genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47972186

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  65  of  145  ( 17310 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22295267--22295291	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
22295805--22295848	21	2.1	21	87	8	63	36	0	0	63	0.95
22296094--22296118	10	2.5	10	100	0	50	8	8	0	84	0.79
22297906--22298156	35	7.1	34	78	10	227	45	10	12	32	1.76
22297909--22298157	17	13.9	18	74	11	199	45	10	12	32	1.75
22298516--22298559	13	3.6	12	80	14	54	0	22	0	77	0.77
22298726--22298754	12	2.4	12	100	0	58	6	6	0	86	0.72
22298718--22298770	19	2.7	19	88	8	72	5	9	0	84	0.76
22299139--22299305	30	5.6	30	79	6	144	43	5	19	31	1.73
22299139--22299305	60	2.8	59	77	6	167	43	5	19	31	1.73
22303393--22303489	30	3.3	29	66	20	83	46	4	3	46	1.37
22303391--22303513	59	2.1	60	95	1	221	48	3	3	44	1.35
22303905--22303960	21	2.7	21	82	0	76	26	5	35	32	1.79
22304162--22304229	33	2.0	34	85	2	93	52	1	0	45	1.09
22304882--22304910	14	2.1	14	100	0	58	58	6	6	27	1.50
22307009--22307042	17	2.0	17	88	0	50	52	11	8	26	1.67
22315919--22315952	17	2.1	16	88	5	50	26	8	5	58	1.51
22316719--22316758	20	2.1	18	86	9	53	30	2	2	65	1.19
22332820--22332878	24	2.3	25	82	11	75	54	13	15	16	1.72
22332832--22332878	24	2.0	24	91	0	76	53	14	14	17	1.74
22334852--22334916	13	5.5	13	72	20	61	49	10	0	40	1.38
22334851--22334923	23	3.2	22	90	5	119	49	9	0	41	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22346059--22346165	29	3.7	29	79	3	117	41	18	14	25	1.89
22347700--22347793	9	10.4	9	87	0	116	44	24	7	23	1.79
22347700--22347793	27	3.5	27	89	0	134	44	24	7	23	1.79
22349382--22349437	25	2.2	26	87	9	89	64	0	1	33	1.04
22349363--22349437	30	2.7	27	86	12	91	61	0	2	36	1.10
22350309--22350377	25	2.8	25	88	4	104	59	0	2	37	1.12
22354220--22354274	27	2.0	27	100	0	110	40	12	14	32	1.84
22356924--22357708	392	2.0	392	98	0	1534	17	33	17	31	1.94
22380908--22381233	162	2.0	162	99	0	645	29	17	14	38	1.89
22382508--22382535	6	4.7	6	100	0	56	14	0	67	17	1.22
22383410--22383482	19	3.7	19	70	17	60	39	5	5	49	1.49
22383419--22383495	38	2.0	39	87	2	111	38	7	5	48	1.55
22383433--22383566	20	6.9	20	69	19	88	43	8	3	44	1.52
22383535--22383568	10	3.4	10	83	0	50	44	5	0	50	1.26
22399551--22399596	24	2.0	24	91	4	76	69	6	0	23	1.11
22399567--22399607	17	2.4	17	92	8	66	65	9	0	24	1.22
22399791--22399847	10	6.1	9	78	13	53	28	7	0	64	1.19
22399751--22400010	127	2.0	129	98	1	506	31	8	0	58	1.33
22399918--22399974	10	6.1	9	78	13	53	28	7	0	64	1.19
22400081--22400128	9	5.3	9	80	7	53	25	2	0	72	0.95
22400080--22400104	10	2.5	10	100	0	50	16	0	0	84	0.63
22400082--22400128	18	2.6	18	82	0	67	25	2	0	72	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22400092--22400151	26	2.3	26	88	0	84	31	5	0	63	1.16
22416319--22416344	9	2.9	9	100	0	52	46	23	23	7	1.78
22418604--22418646	20	2.2	20	100	0	86	41	23	16	18	1.89
22440244--22440294	24	2.1	24	82	7	59	0	15	17	66	1.25
22441739--22441792	21	2.5	22	85	5	67	37	0	3	59	1.15
22448529--22448627	34	3.1	34	67	21	106	57	7	4	31	1.44
22448520--22448640	60	2.0	61	98	1	235	57	8	4	29	1.46
22448538--22448641	33	3.3	33	70	16	112	58	7	4	28	1.46
22449997--22450050	21	2.5	22	82	5	67	35	0	3	61	1.14
22458747--22458797	25	2.0	25	85	7	68	60	13	1	23	1.43
22459449--22459480	16	2.1	15	94	5	55	75	0	25	0	0.81
22460272--22460297	7	3.7	7	100	0	52	42	0	15	42	1.47
22460833--22460871	17	2.3	17	90	0	60	33	5	10	51	1.58
22461271--22461296	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
22466267--22466300	18	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
22466312--22466345	18	1.9	17	94	5	59	41	2	0	55	1.15
22468829--22468889	32	1.9	32	83	6	79	60	0	9	29	1.29
22470022--22470085	29	2.2	30	80	8	69	39	9	7	43	1.66
22474854--22475042	94	2.0	95	98	1	371	48	5	8	38	1.56
22494613--22494758	65	2.2	66	90	3	224	39	18	30	12	1.87
22494730--22494841	21	5.3	21	86	0	89	33	17	43	4	1.69
22494740--22494841	42	2.4	42	86	0	132	34	17	44	3	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22495180--22495497	43	7.1	43	72	11	203	22	19	30	27	1.98
22495180--22495462	97	3.2	85	79	12	289	21	19	30	28	1.98
22495264--22495466	97	2.1	98	97	0	381	19	18	33	29	1.96
22515029--22515059	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22516887--22516964	36	2.2	36	88	0	111	26	25	5	42	1.76
22519178--22519247	17	4.1	17	70	14	54	38	27	15	18	1.91
22524680--22524704	13	1.9	13	100	0	50	8	4	0	88	0.64
22524644--22524720	32	2.3	33	88	4	111	11	6	3	77	1.08
22524813--22524848	13	2.7	13	91	4	54	41	0	0	58	0.98
22524813--22524851	12	3.1	12	88	7	51	41	0	0	58	0.98
22525457--22525515	24	2.5	24	94	0	100	35	15	32	16	1.90
22531210--22531285	30	2.6	29	79	4	91	26	19	26	27	1.99
22536275--22536312	19	2.0	20	90	10	62	36	0	13	50	1.42
22542293--22542380	40	2.2	40	83	4	115	32	21	22	22	1.98
22542352--22542525	66	2.4	72	84	9	216	32	16	25	25	1.96
22542652--22542712	7	8.6	7	76	3	50	19	1	29	49	1.58
22542738--22542789	21	2.5	21	80	0	59	17	0	32	50	1.47
22542652--22542790	14	9.9	14	72	9	68	20	0	28	51	1.53
22562312--22562438	43	3.1	43	72	17	144	25	14	28	30	1.95
22562325--22562395	35	2.0	35	88	0	106	29	18	26	25	1.98
22563848--22564282	110	4.0	109	92	3	698	33	18	17	31	1.94
22564923--22564952	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22565029--22565057	12	2.3	13	94	5	51	82	3	0	13	0.79
22577661--22577699	16	2.4	16	83	12	53	30	7	0	61	1.24
22578063--22578104	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
22583142--22583184	21	2.0	21	100	0	86	20	13	27	37	1.91
22583897--22583937	11	3.7	11	80	0	55	53	2	17	26	1.56
22593964--22594056	46	2.0	46	89	0	141	36	12	26	23	1.91
22596970--22598172	618	1.9	618	97	1	2275	32	19	12	35	1.90
22599172--22599246	21	3.6	21	74	0	69	18	24	25	32	1.97
22604992--22605087	47	2.0	47	93	0	165	43	7	16	32	1.75
22614165--22614208	21	2.1	21	100	0	88	36	43	9	11	1.72
22615191--22615331	35	4.0	35	82	4	122	40	32	10	16	1.83
22615238--22615353	35	3.3	35	85	0	160	42	29	11	17	1.84
22618032--22618067	17	2.1	18	90	10	58	50	8	0	41	1.33
22618302--22618337	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
22617905--22618988	270	4.0	270	94	0	1861	37	15	5	41	1.70
22618572--22618607	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
22618843--22618878	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
22619403--22619435	17	1.9	17	93	0	57	30	12	15	42	1.83
22620619--22620671	20	2.7	20	82	2	72	33	16	13	35	1.88
22622195--22622225	15	2.1	15	93	0	53	16	6	9	67	1.39
22623819--22623891	37	2.0	36	84	10	96	36	0	4	58	1.17
22623878--22623931	20	2.9	18	77	22	58	37	1	5	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22623960--22624051	46	2.0	46	80	4	105	29	13	15	42	1.84
22624073--22624173	30	3.4	30	83	2	114	31	27	3	36	1.75
22624665--22624746	4	21.5	4	75	16	68	76	0	23	0	0.78
22624670--22624769	20	5.1	20	76	15	91	77	0	21	2	0.88
22624665--22624755	20	4.4	21	78	15	93	78	0	21	0	0.76
22624665--22624772	8	12.9	8	73	19	71	77	0	20	1	0.86
22624668--22624755	7	12.4	7	75	19	76	78	0	21	0	0.75
22625006--22625050	14	3.1	15	84	12	58	37	31	28	2	1.69
22625053--22625120	9	7.8	9	80	9	79	80	0	19	0	0.70
22625047--22625120	25	2.9	25	82	15	89	82	0	17	0	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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