genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  84  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28536847--28536885	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
28538354--28538405	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
28539209--28539272	27	2.4	27	94	2	112	34	3	1	60	1.22
28540999--28541054	28	2.0	28	100	0	112	46	10	17	25	1.80
28546309--28546341	16	2.1	16	88	5	50	33	3	0	63	1.10
28548457--28548485	9	3.2	9	100	0	58	34	0	31	34	1.58
28551575--28551648	35	2.1	35	84	0	94	28	24	25	21	1.99
28552514--28552571	5	11.6	5	73	26	52	37	1	1	58	1.18
28553526--28553640	22	5.1	22	78	10	124	15	22	19	42	1.88
28553527--28553640	47	2.5	45	88	4	167	15	22	19	42	1.89
28565090--28565221	50	2.6	50	86	0	174	26	21	30	21	1.98
28568283--28568329	20	2.3	20	85	7	60	51	4	10	34	1.56
28569835--28569916	44	1.9	43	87	7	123	14	20	2	62	1.43
28569908--28569956	26	1.9	25	84	12	64	32	14	8	44	1.74
28586289--28586331	11	4.0	11	84	6	61	25	2	0	72	0.97
28587124--28587311	101	1.9	100	88	4	288	30	16	26	26	1.97
28587302--28587328	14	1.9	14	100	0	54	81	3	7	7	0.97
28590094--28590762	343	2.0	334	85	3	910	33	17	19	29	1.94
28596453--28596516	26	2.6	25	79	18	71	12	9	0	78	0.97
28596457--28596519	16	3.8	17	73	23	53	11	9	0	79	0.94
28596449--28596530	42	1.9	44	82	9	107	12	12	0	75	1.05
28598772--28598817	14	3.4	14	80	20	62	43	8	0	47	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28605541--28605574	12	2.8	12	81	0	50	14	23	0	61	1.33
28607277--28607673	51	7.8	51	77	5	374	30	26	14	28	1.95
28607282--28607673	102	3.9	102	91	1	581	30	26	14	28	1.95
28611499--28611577	33	2.4	32	81	6	95	36	15	20	27	1.92
28611671--28611727	30	1.9	30	85	0	78	26	17	31	24	1.97
28625910--28625944	15	2.3	15	100	0	70	25	22	17	34	1.96
28638239--28638268	7	4.3	7	100	0	60	13	0	46	40	1.43
28660899--28661368	44	10.7	43	71	10	256	32	18	20	28	1.96
28660899--28661502	219	2.8	218	89	4	871	32	18	19	29	1.96
28661284--28661396	44	2.6	44	82	2	111	32	21	19	26	1.97
28661494--28661676	44	4.2	44	65	14	108	31	22	21	24	1.99
28668565--28668704	50	2.8	50	84	5	176	32	27	14	25	1.94
28671893--28671994	43	2.4	43	83	0	132	16	26	34	22	1.95
28673479--28673539	12	5.2	11	73	21	52	57	3	1	37	1.25
28673466--28673522	17	3.5	17	74	11	57	59	1	1	36	1.18
28673464--28673539	37	2.1	36	85	11	102	56	2	1	39	1.21
28675610--28675687	27	2.9	27	72	24	74	42	19	20	17	1.90
28678481--28678520	20	2.0	20	85	0	53	40	12	20	27	1.88
28678531--28678575	20	2.2	20	80	0	54	37	22	20	20	1.94
28678993--28679233	120	2.0	120	93	0	410	27	9	27	34	1.88
28691734--28691765	16	2.0	16	100	0	64	37	18	25	18	1.94
28701238--28701379	40	3.5	40	86	0	176	30	14	22	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28704478--28704668	50	3.7	50	80	9	222	23	28	20	27	1.99
28710435--28710546	55	2.0	55	100	0	224	38	23	5	33	1.77
28711119--28711345	50	4.4	50	74	10	188	24	27	21	26	1.99
28715385--28715516	64	2.1	64	98	0	255	36	11	21	30	1.89
28716654--28717044	29	13.7	29	78	5	332	38	24	16	20	1.93
28717663--28717910	58	4.4	58	74	7	220	36	22	16	24	1.94
28717631--28717910	29	9.9	29	74	5	196	34	23	17	25	1.96
28718093--28718177	29	2.9	29	84	3	118	36	28	17	17	1.93
28718831--28718920	29	3.1	29	88	0	108	33	21	16	28	1.95
28718846--28719209	29	12.7	29	73	5	184	37	22	15	23	1.93
28718846--28719209	58	6.4	58	71	7	206	37	22	15	23	1.93
28719941--28720251	29	10.8	29	78	6	245	37	24	14	23	1.92
28719881--28720251	58	6.5	57	78	6	304	38	24	14	23	1.92
28719881--28720246	87	4.3	86	76	8	302	37	25	13	22	1.91
28720808--28720877	28	2.5	29	93	4	117	25	22	18	32	1.97
28720866--28720958	29	3.3	29	74	7	93	24	25	22	26	2.00
28720916--28721307	29	13.7	29	76	7	282	36	25	16	22	1.94
28721938--28722036	29	3.4	29	84	2	101	36	19	17	27	1.94
28722094--28722293	29	6.9	29	79	2	177	40	18	18	23	1.91
28722102--28722311	58	3.6	57	79	7	208	39	19	17	23	1.92
28722982--28723357	29	13.1	29	75	10	274	38	23	15	22	1.92
28723051--28723266	117	1.8	117	84	2	290	37	24	15	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28722982--28723357	58	6.5	57	78	6	312	38	23	15	22	1.92
28724000--28724362	29	12.7	29	75	8	228	38	20	16	24	1.93
28725034--28725415	29	13.4	29	76	6	219	37	24	14	23	1.92
28726873--28727024	33	4.5	33	69	22	118	19	16	28	35	1.94
28726841--28727069	102	2.2	102	89	0	341	21	17	28	32	1.96
28726971--28727170	75	2.7	75	82	0	247	22	17	27	33	1.96
28726971--28727180	76	2.8	75	80	2	260	22	18	26	32	1.97
28734340--28734390	27	1.9	26	88	4	75	13	23	31	31	1.93
28734337--28734568	102	2.3	103	90	0	358	20	18	28	33	1.96
28736228--28736599	29	13.0	29	74	7	258	37	24	15	22	1.92
28737204--28737599	29	13.9	29	71	11	192	36	24	17	21	1.94
28737243--28737394	82	1.9	82	84	0	205	32	25	17	23	1.97
28737377--28737572	87	2.3	87	81	3	216	39	22	16	21	1.92
28738274--28738638	29	12.7	29	76	5	276	37	24	15	23	1.93
28739265--28739342	29	2.7	29	76	9	77	34	25	12	26	1.92
28739289--28739441	29	5.4	29	72	14	124	37	26	11	24	1.90
28739375--28739449	29	2.6	29	89	4	116	37	24	9	29	1.86
28739200--28739677	252	1.9	252	86	1	681	33	22	16	27	1.95
28739608--28739850	29	8.4	29	75	5	170	39	23	14	23	1.91
28740495--28740831	29	11.8	29	76	6	249	37	21	16	25	1.93
28742472--28744392	137	14.0	137	99	0	3799	25	14	14	46	1.82
28744934--28744971	16	2.4	16	86	0	58	28	34	2	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28745106--28745157	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
28745353--28745431	29	2.7	29	84	7	90	35	22	15	26	1.94
28746750--28746815	28	2.4	28	76	2	71	30	19	25	24	1.98
28747046--28747294	32	7.8	32	74	7	179	36	22	20	19	1.95
28747173--28747294	63	1.9	64	81	8	151	36	25	20	18	1.95
28747464--28747510	23	2.0	23	91	0	76	46	25	8	19	1.77
28747464--28747520	23	2.5	23	85	5	62	45	22	7	24	1.77
28747556--28747686	53	2.5	53	84	3	165	25	21	17	35	1.95
28747555--28747859	27	11.3	28	75	11	198	22	18	20	38	1.94
28747567--28747766	80	2.5	81	80	6	210	23	20	18	37	1.94
28747663--28747859	81	2.4	81	84	5	229	20	17	21	40	1.92
28751624--28751671	20	2.4	20	79	6	53	33	14	10	41	1.80
28751721--28751872	20	7.7	19	71	12	110	38	17	7	37	1.77
28751721--28751872	40	3.8	39	75	7	146	38	17	7	37	1.77
28751806--28751869	19	3.4	19	79	10	78	40	12	7	39	1.72
28751919--28752166	20	12.7	20	71	11	149	41	15	9	33	1.80
28752074--28752110	19	1.9	19	88	0	56	37	21	10	29	1.88
28752215--28752282	20	3.4	20	83	0	82	38	14	10	36	1.81
28752235--28752291	20	2.8	20	81	0	69	40	10	8	40	1.71
28752577--28752615	20	2.0	20	89	0	60	41	15	10	33	1.81
28753221--28753355	44	3.1	44	98	0	261	45	13	12	28	1.79
28755947--28755984	6	6.5	6	96	3	69	0	15	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28756906--28756964	29	2.0	29	100	0	118	44	3	6	45	1.47
28760480--28760589	53	2.1	53	98	0	211	28	23	20	28	1.99
28761404--28761452	25	2.0	25	87	0	71	36	12	16	34	1.86
28768503--28768622	20	5.9	20	71	11	75	30	10	11	46	1.75
28768680--28768737	20	2.9	19	87	5	71	36	6	13	43	1.71
28776604--28776812	27	7.7	27	81	2	231	19	15	22	42	1.88
28776604--28776831	83	2.8	82	80	5	219	20	15	20	43	1.88
28776605--28776802	110	1.8	107	88	5	299	20	15	21	43	1.88
28776605--28776834	110	2.1	108	84	7	297	20	15	20	43	1.87
28780061--28780090	6	5.0	6	100	0	60	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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