genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032247.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50980411

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42--630	7	82.0	7	85	5	381	37	50	9	3	1.50
352--549	22	9.0	22	76	10	113	40	47	3	7	1.49
936--1278	173	2.0	170	87	5	494	39	18	18	24	1.92
1782--1832	26	2.0	26	96	0	93	39	15	25	19	1.91
3519--3555	7	5.3	7	100	0	74	32	13	13	40	1.84
3512--3555	21	2.1	21	86	0	61	31	20	13	34	1.92
3553--3621	7	9.9	7	95	0	120	43	39	0	17	1.49
3519--3562	21	2.1	21	91	0	70	34	15	11	38	1.84
3632--3657	7	3.7	7	100	0	52	15	42	26	15	1.87
3721--3791	22	3.3	21	78	9	72	43	23	0	32	1.54
3861--3925	21	3.0	21	78	8	69	18	49	21	10	1.78
3885--3921	7	5.3	7	90	0	56	16	48	29	5	1.68
4343--4368	13	2.0	13	100	0	52	15	7	15	61	1.55
10058--10178	23	5.2	23	85	7	163	11	24	23	40	1.88
10058--10178	48	2.6	46	85	7	163	11	24	23	40	1.88
10143--10217	39	1.9	39	94	0	132	12	21	21	45	1.84
10177--10270	23	4.0	23	75	16	86	11	25	19	43	1.84
17046--17081	13	2.8	13	86	0	54	50	0	8	41	1.33
17420--17457	20	1.9	20	84	10	51	55	7	5	31	1.51
18027--18084	30	1.9	30	83	13	75	43	6	0	50	1.29
23646--23773	58	2.2	58	86	8	172	48	1	1	48	1.20
23944--24015	16	4.5	16	85	3	101	26	26	5	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25408--25455	26	1.9	26	83	8	64	33	2	10	54	1.46
25649--25686	17	2.2	18	90	4	60	63	7	0	28	1.23
27065--27141	31	2.5	31	100	0	154	55	7	10	25	1.60
27718--27777	22	2.7	23	78	2	68	45	3	1	50	1.28
28590--28650	26	2.3	27	81	10	65	39	8	0	52	1.31
28602--28652	26	2.0	26	88	7	77	35	9	0	54	1.33
35516--35562	22	2.1	22	88	0	67	51	6	17	25	1.69
59705--59756	24	2.1	26	82	13	65	59	3	1	34	1.27
66425--66538	57	2.0	57	100	0	228	31	10	21	36	1.87
82118--82169	15	3.0	18	72	18	56	46	1	5	46	1.38
107016--107065	18	2.9	17	82	5	64	38	4	10	48	1.56
107504--107663	58	2.7	58	82	5	171	42	16	14	26	1.87
107846--107921	31	2.5	31	80	2	91	32	17	19	30	1.95
112414--112470	6	9.5	6	98	0	87	17	38	15	28	1.91
113509--113542	6	5.7	6	89	0	50	0	32	35	32	1.58
116094--116118	13	1.9	13	100	0	50	60	0	32	8	1.26
122408--122458	26	2.0	26	92	3	86	35	0	0	64	0.94
123199--123245	16	2.8	17	80	6	51	31	2	2	63	1.18
123220--123250	16	1.9	16	93	0	53	38	0	6	54	1.26
133171--133330	79	2.0	79	89	2	241	36	17	20	25	1.94
151257--151283	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
152860--152908	3	15.0	3	87	8	53	69	0	28	2	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153724--154307	58	10.1	57	74	14	402	28	14	15	41	1.86
153725--154307	117	5.0	116	75	15	360	28	14	15	41	1.86
154836--155225	60	6.6	59	73	11	266	41	15	15	27	1.87
154883--155148	59	4.5	59	77	10	265	42	15	14	27	1.86
154852--155149	123	2.5	117	83	5	359	43	15	14	26	1.85
154883--155124	56	4.1	59	78	12	203	42	16	13	27	1.85
155513--155537	6	4.2	6	100	0	50	16	68	0	16	1.22
167717--167778	19	3.4	18	75	16	56	66	1	0	32	1.02
187264--187294	8	3.9	8	100	0	62	87	0	0	12	0.55
187731--187765	17	2.1	17	100	0	70	28	45	0	25	1.54
193030--193084	23	2.4	23	74	14	60	16	18	10	54	1.70
197613--197643	6	5.2	6	100	0	62	32	0	35	32	1.58
197754--197792	6	6.5	6	96	0	60	56	43	0	0	0.99
204291--204330	20	2.0	20	85	0	53	25	27	0	47	1.52
207710--207781	6	12.0	6	96	0	117	0	45	16	37	1.48
208081--208118	6	6.3	6	100	0	76	0	15	68	15	1.22
228720--228749	16	1.9	15	93	6	51	26	10	3	60	1.45
229196--229233	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
233134--233233	48	2.1	49	88	1	148	18	32	10	40	1.83
240587--240626	21	1.9	21	85	10	55	40	15	17	27	1.89
246400--246424	10	2.5	10	100	0	50	16	32	20	32	1.94
250768--250792	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256297--256332	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
262514--262582	29	2.3	29	78	7	77	57	1	2	37	1.22
262595--262652	31	1.9	30	86	13	84	55	0	3	41	1.17
263299--263691	66	6.0	66	71	1	277	31	25	17	25	1.97
263285--263698	132	3.1	131	84	2	517	32	25	17	24	1.97
266385--266418	17	1.9	18	88	5	52	47	0	2	50	1.16
273280--273304	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
273285--273360	29	2.7	28	76	15	84	32	0	3	63	1.13
274145--274193	22	2.2	22	85	7	64	20	10	0	69	1.17
274147--274205	22	2.4	25	71	25	63	16	11	0	71	1.15
274159--274200	21	2.0	22	95	4	77	19	11	0	69	1.19
276907--276962	12	4.5	12	75	18	53	17	3	0	78	0.89
279112--279141	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
279108--279163	22	2.6	22	86	8	71	17	12	1	67	1.30
279122--279163	21	2.0	22	90	4	68	19	11	2	66	1.34
286070--286099	6	5.0	6	95	0	51	16	63	16	3	1.44
287030--287078	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
287075--287179	51	2.1	51	89	3	158	40	6	7	44	1.59
297482--297529	20	2.2	22	82	10	55	41	4	2	52	1.32
300888--300940	20	2.7	20	80	8	63	60	3	0	35	1.15
300928--300962	18	2.0	18	94	5	63	60	5	11	22	1.52
301575--301617	16	2.6	16	85	10	52	34	6	0	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
324297--324352	27	2.1	27	93	0	94	42	14	32	10	1.80
330303--330333	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
331281--331306	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
335469--335540	18	4.0	18	92	0	126	47	5	19	27	1.72
344177--344215	19	2.1	19	100	0	78	38	20	20	20	1.94
348581--348612	3	11.0	3	93	6	57	34	0	31	34	1.58
348728--348768	20	2.0	21	86	9	59	70	2	0	26	0.99
353015--353049	17	1.9	19	88	11	56	62	5	0	31	1.18
354395--354421	6	4.5	6	100	0	54	48	33	0	18	1.49
354575--354654	31	2.7	29	80	19	94	37	6	10	46	1.63
359186--359290	55	1.9	55	94	0	183	40	16	15	28	1.88
359194--359320	55	2.3	55	87	0	173	41	16	15	25	1.88
364162--364302	59	2.4	59	80	2	160	29	17	16	37	1.91
364786--364854	9	7.6	9	73	20	54	68	1	2	27	1.13
364787--364854	19	3.7	18	82	7	66	67	1	2	27	1.13
365749--365824	27	2.7	27	74	13	73	51	2	0	46	1.15
370149--370186	5	7.6	5	100	0	76	78	21	0	0	0.74
372075--372115	6	7.2	6	89	8	59	53	0	34	12	1.38
376344--376381	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
380548--380610	32	2.0	32	87	6	92	23	22	9	44	1.82
380539--380612	32	2.2	34	79	13	91	20	18	10	50	1.77
380491--380684	90	2.2	89	80	10	209	24	14	12	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
380867--380991	31	4.2	31	76	16	106	56	13	5	24	1.58
382584--382630	20	2.3	20	85	10	60	53	0	0	46	1.00
382596--382629	16	2.0	16	88	11	50	55	0	0	44	0.99
383414--383448	13	2.8	12	91	8	61	88	0	11	0	0.51
384042--384155	45	2.5	46	83	5	144	30	10	15	42	1.81
386440--386717	145	1.9	143	88	5	418	29	16	19	34	1.94
407255--407301	23	2.1	22	88	11	69	42	0	2	55	1.12
407760--407816	21	2.8	20	82	10	64	33	1	1	63	1.15
414617--414641	8	3.1	8	100	0	50	0	0	52	48	1.00
415040--415072	13	2.4	14	90	10	50	21	6	0	72	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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