genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  67  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22959487--22959524	19	1.9	19	94	5	67	28	5	2	63	1.30
22959423--22959529	12	8.8	12	74	13	60	23	3	4	68	1.25
22959437--22959529	25	3.9	24	76	13	77	20	4	5	69	1.25
22971305--22971341	17	2.1	19	85	10	51	32	8	24	35	1.85
22972930--22973057	43	3.0	43	81	4	143	21	19	26	32	1.97
22982173--22982209	18	2.1	18	90	5	58	13	37	29	18	1.90
22984925--22985039	35	3.2	35	69	9	104	27	25	20	26	1.99
22984928--22985071	74	1.9	74	87	0	207	29	21	20	27	1.98
22988624--22988677	19	2.8	19	91	0	90	33	16	11	38	1.84
22995869--22995902	1	34.0	1	100	0	68	0	0	0	100	0.00
22996420--22996463	18	2.5	17	78	10	52	45	0	2	52	1.13
22997023--22997060	17	2.4	17	86	8	53	52	0	0	47	1.00
22997310--22997592	158	1.8	153	90	5	451	27	8	9	54	1.62
22997581--22998400	155	5.3	153	89	4	1167	50	8	11	29	1.67
23003725--23003765	20	2.0	21	90	4	66	34	12	12	41	1.80
23006363--23006873	87	5.9	87	95	0	869	24	25	22	28	2.00
23006435--23006571	43	3.2	43	64	20	104	22	23	25	28	1.99
23006363--23006961	174	3.5	174	90	3	906	24	24	22	28	1.99
23006363--23006961	261	2.4	249	90	4	918	24	24	22	28	1.99
23006803--23006944	71	2.0	71	94	0	248	25	26	22	25	2.00
23008171--23008211	14	2.9	14	85	7	57	14	19	0	65	1.26
23008182--23008208	7	3.9	7	100	0	54	14	14	0	70	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23008613--23008710	33	3.1	33	81	11	107	7	10	9	73	1.25
23011503--23012035	265	2.0	265	97	0	994	20	18	39	22	1.93
23016034--23016277	50	4.9	50	87	1	364	20	30	22	26	1.98
23016034--23016278	99	2.5	100	91	1	393	20	30	22	26	1.98
23021986--23022178	50	3.8	50	86	0	242	23	30	20	25	1.99
23026822--23026861	21	1.9	21	84	0	53	22	2	22	52	1.59
23026857--23026913	28	2.0	29	96	3	107	28	0	3	68	1.06
23033643--23033682	19	2.1	19	90	0	62	27	5	17	50	1.67
23037423--23037453	15	2.1	15	93	0	53	32	0	6	61	1.21
23037787--23037820	18	1.9	17	94	5	59	35	0	8	55	1.31
23037787--23037820	17	2.0	16	88	11	50	35	0	8	55	1.31
23037776--23037873	44	2.2	44	79	13	112	39	4	8	47	1.52
23044216--23044340	63	2.0	63	85	0	169	38	15	22	24	1.92
23048385--23048414	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
23058692--23058731	21	2.0	20	86	13	57	22	25	0	52	1.47
23063843--23063988	54	2.7	54	81	0	157	21	27	25	25	2.00
23066976--23067000	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
23073342--23073380	19	2.0	20	85	14	55	23	5	0	71	1.05
23077187--23077216	16	1.9	16	93	6	53	13	30	13	43	1.82
23079092--23079169	25	3.1	25	79	3	102	26	16	21	34	1.95
23079091--23079166	26	3.0	25	78	3	89	26	17	22	34	1.96
23079572--23079649	25	3.1	25	79	3	102	26	15	21	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23079091--23079993	480	1.9	480	98	0	1745	33	10	17	38	1.84
23093298--23093343	23	2.0	23	91	0	74	41	19	15	23	1.89
23094173--23094223	9	5.8	9	84	9	61	3	13	3	78	1.03
23094173--23094237	9	7.2	8	78	18	58	7	12	3	76	1.10
23094173--23094236	26	2.4	27	82	12	71	7	12	3	76	1.11
23094173--23094233	18	3.4	18	84	11	72	8	13	3	75	1.15
23094455--23094540	24	3.6	24	98	0	163	36	18	4	40	1.72
23096563--23096635	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
23101089--23101134	13	3.5	13	72	21	51	36	2	4	56	1.31
23102382--23102507	61	2.1	60	80	4	137	43	14	4	37	1.66
23110046--23110365	66	4.8	66	90	3	475	27	33	21	17	1.96
23110040--23110366	33	9.9	33	74	6	252	26	33	22	17	1.96
23110372--23110545	33	5.3	33	80	0	150	31	31	14	22	1.94
23110436--23110680	66	3.7	65	86	2	303	32	33	15	18	1.93
23110403--23110680	99	2.8	98	81	2	306	32	32	15	20	1.93
23110425--23110689	33	8.0	33	86	4	275	32	34	15	18	1.91
23110561--23110619	20	3.3	20	62	37	53	33	35	15	15	1.89
23111492--23111684	18	11.8	17	65	19	88	32	16	35	16	1.91
23111490--23111718	33	7.0	33	89	4	313	33	15	34	16	1.90
23111481--23111715	129	1.8	129	91	1	391	32	14	36	16	1.90
23111499--23111722	96	2.3	96	88	3	324	32	15	35	16	1.90
23119893--23119951	11	5.5	11	78	10	59	0	11	18	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23119889--23119962	31	2.4	31	93	2	130	2	12	14	70	1.28
23121029--23121066	19	2.0	19	100	0	76	31	5	26	36	1.79
23126609--23126716	46	2.3	46	82	0	126	20	10	26	42	1.84
23126720--23126762	20	2.2	20	86	0	59	41	13	25	18	1.88
23126918--23127217	132	2.3	131	81	2	332	33	17	13	36	1.88
23127037--23127287	131	1.9	132	83	2	326	33	16	14	35	1.89
23128025--23128139	51	2.3	51	76	0	122	26	28	23	21	1.99
23131588--23131738	50	2.9	50	87	5	194	25	20	31	22	1.98
23132498--23132983	241	2.0	241	95	0	873	36	9	19	34	1.84
23141356--23141415	26	2.4	25	83	10	77	41	10	16	31	1.81
23145305--23145437	49	2.7	50	82	2	162	39	19	19	21	1.93
23145731--23145784	26	2.1	26	82	6	65	50	16	3	29	1.63
23148791--23149479	342	2.0	342	93	0	1164	25	14	23	37	1.92
23149725--23150263	105	5.1	104	76	4	413	30	14	25	29	1.95
23149828--23150263	210	2.1	210	82	3	520	30	14	26	29	1.95
23151166--23151209	22	2.0	21	87	12	63	31	25	18	25	1.97
23153277--23153445	33	5.2	32	79	7	142	33	32	15	18	1.93
23155125--23155149	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
23157102--23157139	17	2.2	18	85	4	51	15	5	13	65	1.43
23162630--23162949	105	3.0	105	86	0	433	31	12	25	30	1.93
23168991--23169041	25	2.0	25	100	0	102	35	19	11	33	1.88
23171699--23171750	19	2.8	19	94	2	88	32	11	9	46	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23172425--23172477	13	4.1	13	77	0	61	30	5	26	37	1.79
23173786--23173816	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
23173869--23173905	9	4.1	9	85	0	56	48	13	10	27	1.75
23183632--23183671	20	1.9	21	85	10	55	57	7	17	17	1.62
23185401--23185542	49	2.9	49	82	6	171	24	19	28	27	1.99
23193594--23193726	49	2.7	49	77	0	131	28	24	20	26	1.99
23194156--23194333	43	4.1	43	88	1	241	32	24	18	24	1.97
23194156--23194357	86	2.4	86	82	4	230	30	23	19	25	1.98
23198741--23198807	27	3.0	21	73	24	64	35	41	1	20	1.62
23198794--23198828	15	2.4	14	86	9	52	40	37	0	22	1.55
23199211--23199487	41	6.8	41	85	3	360	30	31	19	18	1.96
23199211--23199487	82	3.4	82	92	1	421	30	31	19	18	1.96
23199211--23199484	123	2.2	123	89	0	404	30	30	19	18	1.96
23200855--23200931	29	2.7	29	81	0	91	33	22	20	23	1.97
23207161--23207198	15	2.5	15	87	8	51	28	50	2	18	1.61
23210788--23210848	30	2.1	30	87	3	88	49	4	8	37	1.54
23212211--23212464	127	2.0	129	89	3	397	47	15	17	18	1.83
23212653--23212704	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
23214472--23214523	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
23215185--23215234	11	4.7	10	85	11	64	8	12	12	68	1.40
23215185--23215251	33	2.1	32	82	2	80	11	16	10	61	1.57
23216677--23216718	20	2.2	19	95	4	75	33	4	0	61	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23216681--23216747	20	3.4	19	81	6	71	35	1	0	62	1.04
23216732--23216757	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
23216759--23216796	15	2.5	15	95	0	67	73	5	0	21	1.02
23216910--23216948	21	1.9	21	89	5	62	33	25	7	33	1.84
23217555--23217728	93	1.9	93	95	0	312	29	19	16	34	1.94
23219959--23219996	18	2.1	18	85	9	51	34	7	0	57	1.28
23220125--23220153	8	3.6	8	100	0	58	31	0	0	68	0.89
23227390--23227428	16	2.4	17	87	12	64	25	23	2	48	1.63
23230751--23231039	46	6.3	46	80	1	283	31	19	21	28	1.97
23230767--23231068	92	3.3	91	81	2	338	28	20	22	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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