genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  72  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24472100--24472389	135	2.1	138	95	3	523	38	14	8	37	1.77
24472264--24472720	251	1.8	249	90	5	738	43	13	6	36	1.71
24472493--24472733	107	2.2	110	91	6	382	42	14	6	36	1.71
24472752--24472858	42	2.5	42	85	5	171	42	3	4	49	1.41
24475261--24475539	140	2.0	140	96	0	513	37	13	13	35	1.84
24479859--24479899	21	2.0	21	95	0	73	26	12	9	51	1.70
24481415--24481536	29	4.2	29	82	0	145	35	11	27	25	1.90
24481508--24481554	22	2.2	22	96	3	87	36	12	34	17	1.87
24496542--24496859	40	8.0	40	88	4	421	15	30	17	36	1.92
24496540--24496853	80	3.9	80	90	2	481	16	29	18	36	1.92
24496541--24496899	20	18.0	20	68	11	173	15	30	18	35	1.92
24496540--24496900	120	3.0	118	82	6	424	15	30	18	35	1.92
24503649--24504255	303	2.0	304	99	0	1207	36	12	14	36	1.84
24505724--24505976	91	2.8	91	95	0	445	35	21	13	30	1.91
24505905--24506134	110	2.1	110	88	3	347	32	23	13	31	1.93
24509119--24509150	15	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
24529493--24529539	22	2.1	22	88	0	67	57	2	12	27	1.47
24530220--24530272	22	2.4	22	80	0	70	33	16	18	30	1.94
24531182--24531224	23	2.0	24	82	17	58	27	6	9	55	1.57
24531778--24531816	11	3.5	11	89	0	51	33	41	2	23	1.68
24542382--24542425	21	2.0	22	82	4	54	31	36	6	25	1.82
24553781--24553826	15	2.8	17	77	12	51	32	4	0	63	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24557554--24557602	25	2.0	25	87	0	71	26	6	0	67	1.14
24564539--24564712	50	3.5	50	73	3	181	33	21	20	24	1.97
24564503--24564747	99	2.5	99	88	0	355	31	21	22	25	1.98
24565015--24565136	45	2.7	45	79	13	135	30	18	26	25	1.98
24566573--24566665	45	2.0	46	97	2	179	30	23	17	29	1.97
24566736--24566779	19	2.4	19	88	3	63	27	9	0	63	1.24
24584720--24584854	55	2.4	56	82	3	175	36	21	14	28	1.92
24584720--24584872	56	2.8	55	81	3	173	34	22	15	27	1.94
24584720--24584854	28	4.9	28	82	5	166	36	21	14	28	1.92
24584732--24584872	28	5.1	28	80	5	142	34	23	14	26	1.94
24585573--24585611	17	2.2	18	86	13	55	30	7	7	53	1.57
24594249--24594303	30	1.9	30	88	7	87	56	14	1	27	1.49
24597543--24597910	183	2.0	183	91	0	592	31	18	27	22	1.97
24605940--24605973	15	2.3	15	100	0	68	35	26	0	38	1.57
24613118--24613152	17	2.1	17	89	5	54	42	0	0	57	0.99
24616743--24616787	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
24623192--24623744	42	13.2	42	85	0	683	29	23	19	27	1.98
24623193--24623734	84	6.5	84	91	1	775	29	23	19	27	1.98
24623787--24623997	111	1.9	111	91	1	343	37	15	13	33	1.86
24635270--24635684	138	3.1	137	79	7	479	45	6	7	40	1.59
24635663--24635804	75	1.9	75	91	2	232	31	12	10	45	1.76
24636221--24636273	26	2.0	26	100	0	106	47	7	15	30	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24637466--24637712	39	6.3	39	80	1	271	35	18	27	19	1.95
24637539--24637673	19	6.9	19	64	14	60	34	17	28	19	1.94
24637470--24637715	78	3.2	78	81	2	314	35	17	28	18	1.94
24637612--24637673	20	3.2	20	71	13	65	33	14	30	20	1.93
24644593--24644842	39	6.4	39	87	1	322	15	29	20	34	1.94
24644599--24644739	20	7.2	19	66	13	63	18	31	17	31	1.94
24644694--24644797	19	5.4	19	68	13	68	15	29	19	35	1.92
24644593--24644842	78	3.2	78	86	2	358	15	29	20	34	1.94
24650792--24650846	16	3.4	16	84	0	74	38	1	23	36	1.66
24661212--24661263	26	2.0	26	88	0	77	38	21	19	21	1.94
24666037--24666073	15	2.4	16	90	9	67	35	35	10	18	1.86
24669104--24669161	23	2.6	21	82	15	71	32	0	1	65	1.03
24669113--24669160	22	2.1	22	88	7	69	33	0	2	64	1.05
24669099--24669161	24	2.7	22	79	15	74	31	0	3	65	1.09
24669902--24670001	43	2.3	43	85	0	128	28	28	21	23	1.99
24670024--24670159	43	3.2	43	92	0	227	20	30	21	27	1.98
24681882--24681924	15	3.0	14	83	16	61	16	9	13	60	1.58
24688903--24688945	15	3.0	15	76	10	54	20	6	13	58	1.59
24691075--24691132	24	2.4	24	80	5	64	63	3	5	27	1.31
24695510--24695559	20	2.7	19	80	20	61	44	2	0	54	1.11
24695470--24695600	68	1.9	72	85	6	189	41	3	3	51	1.35
24696208--24696371	49	3.3	49	82	3	197	25	26	15	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24698223--24698253	16	1.9	16	93	0	53	48	0	6	45	1.28
24701974--24702006	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
24702381--24702419	18	2.2	18	85	0	51	43	17	7	30	1.77
24702567--24702600	15	2.3	15	89	0	50	17	14	8	58	1.61
24707563--24707610	13	3.4	14	82	8	53	83	2	12	2	0.83
24708503--24709576	50	21.7	50	66	8	406	30	22	21	25	1.99
24708490--24709591	99	11.1	100	87	1	1407	31	22	21	25	1.98
24708490--24709591	199	5.6	199	86	2	1421	31	22	21	25	1.98
24708490--24709591	298	3.7	299	84	2	1439	31	22	21	25	1.98
24709593--24709794	45	4.5	45	93	2	318	28	15	25	30	1.96
24709790--24710030	40	5.8	40	74	11	191	31	22	20	24	1.98
24709791--24710027	83	2.8	83	87	8	311	31	22	20	25	1.98
24710805--24710846	9	4.9	9	82	8	52	9	9	0	80	0.89
24710805--24710845	17	2.5	16	88	4	55	9	9	0	80	0.91
24711610--24711634	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24725950--24726026	13	5.9	13	90	0	118	38	25	7	27	1.83
24731921--24732353	43	10.1	43	78	2	388	21	13	23	41	1.89
24733468--24733498	15	2.1	15	93	0	53	45	6	22	25	1.76
24733606--24733638	17	1.9	17	88	11	50	45	12	36	6	1.66
24733983--24734228	69	3.6	69	90	0	384	24	10	21	42	1.85
24733983--24734326	35	10.1	34	77	7	306	23	11	22	42	1.85
24734033--24734325	69	4.4	65	83	4	194	23	11	22	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24735862--24735890	14	2.1	14	100	0	58	20	0	20	58	1.39
24738011--24738147	10	14.6	9	71	15	82	63	2	4	29	1.26
24738077--24738120	19	2.3	19	92	0	70	65	0	4	29	1.12
24738077--24738148	28	2.5	30	80	14	82	65	1	5	27	1.23
24738093--24738137	19	2.4	19	85	7	56	62	2	4	31	1.27
24738263--24738303	20	2.0	20	90	9	66	68	4	2	24	1.22
24738097--24738403	158	2.0	153	82	8	370	42	15	11	30	1.82
24738645--24739050	103	4.4	89	78	14	401	40	7	17	34	1.77
24758707--24758753	15	3.3	14	82	11	60	40	0	0	59	0.97
24758719--24758756	13	2.8	14	84	15	53	44	0	0	55	0.99
24758718--24758762	21	2.1	22	83	4	56	42	0	0	57	0.98
24759179--24759696	247	2.1	249	78	8	538	40	11	12	35	1.79
24761249--24761298	18	2.5	20	75	15	59	18	54	10	18	1.70
24761261--24761304	18	2.4	18	92	0	70	25	50	6	18	1.71
24764059--24764093	16	2.2	16	90	10	54	51	0	0	48	1.00
24765030--24765098	26	2.7	24	80	8	66	31	4	8	55	1.50
24767247--24767286	21	1.9	21	89	0	62	47	0	2	50	1.14
24768687--24768851	24	7.1	23	71	15	115	34	6	4	55	1.44
24768732--24768954	24	9.7	23	70	15	106	34	6	5	53	1.50
24779078--24779148	23	3.2	23	65	15	58	28	22	8	40	1.83
24779087--24779157	21	3.3	21	66	14	54	29	22	8	39	1.83
24779078--24779174	44	2.2	44	86	1	131	28	22	10	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24784147--24784198	25	2.1	25	92	7	88	50	3	28	17	1.64
24786902--24786950	22	2.2	23	79	17	59	22	20	6	51	1.69
24791431--24791691	130	2.0	131	99	0	515	40	11	13	33	1.81
24792787--24792821	7	4.9	7	96	3	61	45	42	0	11	1.40
24793943--24793975	15	2.1	16	94	5	59	24	15	0	60	1.35
24798890--24799652	381	2.0	382	99	0	1519	44	4	13	37	1.65
24800375--24800564	93	2.0	94	98	1	373	33	1	22	43	1.61
24810760--24810965	62	3.3	62	75	7	175	27	29	18	23	1.98
24816721--24816756	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
24816980--24817021	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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