genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  64  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22009485--22009652	37	4.5	37	77	4	97	18	22	12	47	1.82
22009507--22009658	37	4.1	37	78	6	148	19	21	14	44	1.86
22009498--22009658	74	2.2	74	80	2	189	19	21	14	44	1.86
22012476--22012561	5	17.2	5	80	4	93	36	17	4	41	1.70
22013431--22013887	12	38.0	12	99	0	878	66	7	0	25	1.18
22013908--22013941	13	2.6	13	86	13	52	82	0	17	0	0.67
22020823--22020877	21	2.7	20	80	8	65	30	34	7	27	1.84
22024961--22025042	41	2.0	41	83	4	103	34	13	13	39	1.84
22025461--22025550	41	2.2	41	90	4	137	36	11	10	42	1.74
22024750--22026343	501	3.2	500	85	2	2056	37	13	12	36	1.82
22025962--22026046	41	2.1	41	82	4	100	36	10	9	43	1.72
22029249--22029348	42	2.4	42	83	3	121	30	22	24	24	1.99
22029816--22029859	13	3.4	13	93	0	70	11	22	40	25	1.87
22032017--22032166	41	3.7	41	82	5	169	24	26	19	29	1.98
22032020--22032186	41	4.1	40	74	10	117	25	26	19	29	1.98
22035804--22035835	13	2.3	15	89	10	50	15	9	0	75	1.05
22037831--22037924	49	1.9	49	91	0	152	25	23	8	42	1.82
22039292--22039378	44	2.0	44	88	0	129	22	21	1	54	1.52
22052130--22052213	25	3.5	25	68	12	77	19	17	14	48	1.81
22054449--22054502	22	2.5	22	100	0	108	31	25	7	35	1.84
22056558--22056591	16	2.1	16	89	10	52	38	0	2	58	1.13
22073759--22073817	29	2.0	30	83	3	75	50	11	5	32	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22076376--22076833	242	1.9	242	85	2	643	36	7	28	26	1.85
22080450--22080501	5	10.2	5	80	12	61	25	1	0	73	0.94
22082136--22082169	12	2.8	12	81	0	50	17	5	0	76	0.98
22088328--22088384	9	6.4	9	81	4	62	43	22	7	26	1.78
22088487--22088535	18	2.7	18	83	0	62	18	2	40	38	1.62
22090425--22090464	18	2.2	18	86	8	55	60	2	0	37	1.11
22097630--22097667	14	2.8	13	88	7	58	60	0	0	39	0.97
22100685--22100736	24	2.2	24	85	0	68	9	7	17	65	1.45
22100832--22101086	125	2.0	126	87	0	368	25	21	19	33	1.97
22102256--22103075	47	17.5	47	93	0	1313	40	14	12	33	1.83
22105594--22105715	30	4.1	30	85	7	167	36	9	17	36	1.83
22105588--22105708	59	2.0	60	95	1	217	38	10	15	35	1.83
22110287--22110408	30	4.1	30	87	7	185	36	10	16	36	1.83
22110281--22110401	59	2.0	60	98	1	235	38	11	14	34	1.83
22111474--22111585	24	4.6	24	79	13	122	31	21	23	24	1.98
22121205--22121302	34	2.9	35	87	4	146	43	1	12	42	1.48
22121186--22121313	34	3.7	34	83	5	141	40	0	14	43	1.51
22124881--22124923	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
22129466--22129516	23	2.5	19	84	15	66	62	0	0	37	0.95
22129466--22129525	20	3.0	20	78	21	63	58	0	0	41	0.98
22134244--22134761	179	2.9	179	79	7	550	35	23	14	25	1.93
22137052--22137094	22	1.9	22	85	4	59	30	9	0	60	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22137139--22137187	20	2.5	20	86	0	71	42	6	4	46	1.47
22138553--22138590	12	3.1	12	79	20	51	36	0	0	63	0.95
22138537--22138590	25	2.2	24	90	6	83	33	1	0	64	1.04
22138547--22138587	13	3.2	13	77	19	50	36	2	0	60	1.10
22141246--22141289	5	9.2	5	81	18	58	40	0	0	59	0.98
22141247--22141289	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
22141299--22141340	15	2.7	15	88	3	57	73	2	19	4	1.12
22141390--22141417	4	7.0	4	100	0	56	75	0	25	0	0.81
22148542--22148597	27	2.1	27	96	0	103	28	14	23	33	1.94
22153453--22153564	56	2.0	56	87	3	163	46	8	27	17	1.76
22154788--22154845	28	2.0	30	83	6	75	39	1	31	27	1.67
22158092--22158158	23	2.8	25	82	13	79	19	4	5	70	1.26
22158220--22158268	21	2.3	21	82	0	62	61	0	4	34	1.15
22161986--22162142	43	3.7	43	75	7	140	24	19	26	29	1.98
22164532--22164668	30	4.6	29	81	5	132	25	25	22	26	2.00
22164532--22164663	60	2.2	60	83	5	160	25	25	22	27	2.00
22166877--22167604	363	2.0	363	98	0	1393	26	26	17	29	1.98
22168369--22168446	29	2.7	28	81	14	88	57	0	0	42	0.98
22168425--22168468	13	3.7	13	77	22	60	54	0	0	45	0.99
22168394--22168467	22	3.4	22	78	10	71	58	0	0	41	0.98
22168369--22168455	29	3.0	28	73	16	81	57	0	0	42	0.98
22168429--22168489	22	2.8	22	82	9	72	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22169971--22170027	26	2.1	27	83	3	71	28	1	5	64	1.25
22171247--22171312	27	2.4	27	84	0	105	24	33	34	7	1.84
22171387--22171460	3	25.3	3	76	10	73	68	0	31	0	0.89
22171391--22171472	29	2.9	27	75	17	78	65	0	34	0	0.93
22171388--22171460	23	3.3	22	84	11	96	69	0	30	0	0.88
22171487--22171534	21	2.3	20	85	3	60	68	0	29	2	1.01
22174875--22174916	8	5.4	8	85	5	59	23	0	26	50	1.50
22175653--22175712	26	2.3	26	80	11	70	60	10	6	23	1.52
22178467--22178545	30	2.6	30	88	6	115	64	6	6	22	1.40
22178537--22178611	39	1.9	39	84	7	100	60	2	6	30	1.37
22178806--22178914	3	36.3	3	69	14	55	1	36	1	59	1.19
22178865--22178914	11	4.5	11	80	14	59	4	34	0	62	1.14
22179596--22179629	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
22180325--22180401	31	2.6	29	81	6	91	53	6	2	37	1.41
22182373--22182409	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
22182321--22182834	57	9.2	57	92	6	849	31	24	11	33	1.90
22182430--22182466	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
22182487--22182523	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
22182544--22182580	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
22182601--22182637	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
22182658--22182694	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
22183490--22183580	45	2.0	46	97	2	175	25	17	4	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22183935--22184022	30	2.9	30	82	1	104	31	10	19	38	1.85
22183996--22184209	105	2.0	105	90	0	338	28	7	26	37	1.84
22186395--22186427	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
22196089--22196143	20	2.8	20	97	0	101	36	9	27	27	1.87
22198016--22198064	23	2.2	22	79	10	55	51	4	8	36	1.51
22198238--22198289	3	17.3	3	79	0	59	61	5	1	30	1.30
22203019--22203073	20	2.8	18	76	15	56	49	1	0	49	1.11
22203001--22203073	30	2.4	30	80	8	78	49	2	1	46	1.24
22203804--22203833	15	2.0	15	100	0	60	40	33	0	26	1.57
22204706--22204927	41	5.4	41	88	0	336	28	25	23	22	1.99
22204965--22205099	40	3.4	38	73	11	103	19	23	22	34	1.96
22232523--22232608	40	2.2	37	82	14	93	50	1	11	37	1.47
22232634--22232663	15	1.9	16	93	6	53	40	0	13	46	1.43
22256961--22256986	6	4.3	6	100	0	52	50	0	15	34	1.45
22258787--22258976	94	2.0	95	96	1	355	26	14	8	50	1.71
22262270--22262298	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22262408--22262436	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22262256--22262532	138	2.0	137	99	0	545	39	20	7	33	1.80
22264441--22264518	38	2.1	38	97	0	147	30	25	14	29	1.94
22276055--22276091	18	2.0	19	89	5	58	24	0	0	75	0.80
22284278--22284362	21	4.0	22	81	6	93	52	16	29	1	1.51
22285446--22285681	35	6.5	35	75	13	137	43	10	12	33	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22285497--22285683	17	10.4	17	78	11	167	43	9	13	33	1.76
22285446--22285681	71	3.3	70	80	9	244	43	10	12	33	1.76
22285446--22285683	17	13.2	17	73	15	158	43	10	12	33	1.76
22286202--22286243	21	2.0	22	90	4	68	0	26	0	73	0.83
22286203--22286246	12	3.8	12	80	14	56	0	25	0	75	0.81
22286455--22286513	20	2.6	22	76	15	59	0	37	0	62	0.95
22286746--22286909	29	5.6	29	80	9	154	43	6	18	31	1.75
22286745--22286909	30	5.6	30	83	3	174	43	6	19	30	1.75
22287092--22288726	78	20.9	77	83	6	1890	36	18	16	28	1.93
22289476--22289551	35	2.2	35	88	2	109	26	31	11	30	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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