genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  82  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27813543--27813588	22	2.1	22	91	0	74	34	19	6	39	1.78
27817208--27817241	16	2.1	16	100	0	68	29	17	5	47	1.71
27820877--27820938	30	2.1	30	81	6	72	46	12	8	32	1.71
27840189--27840405	33	6.5	33	87	4	258	40	32	8	18	1.82
27841350--27841380	16	1.9	16	93	0	53	38	6	0	54	1.26
27843638--27843689	20	2.6	19	85	8	68	42	15	13	28	1.85
27844067--27844100	16	2.1	15	89	10	50	79	5	2	11	1.02
27845691--27845781	6	15.2	6	97	0	164	35	0	16	48	1.47
27847472--27847649	88	2.0	89	96	1	331	20	12	11	55	1.68
27854585--27854632	23	2.1	23	88	7	71	37	35	8	18	1.81
27858317--27858347	4	7.8	4	100	0	62	51	0	0	48	1.00
27859346--27859373	13	2.2	13	100	0	56	21	7	14	57	1.61
27859811--27859858	21	2.3	20	82	7	51	68	2	4	25	1.18
27860592--27860628	14	2.8	13	84	8	56	83	0	5	10	0.79
27861427--27861931	44	10.8	44	68	19	247	26	20	19	33	1.96
27861376--27861939	142	4.0	142	93	0	959	26	20	18	34	1.96
27861570--27861760	98	1.9	98	81	4	224	26	20	19	33	1.96
27870518--27870563	19	2.4	19	82	10	58	39	10	23	26	1.88
27875684--27875711	13	2.2	13	100	0	56	21	7	14	57	1.61
27875950--27876016	20	3.0	22	77	18	68	58	4	0	37	1.19
27877530--27877564	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
27877571--27877596	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27878431--27878465	12	2.8	12	91	4	52	51	0	2	45	1.16
27879006--27879054	23	2.1	23	92	0	80	38	10	18	32	1.84
27878980--27879017	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
27882815--27882866	16	3.3	15	81	5	59	15	23	0	61	1.33
27888209--27888848	343	1.9	343	86	2	917	35	16	25	22	1.95
27890478--27890666	9	19.7	9	66	20	55	60	1	6	31	1.31
27890507--27890666	10	16.6	10	66	14	61	61	1	6	30	1.31
27890507--27890667	29	5.6	27	68	20	80	60	1	6	31	1.32
27890486--27890649	48	3.4	46	76	15	136	59	1	6	32	1.30
27900362--27900462	19	5.3	18	74	10	85	30	2	0	65	1.14
27900362--27900476	9	12.4	9	70	18	76	29	2	0	66	1.10
27903271--27903441	84	2.0	84	97	0	324	21	23	17	37	1.94
27906393--27906433	23	1.9	22	85	14	59	58	7	26	7	1.51
27909607--27909739	27	4.7	27	67	14	81	37	3	2	57	1.27
27909607--27909742	9	14.3	9	70	18	71	36	2	2	58	1.26
27912161--27912334	85	2.0	85	95	0	312	51	16	14	16	1.76
27917308--27917667	88	4.1	88	89	1	544	23	24	23	28	2.00
27917460--27917667	44	4.7	45	67	12	144	23	24	24	28	1.99
27917475--27917610	45	3.1	45	65	16	111	22	23	22	30	1.99
27927107--27927220	61	1.9	60	83	1	147	39	6	11	42	1.66
27927771--27928038	138	1.9	139	92	2	450	22	26	30	20	1.98
27930592--27930626	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27931029--27931139	25	4.6	25	65	20	74	38	1	14	45	1.56
27931057--27931171	36	3.2	36	66	11	110	34	3	15	46	1.63
27931027--27931205	71	2.5	71	98	0	340	37	2	14	45	1.60
27931210--27931255	17	2.7	18	93	6	78	54	17	0	28	1.43
27931234--27931356	29	4.3	29	87	8	189	45	27	0	26	1.54
27931234--27931356	59	2.1	57	92	4	203	45	27	0	26	1.54
27931311--27931355	24	2.0	22	82	8	54	46	28	0	24	1.53
27931355--27931617	55	4.8	55	95	0	481	39	12	4	42	1.65
27934381--27934725	122	2.8	123	89	2	523	32	22	15	28	1.95
27937390--27937442	27	2.0	27	84	0	70	43	13	13	30	1.82
27937658--27937703	22	2.1	22	84	8	58	23	26	15	34	1.94
27940664--27940747	42	2.0	42	100	0	168	30	19	28	21	1.97
27942263--27942356	47	2.0	48	93	2	163	41	23	18	17	1.90
27942545--27942608	17	3.6	17	72	15	58	45	12	12	29	1.79
27948000--27948183	89	2.1	90	97	1	352	42	7	9	39	1.66
27966340--27966380	22	1.9	22	85	5	57	65	0	7	26	1.18
27966805--27966899	41	2.3	40	85	1	118	42	18	24	14	1.88
27967054--27967129	27	2.8	27	83	0	107	11	38	18	31	1.87
27970096--27970316	72	3.1	71	74	7	232	34	5	12	47	1.66
27970112--27970326	71	3.0	71	73	9	213	34	6	12	45	1.69
27970701--27970744	19	2.3	18	81	11	52	29	2	2	65	1.16
27970702--27970739	19	2.0	20	89	5	60	26	2	2	68	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27971143--27971169	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
27971279--27971430	36	4.4	34	89	5	223	48	17	0	33	1.52
27971279--27971430	70	2.2	70	92	0	250	48	17	0	33	1.52
27972174--27972212	18	2.2	18	100	0	78	43	17	5	33	1.72
27976255--27976279	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
27997326--27997381	18	3.1	18	76	0	58	42	7	35	14	1.73
28002471--28002739	135	2.0	133	89	7	413	47	9	14	28	1.76
28006030--28006091	3	20.7	3	88	0	61	27	35	8	29	1.85
28007370--28010870	153	22.9	153	85	2	4505	33	10	19	36	1.86
28007338--28010870	461	7.7	459	86	3	4518	33	10	19	36	1.86
28022964--28022999	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
28024080--28024136	3	18.7	3	96	3	105	66	0	0	33	0.92
28024234--28024259	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
28025258--28025288	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
28030103--28030155	26	2.0	26	100	0	106	47	3	22	26	1.68
28035858--28035905	21	2.3	21	92	0	78	16	27	0	56	1.41
28036034--28036107	36	2.1	36	92	0	121	37	16	24	21	1.93
28043153--28043200	7	6.9	7	80	0	51	45	12	2	39	1.54
28043165--28043205	21	2.0	21	90	0	64	48	12	0	39	1.41
28047448--28047474	12	2.2	12	100	0	54	7	25	40	25	1.82
28048440--28048693	29	8.7	29	80	1	204	25	23	13	37	1.92
28048452--28048645	88	2.2	88	81	4	232	24	24	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28048448--28048693	117	2.1	117	82	7	304	26	23	13	36	1.91
28049816--28049885	32	2.3	30	85	5	86	52	7	14	25	1.66
28053680--28053740	28	2.2	27	82	5	68	29	22	21	26	1.99
28053846--28053922	26	3.0	26	90	0	118	37	23	23	15	1.93
28054100--28054455	27	13.2	27	87	2	448	17	21	19	42	1.90
28058642--28058946	29	10.4	29	73	10	147	36	11	27	24	1.90
28058664--28058963	59	5.1	59	79	9	312	36	13	27	23	1.91
28058633--28058961	88	3.7	88	77	6	351	36	13	27	23	1.92
28061772--28061801	15	2.0	15	93	0	51	70	0	13	16	1.18
28067520--28067569	25	2.0	25	92	7	84	52	4	0	44	1.20
28067590--28067641	26	2.0	26	88	0	77	26	19	11	42	1.85
28076218--28076884	143	4.7	143	88	0	960	26	22	20	30	1.98
28076218--28076870	285	2.3	286	90	0	1004	25	22	20	30	1.98
28077064--28077154	6	15.0	6	72	15	55	4	18	4	72	1.18
28077066--28077104	11	3.6	11	83	16	55	0	20	0	79	0.73
28077067--28077104	15	2.5	15	86	0	58	0	21	0	78	0.74
28083304--28083360	16	3.5	16	73	17	55	77	1	8	12	1.07
28100079--28100111	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
28102613--28102689	26	3.0	26	82	0	100	22	22	20	35	1.96
28102797--28102852	28	2.0	28	96	0	103	21	19	25	33	1.97
28102786--28102879	28	3.0	33	75	15	99	23	21	24	30	1.99
28105701--28105727	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28113402--28113489	25	3.6	25	80	4	90	23	22	19	34	1.97
28113447--28113494	25	1.9	25	86	0	69	25	18	25	31	1.98
28118494--28118543	26	1.9	26	87	0	73	24	24	18	34	1.96
28119027--28119068	19	2.2	20	91	4	68	38	21	2	38	1.67
28122276--28122320	20	2.2	20	88	4	63	40	6	26	26	1.81
28125674--28125725	26	2.0	26	88	0	77	36	19	19	25	1.95
28125895--28125973	27	2.9	27	96	0	140	18	20	22	37	1.94
28126148--28126226	33	2.6	30	80	9	81	21	25	25	27	1.99
28126515--28126558	19	2.3	19	88	7	63	36	20	4	38	1.73
28132353--28132420	34	2.0	34	100	0	136	41	14	11	32	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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