genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  6  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2534455--2534515	4	15.2	4	92	0	95	0	3	26	70	1.02
2541189--2541247	31	1.9	31	93	6	102	33	13	8	44	1.74
2542765--2542807	14	2.9	14	86	10	50	48	0	0	51	1.00
2556007--2556141	40	3.4	39	75	8	123	39	20	20	20	1.93
2556282--2557570	84	15.3	84	100	0	2578	16	19	28	35	1.93
2575102--2575238	43	3.2	43	76	4	132	24	20	29	26	1.99
2575060--2575242	86	2.1	87	89	1	278	24	19	28	27	1.98
2575484--2575526	22	2.0	22	90	0	68	41	25	20	11	1.86
2576530--2576566	18	2.0	20	89	10	60	43	13	13	29	1.82
2576599--2576628	13	2.3	13	100	0	60	40	43	0	16	1.48
2588664--2588711	19	2.5	20	80	13	64	66	0	0	33	0.92
2588674--2588714	18	2.3	18	87	4	57	73	0	0	26	0.84
2588615--2588812	96	2.1	97	99	0	389	58	3	2	36	1.25
2588762--2588807	19	2.3	20	81	3	58	67	0	0	32	0.91
2588777--2588825	13	3.7	13	83	8	55	73	0	2	24	0.94
2590006--2590149	74	1.9	74	95	0	261	31	22	22	23	1.98
2595986--2596026	22	1.9	21	85	5	55	63	7	0	29	1.21
2598240--2598264	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
2598238--2598272	14	2.5	15	86	13	56	5	11	0	82	0.82
2599504--2599543	18	2.3	17	86	4	53	55	7	17	20	1.66
2600239--2600282	21	2.1	21	83	8	54	34	0	18	47	1.49
2600730--2600892	49	3.3	49	71	14	127	17	25	19	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2600723--2600895	25	7.0	25	70	10	106	17	25	19	37	1.93
2602536--2602583	21	2.2	22	92	3	80	20	20	18	39	1.92
2613174--2613208	18	1.9	18	88	0	52	57	2	0	40	1.14
2617330--2617829	114	4.4	114	85	3	682	28	25	22	24	1.99
2617330--2617829	228	2.2	228	88	2	761	28	25	22	24	1.99
2620672--2620720	18	2.6	19	77	6	55	30	12	14	42	1.82
2622903--2622945	18	2.3	19	80	15	54	58	2	0	39	1.11
2627216--2627255	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
2627239--2627278	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
2627224--2627290	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
2627269--2627355	33	2.7	32	74	15	88	27	9	18	44	1.80
2632619--2632677	24	2.5	24	80	5	75	44	0	15	40	1.46
2632991--2633049	3	19.7	3	83	10	68	62	1	1	33	1.15
2634381--2634426	22	2.1	22	100	0	92	28	23	4	43	1.73
2641530--2641556	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2642317--2642367	13	3.9	13	77	10	59	31	7	17	43	1.78
2643497--2643550	24	2.2	24	83	6	65	66	3	1	27	1.19
2653902--2653953	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
2658588--2658641	24	2.2	24	83	6	65	66	3	1	27	1.19
2662178--2662256	34	2.4	32	78	6	86	39	3	7	49	1.49
2663110--2663161	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
2664384--2664551	51	3.3	51	75	3	160	30	25	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2667709--2667759	23	2.2	23	89	6	77	45	19	5	29	1.74
2671070--2671121	27	1.9	27	100	0	104	23	0	25	51	1.48
2679111--2679302	100	1.9	99	98	1	375	15	21	16	46	1.83
2694564--2694588	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2699563--2699624	27	2.3	27	82	0	70	27	25	27	19	1.99
2701858--2702084	113	2.0	114	99	0	447	43	13	7	36	1.72
2710008--2710064	29	2.0	29	100	0	114	21	7	40	31	1.80
2710153--2710177	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2710177--2710227	2	25.5	2	76	7	50	41	3	3	50	1.39
2717333--2717855	260	2.0	261	99	0	1039	28	17	20	33	1.95
2718006--2718051	22	2.1	22	84	8	58	30	6	6	56	1.50
2718606--2718675	32	2.2	32	84	2	88	32	15	10	41	1.81
2728375--2728456	2	42.0	2	95	4	150	50	0	50	0	1.00
2734371--2734492	59	2.1	59	79	3	129	39	22	12	26	1.89
2735004--2735060	22	2.6	22	94	2	98	47	7	3	42	1.47
2738594--2738624	3	10.3	3	100	0	62	32	32	0	35	1.58
2739887--2739916	7	4.4	7	95	4	53	86	0	13	0	0.57
2746221--2746299	31	2.6	30	82	6	88	34	8	10	46	1.69
2751929--2751983	19	3.0	19	75	12	53	27	5	1	65	1.25
2753632--2753664	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2760433--2760477	14	2.7	17	74	25	51	28	15	6	48	1.70
2761521--2761597	32	2.5	31	83	8	93	41	2	9	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2761888--2761927	16	2.5	16	92	8	64	55	0	5	40	1.22
2762336--2762374	7	5.6	7	84	0	51	33	28	7	30	1.85
2762336--2762374	14	2.8	14	92	0	60	33	28	7	30	1.85
2763002--2763033	7	4.6	7	100	0	64	75	0	12	12	1.06
2769692--2769721	4	7.5	4	92	0	51	30	0	23	46	1.52
2772945--2773004	31	2.0	30	83	3	75	45	11	16	26	1.82
2799250--2799325	37	2.1	37	100	0	152	26	32	13	27	1.93
2801288--2801359	34	2.2	34	85	5	94	33	6	4	55	1.46
2801311--2801359	17	2.9	16	75	19	55	30	8	2	59	1.38
2833779--2833811	16	2.1	16	88	11	50	72	0	0	27	0.85
2835448--2835523	14	4.9	15	71	20	50	43	15	9	31	1.79
2835464--2835503	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2835452--2835518	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
2836097--2836368	135	2.0	136	99	0	537	30	11	11	45	1.76
2839614--2839641	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
2850057--2850087	15	2.1	15	93	0	53	22	3	3	70	1.16
2857234--2857302	31	2.2	31	86	0	93	44	13	11	30	1.78
2864199--2864290	28	3.2	28	71	19	98	50	16	9	23	1.75
2864218--2864312	31	3.2	30	71	19	99	49	14	9	26	1.74
2864200--2864312	59	1.9	59	98	0	217	49	15	9	25	1.74
2864355--2864420	31	2.1	31	91	0	105	34	7	10	46	1.67
2865127--2865176	19	2.4	21	80	12	59	62	0	4	34	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2875341--2875404	27	2.4	26	94	2	110	40	4	3	51	1.38
2875486--2875557	36	2.0	35	86	7	101	50	5	13	30	1.65
2885605--2885639	7	5.0	7	89	0	52	57	0	0	42	0.99
2887377--2887440	31	2.1	31	82	5	76	37	4	9	48	1.56
2891678--2891719	14	2.8	15	75	10	50	35	0	7	57	1.26
2903426--2903512	31	2.8	31	75	5	86	37	3	14	43	1.63
2910439--2910466	14	2.0	14	100	0	56	78	7	7	7	1.09
2916889--2917001	31	3.6	30	72	16	104	40	3	11	44	1.58
2916896--2917027	64	2.1	64	83	11	164	42	4	12	40	1.64
2926019--2926290	104	2.7	103	88	7	371	54	16	1	27	1.49
2926008--2926290	100	2.8	99	84	10	355	54	16	1	27	1.49
2926750--2926783	17	2.0	17	88	0	50	14	8	0	76	1.01
2926916--2926979	26	2.4	26	86	5	83	14	15	60	9	1.57
2933702--2933754	26	2.0	26	100	0	106	41	11	11	35	1.77
2935840--2935865	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
2940809--2940841	11	3.0	11	90	0	57	9	24	0	66	1.20
2942057--2942094	19	2.0	19	100	0	76	42	10	10	36	1.74
2942059--2942100	19	2.2	19	91	0	66	52	9	7	30	1.61
2943232--2943362	66	2.0	65	95	1	235	47	25	16	9	1.78
2948429--2948473	23	1.9	24	81	4	56	40	2	4	53	1.33
2948758--2948782	11	2.3	11	100	0	50	28	32	8	32	1.86
2971639--2971705	31	2.1	32	81	8	75	68	13	0	17	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2971834--2971890	22	2.6	21	76	20	55	42	0	1	56	1.10
2974168--2974201	15	2.2	16	89	5	52	67	5	0	26	1.13
2980073--2980106	15	2.3	15	89	0	50	76	0	0	23	0.79
2980428--2980462	6	5.8	6	93	0	61	14	2	34	48	1.58
2983102--2983131	13	2.3	13	100	0	60	10	0	33	56	1.32
2983263--2983312	25	2.0	26	84	4	66	70	6	6	18	1.29
2983757--2983851	43	2.2	43	94	1	165	44	4	3	48	1.38
2987252--2987316	27	2.4	27	92	2	103	38	12	16	32	1.86
2987969--2988188	110	2.0	110	98	0	422	42	20	21	15	1.89
2990194--2990284	45	2.0	45	89	0	137	24	31	7	36	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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