38	1.84
25379719--25379871	53	2.9	53	85	6	211	33	14	13	38	1.85
25387278--25387537	27	9.6	27	92	0	412	31	17	14	36	1.90
25389835--25389913	39	2.1	39	88	7	117	54	0	8	36	1.32
25394556--25394600	21	2.1	21	91	0	72	44	22	4	28	1.72
25398828--25398884	25	2.3	25	81	6	71	42	14	1	42	1.55
25399326--25399359	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
25400537--25400567	13	2.4	13	100	0	62	41	6	9	41	1.63
25403325--25403353	15	1.9	15	100	0	58	51	6	6	34	1.55
25406096--25406211	27	4.3	27	92	0	169	33	14	14	37	1.87
25406490--25406560	34	2.2	33	87	5	99	26	23	22	26	2.00
25407569--25407608	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
25407555--25407620	35	1.9	34	90	6	107	31	7	13	46	1.71
25411283--25411338	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
25413559--25413597	18	2.2	17	82	13	51	5	17	2	74	1.12
25415261--25415316	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
25415391--25415785	203	1.9	203	97	0	745	41	14	19	24	1.89
25417147--25417180	17	1.9	18	94	5	61	14	44	29	11	1.81
25417146--25417186	18	2.3	18	83	8	57	14	43	31	9	1.78
25422007--25422045	19	2.1	19	90	0	60	20	30	0	48	1.50
25429731--25429760	10	3.0	10	90	0	51	26	20	33	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25434967--25435012	22	2.1	22	100	0	92	41	4	23	30	1.74
25435297--25435326	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25440296--25440341	21	2.2	21	77	14	51	56	13	0	30	1.37
25440427--25440509	42	2.0	42	95	0	148	60	3	3	32	1.31
25440427--25440499	15	5.1	15	73	17	66	58	2	2	35	1.26
25452073--25452100	14	2.0	14	100	0	56	64	0	28	7	1.20
25452076--25452120	19	2.5	18	82	17	58	66	0	26	6	1.16
25452448--25452538	45	2.2	42	79	13	98	36	27	5	30	1.80
25452528--25452560	16	2.1	16	100	0	66	24	33	6	36	1.80
25471407--25471517	55	2.0	55	96	0	204	31	17	22	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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