genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  75  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25474508--25474560	20	2.7	19	77	8	52	33	1	3	60	1.26
25474911--25474946	6	6.0	6	90	0	54	63	2	19	13	1.41
25476021--25476110	31	3.1	30	65	19	75	46	8	10	34	1.69
25478146--25478577	177	2.4	176	80	2	454	45	8	14	31	1.75
25479619--25479687	22	3.1	22	87	0	102	31	27	1	39	1.66
25479640--25479745	52	2.1	51	85	1	140	33	31	1	33	1.69
25483475--25483568	28	3.3	29	91	4	147	44	23	0	31	1.54
25483475--25483568	29	3.3	28	89	4	127	44	23	0	31	1.54
25483646--25483916	51	5.3	51	98	1	517	37	27	9	25	1.87
25486207--25486308	49	2.1	49	85	3	134	23	17	36	22	1.95
25490019--25490136	50	2.3	50	85	5	148	33	16	13	36	1.88
25490458--25490490	14	2.4	14	95	5	59	12	12	30	45	1.78
25493180--25493272	22	4.1	22	76	4	87	39	19	24	16	1.91
25496071--25496107	18	2.1	18	94	0	65	62	0	18	18	1.34
25496256--25496314	26	2.3	26	85	5	75	40	8	13	37	1.75
25496256--25496328	26	2.8	26	80	0	74	38	6	19	35	1.78
25497151--25497183	17	2.0	17	94	5	59	66	3	0	30	1.06
25497529--25497605	37	2.1	37	80	11	86	24	5	5	64	1.35
25497502--25497580	19	4.2	19	65	20	58	25	3	7	63	1.38
25498545--25498584	11	3.6	11	93	6	64	22	35	0	42	1.54
25498590--25498629	11	3.6	11	93	0	62	22	22	7	47	1.76
25498642--25498678	12	3.1	12	92	0	56	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25500194--25500245	25	2.1	25	100	0	104	46	0	11	42	1.40
25500280--25500723	45	10.0	45	74	14	358	47	24	0	28	1.52
25500284--25500715	68	6.5	65	78	14	449	47	23	0	28	1.52
25500284--25500731	23	20.2	23	74	14	316	47	23	0	28	1.52
25500354--25500561	112	1.9	108	84	7	276	48	24	0	27	1.52
25500522--25500555	17	2.0	17	100	0	68	41	23	0	35	1.55
25500653--25500686	17	2.0	17	100	0	68	41	23	0	35	1.55
25500357--25500705	40	8.0	41	74	18	186	46	24	0	28	1.53
25500284--25500715	131	3.3	131	93	2	704	47	23	0	28	1.52
25502795--25502906	55	2.0	55	96	0	206	33	25	18	23	1.97
25505225--25505540	40	7.8	40	79	12	356	25	21	24	29	1.99
25505224--25505543	82	3.9	82	93	0	541	24	21	24	29	1.99
25506119--25506321	108	1.9	108	83	6	268	46	10	17	25	1.80
25517819--25517865	19	2.5	18	83	10	58	72	4	0	23	1.02
25520280--25520504	123	1.8	123	97	0	423	32	20	18	28	1.97
25522476--25522509	17	1.9	18	94	5	61	26	8	0	64	1.22
25543394--25543424	4	7.8	4	100	0	62	25	0	0	74	0.82
25546896--25546960	3	21.7	3	73	6	51	66	3	3	27	1.22
25552262--25552305	22	2.0	22	86	4	63	11	4	22	61	1.48
25553292--25553344	22	2.4	22	83	3	61	28	11	1	58	1.43
25554401--25554437	17	2.4	16	83	16	51	48	2	13	35	1.57
25559812--25559872	31	2.0	31	90	0	95	36	9	6	47	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25560941--25560985	6	7.5	6	89	0	72	68	4	11	15	1.34
25560939--25560985	12	3.9	12	94	0	85	65	6	10	17	1.43
25561159--25561339	73	2.5	73	81	1	211	60	2	8	28	1.40
25568959--25569010	19	2.7	20	82	5	63	46	9	17	26	1.79
25569293--25569484	73	2.7	73	83	4	230	60	2	9	27	1.38
25574484--25574535	19	2.7	20	82	5	63	46	9	17	26	1.79
25574818--25575009	73	2.7	73	82	4	221	60	2	9	27	1.40
25576698--25577872	89	13.0	89	71	9	685	27	22	17	32	1.96
25576844--25577221	140	2.7	139	88	2	546	27	23	17	31	1.97
25577024--25577197	96	1.8	95	80	6	208	28	23	17	30	1.97
25577204--25577677	139	3.4	140	85	2	595	27	23	17	32	1.96
25577168--25577697	140	3.8	139	83	3	581	28	22	17	32	1.96
25576723--25577819	456	2.4	456	92	1	1804	27	22	17	32	1.97
25576690--25577871	44	26.1	44	73	6	680	27	21	17	32	1.96
25586684--25586996	155	2.0	156	99	0	619	30	17	18	33	1.94
25591688--25591813	65	1.9	65	85	6	175	21	26	29	23	1.99
25592322--25592350	15	1.9	15	100	0	58	31	0	27	41	1.56
25592681--25592767	39	2.2	39	80	8	97	31	17	20	31	1.96
25595222--25595359	10	14.3	10	71	27	79	70	0	28	0	0.93
25595211--25595359	38	4.1	38	77	16	145	69	0	30	0	0.94
25595207--25595354	33	4.5	33	81	10	137	68	0	31	0	0.95
25595271--25595390	43	2.9	43	80	8	106	70	0	29	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25595222--25595387	10	16.0	10	70	20	67	69	0	30	0	0.93
25595721--25596174	160	2.9	152	73	12	450	49	7	12	31	1.66
25598870--25598935	27	2.4	27	87	0	96	15	28	33	22	1.94
25601488--25601786	145	2.0	148	96	3	561	44	12	6	36	1.67
25602425--25604148	862	2.0	862	100	0	3448	41	9	12	36	1.76
25620110--25620161	22	2.4	22	83	0	68	34	25	13	26	1.93
25624801--25624873	19	3.8	19	90	0	101	36	6	17	38	1.77
25625079--25625123	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
25626577--25626604	13	2.2	13	100	0	56	21	39	17	21	1.93
25630524--25630556	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
25631873--25632547	88	7.7	88	91	0	1001	27	27	23	21	1.99
25631875--25632280	44	9.2	44	60	8	128	27	28	23	20	1.99
25632537--25632656	44	2.7	44	89	5	181	26	18	27	27	1.98
25632710--25632827	50	2.4	50	80	0	128	24	23	24	27	2.00
25633020--25633233	44	4.9	44	67	19	140	31	19	21	27	1.97
25633280--25633442	45	3.6	45	84	3	186	32	23	20	23	1.98
25638865--25638903	15	2.6	15	95	0	69	48	20	5	25	1.70
25641937--25641976	18	2.3	18	82	4	55	15	15	7	62	1.53
25644936--25644966	5	6.2	5	96	0	53	45	0	19	35	1.51
25645999--25646111	27	4.1	27	87	2	145	22	12	12	53	1.71
25645998--25646107	55	2.0	56	87	3	161	20	11	13	53	1.71
25646244--25646277	5	6.8	5	93	0	59	20	2	17	58	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25646365--25646883	258	2.0	259	90	1	808	28	15	15	39	1.89
25650276--25650305	11	2.7	11	94	0	51	63	13	3	20	1.43
25651142--25651200	25	2.4	25	82	0	64	25	23	18	32	1.97
25651184--25651248	25	2.7	24	82	2	76	29	24	20	26	1.99
25658635--25658666	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
25662462--25662514	28	2.0	26	82	14	63	35	0	7	56	1.28
25667503--25667561	24	2.6	23	86	7	77	55	1	6	35	1.36
25668407--25668438	6	5.7	6	92	7	50	84	0	0	15	0.63
25668402--25668438	16	2.2	17	90	4	58	83	2	0	13	0.74
25672929--25673072	52	2.7	53	80	3	166	40	3	12	43	1.59
25677085--25677127	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
25682918--25683076	28	5.7	28	81	2	133	32	11	27	29	1.91
25702911--25702943	16	2.1	16	94	0	57	39	6	33	21	1.78
25706822--25706852	16	1.9	16	100	0	62	25	6	9	58	1.54
25706797--25706893	50	2.0	49	84	6	126	35	9	7	48	1.63
25715145--25715176	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
25715404--25715594	51	3.8	51	78	8	210	29	27	17	25	1.97
25715402--25715586	101	1.8	102	87	3	275	30	27	17	24	1.97
25729482--25729519	19	2.0	19	100	0	76	21	15	31	31	1.94
25730793--25731589	397	2.0	397	95	0	1434	32	12	18	36	1.88
25732157--25732331	51	3.5	51	78	8	160	25	16	28	30	1.96
25737835--25738019	101	1.8	102	87	3	275	23	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25737834--25738017	51	3.6	50	77	9	194	23	16	28	30	1.97
25739743--25739845	24	4.5	23	76	10	86	60	3	2	33	1.30
25740118--25740151	17	2.0	17	88	0	50	61	2	17	17	1.46
25746158--25746195	6	6.2	6	87	6	58	60	0	5	34	1.19
25746158--25746195	19	2.1	18	90	5	58	60	0	5	34	1.19
25752083--25752436	181	2.0	182	94	0	629	35	16	11	36	1.85
25756218--25756332	27	4.3	27	84	2	142	23	17	18	40	1.91
25757721--25757774	25	2.2	25	89	0	81	16	46	12	24	1.82
25760352--25760658	92	3.3	90	75	7	296	35	19	15	29	1.93
25760766--25760804	19	2.1	19	85	0	51	66	5	7	20	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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