genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  60  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20759790--20759827	19	2.0	20	94	5	69	26	13	5	55	1.59
20760018--20760092	20	3.7	20	79	10	89	16	18	13	52	1.75
20760018--20760067	21	2.5	20	93	3	82	18	16	14	52	1.76
20761633--20761677	18	2.5	18	82	10	56	28	22	0	48	1.50
20762020--20762066	24	1.9	25	86	4	69	25	23	2	48	1.62
20762089--20762117	14	2.1	14	100	0	58	37	27	0	34	1.57
20764948--20764980	17	2.0	17	88	5	50	30	6	0	63	1.18
20766661--20766809	29	5.1	30	77	9	105	34	19	5	40	1.74
20766661--20766809	58	2.6	58	81	6	160	34	19	5	40	1.74
20767051--20767126	5	15.8	5	74	17	54	72	0	27	0	0.85
20767046--20767126	19	3.9	21	74	22	73	72	0	27	0	0.84
20767080--20767119	8	5.0	8	81	0	53	80	0	20	0	0.72
20767046--20767119	38	1.9	39	89	8	116	74	0	25	0	0.82
20767212--20767253	3	13.7	3	85	5	57	71	0	28	0	0.86
20767208--20767286	6	13.8	6	73	15	60	75	0	24	0	0.80
20767208--20767286	16	4.6	18	81	10	87	75	0	24	0	0.80
20767432--20767472	16	2.5	15	85	14	55	24	48	26	0	1.51
20767432--20767472	17	2.5	16	88	11	57	24	48	26	0	1.51
20767559--20767634	21	3.5	21	79	10	82	75	1	23	0	0.89
20767573--20767638	7	9.0	7	79	14	62	77	1	21	0	0.85
20767572--20767622	25	2.2	23	89	10	77	82	0	17	0	0.67
20767572--20767637	22	3.0	21	81	14	73	78	1	19	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20779955--20782791	78	36.1	78	95	2	4908	27	16	19	35	1.94
20783004--20783164	29	5.5	29	79	5	155	34	16	4	44	1.70
20783004--20783136	59	2.3	58	89	1	194	34	17	5	42	1.72
20783004--20783164	59	2.7	59	83	9	186	34	16	4	44	1.70
20783396--20783436	16	2.7	16	85	11	59	75	0	24	0	0.80
20783524--20783589	19	3.7	18	73	18	57	68	0	27	4	1.09
20783732--20783775	17	2.6	17	86	10	56	25	47	27	0	1.52
20783875--20783949	8	10.0	7	80	9	60	80	0	18	1	0.79
20783874--20783937	12	5.7	12	78	12	73	81	0	17	1	0.77
20783873--20783948	20	3.8	20	81	11	93	80	0	18	1	0.79
20783874--20783940	33	2.1	31	91	5	107	82	0	16	1	0.75
20783875--20783949	15	5.0	15	71	12	64	80	0	18	1	0.79
20784856--20784934	20	4.1	20	75	8	65	60	7	11	20	1.54
20784886--20784943	19	3.1	19	82	0	62	60	8	13	17	1.58
20784979--20785051	20	3.7	19	78	12	76	50	9	20	19	1.75
20785197--20785227	16	1.9	16	93	0	53	51	0	22	25	1.48
20785213--20785253	19	2.2	18	87	12	57	63	4	14	17	1.47
20785348--20785431	20	4.1	20	70	17	55	61	3	15	19	1.47
20785343--20785427	42	2.0	42	84	8	111	65	3	15	15	1.40
20788635--20788858	111	2.0	112	99	0	441	29	19	2	48	1.62
20791005--20791034	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
20791920--20791962	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20794674--20794716	12	3.7	12	87	3	61	65	0	6	27	1.18
20794675--20794726	11	4.1	12	79	18	52	69	0	7	23	1.14
20795094--20795138	20	2.3	19	81	7	54	4	13	13	68	1.35
20795244--20795303	18	3.2	19	76	21	63	3	28	1	66	1.17
20795259--20795290	11	2.8	12	86	13	50	0	28	0	71	0.86
20795392--20795441	12	4.2	12	76	16	50	4	18	4	74	1.14
20795762--20795902	29	4.8	29	85	4	167	40	2	21	34	1.68
20795762--20795919	59	2.7	58	83	2	199	40	3	22	33	1.70
20795752--20795919	88	1.9	88	80	7	198	40	2	22	34	1.69
20796108--20798598	75	32.8	76	84	5	2766	33	21	16	28	1.95
20796108--20798593	376	6.6	378	86	5	3177	33	21	16	28	1.95
20799431--20799511	14	5.7	15	75	16	57	2	7	8	81	0.96
20799436--20799517	9	9.1	9	85	7	96	1	6	9	82	0.88
20806019--20806178	17	8.9	18	74	16	136	43	10	13	33	1.77
20806021--20806109	18	5.2	17	74	22	64	42	8	14	33	1.77
20806089--20806169	21	4.1	20	76	19	80	41	9	9	38	1.72
20806078--20806188	38	3.0	37	83	11	147	43	9	10	36	1.73
20806127--20806186	17	3.3	17	75	11	57	35	10	11	43	1.75
20806445--20806502	28	2.1	29	87	6	84	58	0	3	37	1.15
20806647--20806695	17	3.1	16	83	13	57	0	22	0	77	0.77
20806650--20806700	24	2.1	25	92	3	86	0	19	0	80	0.71
20806658--20806712	12	4.6	12	84	6	67	0	20	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20806838--20806880	19	2.3	18	80	7	50	6	13	11	67	1.41
20806987--20807053	11	6.2	10	75	17	55	2	22	0	74	0.95
20807000--20807056	23	2.5	23	81	15	66	1	26	0	71	0.95
20806971--20807045	36	2.1	36	85	5	98	5	18	0	76	0.98
20807251--20807289	17	2.3	17	86	0	51	17	10	48	23	1.78
20807524--20807685	29	5.6	29	81	6	157	40	1	20	37	1.64
20807528--20807692	59	2.8	59	82	3	190	40	2	21	36	1.66
20809336--20809381	24	1.9	24	91	8	76	30	0	21	47	1.51
20815913--20815954	17	2.6	17	85	7	61	23	28	26	21	1.99
20821631--20821692	27	2.3	27	88	0	88	20	16	16	46	1.83
20822368--20822463	49	2.0	49	89	4	149	25	21	17	35	1.95
20830668--20830701	17	2.0	17	88	0	50	58	0	11	29	1.33
20830859--20830904	22	2.0	23	95	4	85	54	4	0	41	1.20
20833101--20833126	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20833361--20833408	20	2.4	20	79	6	62	62	8	10	18	1.52
20834028--20834141	39	3.0	37	76	7	113	49	8	21	20	1.76
20834005--20834087	20	4.2	20	77	9	80	49	10	20	19	1.78
20834109--20834157	19	2.5	19	90	3	71	55	6	18	20	1.64
20834107--20834194	20	4.4	20	77	9	81	55	9	15	19	1.66
20834107--20834227	59	2.1	59	81	9	140	53	9	17	19	1.70
20834052--20834380	153	2.1	154	82	5	407	51	8	19	20	1.73
20835049--20835147	34	2.9	33	82	5	108	46	16	9	28	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20840070--20840133	33	1.9	33	84	6	85	32	28	10	28	1.91
20842860--20842906	22	2.1	22	84	7	60	61	4	14	19	1.49
20870970--20870999	12	2.4	12	94	5	51	80	3	16	0	0.85
20880173--20880438	131	2.0	129	98	1	514	41	5	12	40	1.66
20883321--20883385	33	2.0	33	87	6	96	24	12	23	40	1.89
20886667--20886700	17	2.0	17	100	0	68	29	17	11	41	1.85
20894331--20894383	27	1.9	26	85	11	70	30	1	1	66	1.13
20894356--20894410	21	2.6	21	77	8	58	41	3	0	54	1.18
20895904--20895928	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
20896644--20896780	72	1.9	72	89	5	215	35	25	8	30	1.85
20905528--20905693	35	4.8	35	86	4	203	18	15	30	36	1.91
20922686--20922711	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20923384--20923435	24	2.2	24	85	0	68	48	9	5	36	1.60
20928388--20928430	19	2.3	19	83	0	50	60	23	4	11	1.50
20928559--20928640	41	2.0	41	100	0	164	48	14	12	24	1.78
20929367--20929415	26	1.9	25	83	4	62	46	10	8	34	1.67
20930074--20930104	12	2.6	12	89	0	53	32	16	9	41	1.80
20930202--20930260	24	2.5	23	83	10	75	32	15	15	37	1.88
20930327--20930364	20	1.9	20	88	0	58	71	13	2	13	1.26
20930544--20930570	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
20930707--20930733	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
20930514--20930840	163	2.0	164	99	0	647	36	7	11	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20931235--20931275	19	2.1	20	90	4	66	17	0	26	56	1.41
20934293--20934351	23	2.8	20	73	14	64	30	22	18	28	1.97
20934308--20934383	23	3.3	22	76	7	71	32	23	19	23	1.97
20935829--20936016	50	3.8	49	77	8	191	30	26	17	25	1.97
20935827--20936010	100	1.8	100	89	3	289	30	26	17	25	1.97
20943726--20943768	22	2.0	22	81	9	52	44	23	11	20	1.84
20944922--20944963	22	1.9	22	85	0	57	7	7	2	83	0.89
20945327--20945351	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
20952143--20952184	22	2.0	21	90	9	68	61	2	0	35	1.09
20954078--20954153	25	3.1	24	79	7	91	32	2	1	63	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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