genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  21  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8026221--8026251	1	31.0	1	93	0	53	3	0	0	96	0.21
8026229--8026470	120	2.0	120	97	0	457	33	9	14	41	1.79
8036126--8036192	28	2.4	28	95	2	118	37	14	13	34	1.86
8039240--8039268	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
8042296--8042329	2	17.0	2	93	0	59	47	2	0	50	1.16
8044423--8044629	62	3.4	62	99	0	407	48	5	4	41	1.47
8048053--8048088	9	4.0	9	96	0	63	63	13	11	11	1.51
8052432--8052478	24	2.0	24	82	0	58	44	10	10	34	1.74
8053074--8053120	24	2.0	24	82	0	58	44	10	10	34	1.74
8054993--8055030	13	2.9	13	81	14	51	28	5	26	39	1.78
8073877--8073928	21	2.6	21	78	6	54	50	1	7	40	1.42
8075746--8076018	44	6.2	44	74	7	173	26	22	20	30	1.98
8075730--8076018	131	2.2	131	91	0	461	26	23	19	30	1.98
8076435--8076492	24	2.4	24	88	5	82	31	22	12	34	1.91
8077536--8077590	17	3.4	17	85	5	69	1	18	1	78	0.94
8077537--8077578	12	3.4	12	78	15	50	0	19	2	78	0.86
8080576--8080605	5	6.0	5	100	0	60	80	20	0	0	0.72
8082991--8083043	21	2.6	21	79	5	56	50	1	7	39	1.41
8091239--8091443	101	2.0	102	99	0	403	45	1	6	45	1.41
8094575--8094611	9	4.3	9	83	10	51	13	0	29	56	1.37
8098031--8098086	21	2.6	21	86	13	87	19	0	33	46	1.50
8098073--8098102	12	2.4	13	88	11	53	20	0	36	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8098839--8099206	192	1.9	191	82	4	456	42	19	8	29	1.80
8100145--8100170	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
8101336--8101404	22	3.1	22	82	12	72	43	1	30	24	1.63
8101356--8101407	11	4.7	11	87	0	77	44	1	30	23	1.64
8101359--8101409	22	2.3	23	89	6	86	43	1	29	25	1.66
8105934--8105995	31	2.0	31	93	0	106	20	17	19	41	1.90
8106134--8106242	34	3.2	34	84	7	159	43	17	0	39	1.49
8107621--8107653	12	2.8	12	95	0	57	57	0	12	30	1.35
8112810--8112924	43	2.7	44	80	12	123	29	29	18	22	1.97
8119356--8119385	14	2.1	15	93	6	53	50	20	0	30	1.49
8119658--8119815	44	3.6	44	91	1	239	44	17	22	15	1.86
8119675--8119756	23	3.7	23	67	6	69	46	18	21	13	1.83
8119658--8119833	44	4.1	42	89	1	199	44	17	23	14	1.86
8121562--8121591	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
8129998--8130102	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
8129996--8130105	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
8130086--8130137	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
8133902--8133926	10	2.5	10	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8142570--8142660	45	2.0	44	87	2	128	34	28	5	31	1.80
8142639--8142708	16	4.4	16	96	0	104	32	35	0	31	1.58
8143234--8143278	22	2.0	22	91	0	72	13	8	13	64	1.49
8143498--8143555	31	1.9	31	89	10	93	65	6	0	27	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8145523--8145596	21	3.4	22	78	9	80	24	2	9	63	1.37
8152511--8152569	29	2.1	27	81	9	66	23	11	18	45	1.83
8154181--8154241	3	20.7	3	96	3	115	32	0	0	67	0.91
8154239--8154267	15	1.9	15	100	0	58	20	10	6	62	1.50
8154270--8154301	15	2.2	14	94	5	55	37	6	0	56	1.25
8165063--8165390	122	2.9	111	86	8	394	32	15	20	32	1.93
8166421--8166460	22	1.9	21	85	10	55	30	0	32	37	1.58
8166787--8166846	29	2.2	26	82	14	68	45	16	13	25	1.84
8167021--8167068	21	2.3	23	75	20	59	52	2	0	45	1.12
8167999--8168027	3	9.7	3	100	0	58	0	34	34	31	1.58
8176581--8176631	20	2.5	20	87	0	66	41	7	23	27	1.82
8176940--8177104	54	3.3	54	65	20	156	25	22	26	25	2.00
8176929--8177147	97	2.3	97	95	0	393	26	24	26	23	2.00
8197539--8197719	98	1.8	98	93	0	317	26	10	25	37	1.88
8199663--8199711	24	2.0	25	84	4	64	65	0	10	24	1.23
8204668--8204742	27	2.8	27	85	4	80	29	28	12	30	1.92
8210178--8210205	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8213364--8213407	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
8222156--8222261	34	3.2	31	75	15	95	47	13	0	39	1.43
8222174--8222261	33	2.6	32	78	8	104	45	14	0	39	1.45
8222253--8222345	46	2.0	45	82	15	111	55	19	0	24	1.43
8229882--8229938	29	2.0	28	93	3	96	47	3	15	33	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8249042--8251295	96	23.4	96	99	0	4348	32	25	20	21	1.97
8253508--8253538	15	2.1	15	93	0	53	22	22	38	16	1.92
8257914--8257945	16	2.0	16	93	0	55	56	28	3	12	1.51
8270607--8270672	26	2.7	24	76	19	73	39	24	22	13	1.90
8271482--8271527	20	2.3	20	85	3	58	39	10	2	47	1.51
8272645--8272731	16	5.5	16	74	9	63	13	4	5	75	1.14
8272650--8272733	6	14.5	6	71	12	50	13	4	5	76	1.13
8275039--8275133	42	2.3	42	94	0	163	36	10	27	25	1.89
8277718--8277750	15	2.2	15	89	10	50	42	0	0	57	0.98
8277724--8277780	27	2.1	27	81	12	64	36	3	3	56	1.34
8299600--8299628	15	2.0	15	93	6	51	6	17	0	75	1.01
8300192--8300230	17	2.4	17	87	8	55	87	0	12	0	0.55
8300192--8300236	16	3.0	15	81	9	56	82	0	17	0	0.68
8304548--8304630	22	3.7	22	78	12	78	27	15	13	43	1.84
8304519--8304661	46	3.1	46	81	0	160	26	13	13	46	1.81
8304571--8304637	22	2.9	24	74	17	68	28	16	11	43	1.83
8314598--8314648	16	3.2	16	83	5	77	33	17	5	43	1.73
8314589--8314649	31	2.0	31	93	6	106	36	16	4	42	1.70
8315826--8315857	13	2.5	13	94	0	55	40	3	28	28	1.71
8318620--8319017	201	2.0	198	80	5	444	47	6	3	42	1.47
8327002--8327030	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
8328625--8329022	201	2.0	198	80	5	444	47	6	3	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8329638--8331199	634	2.5	625	83	5	1942	31	14	17	35	1.91
8339980--8340125	43	3.5	42	81	8	163	34	25	17	21	1.96
8339976--8340125	42	3.6	42	81	5	169	34	25	18	22	1.96
8340102--8340154	26	2.0	26	96	0	97	24	33	22	18	1.97
8340244--8340288	19	2.3	19	82	14	56	31	20	0	48	1.49
8347246--8347332	25	3.5	25	80	7	79	27	20	25	26	1.99
8347265--8347323	25	2.4	25	88	5	84	28	20	27	23	1.99
8349182--8350520	639	2.1	638	85	1	1750	31	15	16	35	1.91
8350855--8350911	18	3.1	19	73	16	57	33	15	3	47	1.63
8359773--8359806	16	2.1	16	88	0	50	73	2	14	8	1.19
8360626--8360665	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
8360612--8360677	34	1.9	34	87	6	98	33	7	12	46	1.69
8361538--8362097	280	2.0	280	96	0	1021	31	18	9	41	1.81
8362204--8362288	24	3.7	23	69	12	66	47	15	15	22	1.82
8373666--8373754	26	3.4	26	89	3	126	15	24	24	34	1.95
8373801--8373849	24	2.0	24	88	0	71	20	28	16	34	1.94
8373867--8373924	25	2.3	25	84	0	80	22	27	15	34	1.94
8380759--8380814	21	2.7	21	94	0	94	28	8	33	28	1.87
8384959--8385002	6	7.2	6	89	5	70	38	0	61	0	0.96
8387340--8387401	18	3.2	20	72	11	65	54	0	1	43	1.09
8387343--8387399	20	2.9	19	74	25	57	52	0	1	45	1.11
8392584--8392863	140	2.0	138	84	4	366	32	20	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8402929--8402968	21	1.9	21	100	0	80	40	10	25	25	1.86
8409470--8409608	23	6.2	23	81	5	176	23	20	26	28	1.99
8409470--8409596	43	2.9	43	89	3	191	22	21	27	28	1.99
8410676--8410780	53	2.0	53	100	0	210	27	11	22	38	1.89
8420639--8420726	23	4.0	23	89	5	128	42	21	18	18	1.90
8421398--8421465	28	2.3	30	85	12	88	54	4	1	39	1.30
8448284--8448369	43	2.0	44	88	2	129	34	18	18	27	1.95
8451310--8451338	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
8465832--8466470	89	7.2	89	88	3	794	27	24	16	31	1.97
8465830--8466648	267	3.1	268	82	5	848	26	25	17	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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