genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  73  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24821748--24821996	18	13.8	18	100	0	498	39	21	11	27	1.88
24822111--24822154	18	2.4	18	92	0	70	15	2	40	40	1.60
24830422--24830485	3	21.3	3	100	0	128	65	0	0	34	0.93
24831672--24831741	37	1.9	36	91	2	113	32	18	18	30	1.95
24832564--24832601	3	12.7	3	100	0	76	68	31	0	0	0.90
24833328--24833384	17	3.4	16	81	13	62	71	1	3	22	1.10
24833354--24833408	23	2.4	22	82	14	67	72	1	5	20	1.13
24833503--24833558	19	2.9	19	77	17	62	69	1	1	26	1.08
24833877--24833910	17	1.9	18	94	5	61	20	2	0	76	0.92
24834841--24834977	61	2.2	61	92	0	229	37	18	3	40	1.69
24834868--24834973	31	3.5	31	66	12	74	39	18	1	39	1.62
24840970--24841021	23	2.3	23	100	0	104	30	17	21	30	1.96
24848701--24848792	27	3.4	27	81	0	103	18	18	26	36	1.94
24856556--24856625	6	12.7	6	79	8	53	71	8	5	14	1.29
24856537--24856632	42	2.3	43	82	8	126	72	6	10	10	1.26
24858881--24858971	42	2.1	43	83	2	112	31	20	20	26	1.98
24859029--24859124	43	2.2	45	83	7	117	29	26	26	18	1.98
24859268--24859351	44	1.9	44	80	4	98	25	19	26	29	1.98
24864283--24864334	21	2.5	21	74	0	50	13	28	34	23	1.92
24864322--24864368	20	2.3	20	85	7	60	27	38	25	8	1.85
24873116--24873158	16	2.7	15	82	13	50	0	13	4	81	0.84
24873119--24873159	20	2.2	20	83	12	52	0	9	4	85	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24873116--24873159	15	2.9	15	83	9	54	0	13	4	81	0.83
24873786--24873855	21	3.3	22	76	6	63	17	32	25	24	1.96
24880142--24880364	72	3.1	72	99	0	437	40	16	8	34	1.78
24881192--24881232	21	2.0	21	85	0	55	21	7	14	56	1.63
24894492--24894575	25	3.4	25	79	0	96	29	22	22	25	1.99
24897075--24897157	30	2.7	30	76	7	78	42	15	10	31	1.82
24898966--24898996	14	2.2	14	94	0	53	32	16	32	19	1.94
24906509--24906578	28	2.5	28	86	2	97	47	7	8	37	1.62
24907960--24907995	19	1.9	18	88	5	54	27	19	5	47	1.72
24909344--24909386	20	2.2	20	91	0	68	25	30	0	44	1.55
24911930--24912453	46	11.5	46	92	1	849	29	21	14	34	1.93
24917022--24917057	15	2.4	15	85	0	54	66	16	0	16	1.25
24917655--24917684	4	7.5	4	92	0	51	53	43	0	3	1.17
24917655--24917688	12	2.8	12	95	0	59	52	41	0	5	1.25
24922405--24922447	21	2.0	21	90	0	68	20	13	13	51	1.76
24922946--24922985	18	2.2	18	90	0	62	55	10	7	27	1.60
24923356--24923446	38	2.4	38	96	0	164	34	16	16	32	1.91
24924012--24924055	21	2.1	21	91	8	72	36	9	20	34	1.84
24926025--24926345	163	2.0	163	93	0	552	36	23	11	28	1.90
24929505--24929546	21	2.0	22	85	4	59	23	19	16	40	1.91
24930037--24930089	14	3.5	14	76	16	52	37	5	3	52	1.43
24932498--24932530	9	3.8	9	84	8	50	57	0	3	39	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24933832--24934051	109	2.0	110	99	0	433	37	6	5	50	1.51
24934635--24934809	85	2.1	85	92	0	287	42	13	10	32	1.79
24934822--24934881	29	2.1	29	84	6	77	61	5	8	25	1.44
24935811--24935855	23	1.9	23	82	13	56	15	8	40	35	1.79
24935872--24936142	124	2.2	125	86	5	370	28	14	24	33	1.94
24939559--24939614	28	2.0	29	92	3	96	60	1	0	37	1.07
24939656--24939697	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
24939647--24939749	52	2.0	51	83	9	129	34	0	32	33	1.58
24939699--24939790	22	4.2	23	82	8	111	42	0	27	30	1.56
24939699--24939790	44	2.1	44	85	4	123	42	0	27	30	1.56
24941146--24941195	13	3.7	13	76	10	55	38	0	2	60	1.09
24942389--24942420	16	2.1	15	94	5	55	6	15	6	71	1.26
24941890--24942863	487	2.0	487	97	1	1864	24	15	22	37	1.93
24943366--24943397	15	2.1	15	94	0	55	21	6	15	56	1.62
24944200--24944250	23	2.2	23	96	0	93	50	7	0	41	1.31
24971274--24971523	42	6.0	42	84	7	289	32	20	22	24	1.98
24971274--24971522	127	2.0	125	85	7	344	32	20	22	24	1.98
24971274--24971523	85	3.0	84	87	5	348	32	20	22	24	1.98
24976486--24976524	21	1.9	20	89	5	60	43	35	0	20	1.52
24976596--24976809	115	1.9	114	82	4	270	24	23	20	31	1.98
24976758--24976871	59	1.9	59	96	0	210	28	27	15	28	1.96
24976961--24977187	113	2.0	114	82	5	282	25	25	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24978091--24978122	12	2.6	12	95	5	55	50	0	15	34	1.45
24978220--24978534	91	3.4	92	90	3	458	35	20	10	33	1.87
24978586--24978637	18	2.9	17	81	13	52	63	0	0	36	0.95
24978580--24978637	17	3.1	18	83	14	57	63	0	0	36	0.94
24978786--24978832	18	2.5	19	83	12	62	40	0	0	59	0.97
24978786--24978832	19	2.6	18	80	12	51	40	0	0	59	0.97
24978821--24978850	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
24980433--24980457	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
24981262--24981302	2	20.5	2	84	0	55	46	2	4	46	1.37
24981514--24981545	9	3.6	9	95	0	55	65	6	0	28	1.16
24992687--24992844	44	3.6	44	82	5	169	32	22	15	29	1.94
24996924--24996970	22	2.1	22	100	0	94	17	0	23	59	1.37
24999482--24999529	19	2.4	19	86	10	60	45	6	6	41	1.54
25002345--25002376	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
25003296--25003322	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
25044399--25044455	23	2.5	23	82	5	71	42	17	7	33	1.76
25045670--25045722	11	4.8	11	84	15	65	26	30	0	43	1.55
25047537--25047579	18	2.4	18	84	0	50	18	25	9	46	1.79
25047829--25047868	21	1.9	21	89	0	62	30	47	20	2	1.63
25051155--25051694	126	4.3	125	89	1	803	27	21	18	32	1.97
25051727--25052028	96	3.2	93	81	3	325	40	19	3	36	1.69
25052081--25052115	6	5.8	6	86	0	52	37	45	0	17	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25052081--25052129	18	2.6	18	80	6	53	42	42	0	14	1.45
25056767--25056807	21	2.0	21	85	9	57	7	4	19	68	1.32
25060740--25060797	5	11.6	5	88	0	80	39	13	1	44	1.54
25061032--25061155	9	13.4	9	75	17	78	61	0	0	37	1.08
25061040--25061140	9	10.5	10	77	14	81	59	0	0	38	1.11
25064018--25064057	21	2.0	20	90	5	62	42	5	2	50	1.37
25071153--25071197	14	3.4	14	79	14	51	0	24	0	75	0.80
25071140--25071194	18	2.9	18	79	15	58	0	25	1	72	0.94
25071140--25071194	17	3.1	17	82	10	58	0	25	1	72	0.94
25071140--25071197	4	14.5	4	75	20	50	0	25	1	72	0.94
25075385--25076288	453	2.0	452	92	0	1520	39	15	17	28	1.90
25090600--25090679	37	2.2	36	81	2	88	27	25	25	22	2.00
25094626--25094702	25	3.1	25	81	3	93	12	31	31	24	1.93
25100792--25100849	24	2.4	24	86	11	75	55	5	6	32	1.49
25100913--25100937	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
25103927--25104301	207	1.8	207	98	1	725	41	8	7	42	1.63
25106921--25106953	13	2.4	14	85	5	50	30	0	0	69	0.88
25107077--25107115	13	2.9	14	80	7	53	53	0	2	43	1.14
25107337--25107364	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25108057--25108097	20	2.2	18	86	8	55	48	2	0	48	1.14
25110331--25110429	45	2.2	46	83	1	119	40	6	21	32	1.77
25116240--25116308	26	2.7	26	86	0	93	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25122850--25122907	26	2.2	26	87	0	80	31	12	15	41	1.84
25126593--25126624	15	2.1	15	94	0	55	68	6	3	21	1.26
25133365--25133403	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
25133534--25133573	20	2.0	20	85	14	55	37	0	12	50	1.41
25133723--25133804	24	3.4	24	74	12	69	14	30	21	32	1.94
25133868--25133940	26	2.8	26	83	6	96	16	26	23	34	1.95
25133918--25133965	23	2.1	23	84	0	60	18	27	20	33	1.96
25133866--25134031	24	6.8	24	68	19	76	18	24	21	35	1.95
25135029--25135122	42	2.2	43	92	1	154	19	25	37	18	1.94
25135292--25135321	12	2.5	12	100	0	60	20	26	40	13	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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