genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  63  of  145  ( 17310 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21642447--21642778	27	12.5	27	82	7	335	21	17	19	42	1.90
21642447--21642778	79	4.2	78	81	5	337	21	17	19	42	1.90
21643275--21643321	24	2.0	23	84	12	60	31	36	0	31	1.58
21651456--21651483	13	2.2	13	100	0	56	14	39	25	21	1.91
21663508--21663540	17	2.0	17	88	5	50	45	36	6	12	1.66
21669815--21669848	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
21682370--21682396	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
21684069--21684117	18	2.7	19	81	9	57	71	4	6	18	1.23
21684617--21684665	14	3.5	13	82	17	55	63	4	0	32	1.13
21684703--21684763	3	20.3	3	74	12	54	62	6	0	31	1.21
21691699--21691731	16	2.1	16	94	0	57	21	15	18	45	1.85
21694189--21694214	12	2.2	12	100	0	52	38	0	0	61	0.96
21709807--21709850	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
21709896--21709988	45	2.1	45	85	0	123	34	21	17	26	1.95
21711824--21711849	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
21718023--21718126	31	3.4	31	72	10	79	40	4	3	50	1.42
21720978--21721003	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21721401--21721427	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21723341--21723366	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21730827--21730884	30	2.0	30	83	10	75	41	12	17	29	1.85
21731272--21731321	26	1.9	26	95	0	91	16	22	32	30	1.95
21731300--21731424	33	3.5	33	74	23	117	20	18	28	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21734960--21734994	18	2.0	18	88	5	54	22	20	11	45	1.82
21738520--21738580	31	2.0	31	96	0	113	31	21	13	34	1.91
21743965--21744033	33	2.0	35	91	5	115	65	7	0	27	1.19
21751262--21751314	16	3.2	17	81	10	65	33	1	1	62	1.17
21751355--21751798	220	2.0	221	99	0	881	40	11	8	39	1.71
21754555--21754585	13	2.5	13	94	5	55	38	19	16	25	1.92
21758403--21758582	51	3.6	49	81	5	191	23	18	26	30	1.98
21758591--21758675	46	1.9	43	83	7	107	23	17	27	31	1.97
21758813--21758844	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
21761181--21761253	33	2.2	32	87	4	101	31	2	2	63	1.23
21761193--21761256	15	4.1	15	77	16	67	29	1	3	65	1.17
21761895--21761939	12	3.8	12	87	0	54	42	0	28	28	1.56
21761896--21761935	18	2.2	18	86	8	55	40	0	30	30	1.57
21762537--21762598	29	2.1	29	100	0	124	35	20	11	32	1.88
21769441--21769593	77	2.0	76	97	1	288	40	6	13	39	1.71
21771410--21771830	85	4.9	84	74	10	343	31	24	16	28	1.96
21771380--21772050	44	15.5	43	73	10	438	30	24	17	28	1.97
21771354--21771877	129	4.1	129	94	0	881	30	23	16	28	1.96
21772033--21772564	128	4.2	128	91	1	852	24	23	21	30	1.99
21773738--21773785	7	7.0	7	83	7	55	16	12	0	70	1.16
21773738--21773785	13	3.5	14	83	11	55	16	12	0	70	1.16
21773749--21773785	20	1.9	20	88	5	58	16	10	0	72	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21778961--21779169	4	52.2	4	100	0	418	50	0	24	24	1.50
21779167--21779208	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
21779167--21779256	21	3.9	23	79	16	55	63	4	2	30	1.26
21784685--21784778	48	2.0	48	97	0	179	22	23	13	40	1.90
21784832--21784896	27	2.5	26	80	9	78	30	7	16	44	1.76
21786403--21786627	27	8.3	27	87	2	308	34	18	23	24	1.96
21786647--21786757	24	4.6	24	82	2	107	28	8	18	45	1.77
21786929--21787100	32	5.4	32	81	0	166	22	19	18	39	1.92
21791109--21791211	39	2.7	39	81	1	118	32	5	19	42	1.75
21793917--21794025	57	1.9	58	88	1	166	37	5	24	32	1.79
21793918--21794038	57	2.1	58	85	1	163	41	4	23	30	1.75
21795274--21795321	17	2.8	17	90	0	78	27	27	2	43	1.66
21799856--21799888	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
21808770--21808807	19	2.1	19	90	5	60	44	18	2	34	1.64
21818796--21818824	12	2.5	12	94	5	51	41	0	17	41	1.49
21838129--21838153	11	2.3	11	100	0	50	20	8	16	56	1.65
21840568--21840625	30	1.9	31	96	3	109	56	5	6	31	1.47
21859342--21859579	44	5.2	44	75	15	230	31	18	22	26	1.97
21859388--21859569	98	1.9	97	81	6	224	32	19	20	27	1.97
21859502--21859657	44	3.6	42	77	9	129	30	19	20	29	1.97
21859344--21859630	142	2.0	142	98	0	556	33	18	21	26	1.96
21874015--21874046	17	1.9	16	93	6	55	9	12	3	75	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21875916--21875941	6	4.3	6	100	0	52	34	30	19	15	1.93
21876643--21876671	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
21885366--21885412	15	3.2	15	87	3	60	34	2	12	51	1.52
21891657--21891704	13	3.7	13	83	8	62	18	47	14	18	1.82
21893545--21893616	33	2.2	33	97	0	135	41	13	16	27	1.87
21897956--21898375	226	1.9	226	96	0	786	32	12	20	34	1.89
21898940--21898973	17	2.0	17	88	0	50	20	11	35	32	1.89
21903496--21903541	11	4.2	11	86	8	58	23	26	0	50	1.50
21908227--21908760	124	4.3	124	98	0	1023	27	20	19	31	1.97
21909652--21909701	16	3.2	15	75	8	55	6	10	0	84	0.79
21910783--21912249	733	2.0	733	100	0	2934	31	17	18	32	1.94
21913345--21913565	107	2.1	108	99	0	435	51	3	4	40	1.40
21913477--21913556	19	4.4	17	72	16	61	57	2	3	36	1.30
21915160--21915884	362	2.0	363	99	0	1443	36	10	15	37	1.82
21921591--21921688	29	3.2	29	83	8	124	27	18	25	28	1.98
21921592--21921687	33	3.0	32	80	11	126	27	18	25	29	1.98
21921592--21921711	62	1.9	62	84	0	159	30	20	24	25	1.99
21921676--21921803	29	4.4	29	75	0	112	31	23	21	23	1.99
21921771--21921847	34	2.2	35	83	2	93	28	25	23	22	1.99
21939898--21939948	22	2.3	22	90	6	77	31	33	0	35	1.58
21940000--21940047	10	4.7	10	76	5	51	33	0	0	66	0.92
21939982--21940047	31	2.2	30	91	2	105	33	3	0	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21942004--21942061	26	2.2	25	82	8	71	43	3	8	44	1.51
21942065--21942297	29	8.1	29	90	0	342	45	24	0	30	1.54
21942065--21942297	87	2.7	87	91	0	378	45	24	0	30	1.54
21945197--21945224	7	4.0	7	100	0	56	42	14	28	14	1.84
21948034--21948191	78	2.0	79	98	1	309	35	11	12	40	1.79
21949707--21949741	18	1.9	18	88	0	52	48	2	8	40	1.49
21949967--21950001	18	1.9	18	88	0	52	48	2	8	40	1.49
21949646--21950178	260	2.0	260	98	1	1032	48	5	10	34	1.61
21949646--21950328	260	2.6	259	87	6	740	50	4	11	33	1.59
21951597--21951641	6	7.3	6	85	5	63	17	17	0	64	1.29
21954203--21954241	19	2.1	19	85	9	53	5	17	5	71	1.23
21965050--21965104	21	2.6	21	88	2	74	38	10	14	36	1.81
21969482--21969520	20	1.9	20	89	5	60	64	7	0	28	1.21
21974527--21974590	19	3.4	19	74	22	55	23	1	4	70	1.15
21974557--21974589	17	1.9	17	93	0	57	18	3	3	75	1.06
21974692--21974736	17	2.5	18	85	7	56	31	0	2	66	1.04
21974656--21974750	9	10.6	9	71	12	70	35	2	1	61	1.15
21974772--21974858	35	2.7	31	77	20	106	58	10	1	29	1.39
21975456--21975484	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
21976713--21976772	3	19.7	3	74	16	52	61	3	3	31	1.28
21978450--21978483	6	5.7	6	100	0	68	32	0	0	67	0.91
21978492--21978540	24	2.0	24	100	0	98	46	20	8	24	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21981574--21983294	217	7.9	217	83	3	1855	30	12	19	37	1.89
21981574--21983298	653	2.6	653	84	1	2217	30	12	19	37	1.89
21981574--21983292	870	2.0	871	85	1	2329	30	12	19	37	1.89
21985562--21986519	479	2.0	479	99	0	1907	23	25	22	29	1.99
21996762--21996800	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
22000700--22000727	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22001682--22001720	20	1.9	21	89	5	62	69	0	2	28	1.02
22005718--22005825	3	36.0	3	94	0	189	65	0	34	0	0.93
22007515--22007558	18	2.4	18	84	0	52	68	2	9	20	1.28
22009439--22009510	37	1.9	37	85	0	99	20	15	11	52	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145